动画原创。柯南，小兰与小五郎秋季去松江旅行时结识了大阪来的和歌团的5名成员。5人分别是文学家，牙医，和果子店主，图书管职员，投资家。这是一个连句爱好者的聚会。连句爱好者的各位因为抽签决定了每人所要吟咏的地方而分头行动。第二天，投资家被杀害的尸体在松江城发现，而剩下的成员全对投资家心怀恨意。

动画原创。小五郎继续参加预定开始的连句会。句会中八木泽因现场遗落的自己的物品而作为嫌疑犯被捕。联句中柯南发现连句中隐藏的信息，推理出犯人但最终“沉睡的小五郎”揭穿犯人的不在场证明。原来犯人在连句的时候变写下了挑衅的“自白”连句。而不在场证据也因为隐藏在灌木丛下的摄像机而失效。而证据便是犯人的鞋子。

动画原创。深夜大地震，帝丹神社的秦钱被落下的钟压下而死亡。次日早晨开始调查，但是事情好象并不那么简单。柯南他们开始在镇子内搜索。发现死者房间中头部留出的血沾染的竹杆。可能是地震之后回房时遭遇不测。在高木警官即将放弃的时刻受到柯南假扮的暮目警官的鼓励重新振作起来查案。经过分下调查高木警官揭开了事情的真相。

【主线剧情】柯南，阿笠博士与少年侦探团在看马戏的归途中，遇上被媒体错认为霍克的的外国老人詹姆斯。柯南巧妙的解围。作为报答，詹姆斯请柯南他们吃东西，然而他去停车场却长时间没有回来。原来詹姆斯被冒充警察的一伙绑架，而这群人也把詹姆斯误认为霍克，詹姆斯陷入危机之中。另一方面詹姆

斯留下了自己被绑架的信息P&D柯南是否能够解开呢？

【主线剧情】为了救被绑架的詹姆斯，少年侦探团努力推理他留下的“P&A”的意思。步美把自己的侦探徽章留在了詹姆斯那里使众人得到了詹姆斯的锁在位置。他们还得到了佐藤警官等的帮助，向犯人发起追击。而经过推理，柯南领会到詹姆斯信息原来指的是自己被绑架到假冒的警车之中。而为了确保詹姆斯的安全，柯南众人采取了非常的营救手段。

动画原创。柯南，小兰与小五郎去花乱亭餐厅用餐。邻近餐厅的大厦正好在进行拆卸，所以感觉的到震动。然而，店主花冈与妻子礼子之间不对劲的气氛。柯南他们又看见花冈为炊事与和田在争论。当晚，喜欢钓鱼的花冈在制作钓鱼工具的时候死亡。经过调查柯南推理出了凶手的真实身份。同时告诉罪犯花冈其实从来没有忘记过爱这样一个残忍的事实。

动画原创。柯南，小兰与小五郎向着温泉的途中，在遭苛政君主杀害的战国武将冲滑秀友的墓前祭祀时。正巧结识了住在这里的一户人家。还听说了关于秀友铠甲的诅咒的传闻。接着那天夜里。也正是秀友500年祭日的那晚，还知道了当天也是这家人家中的父亲因工厂倒闭即而自杀，即这个铠甲原来的主人的祭日。

动画原创。柯南，小兰与小五郎遇上悲剧而死的战国武将冲滑秀友传说诅咒的密室杀人事件。大门工业的社长大门源一郎与长子一树在各自的房间遇害。雪上还残留着武将的足迹。一树的遗体还穿着冲滑秀友的铠甲。小五郎在对一树与源一郎自杀推理的同时，柯南则在思考真正的凶手。在查看了炉子里残留品之后确定了凶手的身份！

服部在参加剑道比赛的时候，竟然发生了命案，死者是大学生剑道选手垂见，然而奇怪的是，尸体不知道被什么人从第二会馆仓库搬到了游泳池的更衣室，为了赶在柯南等人到达大阪之前破案，服部匆忙离开比赛会场展开调查，虽然与垂见同队的面谷、胴口、小手川和袴田嫌疑最大，但却找不到有力的证据也无法解释尸体如何移动，就在服部着急破案之时，服部的劲敌冲田上场连连击败他的队友。

