Lupin III si trova a San Marino per sposare la ricca ereditiera italiana Rebecca Rossellini, ma il tutto è solo un pretesto per rubare la preziosissima corona reale.

Mauro Brozzi, attaccante della squadra di calcio del San Marino, viene ricattato dall'imprenditore mafioso Riccardo Mondini.

La banda di Lupin, intenzionata a rubare l'antica collana della regina Maria Antonietta, viene tenuta sotto sorveglianza dai servizi segreti britannici dell'MI6. L'agente Nix, incaricato con licenza di uccidere, dà del filo da torcere a Lupin e Jigen, ma...

Jigen entra in un ambulatorio per farsi curare un dolore al dente ma scopre che i cittadini del posto sono vittime della gang di un certo Eric, boss mafioso responsabile del controllo delle armi in entrata in città. Molti lo vogliono morto ma Jigen, con la sua astuzia, riesce ad eliminare la gang senza l'uso delle armi fino a recuperare la sua Magnum, confiscatagli dal mafioso, ed ucciderlo, liberando la piccola cittadina dai soprusi dei mafiosi.

Fujiko entra a far parte della troupe del circo di Luca, un giovane mago che ha ereditato il manuale di magia del grande Tony, suo mentore. Gli artisti del circo di Luca fanno di tutto per metterlo alle strette e rivelare quei segreti di magia ma Fujiko, fingendo interesse per Luca, lo convince a vendere tali segreti ad un circo concorrente. A fronte di ciò, Fujiko riceve una generosa ricompensa dalla direttrice di quest'ultimo, che si scopriranno alla fine essere entrambe in combutta tra loro.

Lupin vuole mettere le mani sul patrimonio del magnate dei media Roberto Gotti, ereditato dalla moglie Elena e di cui solo lei ne conosce la posizione. Assieme a Jigen e Fujiko, deve però fare i conti con un determinato ispettore Zenigata, che gli mette continuamente i bastoni fra le ruote fino a farlo desistere completamente dal suo obiettivo, almeno per questa volta.

Lupin, dopo un furto in gioielleria, prende un'auto per fuggire da Zenigata, visto che la sua è controllata da due poliziotti. Scopre poi che questa appartenere a dei rapitori, i quali hanno rapito la figlia di Nyx dell'MI6.

Lupin e Jigen vanno alla ricerca di un tesoro in un castello infestato dai fantasmi.

Goemon viene assoldato, assieme ad altri killer, da un politico per uccidere un dittatore africano che possiede dei pozzi petroliferi. Qui conosce Isabella, una ragazza bionda e particolare con la quale fa un giuramento col mignolo, con cui promette che farà di tutto pur di salvarle la vita. Riescono ad uccidere il dittatore. Alla fine Goemon scopre che Isabella ha ucciso gli altri killer perché costretta dal politico, il quale gli ha impiantato nel cuore una bomba. Isabella è costretta a sparare al samurai, altrimenti con un telecomando il politico attiva la bomba, la quale scoppierà dopo un minuto. La ragazza però si gira e spara, uccidendo il politico. Isabella, sentendosi in colpa, prende il telecomando e attiva la bomba; ma Goemon la convince che ha fatto un errore e le ricorda che avrebbe fatto di tutto pur di salvarla. Usando la sua katana zantetsu-ken nagareboshi infilza la ragazza al petto, facendo uscire la bomba. La ragazza viene poi ritrovata viva, anche se in fin di vita. Alla fine Lupin, Jigen e Goemon vedono un ragazzino passare, Lupin gli chiede che strada può fare senza essere visto dai poliziotti, ma il ragazzino non si fida, pensando che Lupin sia un ladro, ma lui lo convince del contrario. Così il ragazzino vuole che Lupin faccia un giuramento col mignolo e dice che glielo ha insegnato una ragazza bionda; Goemon capisce che si tratta di Isabella. Nel frattempo arriva Zenigata e la banda è costretta a scappare, ma il samurai, grazie alla sua katana, taglia le auto dei poliziotti e riescono così a fuggire senza tanti problemi.

Lupin va, insieme a Fujiko e Rebecca, ad un'asta dove verrà venduto del vino, chiamato il "Nettare dell'amore", la cui formula chimica crea uno stato di eccitazione simile all'amore.

L'MI6 rapisce Rebecca perché vuole sapere cosa sia il "sogno italiano", Lupin e i suoi amici studiano il modo di liberarla sfruttando il servizio comunicazioni dell'MI6 e riescono a farla fuggire grazie all'agente Nyx. Nyx perde il controllo a causa di Robson che attenta alla vita della sua famiglia e aggredisce i suoi agenti. Nel covo di Lupin, Robson dice a Lupin che il segreto del "sogno italiano" è in un libro lasciato dall'unico amore di Rebecca...il giapponese Wataru. Lupin, intenzionato a scoprire il segreto del libro prova a decifrarlo.

