屍魂界．技術開發局觀測到現世的虛陸陸續續被消滅而驚慌失措，在此同時，新任死神行木龍之介和斑目志乃，一來到空座鎮就遇上虛，突如其來的攻擊讓兩人束手無策，陷入絕境，代理死神黑崎一護和他的同伴們出現解救了他們。事隔兩天，一護等人和恢復意識的龍之介交談時，一個戴著面具的男人出現在他們面前，另一頭的屍魂界也出現了異狀…。

一護等人透過龍之介的傳令神機，得知神秘的入侵者引起的屍魂界攻擊事件，該事件造成重大傷亡。散會後依舊淨不下心的一護跑出去鎮上巡邏，過去曾一起行動的破面涅爾．圖和佩謝．卡迪謝從虛圈跑來找他。虛圈也被不明人士攻擊，因此兩人來找一護求助。浦原喜助出現在正打算前往虛圈的一護等人面前。

一護一行人在浦原喜助的帶路之下來到虛圈，和敵軍的指揮官基路傑．歐霹對峙，得知敵人的身分是滅卻師。同一時間，位在屍魂界的護廷十三隊的隊長們，聽完第十二隊的調查報告後也得出同樣的答案。敵人在先前的攻擊時，向總隊長山本元柳齋重國宣告，將於五天後開戰，為了提防敵人再次來襲，山本下令所有隊長備戰。另一邊，率領「看不見的帝國」的優哈巴哈，在黑暗中露出輕蔑的微笑…。

「看不見的帝國」發起的屍魂界殲滅戰開始了，瀞靈廷內出現好幾道巨大的靈子火柱，讓敵軍的勢力星十字騎士團入侵廷內的護廷十三隊，在短時間內出現大量的犧牲者。隊長等級的死神們也加入前線戰鬥，但他們的攻擊對敵人無效，戰況始終沒有好轉。包含朽木白哉在內的幾名隊長，為了打破僵局，各自決定使用卍解…。

得知一護前來救援的死神們覺得很安心，但是一護卻被基路傑•歐霹的能力關在黑腔裡。正當一護以為與技術開發局失去聯繫時，卻在傳令機裡聽到死神們的聲音，在充滿怒吼、尖叫和絕望的聲音之中，一護聽到的話是…。另一邊，朽木白哉率先迎戰搶走自己卍解的艾斯•諾特，命令阿散井戀次從他和敵人的戰鬥中，看清敵人的能力…。

山本元柳齋重國和優哈巴哈在千年後再次碰面，奈奈奈．納傑庫普、艾斯．諾特、巴茲比打算加入他們的戰局，卻被元柳齋一擊打敗。部下在自己眼前被擊敗，優哈巴哈也無動於衷，甚至鄙視他們愚蠢，元柳齋認定他的態度還是跟以前一樣，沒有改變。面對終於拔刀的優哈巴哈，元柳齋會…。此時，死神們察覺到瀞靈廷出現的異常現象。

站在山本元柳齋重國面前的優哈巴哈是冒牌貨，真正的優哈巴哈現身後，一擊就擊敗了元柳齋，感知到這個情況的京樂春水和浮竹十四郎，感覺到無比的恐懼。優哈巴哈述說護廷十三隊以及元柳齋是如何地改變，屍魂界被星十字騎士團摧殘，瀞靈廷被破壞地搖搖欲墜。在充滿絕望的情況之中，瀞靈廷上空出現巨大的靈壓。

星十字騎士團的身影從瀞靈廷的各處消失，大家正在努力救治傷患，一護去探望在第4隊的隊舍接受治療的戀次和露琪亞。因為天鎖斬月被折斷，涅繭利把一護叫過去，向他說明卍解是怎麼破壞。一護聽了他的話後產生動搖，涅繭利帶他前往某個地方。護廷十三隊隊長們列隊等候的，是從上空的靈王宮過來的「第零隊」。

第零隊帶領一護前往靈王宮，在一開始抵達的麒麟殿，以意想不到的方式被麒麟寺天示郎治療，治療效果超群，身體的傷勢痊癒的一護和戀次一起前往臥豚殿，也就是曳舟桐生所在之處，在那裡也有意想不到「待遇」在等著他們。同一時間，在瀞靈廷京樂接下新總隊長以及第一隊隊長的職務，在中央四十六室前面說出了某項計劃。

在屍魂界．中央地下大監獄最下層「無間」拔刀相向的，是脫下眼罩的更木劍八與第一代「劍八」卯之花烈，又稱卯之花八千流。在激烈的交鋒之中，兩人回想起在流魂街認識，第一次較量的那天。卯之花從因戰鬥而感到喜悅的劍八的力量之中，看見某個隱藏的真相。另一邊，位在靈王宮的一護和戀次，前往鳳凰殿。在那裡等著他們的二枚屋王悅，據說就是「創造斬魄刀的男人」…。

