动画原创。少年侦探团不小心将棒球打到隔壁别墅的院子里，捡棒球的时候却被别墅的主人绵贯义一赶了出来，在回到侦探事务所的路上，大家碰到一个跟假面超人里鼹鼠星人很像幸田正夫先生，他说他妹妹一个月前突然下落不明，一定是被绵贯杀掉埋在院子里，待他离开后。少年侦探团偷偷溜进院子挖尸体，这时，珠宝店发生抢劫案，凶手正是幸田正夫，他的目的到底是什么。

动画原创。原来幸田把从宝石店里偷来的宝石分散埋在了绵贯家的院子里，而警察追过来时幸田称宝石被埋到了院子里而警方则不得不挖开整个院子。但警察在挖掘后并没有发现尸体。少年侦探团的各位在调查了绵贯家附近之后发现了绵贯杀害早苗的事实和藏尸的地点。在少年侦探团们的的指引下警方最终找到了早苗的遗体，而遗落的大波斯菊的种子最终说明了早苗锁在的地点。

动画原创。少年侦探团因成功抓捕强盗而大出风头，某日，大家一起外出的时候，步美被一辆急驶而过的红色轿车撞伤，柯南用滑板载着光彦和元太一起去追肇事车辆，奇怪的是，每到转角车子都会停下来，好像故意等他们一样，当柯南等人追到石仓工厂时，车子不见踪影，之后，车子有突然出现并一路驶向警察局，没过得多久，柯南等人得知石仓工厂发生了命案……

动画原创。小兰到上森老师的烹饪教室去上课，菜做到一半屋里突然停电，这时，烹饪老师上森美智却不知道被什么人刺伤了背部之后身亡，这名凶手利用绳子和冰块早就事先制造了一个会自动断电的装置，调查结果还发现，凶手从外部进入屋内行凶的可能并不成立，那么凶手就是屋内除去柯南三人的其他几名学生。

动画原创。找到凶器成了破案的关键，小五郎发现抽屉里的冰镐少了一根，加之对大家物品的检查认定矢代就是凶手，可是柯南却发现消失的冰镐被用来固定植物了，继而小五郎又认定上森的儿媳熏凶手，熏指出这里的每个人都有杀人动机并否定自己是凶手，到底谁是凶手呢？这时，柯南从目暮警官和小五郎的谈话中得到启示，找到凶器之后，没错，凶手就是那个人！

学校里最近发生了很多诡异的事情，而且教导主任在没请假的情况下也消失了好几天，当柯南向老师和校长问及此事时，大家也都避而不语，为调查真相少年侦探团夜探帝丹小学，附有学生名字的娃娃，移动的人体模型，窗户后面的黑影，楼梯上的烟雾和扶手上的红色颜料，以及自己班级里突然出现的十几个黑影，虽然这一切看似扑朔迷离，但是真相只有一个。

小兰和柯南潜水的时候，发现了一名女子的尸体，镇上的验尸医生田中认为这是一起自杀事件，但被害人的朋友却口口声声说一定是田中杀的，原来田中为和院长女儿订婚而抛弃了死者，虽然田中的嫌疑最大，但是他却有不在场证明，小五郎干着急没办法，而柯南则从捡垃圾的爷爷那里找到了一个破洞的游泳圈，并用空瓶子做了个简单试验，犯人的手法他已完全明白。

小兰为了让她父母亲之间的感情有机会复合，便策划了一场海滩之旅，大家在这里认识了几名大学生，但其中一个叫贵和子的女生在潜水的时候被海蛇咬到而有生命危险，之后，小兰回想起自己看到的海蛇身上有两个小翅膀一样的东西，然而这个看似意外的事件，其实是有人蓄意操作。

贵和子的未婚夫雅彦打来电话希望朋友们可以把保险证送到医院，于是，一群人便驱车赶往医院，途中柯南从小兰和她妈妈妃英理的谈话中得到启示，赶到医院时贵和子还没有脱离危险，柯南麻醉小五郎后，让大家来到院长室将整个案件的来龙去脉详细分析，并找出了蓄意谋害贵和子的凶手。

某天，小说家任太朗的女儿香保里来到小五郎的事务所，拜托他找两个月前留下纸条就突然失踪的父母，可奇怪的是任太朗每个星期连载的小说却会按时传真到出版社，于是，柯南一行人赶到出版社，看到任太朗的原稿后，大家找到了几点难以理解的部分，然而这些就是拯救任太朗的主要线索，柯南从小说中读出了任太朗留下的消息，但歹徒的目的到底是什么？

就在警方焦头烂额的想暗号含义时，远在大阪的服部给出版社打来电话说自己已经破解暗号即就是「请快点救我」，但接下来的信息却难以用同样的方法读取。柯南看着这些文字也无计可施，然而别人的对话却突然点醒了他，他以另外一种方法解读出作者的所在和目前的状态后，便引导警方和小五郎发现了其中隐藏的信息，但当大家赶到任太朗的所在地时，却并没有发现任何歹徒……