Lupin inizia a decifrare i codici del libro del defunto fidanzato di Rebecca, Wataru Uraga. Il ladro entra in uno stato di sonno in cui conosce Wataru, che gli spiega che quello non è un sogno, poiché in realtà Lupin, decifrando i codici del libro, ha fatto sì che Wataru entrasse nel suo subconscio: è questo il sogno italiano, la capacità di ricreare la propria essenza anche nella mente di un'altra persona. Prima di riprendere conoscenza, Wataru dice a Lupin che gli "uomini-ombra" lo hanno ucciso perché volevano il suo lavoro, poi gli chiede di distruggerlo. Lupin si risveglia e distrugge tutto il lavoro di Wataru, poi affronta Nyx, ma entrambi vengono catturati dall'MI6. Zenigata chiede all'agenzia la custodia di Lupin, quindi l'MI6 consegna all'ispettore il ladro, che viene arrestato. Nel mentre Rebecca brucia il libro di Wataru.

Dopo essere stato arrestato, Lupin viene portato in un carcere di massima sicurezza, circondato da centinaia di agenti. Dopo aver tentato piu’ volte di evadere, Zenigata decide di rinchiuderlo in una cella d’acciaio su una piccola isola, sotto la sua stretta sorveglianza, sperando che sia davvero a prova di fuga.

Lupin, rimasto a corto di soldi, decide di rubare la Monna Lisa dal museo del Louvre per rivenderla a un miliardario italiano. Il piano, a prima vista, fallisce, in quanto Lupin si rende conto a furto compiuto di aver trafugato un falso, mentre l'originale finisce tra le mani del corrotto ministro francese Philippe, che da tempo è solito darlo segretamente in prestito a clienti facoltosi in giro per il mondo per finanziare la propria carriera politica. Alla fine si scopre che il falso trafugato da Lupin era stato creato dallo stesso prigioniero fuggito dai laboratorio dell'MI6 a Roma, il quale si rivela essere nientemeno che lo stesso Leonardo da Vinci.

Durante un ennesimo inseguimento da parte di Zenigata, Lupin perde il diamante "L'anima di Cleopatra", così denominato perché si suppone abbia un'anima che lo porti a cambiare sempre padrone. Lupin vede il diamante infilarsi nello zainetto di un ragazzo che si sta recando a scuola. Per recuperare il diamante, Lupin si finge supplente nell'istituto dove va a scuola il ragazzo, Ricky, ma scopre che esso è stato rubato da quattro professori, che lo vogliono utilizzare per creare una bomba. L'intento è quello di uccidere una pericolosa banda di usurai, che vuole da loro 500.000 € per un torto subìto. Lupin riesce a recuperare il diamante e a liberare i quattro professori e Ricky dai malviventi, ma poi lo getta in mare, perché si rende conto che è il diamante stesso che cambia l'anima di chi lo possiede, rendendolo fragile e mutevole. Il diamante viene infine involontariamente recuperato da alcuni delfini, che per caso lo gettano addosso a Fujiko mentre prende il sole su di una barca.

Lupin si prende un giorno libero: niente furti, solo svago. Unica incombenza: portare una cagnolina, smarrita da un'eccentrica riccona, al porto di Messina, dove Fujiko la potrà riconsegnare alla padrona e intascare la ricca ricompensa. Tra inseguimenti da parte di Zenigata e altri contrattempi, la giornata non si svolgerà esattamente come Lupin l'aveva pianificata...

Greco, un fanatico famoso per aver ucciso un gran numero di criminali, sfida Lupin in diretta tv, Greco è un uomo molto famoso e carismatico, bravo nel trascinare le folle, per rendere la sfida più interessante offre al ladro e alla sua squadra la possibilità di rubare un calice all'interno di una chiesa. Lupin, Fujiko, Goemon e Jigen entrano nella chiesa per rubare il calice, ma finiscono in trappola, rimanendo bloccati nelle gallerie sotterranee, dove tutte le uscite sono bloccate. Tramite delle telecamere Greco riesce a tenerli d'occhio, inoltre il tutto viene trasmesso nella tv nazionale in diretta, si aprono persino delle scommesse, dove Lupin viene dato per sconfitto. Greco, usando l'ipnosi, trasforma Lupin in una marionetta assassina sotto il suo comando, spingendolo a pugnalare a morte Fujiko, invece Jigen e Goemon, vittime della paranoia, si uccidono apparentemente a vicenda. Infine Greco spinge Lupin a spararsi alla testa, ma proprio in quell'istante Lupin rivela di non …

Vari murali in cui figurano, uno alla volta, Lupin e la sua banda iniziano ad apparire in varie parti d'Italia, e Lupin, considerandola una sorta di sfida, si introduce assieme a Jigen in un padiglione allestito in Piazza del Duomo a Milano, all'esterno del quale è comparso il primo dipinto, dove è in corso una sfilata di moda. Alla sfilata, in qualità di modelle, vi sono anche Fujiko e Rebecca, e durante l'evento Lupin viene avvicinato anche da Nyx e Zenigata, con quest'ultimo che rivela come, stando agli esperti, tutte le opere presentino straordinarie somiglianze con lo stile proprio di Leonardo da Vinci. L'intero gruppo, cui si unisce lo stesso capo dell'MI6 Gibbons, si reca a Santa Maria delle Grazie, dove, durante una sorta di rivisitazione dell'Ultima Cena, Lupin rivela il grande disegno dietro l'intera vicenda, il quale ruota tutto attorno al Sogno Italiano scoperto da Wataru. Esso, in realtà, altro non sarebbe che una sorta di coscienza collettiva presente nel cervello di …

