阿尔等人在里欧尔与霍恩海姆重逢，阿尔告诉霍恩海姆至今发生的事，以及爱德目前下落不明。此时，塔利乌斯出现在北都的银行，并领走爱德帐户中的钱，他在领完钱后直接回到镇上的医院，没想到却被军方人士暗中跟踪。另一方面，彼得为了寻找格利德而潜入中央军司令部的地底，并在此遇见外表已变成麟的格利德。

为了回兴国而来到尤斯威尔这个东部城镇的梅，受到当地居民的热情款待。这也让原本对自己要抛下亚美斯特利斯的人们独自回国的行为而犹豫的梅，内心感到更为挣扎。另一方面，爱德与达利乌斯为了寻找阿尔而来到罗伊在中央的藏身之处，结果在此遇见了暂时取回身体主导权的麟，麟把父亲大人将在“终将到来之日”当天开起真理之门的这件事告诉爱德。

温莉在“约定之日”到来的前夕回到了利塞布尔的老家，没想到却意外地与爱德重逢。另一方面，与迈尔兹一起暗中来到东部的阿尔，在藏匿处突然又产生了灵魂似乎要被扯回原有肉体的感觉，由于这种感觉发生的间隔越来越短，这也让阿尔感到相当不安。此时，阿尔的行踪居然被格拉托尼发现了，虽然阿尔想要逃走，但此时灵魂又开始遭到肉体的拉扯，最后让阿尔陷入昏迷。

爱德一行人在卡纳马这个部落与霍恩海姆重逢，霍恩海姆也告诉爱德关于他身体的秘密，以及父亲大人将利用在隔天发生的日蚀开启真理之门等事。接着，爱德也将比拿可要他转达的母亲朵莉夏的遗言告诉霍恩海姆。当爱德等人稍做休息，正打算启程前往中央时，阿尔突然出现在他们的面前，虽然爱德很高兴能与阿尔重逢，但格利德体内的麟却察觉到一股诡异的气息。

爱德等人在重新复出的兰芳的帮助下，一口气逆转了战局。但在此时，在另一个地点与普莱德对战的海因凯尔，却因为不论怎么攻击都无法击倒普莱德而陷入苦战。最后周围的灯光也渐渐亮起，让原本被封住的普莱德的影子得以复活。另一方面，在养母的协助下，罗伊查出了塞利姆的真实身份，但此时在他的背后，居然出现了军方的密探。

普莱德以残忍的手段取得了格拉托尼的能力，爱德等人也对他的这种能力束手无策，没多久就被逼到无路可退。此时，被带到其它地方的阿尔总算醒来，当他知道哥哥等人是因为自己而身陷险境时，主动向霍恩海姆提出一个计划。霍恩海姆为了执行这个计划，独自前往挑战普莱德，当他对普莱德发动攻击的瞬间，绕到普莱德背后的阿尔也同时向前狂奔，试图压制普莱德。没想到在最后一刻，阿尔还是被普莱德抓到了。

罗伊挟持布拉德雷夫人作为人质，对中央司令部展开全面反叛，原以为这场叛变会马上遭到镇压，没想到在罗伊一行人的巧妙攻击，以及查理小队等布里克兹军的助阵下，让这场叛变演变为扩及中央全域的激烈巷战。此时，罗伊等人与协助策划这场叛变的某个人物相遇。这个人也告诉罗伊，其实还有一名暗中提供协助的意外人物。

在军方高层的指使下，人偶士兵终于被大量放了出来，这群不畏死亡的不死之身，甚至把理应听令遵从的军方高层人士也加以啃食，接着又袭击了爱德等人。另一方面，公然反叛军方高层的奥利维亚，遭到奉命前来铲除她的斯洛斯的攻击。此时，与被封闭在土堆中的阿尔一起留在卡纳马部落附近的海因凯尔，察觉到普莱德在土堆内不断敲着阿尔头部的行为其实另有意图。但为时已晚，金布利已出现在他背后。

因为海因凯尔的一番话，让阿尔决定使用贤者之石的力量。他利用被封闭在石头中的众多灵魂的力量，对普莱德与金布利两人展开激烈的战斗，丝毫不输给他们两人。另一方面，在阿姆斯特朗的参战后，让奥利维亚对斯洛斯出现了些微的胜机。没想到斯洛斯也随即停止怠惰，认真使出了全力。他的那股隐藏的力量究竟是什么。

布莱达等叛军成员占领了中央的广播电台，他们并将其实真正想发动政变的是军方高层，自己只是为了阻止而行动的这种捏造理由透过电台告诉国民。另一方面，当爱德与斯卡等人正在地底与大量的人偶士兵搏斗时，罗伊与霍克艾，以及梅跟一路追杀着她的恩维也同时出现。第一次见到恩维的罗伊，随即问恩维是不是他杀了休斯。恩维给他的答案是？

伊兹米的炼金术学习之路与她的初恋