为找寻更多的线索，服部向胴口询问起袴田与垂见之间的恩怨，不想他却避而不答反而找来袴田教训服部，之后他又遇到了当时在二馆外的学生，据目击人说所，案发时他们曾看到一个头戴面具，身背护具袋的人进出这里，听到这些证词之后，服部终于知道了凶手是谁以及他所使用的手法，而此时，柯南等人也赶到了比赛会场，听了警察对案情的描述之后，柯南急忙赶往服部所在的二馆仓库，却发现服部早已将凶手制服。

和叶与服部带小兰他们游大阪的时候遇到了一个特殊的旅行团，他们都是丰臣秀吉的崇拜者，因此在团队中大家都扮演不同的角色，但柯南等人却惟独没有见到“丰臣秀吉”。然而没过多久，有个人满身是火的从天守阁上坠落死亡，而此人正是旅行团中的“丰臣秀吉”，服部和柯南在尸体周围找到了碎片和一个卷轴，这时，和叶说这和十三年前发生的焦尸案一样，虽然没有什么头绪，但柯南和服部断定这一定和丰臣秀吉的宝藏有关。

就在柯南和服部调查时，小兰与和叶又亲眼目睹了一起命案的发生，死者是旅行团中的片桐，服部刚想要仔细调查，就被自己的老爸教训一番，可这反而激起了服部想要调查真相的欲望，柯南和服部根据手头的线索和嫌疑人的供词，推断出了凶手，于是两人暗中尾随糟屋到一个破旧的工厂，然而螳螂捕蝉黄雀在后，柯南被不明人士挟持，这些人到底是谁？服部能顺利找到凶手吗？

动画原创。小兰的母亲妃英理为一起杀人事件的被告作辩护。担当公诉人的女士是把英理视为对手的九条玲子。宇佐美坚持杀人事件发生时什么都不记得了。英理等人到宇佐美前妻经营的酒店去调查。小五郎说事件发生时宇佐美也在店里，但英里以醉酒为理由对此抱有怀疑的态度。而在柯南的分析下英里发现40分钟的空白时间。最终小五郎是否会出庭作证呢？

动画原创。宇佐美过去曾杀害过被害者的孩子。而喝醉酒的宇佐美对事件记忆不清，这样为案件辩护的英理看来没有胜望。小五郎虽是想证明宇佐美的不在场证明，却作为检察官方面的证人出庭。对疑点怀有疑问的柯南让小五郎作为辩护方证人再次出庭，进行了新的推理最终指出了犯人的真实身份。美真治的嫌疑终被洗清。

柯南和小兰一行人受到园子的邀请，来到山里的度假小屋吹度山庄制作巧克力，正巧碰到了准备进入森林寻找日本野狼的新闻记者二垣，但到了飘雪的时候他还没有回来，柯南和旅店的其他客人一起进入森林去寻找，然而找到的却是陈尸雪地的二垣的尸体，他脸上的血迹被人擦掉，太阳眼镜也被调整过，更奇怪的是在他的身旁还放置了亚子的巧克力。

返回旅店后，小五郎立马给警方打电话，可是雪崩将隧道掩埋，警方无法及时赶来，因此旅店里的所有人都参与到了推理当中，店里有旅客说自己曾在树林里看到了一个头戴针织帽的可疑男子，之后，实果从二垣的相机中洗出了一张带有黑影的照片，大家又一起观看了二垣死亡前一天所拍的视频，却并未发现任何古怪，这时，柯南注意到了旅店里的小狗三郎并从它的身上发现了线索。

柯南得知了整个案件的真相之后，将小五郎麻醉并把旅店的所有人都叫到厨房，他首先请出了这起案件的关键——三郎，就在大家疑惑时，屋子里又出现了一只和三郎一样的狗，柯南道出了连老板娘都不知道的隐情……解释清楚三郎的事情后，接下来就是戳穿凶手，揭示真相的时刻，凶手根本就不是森林里带黑色针织帽子的男子，相反的她就在这间旅店中，没错，凶手就是……