【主线剧情】服部平次邀请柯南与毛利和小兰来大阪参观旅行，一行人在旅行途中遇上一件离奇坠楼死亡事件。而这与之前的杀人案有着惊人的相似，疑似连续杀人案件。在柯南与平次对案情细心的推敲下发现整个案情指向一位女关系人，而就在这时她却惨遭灭口，案情越趋险。

柯南和服部发现所有的被害者都有开车的记录，深入调查后服部等人察觉到事情可以追溯到20年前，因为所有的被害者都毕业于同一所驾校，并且毕业那天，他们的教练因酒驾而丧生，案情刚有进展小兰就接走了柯南，途中他们逮捕了和此事相关的通缉犯沼渊，而另一边，服部则前去找和被害者们同一届毕业的乡司议员，在等待的过程中，服部从20年前那张驾校的毕业照上发现了事情的真相。

动画原创。柯南等人受邀参加假面超人影迷俱乐部的派对，派对还没开始多久，突然冲出一名叫三岛的男子将假扮成突击警察的本田先生射杀，继而自己又举枪自尽。所幸的是本田穿了件防弹衣，只是轻微受伤，并无生命危险。眼见不一定为实，在大家都以为三岛是自杀的时候，柯南察觉到这其实是件蓄意谋杀案。

动画原创。小五郎被山崎社长邀请去拍摄宣传广告。在吃饭的时候听到玻璃破碎的声音，跑过去看的时候发现山崎社长从窗户里掉出来摔到悬崖下死，而房间竟然是密室状态！调查后发现死因是因被大量蜜蜂追赶而不慎掉入山谷，但柯南在调查现场之后发现事实并非如此，黏在门把手上的奇怪东西最终让柯南发现了凶手的身份和犯罪手法。

前往洋子演唱会的途中，小五郎弄丢了门票，这时，碰巧遇到了一个叫青岛全代的小姐，她表示如果能接她妹妹听演唱会，就愿意把多余的门票让给小五郎。当大伙儿到全代的家时发现她的妹妹美菜在一个密闭的浴室中状似自杀死亡多时，这个浴室的门窗缝隙全部从内部用胶带贴住，经过鉴识胶带上只有美菜一个人的指纹，虽然警方认为这是自杀案件，但种种疑点表明这绝对是谋杀。

柯南和从便利商店调查回来的高木警官交谈的时候，注意到了门上的血，这时，美菜的未婚夫也带病赶来，他说自己曾来找过美菜，但在门外等了半天也没人开门，根据这些信息柯南知道了凶手谁以及她所谓的密室手法。但案件还未查清，小五郎就急着要去看演唱会，柯南看准时机将他麻醉，用变声领结说出真相。

动画原创。少年侦探团从事务所的答录机上听到天气播报员浅野亚纪的留言，便私自决定代替小五郎去处理事件，来到电视台后，亚纪热情招待大家，还记下了柯南的call机的号码，期间，亚纪接到了一通电话匆匆离去。在等待的过程中，柯南的call机收到了亚纪发来的留言，根据这些陆续发来的数字，大家推断出亚纪一定是遇到了危险，经过反复推敲和琢磨，柯南终于明白了其中的含义，并按照这个讯息找到了被绑架的亚纪。

动画原创。在一个相扑类派对上小五郎接到了石本诚二的委托，因为他收到了一封不明来路的恐吓信，威胁要将他杀害，当会场灯光转暗，来宾致词时，高田议员经过石本的后面，居然有一发从控制照明室射出的子弹略过石本的肩膀，直接贯穿了高田议员的胸部，混乱中，柯南发现一可疑男子，但第二天，这名男子平冈治郎却陈尸在一栋废弃大楼里，原来大家都被真正的歹徒玩弄股掌。

动画原创。次日，暮目警官来到石本的公司询问案件，石本说出了自己曾被平冈威胁的事，本以为案子就以认定平冈为凶手了结的时候，躲在社长室的柯南发现曾与幸子见面的男子从屋子里拿走了一个遥控器，而这名可疑男子其实是幸子的男朋友柴田健一。小五郎让所有案件相关人员来到派对现场并说柴田就是凶手，可由于他的错误判断，柯南只好再次将他麻痹以找出真凶。

动画原创。小兰的班上转来了一个叫伊东玉之助学生，受到他的邀请小兰和柯南一行人来到他的剧团参观排练过程，柯南发现成员之间似乎有什么问题，没过多久一桩杀人案件发生了，案发时所有人正好都在舞台排练，而且柯南等人就坐在观众席，那个逃过柯南和剧团人视线犯案的凶手应该就在其中。

动画原创。玉之助半夜悄悄出门，妹妹小惠和柯南暗中跟踪到了剧团，两人刚进剧团就在舞台上发现了被人打昏了玉之助和剧团经理系江的尸体，而她的身边有一张纸条和许多木屑。虽然玉之助昏迷但是他却被认定为重要嫌犯，当柯南再次来舞台调查时，他突然想到了什么便匆忙赶往医院，并通知警方好好保护玉之助，犯人果真去了医院，但他身手灵敏，躲过了警察的追捕，没错，这个人就是半年前消失的江户小子！