Fox, il capo di un gruppo mercenario, ruba la "Coda del Drago" all'MI6, ovvero i file criptati contenenti i nomi di tutti gli agenti dei Servizi Segreti Britannici sparsi nel mondo. Lupin, venuto a saperlo, si intrufola nella base del mercenario in una piccola isola per rubarla, così da poter essere sempre informato sulle attività del nemico, ma si trova nuovamente a dover fare i conti con Nyx, che, su ordine di Gibbons, deve recuperare pure lui la Coda del Drago in cambio dell'incolumità della sua famiglia. La missione, però, prende una brutta piega, e quando il tempo limite per recuperare i dati si esaurisce Gibbons decide di passare al piano B, ovvero la distruzione totale dell'isola e l'uccisione di chiunque vi si trovi, a cominciare dallo stesso Nyx. Fox e tutti i suoi uomini vengono massacrati da un massiccio bombardamento aereo e dal successivo rastrellamento, ma proprio quando le truppe speciali dell'MI6 stanno per uccidere Nyx arrivano in suo aiuto giungono Lupin, Goemon e …

Lupin, d'accordo con un mediatore di auto d'epoca, ruba una Fiat 500 Topolino da un concessionario, e Zenigata, che vorrebbe arrestarlo, si scope tuttavia impossibilitato a procedere per espresso ordine del proprietario originale dell'auto, l'anziano manager musicale Martino Anita. La macchina, però, è dotata di una sua volontà, e costringe Lupin a farsi portare in giro per tutta Roma sotto lo sguardo attento della polizia, in una sorta di parata che si conclude sulle rive di un lago, il luogo in cui Martino e la moglie, la ex cantante Nora, erano soliti eleggere a proprio rifugio d'amore. Nora infatti è ormai prossima alla morte, e mentre lui inizialmente voleva disfarsi di ogni ricordo legato a lei, compresa la vecchia fiat, lei invece nell'inconscio voleva solo rivivere un'ultima volta i ricordi più felici della sua vita, un sentimento che ha finito per venire assimilato dalla macchina dandole vita.

Fujiko, rientrata in Giappone, viene rapita, ed il suo sequestratore intima a Lupin di consegnargli entro 36 ore una preziosissima marionetta realizzata dallo scienziato e scrittore giapponese Hiraga Gennai in cambio della vita della sua partner. Lupin quindi, travestito da Zenigata, riesce apparentemente a sottrarre la marionetta alla sua proprietaria, l'attuale capostipite della famiglia Nekogami, ma quando si reca al luogo dello scambio sia lui che Fujiko (che come al solito aveva solo complottato alle spalle di Lupin per burlarsi di lui) si rendono conto di essere caduti in una gigantesca trappola organizzata dall'egocentrico detective Akechi Holmes per conto della polizia giapponese. Stavolta per Lupin non c'è scampo, ma Fujiko, riuscita a scappare e ferita nell'orgoglio, riesce con l'aituo di Jigen a organizzare l'evasione del suo complice, a riprova del fatto che i due, dopotutto, non sono poi così poco affini l'uno all'altra.

Rebecca distribuisce dei volantini in cui dichiara che catturerà Lupin, il quale, nel mentre, inizia a intrufolarsi in diverse banche, anche se stranamente non ruba niente, Rebecca capisce che sta cercando qualcosa in particolare. La ragazza inizia a seminare trappole nelle diverse banche, nel tentativo di catturare Lupin, il quale però riesce sempre a cavarsela. Robson non approva le scelte di vita di Rebecca, ma Fujiko è dell'opinione che in realtà Robson è il primo a trovare divertenti le avventure di Rebecca, dato che alla fine la segue sempre. Lupin entra in un'altra banca, e questa volta affronta Rebecca direttamente, poi Rebecca scopre che Lupin stava solo cercando una banconota da 100 € contrassegnata per via di una semplice sfida tra lui e Jigen. Poi arriva la polizia, quindi Lupin e Rebecca scappano, riuscendo nella fuga anche grazie a un diversivo creato da Robson. Lupin e Rebecca si separano, quest'ultima poi inizia a bere del vino in compagnia del suo maggiordomo, il ...

