【主线剧情】解决了横滨中华街的命案之后，小兰突然倒地不起，在发高烧的情况下想起过去碰到的命案。那是与新一去纽约时发生的事情，有希子带他们两人一起去看话剧，在剧场门口与明星莎朗汇合后，大家一起去参观开演前的舞台陈设，不想这时却发生了意外，盔甲服装从天花板上坠落，而其中一名女演员却无法躲避，危机时刻，小兰挺身而出。

【主线剧情】幸运的是两人都没有受伤，演出也能顺利进行。然而，就在大家惊讶于华丽的舞台和逼真的场景时，烟雾缭绕剧场内却发生了命案，死者是话剧的男主角，案发时，新一立刻跑到舞台上并在那里发现了手枪和空弹壳，之后又想起了出现在舞台上的红色瞄准线，但他却不认为凶手是从观众席杀人，反而肯定凶手当时就在舞台上，而嫌疑最大的就是和男主角纠缠不清的四名女演员。

【主线剧情】之后，新一又对舞台重新进行调查，并注意到了舞台的活动机关，如果利用这个的话凶手及其犯案手法都不难推断，他将事情的真相告诉有希子，由她揭穿凶手，然而，在凶手被警方带走前却说了一句让小兰很介意的话。案子结束后，小兰不小心弄丢了莎朗送给她的手帕，没想到两人找手帕的时候遇到了……

光彦暑假没有来做广播体操，柯南他们造访光彦家，得知光彦一早就出去一个人去野营。实在没有理由来解释光彦的单独行动。柯南他们一路上问过去，才知道光彦搭乘巴士与电车来到群马县的一个小站。而且似乎是进入了森林。柯南他们用追踪眼镜开路，却遇到了群马县的警察他们。柯南他们得知之前连续杀人犯沼渊己一郎也逃到这个森林中，不由得为光彦担心起来！

追踪光彦而来到群马县山中的柯南他们，得知一名连续杀人犯逃入了同一森林中。沿着小河走的光彦与推理中的柯南用侦探徽章呼叫他时，光彦被杀人犯逮着。哀告诉柯南沼渊原来是组织的成员。柯南正要告诉哀光彦来此的目的时，光彦的徽章声音迫近了。终于在众人找到光彦的时候惊讶的发现他和光彦在一起！原来两人都只是为了来看萤火虫。

电视台为了举办一场东西推理大对决，便邀请小五郎和服部一起来冲绳岛。之后大家与电视台的工作人员事先搭船到发现不明男尸与诡异文字的无人岛，考察完毕准备返回时，却在海滩上发现了被不明人士杀害的工作人员之一平良小姐，而在她的身旁还留下了一行让人不快的字句，就在服部和柯南进行推理时，送他们来的船只和船长也消失了踪影。

无法渡海，大家只能暂时待在镇长家的废弃别墅里，然而干坐在这里等救援还不如对这栋房子进行一番调查，于是 ，大家就分组行动，柯南和服部等人在一楼的房间里发现了镇长和他女儿的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然间，二楼传来惨叫，久米不知为何在看到镇长女儿的肖像油画后就变的很反常，这时，救援船赶来，可船上却只有一具船长的尸体和一行字句，事情变得越来越奇怪了。

和叶与小兰在厨房找食物的时候，柯南和服部也出现在那里，并且两人又在椅子下面发现了奇怪的名字，绞尽脑汁想要破解这些文字含义的柯南与服部两人却因为和叶无意中的一句话而茅塞顿开，虽然知道了凶手是谁，但却找不到决定性的证据，于是二人设下圈套让凶手自投罗网，一切都按计划进行，凶手果然有所行动，可他却不知道等待他的是两名侦探！

动画原创。参加网球比赛的柯南他们来到熊本县。市内观光的途中，园子捡到一部手机。手机的画面上是“想要遇见那个孩子”的短信。园子与小兰得到与园子同名女子的恋人的帮助，带着手机出现在咖啡店。小兰无意中听到两人的危险谈话被绑架，而在小兰打来的电话中柯南他们开始进行调查决心已定要组织这场谋杀！