被王悅判定不合格的一護被逐出靈王宮，回過神來已經待在現世的自己家門前。因為沒臉見夥伴和父親一心，一護逃離家門，請打工地點的鰻魚店收留自己。一心以死神的樣貌前來迎接沒臉回去的一護，並告訴一護，對自己的事情一無所知的他，是不可能讓壞掉的卍解恢復了，開始述說過去。一護父母認識的過程，以及母親真咲的真相揭曉，那天也下著雨…。

護廷十三隊第10隊隊長志波一心，沒有向總隊長報告自己在現世遇見滅卻師黑崎真咲，決定再去見真咲一面，另一邊，真咲身為滅卻師卻幫助死神，遭到石田龍弦的母親依澄的嚴厲斥責。龍弦想包庇真咲，但真咲的身體卻出現異常變化。龍弦不顧依澄的制止，抱著真咲離開家裡，這時候一心出現了…。

自己的身體裡流著死神和滅卻師的血，知道自己出生背後真相的一護再次做好覺悟，決定重返屍魂界，前往鳳凰殿。另一邊，在屍魂界的死神們各自準備迎接下一場戰鬥，有人從基礎開始訓練，有人追求新的力量，所有人繼續前進，努力成為更好的自己。一護也和淺打一起邁進，但王悅卻宣告他將在此與「斬月」告別…。

一護打算從靈王宮返回瀞靈廷，但兵主部卻跟他說以他現在的狀態是贏不過優哈巴哈的。另一邊，在看不見的帝國中星十字騎士團並肩而立，優哈巴哈宣布了他的接班人，而出現在台上的是這世上僅存的最後一位滅卻師雨龍。面對這種突如其來的情況，騎士團內部的氣氛開始緊張起來，巴茲比難掩內心的不滿，對哈修瓦特出言不遜，而雨龍本人也向優哈巴哈提出了疑問…。

瀞靈廷消失了。優哈巴哈發起的「終結世界的9天」戰役開始，被影之領域吞噬的瀞靈廷遭到星十字騎士團入侵。雨格蘭‧赫修懷特出現在京樂面前，告訴他優哈下的命令是“瞬間消滅所有敵軍”，而死神們如他所言，受到敵人單方面摧殘。在這之中，優先率領聖兵發動進攻的巴茲比，遇到了日番谷和亂菊的阻攔。失去卍解的日番谷，要用什麼辦法對抗巴茲比呢？

蒼都出現在巴茲比面前，打算用卍解．大紅蓮冰輪丸給日番谷最後一擊。其他隊士們也在各處面臨敵人的攻擊且屈居劣勢。就在這時候，在技術開發局的涅眉利接到浦原打來的電話。浦原以跟基路傑．奧比戰鬥獲得的情報為基礎，在虛圈尋找搶回被奪走的卍解的方法。浦原用天挺空羅對所有隊長和副隊長發出的通知，也傳到了正在和BG9對峙的碎蜂．大前田希千代耳裡…。

本來以為隊長們搶回卍解，局勢就會逆轉，卻因為星十字騎士團解放了滅卻師完聖體的力量，再度把死神們逼入絕境。以逆撫的力量占上風的平子真子，被班比艾特的爆擊擊中倒下後，全身穿戴盔甲的狛村左陣回來救他。另一邊，與京樂默默對峙的赫修懷特，為了破壞勢均力敵的戰況展開行動，伊勢七緒施展的術式確實阻止了他的攻擊，讓他對此讚譽有加…。

敵人不斷擊敗死神們，導致死傷者不斷增加，現在護廷十三隊的戰力已經下降到只剩三成左右。京樂作為總隊長向在各地的隊士們下達重振旗鼓的命令。另一方面，倒下的檜佐木修兵、斑目一角和綾瀨川弓親的位置，由六車拳西取而代之，與威武幪面俠進行戰鬥。然而，戰鬥的難度卻讓六車拳西感到相當吃力。鳳橋樓十郎也跟隨著一起趕到現場，默默觀察，但當檜佐木恢復意識時，他竭盡全力發出警告…。

一護結束在靈王宮的修行後，得知滅卻師早已發動進攻，立刻趕回瀞靈廷。一護在降落到瀞靈廷的過程中聯絡浦原，告訴他自己一定會想辦法。同一時間，赫修懷特帶雨龍來到銀架城的處刑場，無情地處死了失敗的蒼都和BG9，開始述說優哈巴哈是什麼樣的存在。另一邊，與艾斯．諾度對峙的瑠亞，在恐懼面前毫無畏懼地揮舞袖白雪…。