A San Marino, Leonardo Da Vinci è pronto a creare la sua opera ultima, intitolata "L'armonia del mondo", e lancia una sfida in diretta a tutti gli italiani, che sotto l'influenza della sua ultima invenzione cadono tutti contemporaneamente in un sonno profondo. Lupin, dopo averlo incontrato, si risveglia, in quanto infatti aveva capito che quello era solo un sogno, e l'armonia del mondo altro non è che una variante del sogno italiano, con la quale Leonardo ha ricopiato la sua essenza ricreandola nelle menti di tutti gli italiani. Lupin, Jigen, Goemon, Nyx, Fujiko e Zenigata riescono a sconfiggere Leonardo, risvegliandosi, ma arrivato a San Marino per confrontarsi personalmente con il nemico Lupin si rende conto che invece tutti gli altri italiani, a cominciare da Rebecca, hanno invece fallito, ed il loro destino è di vedere la propria personalità riprogrammata sul modello di quella di Leonardo, così da dare vita ad una nuova stirpe di uomini superiori capaci di creare, per l'appunto…

Lupin e Leonardo guardano Rebecca priva di sensi, infatti la vera battaglia viene combattuta dalle loro personalità all'interno della mente della ragazza. Nella sua mente Rebecca è intrappolata in un castello, e al termine di un duro scontro, aiutato anche dal fatto che Leonardo non era riuscito a cancellare del tutto dalla mente di Rebecca il suo amore per Lupin, il ladro gentiluomo ha la meglio, riuscendo a risvegliarla. Leonardo è ancora sicuro di poter vincere dato che la sua essenza ha preso il controllo di milioni di italiani, ma in realtà nessuno di loro è sotto il suo controllo, poiché quando Lupin aveva usato il suo congegno non aveva ricreato la sua personalità solo nella mente di Rebecca, ma in quelle di tutti gli italiani. Con l'arrivo di Jigen e degli altri Leonardo capisce di aver perso, e di lì a breve il suo corpo artificiale, provato da una costruzione incompleta, inizia a cedere: il grande artista era infatti consapevole che gli restasse poco da vivere, e …

La storia inizia con Marco Polo, un sito di shopping underground dove le persone possono comprare oggetti illeciti come droghe e armi da fuoco. L'obiettivo di Lupin è la valuta digitale che il sito guadagna sulle transazioni. È necessaria una chiave per rubare la valuta digitale, quindi Lupin si infiltra nelle Due Torri, la sede del data server sotto forte sicurezza. Il guardiano della chiave che incontra Lupin è una geniale ragazza hacker di nome Ami, che Lupin porterà via con sé. All'aeroporto intenti a prendere un volo per Düsseldorf, però, li attende una nuova realtà: tutte le persone sono iscritte a un gioco online che consiste nell'inserimento di informazioni utili all'Interpol per rintracciare Lupin.

Lupin reagisce al gioco online dedicato a lui chiamato "Lupin Game" con un profilo social costantemente aggiornato sulle sue novità. In questo modo spera che le persone si stanchino di dare la caccia a qualcuno che è già facilmente reperibile. Ami dopo aver fornito a Lupin tutti i dati necessari per accedere a Marco Polo se ne va. Lupin però la insegue, la salva da una banda di malviventi e le chiede di non scappare. Ami intuisce che Lupin la vuole proteggere dai gestori del server Marco Polo che, proprio in quell'istante, li attaccano di sorpresa.

Lupin III si dirige con la sua squadra nel deserto di Wasteland e lancia una sfida ai partecipanti del Lupin Game, che si dirigono subito sul posto. Tutti i giocatori che avevano scommesso la sua morte in quel giorno mirano a uccidere Lupin, mentre gli altri tentano di rapirlo. Ami penetra nel sito e viola l'anonimato degli scommettitori per dare a Lupin le informazioni per salvarsi. Alla fine della giornata arriva anche Fujiko Mine che punta una pistola verso Lupin.

Zenigata arriva all'improvviso con la sua automobile per salvare Lupin e Ami da Fujiko. Inaspettatamente li attacca un elicottero della polizia, dimostrando a Zenigata che non può proteggere un ricercato internazionale, ma i tre fuggitivi riescono a ripararsi in una foresta. Lupin, Ami e Zenigata devono attraversare il deserto per giungere alla frontiera, dove Zenigata potrà legalmente arrestare Lupin. Durante il faticoso tragitto vengono attaccati nuovamente dallo stesso elicottero ma Ami riesce a eliminare i nemici e per la prima volta si sente viva e prova gioia nell'avventura che sta vivendo. Giunti quasi al confine, degli scommettitori preparano un'imboscata per uccidere Lupin e ci riescono, sparandogli alla testa. Il sito delle scommesse viene chiuso e il Lupin Game finisce.

Dopo la scomparsa di Lupin in diretta su internet, Zenigata prende con sé Ami. Zenigata, però, è stato trasferito alla narcotici per aver aiutato e poi perso Lupin. Poco dopo aver ricevuto una lettera da Goemon, Ami contatta Marco Polo e si avvia al loro quartier generale per elaborare un accordo. L'amministratore delegato di Marco Polo, Chuck Glay, la sorprende in una trappola mortale, minacciando di ucciderla a meno che non riveli tutte le refurtive di Lupin, compresi i soldi che ha rubato da Marco Polo. Tuttavia, questo scenario si rivela essere una trappola di Lupin per Glay e i suoi compagni che hanno indetto il Lupin Game, usando l'esperienza di hacking di Ami e l'aiuto di Jigen, Goemon e Fujiko. Zenigata, che sapeva che Lupin era troppo intelligente per essere stato ucciso così facilmente, arresta Glay per spaccio di droga, e Ami, ispirata dalle sue esperienze, si iscrive a un collegio per ragazze per iniziare la vita reale che le mancava.