动画原创。出席熊本网球大会的柯南他们，大会当日小兰被诱拐。柯南回想小兰电话中内容判断出小兰现在咋横滨并在获悉园子所拾到的手机中接收到的两条短信的内容后，知道内容来自仓库。在救出小兰之后众人发现立川的目的。颁奖典礼上立川果然当中刺杀成增先生。在来苑子的说服下，最终立川放下手中的刀，放弃了这种极端的复仇之路。

动画原创。小五郎、柯南和小兰接受工务店社长河井的款待，来到屋形船。河井包下了整艘船，加上另外一位客人山崎后，小船出港了。小船停在了米花港的中段位置，柯南他们一边欣赏着对岸的夜景与焰火，一边品尝美味佳肴；而河井与山崎则在船头钓鱼。热衷于钓鱼的山崎脱去衬衫，摆出跑步的姿势，赤脚握着钓鱼竿。。烟火大会第一部结束，夜空变黑的时候发现倒下的河井与山崎。河井尚有意识站起，而山崎则触电死亡。

动画原创。妃英理律师与号称美女检察官的九条对簿公堂，本案的被告入室盗窃被屋主发现，当他们扭打的时候，被告人不慎失手将屋主杀死，但九条却认为被告是蓄意谋杀，甚至想以强盗杀人的罪名让被告入罪，面对咄咄逼人的检察官，妃英理势必会陷入一场硬战。为帮助妃英理，柯南和小五郎前往案发现场重新调查，他们竟然在这里发现了一条关键线索。

动画原创。从现场调查回来以后，柯南已经知道了凶手的犯案手法并且还找到了决定性的证据，万事俱备，柯南用花言巧语让小五郎做了特别辩护人，开庭前柯南还在妃英理面前重现杀人手法。妃英理和九条的对战再度打响，柯南本想让小五郎自己发挥，可他却越帮越忙，于是，柯南以惯用手法将他麻醉，在法庭上揭露真凶。

动画原创。柯南和小兰跟着小五郎来到关门海峡，还在这里认识四个高中时代就是同学的年轻人，没想到第二天，他们的另外一名高中同学真尾被人发现横尸关门桥下，起初警方怀疑凶手就在与死者见过面的那四名同学中，然而他们都有不在场证明，侦讯过后四个人都摆脱了嫌疑，但柯南却发现了破绽。

动画原创。虽然他们四人都有不在场的证明，但警方和小五郎仍然对他们保持怀疑态度，并前去他们当时所在的唐户市场、唐户栈桥和海响馆逐一进行确认，就在小五郎自认为推理出整个案件时，野岛荣子却跑去警局自首，她将自己杀人的过程和动机一五一十的坦白，随后她的三位朋友赶到，为了友情他们又曾有何行动？真正杀死真尾的人真的是野岛荣子吗？

少年侦探队这次在阿笠博士的带领下欣赏精神队的游行队伍，没想到巧遇便衣执行任务的佐藤警官，因为警政厅收到一封反精神队球迷的警告传真，预言这场游行将有意外发生，所以警局才会派警员混进游行队伍进行调查，首先出事的是高木警官的车，之后，大家一起查看光彦在炸弹附近拍摄的影像，就在这时，又发生了一起爆炸事件。

爆炸接二连三的发生，必须要快点抓住歹徒，于是少年侦探队又仔细看了一遍录影带，然而依然没有任何收获，柯南不得不重新思考并试图去揣摩歹徒的心理，这时，他好像突然想到了什么便冲出警局直奔光彦当时拍摄时所站的邮筒，确定了自己的推测后，柯南让少年侦探队找到附近其他的邮筒，这起爆炸案到底和邮筒有什么关系？

