罗伊与霍克艾利用两人绝妙的默契，戳破了恩维设下的卑劣陷阱，已超越力量极限的恩维，再次变回宛如小蜥蜴般的模样。罗伊也彷佛遭到什么东西附身似的，坚持要亲手杀死恩维，但是，霍克艾却在此时将枪口朝向罗伊，试图阻止他。就在同时，爱德与斯卡也因为担心罗伊而赶回现场。他们告诉罗伊“若是只为了复仇而复仇，并不会对任何人有助益”。眼看自己追查已久的仇敌就在眼前，罗伊最后会做出什么行动？

巴卡尼亚等人率领的布里克兹军终于占领了中央司令部本部。此时，奥利维亚与阿姆斯特朗正率领着幸存的中央军士兵与大量的人偶士兵战斗，没想到原本被封住行动的斯洛斯又动了起来，并让他们受到濒死的重伤。即使如此，阿姆斯特朗仍不愿逃走，坚持要留下来替在场的士兵们战斗。没想到此时，他们得到了一名意外人物的帮助。

与父亲大人陷入对峙的霍恩海姆，花了漫长的时间，结束与在他体内的53万6329人的灵魂对话后，决定使用他们破坏父亲大人的身体内部。另一方面，布里克兹军虽然对回到中央司令部正面入口的布拉德雷展开全面射击，但布拉德雷却单靠自己一个人就加以击破，巴卡尼亚也在战斗中受到濒死的重伤。即使身处这种生死关键，法尔曼仍拼命地将枪口朝向大总统，此时，原本失踪的格利德居然出现在他们面前。

爱德与罗伊等人为了找出父亲大人的下落而进入地底，并于途中的广场遇见一名装有金假牙的医生。这名自称是“做出金‧布拉德雷的男人”的医生，当他知道罗伊也在场后，随即从身边叫出一群“或许有机会成为布拉德雷”的强悍中年男子，对爱德等人发动袭击。另一方面，格利德与福爷在中央司令部的入口与布拉德雷交战。但纵使两人联手仍无法击倒布拉德雷，福爷甚至还被布拉德雷砍伤。

在福爷与巴卡尼亚赌上性命的联手作战，以及兰芳与布里克兹士兵的协助下，格利德终于成功将布拉德雷从城墙上击落至壕沟内。巴卡尼亚由于曾经帮助福爷，麟为了实现自己在巴卡尼亚死前答应的承诺，因而借助格利德的力量独自对中央军发动猛攻。此时，被无数的黑影之手抓住，并被拉进真理眼中的爱德，与阿尔、伊兹米一起被扔进父亲大人的房间。

在金牙医生与罗伊的对决之地，梅与桑巴诺等人也趁机发动攻击。眼看局势就要逆转，没想到普莱德与原被认为已死亡的布拉德雷居然再次出现。布拉德雷持剑朝着罗伊砍去，并直接将罗伊的手掌刺穿于地面。普莱德随即利用罗伊，并拿金牙医生做为牺牲品，开始强制进行人体炼成。

五个人柱终于聚集于父亲大人面前，但是爱德与阿尔等人仍未放弃，并试图与小梅等人赶在国土炼成阵发动前打倒父亲大人与普莱德。就在同时，布拉德雷与斯卡也在另一个地点展开决斗，虽然布拉德雷身负重伤，但他的动作仍胜于斯卡，并将斯卡逼到无路可走。就在此时，斯卡的左手发出炼成光，并从地面发出尖刺般的石柱将布拉德雷弹开。

父亲大人使用亚美斯多利斯所有国民的性命，从天门引出强大的力量，他并称这股力量为“神的力量”。当一切看似陷入绝望之际，霍恩海姆设下的炼成阵突然启动。另一方面，在另一个地点对战的斯卡与布拉德雷，眼看就要分出胜负。

在霍恩海姆的策略下，成功让父亲大人的身体失去了亚美斯多利斯国民的灵魂。父亲大人为了继续保有体内的神力，开始袭击身边的人们试图藉此取得灵魂。为了消灭父亲大人体内的贤者之石，存活下来的布里克兹士兵与罗伊、阿姆斯特朗等人使出浑身的力量，不断发动攻击。但在父亲大人的反击下，阿尔失去了身体，爱德右手臂的机械铠也遭损毁。眼看父亲大人就要夺走爱德的灵魂，阿尔为了拯救哥哥而不惜做出残酷的决定。

赌上亚美斯多利斯命运的最后一战！

爱德、阿尔的漫长旅途，即将划下休止符。

讲述罗伊与休斯初出茅庐的故事。