Due fratelli poveri gestiscono la bottega lasciatogli in eredità dal padre ma sono colmi di debiti e pensano a uno stratagemma per imbrogliare Lupin e guadagnare abbastanza per mantenersi. I fratelli progettano una cassaforte per la banca che può essere aperta solo da chi possiede un quoziente intellettivo pari a 0. Lupin, essendo l'uomo più intelligente del mondo ha un QI uguale a 300 e non può aprirla, così Fujiko, Jigen e Goemon gli somministrano una sorta di allenamento per farlo diventare più stupido. L'allenamento non riesce a pieno e il QI di Lupin scende solo fino a 1, ma Lupin ha ancora un asso nella manica e mangiando del pesce fa risalire il suo QI fino a 301 mandando la macchina in overflow e facendola aprire. Nonostante questo, i due fratelli riescono a risollevarsi grazie alla fama che hanno conquistato grazie a Lupin.

Gaston, una vecchia conoscenza, incarica Lupin di rubare un falso Picasso dalla collezione privata di Mister B, dandogli come anticipo una copia della Bibbia di Napoleone. Questo collezionista è famoso per la sua gelosia per i suoi acquisti, che non vedono più la luce dopo essere finiti nel "buco nero" della sua cantina. Lupin si fa aiutare da Jigen per rubare il quadro ma vengono braccati dai DGSE, che vuole nascondere il contenuto del dipinto. Sotto la tela, infatti, c'è un carnet noir (quaderno nero) con su scritte tutte le malefatte dei dirigenti della polizia francese. Lupin e Jigen vanno nel paese dove vive Gaston e scoprono che è morto un mese fa, quindi quello che ha ingaggiato Lupin era un impostore, e il suo nome è scritto tra le pagine della Bibbia: Albert.

Lupin conosce Camille Bardot, un geniale investigatore amico di Gaston, in grado di memorizzare qualunque cosa in pochi istanti. All'improvviso vengono attaccati da José, un agente del DGSE che uccide Bardot. Lupin vuole incontrare Albert nonostante lo detesti, ma tutti gli stratagemmi che prepara per farla franca vengono scoperti in anticipo, e Albert spara a Lupin lasciandolo solo in mezzo alla strada.

Un gruppo di terroristi si impossessa del quaderno nero, mettendo in fuga Albert, mentre Lupin viene salvato da Jigen e Goemon. I terroristi si fanno chiamare "Il grido della verità" e iniziano a fare degli attentati, contro i quali il DGSE non può fare niente, perché altrimenti gli attentatori pubblicherebbero il contenuto del quaderno. A capeggiare i criminali c'è Calvess, il candidato alle elezioni che promette alla popolazione francese di sopprimere gli attacchi nemici. In passato, dopo numerosi colpi assieme a Lupin, Albert decise di rinunciare al mestiere del ladro per diventare un poliziotto, sfidando Lupin a compiere un'ultima grande impresa: rubare la Francia; ma adesso Albert e Lupin, accordandosi per una tregua temporanea, catturano il capo del DGSE per interrogarlo.

Lupin e Albert si mettono alla caccia di José, il vero traditore del DGSE, e della sua banda; anche Jigen e Goemon si uniscono al combattimento. I nostri amici, dopo molti scontri all'ultimo sangue, hanno la meglio e uccidono tutti i criminali. Lupin riesce appena in tempo a recuperare il quaderno nero, che non intende consegnare ad Albert; quest'ultimo verrà addirittura imbrogliato, per un tentativo di furto a Lupin del taccuino. Dopo quest'avventura, Calvess si ritira dalle elezioni e il direttore del DGSE si dimette. A Lupin resta solo una cosa da fare: restituire il quaderno nero al suo legittimo proprietario.

Lupin trova un vecchio frammento di automobile che gli riporta alla mente la collezione di Pablo e la sua avventura nel passato. Lupin, Jigen, Goemon e Fujiko erano arrivati, con qualche difficoltà, a trovare la collezione di automobili di Pablo, un signore della droga, nascosta nella foresta amazzonica. All'improvviso una macchina si mette in moto e Lupin la insegue a bordo di un'altra. La corsa si è trasformata presto in una gara, che Lupin vince. I nostri amici si sono accorti che le automobili in realtà erano dei rottami e, durante la fuga, sono stati assaliti dai pretendenti del tesoro di Pablo, ma sono riusciti a farcela. In quest'avventura Lupin si è divertito più con Jigen e Goemon, lasciando un po' in disparte Fujiko.

Lupin, Jigen e Goemon per rintracciare una gemma si dividono per seguire tre possibili piste. A Goemon spetta il compito di prendere la collana di Chloé Cazal che si trova in una città francese in cui ha luogo una fiera a tema cosplay, ideale per il samurai per confondersi tra la gente. Goemon inizia ad osservare la ragazza per difenderla dai contendenti della collana e farà amicizia con lei, rinunciando a prenderle la gemma. Lupin interviene per concludere il piano ma viene fermato da Goemon. Lupin avverte che la pietra preziosa è falsa e Goemon scopre che la donna che ha conosciuto è Inés Cazal, la figlia di Chloé che si fa chiamare tale per difendere la madre, infatti la foto che Jigen ha dato a Goemon rappresentava Chloé da giovane.