【主线剧情】一个名叫护田的男子来到毛利侦探事务所。说是要找亡妻的手表，但当他听到毛利小五郎的名字时又打算逃走，此时少年侦探团的各位自告奋勇接受委托。在寻找亡妻的手表的过程中护田的房东出月在房间里看电影。突然在那个房间传来有东西破碎的声音后出月竟然被花瓶砸死！看似是外部作案的现场却遗留了众多的疑点。

【主线剧情】柯南众人手表虽然找到了，但在护田家看MP4电影的出月被杀害了。柯南确信护田就是凶手，在调查了录影带机附近之后终于找到犯人利用录影带机而用花瓶砸晕出月的事实。而与此同时警局内有关毛利的卷宗全部被翻阅过的事实让柯南惊觉自己是不是被黑衣人组织再次盯上了。在解决时间之后柯南匆忙回到事务所发现屋内空无一人原来只是虚惊一场。

【主线剧情】小兰在英语课上开小差后被老师朱蒂发现，看到了『×』的标记，但却不知其意。放学后，园子同朱蒂与柯南一起去咖啡店。突然大厦内停电，咖啡店边的电梯发现男性的尸体。是谁被杀了，而在死者随身带着的资料带上有用血书写的『○×△』又有什么意思？是被害者留下的暗示吗，柯南发现死亡信息的不同之处，是否解开了死亡信息的谜题？

【主线剧情】在电梯边被杀的中条写下暗号『○×△』。还有一个文字是在杀害现场的电梯踏板边的『□』。柯南从英语老师朱蒂的话中得到启发，在调查死者的工作场所之后发现碎纸机的存在从而推理出死亡信息的真实意义。原来死亡信息很像是文字的部分，像记号般的文字。而在对照目暮警官拿着嫌疑犯的名单之后很快找到了凶手！

动画原创。在公园与照顾猫的老奶奶大森静结识的柯南他们，次日按约定来帮忙。但是，静没有出现，好象从前天起就没回过公寓的样子。为此担心的柯南他们由于静打理家务的女仆人的阻扰而没能进静的家得到线索。就在一愁莫展之时，带着老婆婆丝巾的猫布鲁斯出现在柯南他们面前。柯南推断出婆婆肯能被他人绑架，少年侦探团开始解救婆婆的任务！

柯南在新出医院遇到的老先生说了一段让人匪夷所思的鬼怪理论，为了探求真相，柯南等人来到了这栋有鬼出没的公寓，在其旁边还有一栋因人自杀而停工的公寓，正前方的公园也曾现过一具女性的焦尸，这些传闻听着就叫人毛骨悚然。当晚，大家在老先生的房中等鬼出现时，却不知不觉都睡着了，恍惚中，电视自己打开并出现了恐怖画面，而马桶的水也突然变成红色，窗外还出现了鬼影，难道这栋公寓真的有鬼？如果这一切都是人为，那么他又有什么目的呢？？

为调查鬼屋真相搜集更多的线索，柯南和小五郎一起对这栋公寓的其他三位住户进行询问，四谷和番町的房间里都摆满了各种恐怖碟片以及会发光的鬼怪塑像，而另一位叫牡丹的研究生则是名绝对的无神论者，调查期间，总有飞蛾围绕在他们身边，这让柯南灵光一现，没错，这些恐怖现象确实是人为的，并且这还与四年前那具死在公园里的女性焦尸相关，而凶手就是他！

动画原创。柯南他们与正在公园找寻东西的高木刑事相遇。原来他在这里调解吵架后，不小心把遗失了警察手册。高木刑事调解的当事人之一是无名的歌手半崎，好象就住在公园附近。柯南他们分头找寻半崎，却不见他人影。正要放弃时半崎在公园里出现。柯南众人发现半崎的疑点，在侦查推理之后众人救下了显遭杀害的杉山。高木也找回了自己的警察手册。

