El tío de Sonoko vuelve a la carga con un desafío para todos, una caja con numerosas trampas y una joya de incalculable valor dentro. Las mejores mentes se congregan para intentar abrirla, y un inesperado invitado aparece.

Kid anuncia que ha robado ya la joya del interior de la caja.

Una nueva profesora es presentada en la clase de la liga juvenil de detectives. Mientras que van al patio a jugar, la profesora trata de ayudar con las tareas del campo de juego y de repente un misterio del pasado es traído de vuelta al presente. Los chicos tratarán de resolver un código en el que las apariencias engañan, justo como la profesora, y descubrir lo acontecido hace diez años.

La liga juvenil de detectives es incapaz de resolver el código, incluso Conan falla al intentarlo. Antes de que se rindan por completo, el pequeño detective tiene una revelación gracias a la pista de Haibara.

Kogoro recibe una interesante petición de un tal Kurataya Komakichi, y junto a Ran y Conan se dirigen a Yamaguchi. Allí, Kogoro se encuentra con una agradable reportera que le brinda un tour por la zona, y de repente el gran detective es acusado de un crimen que no cometió.

La reportera Natsume es secuestrada y todo parece apuntar a la misma persona que cometió el otro crimen. El secuestrador no parará ahí e intentará ir a por la vida de Kogoro.

Kogoro, Ran y Conan van a cenar a un restaurante, pero al llegar al lugar, una mesa vacía con platos servidos los hace sospechar de que algo no está bien.

Kogoro va caminando por la calle y su boleto de apuestas en la carrera de caballos es intercambiado, obteniendo un boleto ganador. Aprovechando la situación, va junto con Ran y Conan a un restaurante de sushi a celebrar, donde conocen a un peculiar cocinero. De repente, entra una mujer reclamando que uno de los clientes le ha robado su boleto ganador.

La mujer que reclama su boleto dice que el culpable tiene una herida en su ojo porque ella lo golpeó en el tren cuando le estaban robando su boleto, el chef del restaurante tiene un ojo vendado, pero además parece ser un maníaco de los detectives y compite con Kogoro en la deducción acerca de cual de los clientes tiene 1 millón de yenes en metálico. Conan sospechará acerca de la relación entre el chef llamado Wakita y Rum debido a la herida de su ojo.

La liga de detectives organiza una función teatral y debido a un pequeño accidente de Rumi, van al edificio donde vive la profesora. En ese lugar, se ven envueltos en un nuevo caso.

La liga juvenil de detectives resolverán el caso, pero a Conan le quedan más dudas que respuestas.

En el Poirot, el pastel especial de Amuro se está derritiendo, pero no se sabe el motivo de esto. La liga juvenil de detectives comienza a investigar y Amuro por otra parte trata también de encontrar una solución.

Una mujer va a visitar a su amiga a su departamento, pero cuando llega, la encuentra apuñalada con un cuchillo ensangrentado. Cuando esta trae a Kogoro y a Conan a la escena del crimen, el cuerpo ha desaparecido.

Kogoro y Conan empiezan a investigar un caso de amenaza telefónica, pero los sospechosos son extraños y hay cosas que parecen no encajar.

Ran trata de convencer a Kogoro para que invite a su madre a una cita en el cine. Sin embargo, pronto recibirá un mensaje de Eri diciendo que ha sido secuestrada. La cosa se complica cuando los secuestradores se dan cuenta de que la abogada mandó el mensaje con el móvil de uno de ellos e intentarán sabotear su plan.

Conan con la ayuda de un especialmente preocupado Kogoro descubrirán cuales son los verdaderos mensajes de la madre de Ran y se pondrán a buscar el lugar dónde la Asociación de Víctima de la Abogada Eri Kisaki la tiene retenida.

Kogoro, Ran y Conan se encuentran en una cafetería, cuando escuchan a dos hombres discutir. Más tarde, se ven envueltos en la investigación de un crimen que involucra a ambos hombres.

El profesor Agasa y la liga juvenil de detectives se encuentran en un parque jugando fútbol. Cuando Genta va a buscar el balón a una casa vecina, puede ver desde la ventana a un hombre apuñalado en un sillón. Cuando Conan entra al lugar para investigar, se encuentra con una situación aún más inesperada.

Una niña pequeña presencia un asesinato en un callejón. Los asesinos llevaban dos máscaras de superhéroes y asustaron a la niña. 7 años después, un humorista de un famoso dúo aparece muerto con una carta de un superhéroe al lado. Su pareja morirá en la casa donde se encuentran Kogoro, Ran y Conan con una carta idéntica de otro justiciero.

La investigación continúa para averiguar la relación entre el asesinato de hace 7 años y los cometidos ahora.

Kogoro es llamado para hacer el saque de honor de la J-League. Conan se verá envuelto en crímenes relacionados con el juego ilegal además deberá encontrar al culpable de que Kogoro no pudiera realizar su preciado saque de honor por culpa de una indisposición.