Nel collegio scolastico ad Annecy, Ami fa la conoscenza di Dolma, la principessa del regno di Padal che custodisce la collana "Lacrima insanguinata". Entrambe le ragazze sono viste come strane dalle altre studentesse: Ami è una hacker professionista e Dolma usa arco e frecce oltre ad accendere un fuoco all'aperto per cucinare. Fujiko vuole rubare la sua collana e si introduce nella scuola con il nome di Suzuki. Un giorno, un gruppo di terroristi interessato ad Ami fa irruzione nella scuola e prende in ostaggio le studentesse delle famiglie più ricche, tra cui Dolma, per ottenere un cospicuo ricatto. Fujiko libera Ami e assieme riescono a uccidere i terroristi. McGuire, un altro falso professore dal regno del Padal, prende Dolma con sé e la mette in guardia da Fujiko e Ami.

Lupin, Jigen e Goemon raggiungono il regno del Padal per cercare Dolma. Lo stato è ipertecnologico ma è diviso tra i rivoluzionari, guidati dal re, e i conservatori, guidati dal sommo sacerdote, che stanno organizzando un colpo di stato. Lupin si traveste da Zenigata per estorcere da una guardia le informazioni sulla posizione di Dolma. Anche Ami, aiutata da Fujiko, arriva alla torre in cui si trova Dolma. Lupin immobilizza McGuire salvando Ami e Dolma, ma quest'ultima lo trafigge con una freccia.

Fujiko interviene di sorpresa, ruba la preziosa collana di Dolma e scappa assieme a Lupin e Ami. In tutto il regno i militari impongono la legge marziale e il coprifuoco ma Jigen e Goemon riescono a fuggire dai blocchi stradali. Fujiko, con l'aiuto di Ami, toglie la freccia da Lupin e lo scalda con il suo corpo. L'esercito conservatore trova il loro nascondiglio e i tre fuggitivi scappano di nuovo. Fujiko abbandona Ami e Lupin nella foresta e si fa inseguire dai soldati fino ad una baracca per trattare con il loro capo. Un dirigibile del re sta per schiantarsi sul posto e Lupin, travestito da uno dei soldati, sta correndo verso Fujiko.

La principessa Dolma vuole farsi incoronare regina del Padal dal Sommo Sacerdote, perché in conflitto con le ideologie del padre. Dolma però si rende conto che non vuole infrangere tutte le tradizioni del suo regno e torna dalla parte del padre, ma finisce mirino del Sommo Sacerdote. Lupin e Ami entrano nel palazzo grazie alla lacrima sanguinante rubata a Fujiko e con l'intervento di Jigen e Goemon, salvano Dolma. Il sommo sacerdote, messo alle strette, vuota il sacco sulle sue intenzioni malvagie e Ami lo riprende con il suo monocolo collegato agli schermi di tutto il Padal. I soldati del sommo sacerdote gettano le armi e la guerra civile finisce. Dolma confida ad Ami che era innamorata di Ugo McGuire, morto per mano dei soldati, e Ami le confida di amare Lupin.

La contessa Isabelle chiama Lupin III nella sua villa per individuare l'assassino di suo marito, Philippe de Maunbassant, in cambio del suo gioiello più prezioso. Nella villa vengono invitati i tre sospettati: Frederik Autorett, Allan Dubois e Pierre Shmidt. Durante un blackout improvviso, qualcuno spara una pallottola nel petto della contessa, e Lupin, con lo pseudonimo di Jim Barnett, deve scoprire il colpevole. L'assassino è lo stesso che ha ucciso il marito della contessa, ed è riuscito ad eludere il sistema di riconoscimento facciale delle telecamere che fa scattare un allarme se nella villa viene individuata una persona al di fuori di Lupin, la contessa, Marie (la cameriera) e i tre sospettati. Lupin accusa Allan di non avere più un alibi e batte sul tempo il suo complice, il suo fratello gemello.

Per festeggiare un anniversario speciale con Lupin, Fujiko gli compra un regalo ma, trovando un Lupin ubriaco e smemorato, decide di gettarlo nella vaschetta del WC del suo nascondiglio. Questo causerà dei problemi a Lupin, Jigen e Goemon perché non potranno usare il bagno mentre Zenigata, attirato dall'odore proveniente dalla cucina, verrà a far loro visita per assaggiare i piatti di Goemon.

Zylberstein, un vecchio nemico di Lupin, invita il ladro gentiluomo ad una partita a scacchi organizzando una serie di sparatorie. Lupin chiede a Jigen di proteggerlo dal cecchino Mirage durante la partita. Il vecchio racconta a Lupin che Mirage è una donna, rifugiata di guerra e tiratrice esperta, che sta mettendo Jigen in difficoltà con i proiettili incendiari e un drone spia. Mirage è stata compagna di Jigen ed è rimasta incinta anni addietro. Quando crede che Jigen sia stato schiacciato dalle macerie, Mirage punta il grilletto verso Lupin, ma Jigen (che era riuscito a fuggire dalla frana) corregge il suo tiro verso Zylberstein, che cade a terra ferito continuando e vincendo la partita a scacchi. Lupin e Jigen scoprono che in realtà la ragazza è la figlia di Mirage, che lavorava per Zylberstein per poter curare la malattia di sua madre. Lupin dice alla ragazza che potrà ereditare la somma vinta a scacchi dal vecchio e Jigen le porta via il fucile costringendola a cambiare vita.

