Ran, Conan y Kogoro van a un concurso de poemas que se celebra. Allí ocurre un asesinato y todas las pistas apuntan a un claro sospechoso. Pero Conan no está tan seguro de ello.

Tras la investigación se consigue saber la verdad sobre la muerte en el concurso.

Han robado en un templo de la ciudad y casualmente hay un terremoto y la campana golpea al ladrón y lo deja inconsciente. La liga juvenil de detectives está buscando casos y encuentran uno que trata de un robo e intento de homicidio en una casa, al final se soluciona el caso y el mismo ladrón del templo era el que robo en la casa.

Un extranjero es confundido con un personaje famoso, así que Conan y sus amigos lo ayudan, pero después este es secuestrado por unos falsos policías.

Conan y sus amigos, con la ayuda de la detective Sato y el detective Takagi logran atrapar a los secuestradores.

Kogoro y su familia van a un restaurante que está siendo sacudido una y otra vez por una construcción cercana, al salir del restaurante dejan al dueño solo pero al día siguiente lo encuentran muerto, todo apunta a un accidente pero Kogoro y Conan no creen que haya sido así.

Kogoro, Ran y Conan asisten a un festival donde se celebra la muerte de un guerrero samurái que mató a un tirano, esa misma noche el líder de una gran compañía es asesinado, el único testigo del criminal afirma haber visto al guerrero samurái cerca del lugar del crimen. Pero poco después, el hijo mayor también es hallado muerto con la armadura colocada. ¿Será el guerrero el asesino?

Conan desvelara el misterio oculto tras la leyenda del samurái.

Dos misterios que ocurren en Osaka cuando Heiji invita a Conan y los demás a un torneo de Kendo. Primeramente, uno relacionado con unos luchadores de Kendo de un campeonato de Hattori y otro envuelto en la historia del legendario Hideoshi Toyotomi.

Kisaki Mouri defenderá al principal sospechoso de un crimen, y para esto le pedirá ayuda a Kogoro porque él fue testigo de la coartada de su cliente, pero la parte acusadora utilizara a Kogoro para su propio beneficio.

Cuando el cliente está a punto de ser declarado culpable, Conan investiga el caso y descubre al verdadero asesino, así que volverá a dormir a Kogoro para resolver el caso.

Ran, Sonoko, Kogoro y Conan van a una casa en lo alto de una montaña donde se prepara el mejor chocolate de San Valentín. Conan intenta averiguar para quien es el chocolate de Ran, pero ocurre un asesinato.

En el chocolate de Ran no hay nada escrito, lo que hace que el pequeño se ponga algo triste. Pero en ese justo momento descubrirá cuál fue el truco del asesino ¿Quién es el hombre que los espía?

Tras descubrir quién era el extraño hombre y resolver el asesinato, Conan ve cómo Ran llora el día de San Valentín porque no puede darle su chocolate a Shinichi. ¿Qué hará esta vez el joven detective?

Un hombre buscará a Kogoro para que encuentre un reloj que perdió en su casa, al rechazar la propuesta, la liga juvenil de detectives tomará el caso y mientras buscan el reloj, una mujer que le fue a cobrar al hombre que perdió el reloj es asesinada. Conan descubre que Kogoro está siendo investigado y que podrían ser los hombres de negro.

Conan logra descubrir el truco que uso el asesino, e ira corriendo a casa de Ran para ver como están y se llevara una sorpresa.

Ran, Sonoko, Conan y Jodie van a una cafetería donde ocurre un asesinato, mientras Conan intenta resolver el misterio, Ran se empeña en encontrar cual es el significado de la X.

Tras mucho indagar, Takagi le cuenta a Ran el significado de la X y después de que el caso sea resuelto, la chica manda un mensaje a Shinichi, terminado en "XXX".

Ayumi empieza a frecuentar a una abuela que cuida de los gatos en el parque, esta mujer recibe unas amenazas por parte de un hombre que acusa a uno de los gatos de hacer desmanes en su auto. Al día siguiente cuando Ayumi y sus amigos van a ver a la abuela, se dan con la sorpresa que ha desaparecido y todo apunta a que fue secuestrada.

Mientras Ran asiste al médico, Kogoro y Conan se encuentran con un hombre que afirma que su casa esta embrujada, así que ellos irán a investigar a pesar de la oposición de Ran. Ya en la casa embrujada, Ran vera como la televisión se enciende sola, Kogoro vera sangre en el baño y por último todos verán la sombra de un fantasma. Conan sospecha que todo eso es parte de un truco.

Conan descubrirá la verdad sobre la casa embrujada, y resolverá el caso con la ayuda de Kogoro.

El detective Takagi ha perdido su placa, así que mientras la busca los detectives juveniles lo ayudaran. En ese momento aparecerá un hombre sospechoso que buscara que el detective centre su atención en él, Conan sospechara que este hombre sospechoso está buscando una coartada.

Mientras está con el profesor, Conan recuerda su último encuentro con los hombre de negro. Deduce que, además de Pisco, otro miembro de la Organización estuvo en la fiesta del hotel y señala a la actriz Chis Vineyard como sospechosa. Heiji llega a Tokio para ayudar a Conan con el caso. Heiji sospecha de la profesora Jodie de ser miembro de la Organización y deciden visitarla en su departamento. Descubren que su nombre completo es Jodie Saintemillion. Cuando Jodie acuerda salir con Conan y Heiji, el hombre que vive al lado de Jodie cae muerto, mientras ellos están afuera. Cuando llega la policía, parece que fue un suicidio, pero Conan y Heiji piensan diferente.

Heiji anula la teoría del suicidio, al mostrar que el hombre que cayó de su apartamento intentó agarrarse de la cortina para salvar su vida. Conan muestra que los muebles de la habitación fueron cambiados. Cuando Conan y Heiji se despiden, coinciden en que Jodie es una persona sospechosa, pero creen que es demasiado pensar el hecho de que es Vermouth. Al final se muestra a Jodie, quien ya conocía a Heiji, y con fotos de Kudo durante el tiempo que volvió a su antiguo cuerpo.

Después de ver un partido de fútbol, Conan y sus amigos se dirigirán a tomar el metro, mientras viajan un hincha será asesinado y Conan descubrirá a solo 3 sospechosos.

Conan con la ayuda del doctor Agasa descubrirá al verdadero asesino, y a la vez dará ánimo a Haibara para que siga adelante.

Mitsuhiko, Genta y Ayumi serán testigos de un asesinato y le pedirán ayuda a Conan para atrapar al asesino.

El presidente de una compañía invitara a Kogoro y su familia para que pasen la noche en su casa, ya que tiene una pequeña reunión por el aniversario de su compañía, pero al día siguiente la sirvienta encontrara al presidente muerto.

Kogoro empezará deduciendo el método que utilizó el asesino, pero al fallar Conan tendrá que hacer su trabajo, como casi siempre.

Ran, Kogoro y Conan van a un restaurante chino a comer y allí se encuentran con unos hombres que quieren contratar a Ran para su próxima película. Sin embargo ocurre un asesinato y, por si fuera poco, Conan se da cuenta de que algo le ocurre a Ran.

Se resuelve el asesinato, pero Ran tiene mucha fiebre y acaba desmayándose.