动画原创。少年侦探队在调查连续闯空门事件的时候，一幢公寓里突然传出女声尖叫，原来这名叫细野的小姐在买回来的二手沙发里发现了一具女尸，警方怀疑是她就是凶手，但细野却有不在场的证明，这时，她的邻居德永先生刚好回来，他说昨天听到细野房中有争执的声音，为搜集更多线索，高木去了那家二手家具店调查，得知那个沙发其实是从细野家附近的垃圾堆捡到的，一切又回到原点，就在大家一筹莫展时，光彦说他知道谁是凶手……

佐藤警官回忆起了三年前发生的事情，当时她所在的搜查科来了一位叫松田阵平的警官，在目暮警官的要求下，她便常常和松田一起行动。某日，警局再次收到了连续三年都在这一天发来的传真，看过内容后，松田不由分说的赶去摩天轮，并在那里发现了炸弹，为给四年前因炸弹而死的朋友荻原研二报仇，他只身犯险，却不幸殉职。这时，柯南他们的声音打断了佐藤的回忆，一起吃饭的路上又遇到了高木和白鸟警官，岂料悲剧再度发生。

白鸟警官的车突然发生爆炸，所幸他并没有当场死亡而是被立马送去了医院，在他的手中，佐藤警官还发现一封和三年前相似风格的挑战书，为了寻找炸弹，警察在慌乱中展开调查，柯南也从佐藤警官那里得知了，这个爆炸狂与警察的渊源，七年前警察和两名歹徒产生了误会，而导致其中一人出车祸死亡，于是这名活下来的歹徒便安放炸弹报复警察。

少年侦探队为帮白鸟警官报仇，坚持留下来和警察一起进行破案，根据歹徒留下来的警告信，警方认为炸弹就安在红色的电车上，可是费尽力气找到的全都是用来混淆视听的假炸弹，如果找不到炸弹,住在东京区的1200万居民都将成为人质，柯南再次仔细琢磨这封警告信，发现歹徒所指的地方就是东都塔，并且那里也已经发生了一次小型爆炸。高木警官和柯南冲入东都塔，成功将困在电梯的女孩解救，但他们两人就没有那么幸运了，柯南发现装在炸弹上的水银汞柱已经启动！

因为歹徒在炸弹上装了窃听器，可以听到他们的一举一动，只要他们一逃走，歹徒就会马上引爆炸弹，于是，柯南建议将炸弹拆除，期间，他突然想起了关于另外一枚炸弹的线索，便和高木警官稍作商量，为正在窃听他们的歹徒演上一出戏，眼看炸弹上的时间一点点流逝，柯南和高木警官能否瞒过歹徒安全逃脱？而另一边，目暮警官在天桥上将爆炸狂逮捕，他是如何得知歹徒的位置，又是根据什么推断出另外一枚炸弹的位置呢？

小五郎受到一出推理剧的邀请负责前言部分的讲解，巧合的是他在这里与他的国中同学，当前的大明星雨城瑠璃再度重逢。片场的侦探演员风见良辉，总是恶语伤人，把每一个人都搞的很不愉快，于是，导演建议大家先休息三十分钟，此时正好下起了大雪，瑠璃邀请大家外出赏雪，可是没过一会儿，别墅内传出了瑠璃惊恐的尖叫，柯南等人急忙赶去，看到的却是倒在血泊里的风见，警方赶来后对波原霞、南云晓、南云伸晴和雨城瑠璃这四名最有嫌疑的人进行了搜查，然而却并未发现凶器。

为了找到凶器柯南再次返回案发现场进行调查，并要求重新查看嫌疑人的证物，这时，他注意到了贴在地板上的走位标记，并在这些胶带下面发现了棉花，这些线索无疑让他知道了凶器的位置以及凶手的犯案手法，正当他准备麻醉小五郎时，却发现麻醉针已经没有了，他只能直接给小五郎提供线索，没想到小五郎竟然单独找瑠璃谈话，难道他怀疑瑠璃，所以要劝她自首？

【主线剧情】毛利侦探事务所来了三个委托人。要求调查失踪的著名的系统工程师板仓，三人是不同游戏公司的职员，受板仓委托开发各自不同的软件。小五郎根据三人发来的邮件里的画像，找到了宾馆的房间，但是，和委托人一起去的时候发现板仓已经死亡。在柯南的提示之下暮目警官发现了板仓被绑的真相并判断此次事件为他杀事件！