【魔改主线剧情】某天，柯南发现有人正在抢劫运钞车，虽然奋力追赶，但还是让抢匪驱车逃跑，之后，警方发现抢匪的车并认定这是一起单纯地抢劫事件。可事情并未就此结束，参与抢劫的两名抢匪被杀，并在凶案现场发现了银行职员广田雅美的口红，虽然雅美嫌疑最大但案件还有许多疑点，这时，柯南意识到她有危险，用发信器追踪到达后雅美已死，而这件事的幕后黑手居然是……

【主线剧情】柯南的班级转来了一个叫灰原哀的女生，而同一天少年侦探队也收到了同校俊野帮忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家进行调查，发现了一张夏目漱石的肖像画，俊野说曾有一个黑衣女人很赏识这幅画，听到这些，柯南马上联想到了黑衣组织，便急忙带领侦探队走街串巷的寻找线索，期间，在便利店遇到的一个使用假钱的男子引起他的注意，于是，一路尾随，推理出了这名男子的去向。

柯南没想到元太等人也悄悄的跟着他，这时，俊野提起哥哥曾打来电说自己和夏目漱石一样的小说家在一起，柯南仔细想了想便明白哥哥想要传达的信息。一家在警局旁边的报社引起了少年侦探团的注意，柯南断定这就是俊野哥哥被囚禁的地方，但警察却不相信他们的话，无奈之下，柯南用变声领结给暮目警官打电话，于此同时，元太等人却私自潜入了报社……

虽然少年侦探团被发现且命悬一线，不过幸好柯南及时赶到，大家得以解救，至于这个黑衣女人根本不是组织里的人。回家的路上，灰原识破柯南的身份并说自己是黑衣组织的人，而阿笠博士现在已经……，听到这些，柯南匆忙赶去博士家却发现博士安然无恙，而这时灰原也回到家，原来她因为姐姐的事情已经背叛了组织并且服用了和柯南一样的药让身体变小，走投无路之下来到工藤家，被博士发现而收留。

为了找寻灰原存有药物资料的磁盘，柯南一行找到了她姐姐明美的老师广田教授，赶到时却发现教授死在一个密封的室内，经过鉴识认定是后脑勺遭到重物撞击而死，但这其实是一件蓄意杀人案，可疑人物锁定在白仓、细矢和盛冈三人身上，就在柯南的推理遇到瓶颈时，灰原的一句话点醒了他，他用阿笠博士的声音道出真相。

元旦当天，少年侦探团一起到国立竞技场看足球决赛，却看到l了足球被枪射中，这时，正在为天皇杯决赛进行转播的日卖电视台，接到了歹徒索要五千万元的恐吓电话，如果让他发现比赛中止让观众撤离的状况，他将立刻对场内的观众进行扫射，电视台依照歹徒的指示将钱袋准备好之后就在周围埋伏了带待命的警官，然而警察只抓到了歹徒同伙，歹徒通过电话说因为日卖电视台的报警所以要杀鸡儆猴，情况愈发危机。

因为以全场观众为人质，歹徒更加猖狂，在带走了五千万元之后，又要求在比赛结束前追加十亿元，否则就射杀观众，他还揭露出了隐藏在人群中的警察并让他们撤离。虽然暮目警官趁着歹徒打电话的机会让在现场的警察搜寻可疑人士，但却一无所获，歹徒到底是怎么打电话且同时观察观众席上的动静呢？又是如何避开大家的耳目呢？

柯南随小五郎送园子和小兰到山里的别墅，参加在网上认识的魔术爱好者见面会，在回家途中，柯南从收音机中听到魔术爱好者的西山务在家被杀，而且还留下杀人将继续的留言，之后小五郎和柯南急忙赶回去却看到与山外唯一连接的桥正在燃烧，身患发烧的柯南冲入大火一个人到达别墅，很快第二个受害者滨野的尸体在雪地中被发现， 但周围却一个脚印都没有。

滨野是被凶手勒死放置在雪地中间的，他是怎么完成这种不可能的犯罪？在须镰的提醒下，大家想起了没有来参加的会员影法师，并认为他最有嫌疑，期间，田中说要上楼披件衣服，但突然从外面射入一支箭，与此同时浴室也遭遇同样的情况，冲出屋外后，大伙在树林了发现了十字弓和一些箭，柯南一边询问大家滨野遇害时的情况，一边对别墅进行检查，并在浴室窗户下发现了订书针，之后又受酒瓶上图案的启发，他知道了事情的真相！

柯南找来订书机、剪刀和绳子后，就突然不见了踪影，就在大家忙着找他时，一声尖叫把所有人引到了再次被箭射穿窗户的房间，继而，柯南又不顾大家阻挠跑到树林里，趁园子不注意的时候将她麻醉，借她之口指挥小兰把凶手的杀人方法再现，将一切解释清楚之后，就是揭穿凶手了，他就是…