【主线剧情】警察局的小五郎案件调查被盗。迷般的黑色神秘组织也许就在附近。柯南怀疑杯户市酒店也许还有皮斯克的同伴，收集情报的美国女演员克丽丝。同时柯南与平次为刺探可疑的外国女性、英语教师朱蒂的情报，一起去朱蒂的家里。就在这时从公寓上有名男性坠楼。就在暮目警官准备以自杀事件结案的时候平次指出了他杀的证据。

【主线剧情】怀疑小兰的高中英语教师朱蒂是黑衣组织的成员而拜访公寓的服部平次与柯南，遇上朱蒂隔壁房间的主人高井坠楼摔死的案件。确信密室状态的卧室从窗户坠落的高井不是自杀而是他杀的两人，在卧室调查中的平次接到和叶从大版打来的电话而明白犯罪手段的平次加上高井留下的证据。两人向目暮警官建议在卧室重现案发。

【含主线信息】柯南与少年侦探团与阿笠博士去看足球比赛。在归途中，遇见在看电视转播其他比赛的赤野，他毒骂比赛中转会而遭观众嘘声的选手。赤野是上了看球黑名单恶名昭著的狂热不良分子。然而这个赤野在支持者混杂的电车内被杀害了。在柯南等各位少年侦探团的帮助下警察很快排查出了主要的嫌疑人。而就在此时灰原却默默的走离人群？

在柯南与少年侦探团的孩子们及阿笠博士看比赛归途的电车内，支持者赤野被杀。犯人确定在3个人之中。却没有决定性的线索。柯南从哀收看的比赛转播中得到提示，看穿了犯人的谎言。并揭穿了犯人其实没有看比赛只是通过广播收听比赛过程的谎言。而犯人也道出了为被赤野杀掉的弟弟报仇的动机。而此时柯南发现灰原远离人群，追过去后只看到列车奔驰而去？

动画原创。元太、光彦、步美目击杀人事件。3人看见犯人要乘坐轻型卡车逃走，便潜入卡车跟踪并听见挖掘洞穴及埋东西的声音。次日，柯南与小五郎造访卡车的所有方的仓田运输，开始调查。在调查之后众人并没有找到可疑的地方，之后柯南提议首先找到凶手隐藏尸体的地方，在不断的寻找之后少年侦探团的各位终于找到藏尸的地方而正在这时凶手出现，在众人的齐心努力下，凶手终于被制服。

动画原创。柯南、小兰与小五郎因车子没油了，得到木山家具社长马岛的款待。社长家的宅院每天会流三次水的组合石庭。在去客厅的途中众人偶遇马岛与下属发生冲突的一面。这天木山家具为了纪念1号店，聚集了众多相关者开宴会。而从设计石庭的前社长的儿子、木山智则开始，出席者仿佛都记恨马岛。清晨突然发现马岛社长死在了石庭的中央！

动画原创。在木山家具社长马鸟宅留宿的柯南他们，在他自傲的石庭中部发现横躺着的被绞杀的马岛社长。犯人恐怕在出席晚餐的4人中。但是，如何不留足迹将尸体运到庭院中部？此时小五郎说他已经明白了，但实验失败，理论不成立。在调查了摄影展招待卷后柯南推理出犯人的正式身份和犯罪手法来。在不容质疑的证据面前凶手最终坦白了罪行。

【主线剧情】带着小兰抽到的一张餐饮招待券，柯南一行人来到中华街的一家餐厅，并在那里与刚结识的几名电影相关人士同一桌吃饭，只是没有想到坐在柯南旁边的川端突然毒发身亡，之后，警方介入调查但并未从川端的衣物上检查出毒物反应，反而从他使用的盘子和毛巾上测出毒物，警官便因此怀疑坐在死者身边的小五郎。而另一边，身体不适的小兰也不知所为何事而心事重重。

【主线剧情】就在警方和小五郎集中精力思考凶手是如何调换毛巾时，柯南却重返饭桌，回忆当时自己为拿酱油和辣油转旋转桌面时的场景，这时他突然想到或许凶手根本就不是用有毒毛巾杀人的可能，在向鉴识人员确认了自己的想法后，凶手浮出水面，他让所有人都按照案发时的位置做好，并重现当时的场景，而凶手却在不知不觉间自己露出了马脚。