【主线剧情】小五郎受委托调查游戏软件工程师板仓死亡。目暮警官断定是心脏病发作的杀人事件。小五郎怀疑三名委托人是嫌疑犯，但没有证据。柯南为了得到记录着黑色组织线索的被害者日记磁片，急于解决事件。但一直没有机会。而在案件调查方面最终在看到不自然的围棋盘之后柯南得知死者留下的死前讯息并指出了凶手的所在。

【主线剧情】柯南和阿笠博士从板仓的日记磁片中果然找到了他与黑暗组织接触过的线索，这让柯南兴奋不已，于是两人立马赶往板仓的别墅，企图找到板仓所开发的系统软体和黑衣组织发来的邮件，然而，让他们没想到的是，邮件竟然有密码，如果在一定时间内没有打开，邮件将自动删除，而这将引起黑衣组织的怀疑，这时，屋内的电话响起，从另一边传来沃克质疑的声音，柯南和阿笠博士该如何应对？

【主线剧情】如果电话一直没人接，黑暗组织必将有所行动，于是柯南拿起电话利用变声领结和沃克商量交易的时间和地点，将交易时间提前之后，阿笠博士和柯南立刻开车返回东京，不料车子居然爆胎，就在这时，路上驶来一辆车，搭上顺车的柯南发现车里的一男一女很是古怪，疑似新闻里所说的珠宝大盗，途中，他们还遇到了群马县警察临时检查，不过柯南并没有揭穿他们，难道柯南就这样让他们逃脱警方的追捕逍遥法外？

【主线剧情】眼看车子马上到达贤桥车站，但与黑色组织接触之前，柯南还要先处理一件事情，那就是揭穿车上的这两名珠宝大盗，将他们制服以后，柯南让阿笠博士报警，而自己则只身犯险进入车站，他将碟片和支票都放在储物柜里，自己躲在一边暗中观察，当沃克拆除碟片时，今恩出现，他看出了柯南想要收集他们指纹的目的并推断出他就在附近，于是便开始寻找，只听两人脚步渐渐逼近……

步美有个朋友答应送给她豪华的七段装饰人偶，因此步美约柯南等人来到此人家中。正巧同幢公寓里住的津曲水贵与古董鉴定师三重芳春也来到这户人家，希望主人能转让一幅价值数千万的壁画。女主人观野节子和继母弥生拒绝了2人的请求，但就在主人外出后，那幅壁画失窃了。在警方的调查下少年侦探团的各位发现了现场的些许的不自然的地方!

在听取了观野家主妇节子与她的婆婆弥生、以及事件前刚刚到访的津曲水贵和三重仿春4人的供词之后。柯南从女儿节人偶的排列方式上发现了事件的真相。在柯南的解说之下大家终于找到消失掉的卷轴。而藏起这个卷轴的正是老婆婆。她告诉众人这幅卷轴的由来以及自己为了孩子卖掉卷轴的事情。而诅咒的卷轴的谣言也最终不攻自破了。

动画原创。柯南、小兰、小五郎等到小天狗山远足，目击了在山顶管理事务所工作的平井高也从山崖上掉下来。他们急忙到崖下去看时，平井已经死亡。同事务所工作的近藤英一郎说本来应该是自己去的，为此泣不成声，警方打算按照事故处理，柯南却发现这不是突发事故而是一起杀人事件！而在调查之后柯南也发现了凶手的真实面目以及犯罪手法！

动画原创。小五郎受邀带着柯南与小兰造访知名画家早河静山的别墅。他的地址黑木次郎拜托小五郎激励自杀未遂的静山。次日，小五郎等留下静山和黑木去海边钓鱼，而佣人山本典子联系他们说静山留下手书失踪了。很快，在竹林中发现了静山的遗体。发觉自杀有可疑之处的柯南剖析事件真相发现他杀的证据和犯人的真实身份！