阿爾一行在里歐爾與霍恩海姆重逢，阿爾也告訴霍恩海姆至今發生的事，以及愛德目前下落不明。此時，塔利烏斯出現在北都的銀行，並領走愛德戶頭的錢。他在領完錢後就回到鎮上的醫院，沒想到卻被軍方人士暗中跟蹤…。另一方面，彼得為尋找古利德而潛入中央軍司令部的地底，在那裡遇見外表已變成麟的古利德。

返回清國而來到尤斯威爾這東部城鎮的梅，受到當地居民的熱情款待。這也讓原本對自己要拋下亞美斯多利斯的人們，獨自回國而猶豫的梅內心更感到掙扎…。另一方面，愛德與塔利烏斯為尋找阿爾而來到羅伊在中央的藏身之處，結果再次遇見暫時取回身體主導權的麟。麟向愛德傳達父親大人將在「終將到來之日」當天開啟真理之門的事。

在「約定之日」的前夕，溫莉回到了利塞布爾的老家，沒想到卻意外地與愛德重逢。另一方面，與邁爾斯一起暗中來到東部的阿爾，在藏匿處再度發生靈魂與肉體拉扯回的感覺。由於這種感覺發生的間隔越來越短，也讓阿爾感到相當不安。在那時候，阿爾的行蹤居然被庫拉多尼發現了。雖然阿爾想要逃走，但此時靈魂又開始遭到肉體的拉扯，終於陷入昏迷。

愛德一行在卡納馬這個部落與霍恩海姆重逢，霍恩海姆也告訴愛德關於他身體的秘密，以及父親大人打算在隔天發生的日蝕開啟真理之門等事。其後，愛德也將比拿可要他轉達母親朵莉夏的遺言給霍恩海姆。聽到這番話，霍恩海姆的反應是…。休息過後，愛德等人正打算啟程前往中央，突然阿爾出現在面前。雖然愛德很高興能與阿爾重逢，但古利德體內的麟卻察覺到一股異樣的氣息。

愛德等人在重新復出的蘭芳的幫助下，一下子就反轉戰局。但在此刻，在另一地點與普萊德對戰的海因凱爾，卻因不論怎麼攻擊都無法擊倒普萊德而陷入苦戰。不久周圍的燈光也漸漸亮起，讓原本被封住的普萊德的影子得以復活。另一方面，在聖誕節夫人的協助下，羅伊查出了傑利姆的真實身份。可是在他的背後，居然出現軍方的密探。

普萊德以無情的手段取得庫拉多尼的能力，愛德等人也對那種能力束手無策，一轉眼就被逼到無路可退。此時，被帶到其它地方醒來的阿爾，當知道哥哥等人是因自己而身陷險境時，向霍恩海姆提出一個計畫。霍恩海姆為執行這項計畫，獨自前往挑戰普萊德。當他對普萊德發動攻擊的瞬間，繞到普萊德背後的阿爾也同時向前狂奔，試圖壓制普萊德。沒想到在最後一刻，反過來被普萊德抓到…。

羅伊挾持布拉德雷夫人做為人質，對中央司令部燃起反叛的狼煙。原以為這場叛變會馬上遭到鎮壓，沒想到在羅伊一行人的巧妙攻擊，以及出乎意料的查理小隊等布利古斯軍助陣下，形成擴及中央全域的激烈巷戰。此時，羅伊等人與協助策劃這場叛變的某個人物相遇。這個人也告訴羅伊，其實還有一名暗中提供支援的意外協助者。

軍部上層終於解放出大量的人偶兵們，他們不怕死，更不屈不撓，也咬死了本來應該遵從軍部上層的人。同時，一群人偶也朝著愛德他們襲來。另一方面，公然對軍部上層引起叛亂的奧莉薇前方，出現為了殺掉她而來的斯洛烏斯，擋住了她的去路。而傑利姆和阿爾一起被關在圓頂物內，留在村落附近的海因凱爾，聽到圓頂物裡有連續的敲擊聲，才發現傑利姆是有意圖的。但是為時已晚，金普利已經出現在他背後…。

因為海因凱爾的話，阿爾終於決定使用賢者之石。充分利用被關在石頭裡靈魂們的力量，以普萊德和金普利兩人為對手，阿爾勢均力敵且展開憤怒的戰鬥。另一方面，由於阿姆斯壯的參戰，緩和了奧莉薇與斯洛烏斯的苦戰。但是沒多久，斯洛烏斯拿出了「認真」的力量，所謂那個被隱藏的力量…。

普雷達叛亂軍佔領了中央廣播電台。他們藉由廣播，向國民捏造事實，說明引起政變的其實是中央軍上層，而他們會採取行動去阻止。另一方面，愛德和斯卡們在中央司令部的地下和大量人偶兵戰鬥，羅伊和霍克愛也趕到現場。之後，梅也和恩維一起出現了。第一次見到恩維的羅伊尋問「殺了休斯的是誰？」，而恩維展現的回答是…。

伊茲米、18歲，當時名為伊茲米‧哈奈特，特地遠來要拜鍊金術師席魯巴‧史坦納為師。但席魯巴只給她一把刀，要求在布利古斯山獨自生存一個月，就可以成為他的徒弟。在山裡的第二天，發現並擊敗兩個布利古斯兵，搜刮他們隨身的糧食。第八天，眼看快要餓死，憑著求生的意志力和獵食野生動物存活下來，領悟到鍊金術的真義：「一即是全，全即是一」。一個月期限已到，伊茲米帶著戰利品找席魯巴，結果本人卻說他不是席魯巴，而是他哥哥，名叫柯魯多‧史坦納，是位格鬥家。伊茲米此時才知道找錯人，在瞬間一股惱火湧上來、怒揍柯魯多一頓之後揚長而去。