勇音和八智留在幫拳西他們治療的時候，遭到能把自己的身影以及與自己相關的事情從對方的記憶中消除的滅卻師桂尼葉襲擊。八智留和勇音一直反覆經歷與對方的初次見面，但八智留卻憑著本能和反射動作向對手報了一箭之仇，並拔出斬魄刀用始解開始攻擊對手。八智留的始解能力讓勇音感到吃驚，也把對手逼入絕境，但就在這時候，另一名敵人無聲無息地出現在結界內側…。

劍八打倒格萊密後馬上就被嘉蒂絲的雷擊擊中，敏妮娜、莉朵歌和姬茜也一起聯手攻擊特別標記戰力的劍八。在四人猛烈的攻擊下，四周被破壞，死神們也接連慘遭毒手。瑠亞和白哉察覺到劍八的靈壓出現變化的同時，感覺到一股熟悉的靈壓從天上逼近。彷彿等待著這股靈壓的主人出現一般，優哈巴哈也開始採取行動…。

一護等人知道優哈巴哈的目標是靈王宮後，想阻止他離開卻被雨龍擋了下來。一護早就知道身為死神的自己和身為滅卻師的雨龍遲早會分道揚鑣，但突如其來的再會依舊讓他感到動搖。他一邊告訴從虛圈趕來的織姬跟茶渡這件事，一邊回想和雨龍並肩作戰的過往，做出了一個決定。這時候，瑠亞和戀次正在與巴茲比對抗，而一角和弓親則在與姬茜對抗。在姬茜的呼喚之下出現的人是…。

一角和弓親與破面們聯手打倒了姬茜操控的殭屍，但姬茜派出的下一顆棋子居然是第十隊隊長日番谷。變成殭屍的日番谷對一角他們發動毫不留情的攻擊，兩人雙雙被打倒。日番谷轉頭要砍涅，涅卻若無其事地向日番谷提出藥物測試的要求。另一邊，白哉打倒羅拔等人之後，見到趕來會合的檜佐木，卻被他持刀揮砍…。

優哈巴哈帶著赫修懷特和雨龍踏上靈王宮表參道望著大內裏，前來迎接他們的是第零隊的修多羅千手丸，千手丸命令靈王之刃展開攻擊，從影子裡現身的尼佐讓靈王之刃的攻擊通通失效，修多羅依然面不改色…。另一邊，在舊第十二隊隊舍的地下，一護和織姬等人打算利用設置在那裡的炮台前往靈王宮時，岩鷲突然現身…。

優哈巴哈從假靈王宮設置的牢籠裡一個人逃脫，迎戰守在真正靈王宮的兵主部。兵主部揮舞著像巨大毛筆的斬魄刀，叫優哈巴哈不要隨便叫自己的名字，接著出現一隻巨大的手掌把優哈巴哈從參道上打飛出去。另一邊，在產褥之中，亞斯堅‧拿高瓦的能力讓王悅感到痛苦，麒麟寺則是和赫修懷特展開了激戰，而雨龍則負責對付修多羅……。

優哈巴哈利用聖別賦予被打倒的親衛隊力量，讓他們以完聖體的姿態重新站起來，修多羅與謝拉度、曳舟與柏爾達、麒麟寺與拿高瓦、王悅與里爾分別展開激烈戰鬥。在與親衛隊的激戰中，第零隊決定使出新的殺手鐧，強大的靈壓衝擊連屍魂界和現世都感受得到。優哈巴哈和兵主部的殊死戰進入最高潮，現在9年的力量已經到了盡頭。

圍繞著靈王，第零隊和優哈巴哈的親衛隊展開戰鬥，隨著戰況愈演愈烈，修多羅千手丸用麒麟寺、曳舟、二枚屋的命作為代價，解開血盟的封印，使出卍解「娑闥迦羅骸刺絡辻」，將包含雨龍在內的親衛隊隊員逼入絕境。另一邊，對抗優哈巴哈的兵主部一兵衛，也使出了「白筆一文字」，將優哈巴哈變成脆弱又不堪一擊的黑蟻。優哈巴哈和雨龍陷入困境，戰鬥的結果究竟會如何？

兵主部一兵衛把阻止優哈巴哈的使命託付給黑崎一護，一護和夥伴趕往靈王的宮殿，過完取回力量的9年，重新得到全知全能之力的優哈巴哈，從容不迫在那裡等著一護他們到來，一護手握雙刀，和斬月一起對抗優哈巴哈。希望能守護一切的一護，如今為了阻止優哈巴哈揮刀而戰。

為了救靈王，黑崎一護拔出插在靈王身上的劍，但他體內的滅卻師血脈卻引導他揮劍斬殺靈王。三界失去靈王後，浦原喜助等人雖然察覺到事態的嚴重性，當下卻束手無策。浮竹十四郎展開行動，說他要「成為靈王的替身」。同時，京樂春水為了解開危機，也前往真央地下大監獄。