Ran lleva a su padre y a Conan a un parque de Tokio con un peculiar detalle, un viejo molino de agua que antes irrigaba el arroz y que ahora sirve para hacer hielo. Durante un paseo por el parque, unos estudiantes identifican a Kogoro y comienzan a hacerse selfies con el detective, pero la diversión durará poco pues ocurrirá un desagradable incidente.

Los niños se van de camping con su nueva profesora, ahí conocerán a un grupo de estudiantes que forman parte del club de baloncesto de su universidad. Esa misma noche, una de las tiendas de campaña arde con uno de los jugadores de baloncesto en su interior. La sorpresa llegará a Conan cuando descubra que en la tienda de al lado de la suya, se alojaba el superintendente Kuroda.

El inspector Yuminaga llega a la escena y comienza a investigar el caso con ayuda de Kuroda y la liga juvenil, pero Haibara tiene miedo de que Rum esté más cerca de lo que ella cree.

Megure pide ayuda a Kogoro con un caso, un hombre es sospechoso de haber asesinado a su tío, una vecina asegura que le vio saliendo de la casa de su tío en el momento del asesinato. Las dudas de Megure son debidas a que el sospechoso también está acusado de robar a una mujer lejos de ahí, en el mismo momento del asesinato de su tío.

Una llamada del detective Takagi deja en shock a nuestros protagonistas porque Conan se ha convertido en un testigo indirecto de un crimen, pues la víctima estaba acabando un cuadro en el que dibujaba a la liga juvenil de detectives mientras estaban jugando en un lago.

Conan es secuestrado en mitad de la resolución de un caso mientras hacía de Kogoro el durmiente.

Uno de los compradores privados aparece muerto y de nuevo el secuestrador de Conan parece el sospechoso. Conan intentará ayudar al hombre que lo tiene como rehén.

Luego de aburrirse de ver el estrellado cielo, Sonoko echa un vistazo a los alrededores y divisa la mano de lo que podría ser un cadáver. Después de mucho buscar el cuerpo junto a Conan y Ran no logran encontrarlo.

Conan y Ran visitan el Gimnasio Tōto para alentar a Heiji, quien está participando en un torneo de kendo. Al parecer, él quiere ganar el primer puesto y así poder decirle "algo" a Kazuha. Sin embargo, cuando Conan y Ran van al baño antes de ir a almorzar, se encuentran con un asesinato y con un chico idéntico a Shinichi.

Heiji ayudará a un celoso Conan a resolver el caso. Hay un testigo presencial, el problema es que es ciego y no pudo ver al asesino.

La liga juvenil de detectives van a recoger anguilas. Una vez ahí, Genta se separa del resto del grupo y es secuestrado por dos hombres en una furgoneta. El profesor y los niños se encuentran en ese momento con el coche patrulla de Yumi y Naeko. Comenzará una trepidante persecución gracias a las gafas rastreadoras de Conan.

Ran está demasiado contenta últimamente, por lo que Kogoro y Conan deciden seguirla creyendo uno que ha quedado con Shinichi, y el otro sabiendo que eso es imposible, cree que ha podido quedar con Okita. Al final el café donde acaban tras seguir a Ran es el escenario de un crimen.

Conan deberá resolver el crimen del camarero muerto con la ayuda de Sera, sin embargo su cabeza estará también en intentar descubrir el secreto de Ran.

El coche de Kogoro se estropea en mitad de la carretera y un grupo se ofrece a remolcarlos. Cuando el grupo regresa a la furgoneta encuentran al profesor estrangulado por la correa de su teléfono mientras dormía.

Una banda de falsificadores de billetes lleva años en Italia para huir de la justicia japonesa, sin embargo la líder de la mafia podría estar todavía en Tokio. Los niños son los testigos del crimen de la propia jefa de los falsificadores. Al final la liga juvenil de detectives sin Conan perseguirá a la mujer pero la situación dará un vuelco cuando acaben todos en un callejón sin salida.

La liga juvenil de detectives observa a un extraño hombre salir corriendo de un edificio en construcción, deciden entrar y descubren un cadáver. Después de llamar a la policía, la investigación concluye en que la víctima estaba chantajeando a 10 personas distintas.

Sonoko, Ran y Conan son invitados a un campo de mandarinas donde son tratados de forma muy hospitalaria. Esa misma tarde, los protagonistas son testigos de la mortal caída del jefe de la familia.

Conan pide desesperadamente a Haibara que le de de nuevo el antídoto del APTX 4869, a lo que la niña se niega. Cuando Haibara pierde su colgante del móvil, al cual quiere muchísimo. Conan y la liga juvenil de detectives buscarán a fondo su colgante, aunque el pequeño detective tenga su propia razón para hacerlo.

Tooru Amuro se une a la investigación sobre el colgante y también su ayudante Yuya Kazami y se darán cuenta de que un hombre desconocido les está siguiendo.