Lupin, Jigen e Goemon si ritrovano in Russia per compiere dei furti ma vengono sempre anticipati da un altro ladro che usa le loro stesse tecniche. Si scoprirà che questo ladro è Zenigata che, avendo perso la memoria a causa dell'alcool e di un incidente in cui viene soccorso da due ladri russi, cerca di ritrovare i ricordi aiutando i due malviventi. Durante la fuga dopo un furto Zenigata finisce per ammanettare Lupin accidentalmente e così i ricordi ritornano, ma ormai è troppo tardi e Lupin scappa portando con sé i gioielli "Occhi dei Romanov".

Enzo, il presidente della società IT globale Shake Hanz, presenta ufficialmente la nuova app della sua azienda chiamata PeopleLog, un servizio che collega il riconoscimento facciale a database globali per creare profili personali accessibili al pubblico, usando come cavia nel pubblico l'ispettore Zenigata presente all'evento. Lupin scopre presto che PeopleLog è diventato ampiamente utilizzato per controllare le identità delle persone, rendendo impossibile per lui e la sua banda apparire in pubblico e lavorare. Alcuni governi si preoccupano che l'app possa far sfuggire il controllo politico dalle loro mani. Mentre Lupin e Jigen in piena fuga si dirigono verso Goemon, ritirato sulle montagne, incontrano Zenigata che lo informa che Fujiko è stata catturata da Enzo.

Goemon ha dei dubbi nel suo ruolo nella banda di Lupin, dopo aver letto cosa dicono di lui su PeopleLog. In serata tutta la banda con Ami si riunisce e il giorno seguente partono per infiltrarsi nella sede della Shake Hanz. Nel frattempo Ling Bo, il braccio destro di Enzo svela a Fujiko ancora intrappolata i piani di Enzo e il motivo che lo ha spinto a creare PeopleLog. Ami cerca di hackerare la Shake Hanz per dare la possibilità a Lupin e soci di andare a salvare Fujiko, lasciando come guardia Goemon da solo, che sarà influenzato ancora di più da Enzo aumentando i suoi sospetti su Lupin. Lupin e Ami arrivano a salvare Fujiko ma Goemon lancia una sfida a duello a Lupin e lo ferisce gravemente. Ami infine si rivolge a Enzo, che osserva dalle telecamere, svelando di essere sua figlia e gli chiede di salvare Lupin.

Lupin è ferito gravemente e Goemon si pente di averlo sfidato. Ami cerca di convincere il padre a salvare la vita di Lupin ma Enzo non è nemmeno interessato a sentirla. Lupin viene arrestato da Zenigata, la stampa invece dà tutto il merito a PeopleLog e neanche il tenace poliziotto è soddisfatto di questa cattura. Jigen aiuta Lupin e Goemon a fuggire e propone a Lupin di abbandonare la professione del ladro. Lupin riconosce che con PeopleLog è diventato più difficile fuggire dalla polizia ma non vuole arrendersi. Il suo stratagemma prevede di rivelare molte informazioni riservate sulle operazioni illegali di aziende e governi. Dato che PeopleLog assegna a ciascuna di queste affermazioni un punteggio di massima affidabilità, la stessa Shake Hanz viene considerata responsabile del fatto e intimata da molti Paesi a chiudere PeopleLog. Nel frattempo Lupin nascosto nel castello di Cagliostro si prepara al contrattacco chiedendo l'aiuto di una cara amica italiana.

Lupin sta rivelando al mondo tramite PeopleLog tutti i segreti delle potenze mondiali, in primis gli Stati Uniti che decidono così di contrattaccare con tutte le armi possibili la sede della Shake Hanz. In aiuto di Lupin ritroviamo Rebecca Rossellini e Diana Archer che aiutano Lupin a raggiungere la sede della Shake Hanz per salvare Fujiko. La ladra, ancora rinchiusa nella sua gabbia dorata, parla con Ami della sua relazione con Lupin mentre un Enzo impazzito non riesce a capire perché la sua app non riesca a prevenire le mosse del ladro. L'arrivo di Lupin all'ultimo piano è difficile e qui inizia il climax dell'episodio dove un Lupin innamorato mostra a Fujiko il suo vero volto come vera prova d’amore. I missili continuano ad attaccare la base e quindi Ami, tramite il suo software Underworld, trova una via di fuga per tutti e, una volta in salvo, riesce a riappacificarsi con il padre. Lupin e banda, con una scena classica, si danno alla fuga con un tenace ispettore Zenigata che li …

Londra, Inghilterra: un'immagine misteriosa è collegata a un'organizzazione chiamata "Raven". Anche il famoso detective Sherlock Holmes è venuto a conoscenza della situazione quando una bomba è esplosa a Scotland Yard mentre interrogava un sospetto.