浮竹解放寄宿在體內的獨眼大神力量，成為獨眼大神的替身，代替被優哈巴哈殺死的靈王阻止世界崩壞。優哈巴哈打算把靈王連同獨眼大神一起消滅，一護和同伴想阻止他，卻遭到雨龍射箭妨礙。一護質問雨龍做出這些事的理由，只換來雨龍空洞的回答和強烈的敵意。

優哈巴哈吸收靈王後，從他的體內溢出的「力量洪流」，變成漆黑的濁流襲捲瀞靈廷，掩埋大地的洪流是一群長得像巨大眼珠的人型物體，它們向滅卻師的敵人死神露出獠牙，護廷十三隊的隊士們奮力對抗，卻被不斷襲捲而來的力量一一吞沒，出現在陷入困境的死神面前的人，是前第五隊隊長，率領破面對抗死神的反叛罪人，藍染惣右介。京樂將藍染帶出監獄的目的究竟是什麼？

死神們試圖重建體制並反擊，但原本覆蓋在瀞靈廷的「看不見的帝國」的街道，卻像在嘲笑他們似的漸漸剝落，移往靈王宮。另一邊，一護與過去激烈交手過的固武助．積加捷克、尼莉艾路再會，隨後完現術者毒峰莉露加和雪緒也加入，一行人再次前往靈王宮，對優哈巴哈發動偷襲。

彷彿覆蓋靈王宮般，優哈巴哈將瀞靈廷移上來的街道重新組合，創造了「真世界城」，儘管受到衝擊，一護等人還是往城堡的方向移動，此時亞斯堅．拿高瓦出現了。另一頭，在難以用靈子製造立足點的情況下奔跑的京樂一行人，受到里爾．鮑路的「萬物貫穿」狙擊，戰力漸漸被削弱，但死神們還是沒有停下腳步，繼續前進。

更木劍八和涅眉利從第四枝街前往真世界城的途中，被柏爾達．班格思阻擋，面對擁有神祕未知戰鬥力的柏爾達，劍八打算從正面強行進攻，但砍下去不但沒有造成致命傷，還被柏爾達的能力直接影響，眉利冷靜分析這場戰鬥，對一連串意想不到的情況感到喜悅。

涅眉利用「金色疋殺地藏．魔胎伏印症體」吞噬柏爾達，在第四枝街放聲大笑，但疋殺地藏卻出現異狀。另一頭，感覺到眉利靈壓震動的浦原喜助和京樂春水，對此並不擔心，反而更擔心周圍的死神數量已經減少到連遠處的靈壓都感覺得到這件事，因此京樂採取行動，親自去當里爾．鮑路的對手。

里爾．鮑路變成滅卻師完聖體，以「神的制裁」發動攻擊，面對就算攻擊也毫髮無傷的里爾，京樂春水使出最後絕招，以卍解應戰。第四枝街這邊，涅合歡介入戰鬥，柏爾達不斷變形，即使用疋殺地藏也無法殺死他。從戰鬥中吸收情報進化的柏爾達，和不顧眉利的命令，自己思考成長，打算完成使命的合歡，戰鬥的結果將會如何？

應該被京樂春水擊敗的里爾‧鮑路，再次變成進化後的樣貌，為了制裁京樂繼續追殺他，受了重傷的京樂瀕臨絕境，快要失去意識和呼吸，此時伊勢七緒趕來叫醒他，要求京樂拿出她的斬魄刀。連同和服外套一起，京樂一直以來背負的事物，如今即將揭曉……。

死神和滅卻師在各處展開激烈戰鬥，巴茲比出現在真世界城的赫修懷特面前，兩人開始戰鬥。以「巴茲」和「雨果」的稱呼相識，朝著「最強的滅卻師」這個目標，不斷磨練實力的兩人，是從什麼時候開始分道揚鑣的？視線交會時，映照在彼此眼中的是……。

相信京樂開出了活路，急忙趕往真世界城正殿的死神們遇到謝拉度．韋基利的阻礙，謝拉度面對護廷十三隊的隊長和副隊長們的猛烈聯合攻擊屈居下風，但他的表情卻看似充滿餘裕，還說面臨危機時出現的奇蹟才是奇蹟。另一邊，拿高瓦讓一護他們陷入靈子中毒，此時四楓院夜一出現了。

赫修懷特打算在雨龍面前揭穿他的真假，煙霧迷漫中，一護他們宛如被吸引般來到兩人面前，被赫修懷特逼著證明自己不是叛徒的雨龍，朝一護射箭。雨龍加入「看不見的帝國」的真正意圖是什麼？不惜排除朋友，也要達成的目的又是什麼？雨龍在訣別之際所說的話，道出了一切。