Lily sviene dopo aver visto Lupin, mentre lui e Fujiko scappano da Zenigata. Holmes giura di catturare Lupin e racconta a Lestrade come Lupin è stato coinvolto nella morte del suo partner, John H. Watson, 10 anni prima.

In Inghilterra, Lord Marquess organizza una festa per gli appassionati di ferrovie nella sua vasta tenuta che include una replica di una ferrovia. Zenigata convince l'ispettore Queen del NYPD che Lupin sarà lì per rubare un prezioso biglietto ferroviario storico, quindi partecipa alla festa.

Otto assassini stanno aspettando in una tavola calda, essendo stati ingaggiati per riscuotere una taglia su un uomo di nome Andre Anderson, che presto andrà lì a mangiare.

Lupin viene catturato da un lampo di luce accecante e si ritrova nell'era Showa in Giappone intorno al 1930. Scopre di essere il ladro "Maschera d'oro" inseguito dall'ispettore Namikoshi che assomiglia a Zenigata. "Golden Mask" mette gli occhi su un tesoro nazionale del Museo Imperiale, ma deve vedersela con lo straordinario detective privato, Akechi Kogoro e la "Black Lizard" che assomiglia a Fujiko.

Facce più familiari appaiono mentre Lupin insegue l'orologio dell'automa, e presto la sua ricerca per tornare a casa si trasforma in una cospirazione molto più complicata.

Quando Sherlock e Lily vengono minacciati da un assassino armato di fucile ad aria compressa, Lupin si allea con un improbabile alleato per tenerli al sicuro.

Con Sherlock fuori servizio e Lupin incapace di mostrare la sua faccia, Jigen deve intervenire quando Lily Watson viene presa di mira da un fantasma assetato di sangue del passato di Jigen.

La cacciatrice di tesori specializzata che si fa chiamare Cherry attira Lupin a un'asta "sotterranea" di alcuni tesori del grande pirata Zeke Barbatos che era attivo in Brasile 75 anni fa. Secondo quanto riferito, il tesoro includeva il Jet-Black Diamond e il Venus Ruby.

Fujiko controlla il fossile di un archaeopteryx in mostra al British Natural History Museum per un uomo che si fa chiamare Mihail, Michael o Miguel, per conto del suo signore che vuole che lei lo rubi.

Per quanto riguarda la connessione del defunto Lord Faulkner con il Corvo, Sherlock e Lupin hanno eliminato l'impossibile. Ora rimane solo l'improbabile verità.

Le parti interessate convergono sul tesoro di Raven nell'ombra della metropolitana di Londra mentre la vera identità dell'assassino di Watson viene alla luce.

Lupin ha stabilito il suo alloggio a New York, ma soffre di noia finché Fujiko non gli racconta di un'asta di gioielli con tesori associati ai miti classici. Quando vede un grande gioiello rosso nel catalogo che è stato rubato dal caveau di suo nonno da una ladra professionista, Lupin decide di rubarlo indietro.

Una rapina in banca all'estero diventa una questione di famiglia quando un ladro rivale rivela un legame sorprendente con Lupin, ma rintracciarla potrebbe fornire più domande che risposte.

A volte i fantasmi del nostro passato non riescono a rimanere morti. Jigen lo impara fin troppo bene quando l'ultimo piano di Lupin prende di mira una sposa con un volto familiare.

L'ultima collezione della famosa stilista Gabby cambierà per sempre il volto delle sfilate di moda, perché il volto del suo lavoro ora non è altro che Goemon.

Il tempismo è importante quando l'amministratore delegato di Wangtic Securities sfida Lupin a testare il sistema L, il suo presunto sistema di sicurezza a prova di Lupin... ma cosa significa DAVVERO la "L"?

Alla ricerca di informazioni su Tomoe, Lupin si reca nel tumultuoso paese di Cotornica. Mentre è lì, incontra un volto familiare ma inaspettato.

Zenigata è dietro le sbarre per un crimine che non ha commesso. I suoi giovani sono sul caso, ma l'interferenza nella loro ricerca della verità arriverà da una fonte molto improbabile.

Quando un truffatore amico di Fujiko propone un piano infallibile per derubare una setta, sembra quasi troppo bello per essere vero... ma c'è di più nella storia di Amelia di quanto sembri.

Durante una scappatella in una città di mare, un fantasioso locale si interessa a Lupin e compagnia. Se solo potesse far parte del loro mondo...

Mentre una giovane donna indaga sugli ultimi momenti della sua misteriosa madre, le sue scoperte la mettono in rotta di collisione con una figura del passato di Lupin.

Le parole sono potenti. Solo pochi possono cambiare tutto. Una sola frase e Lupin non è più se stesso... o è la persona che avrebbe sempre dovuto essere?

Il sangue può essere più denso dell'acqua, ma è denso come i ladri? Scoprilo mentre Fujiko, Goemon e Jigen corrono per riportare in sé Lupin nel finale.