遭受了惨重的损失之后，制药公司雇佣了麦野沉利和她的团队“道具”防御美琴的攻击。“道具”兵分两路进行防御，当晚美琴在入侵研究所的时候果然遇到了炸弹少女的袭击。与此同时布束也来到了另一处研究所内进行交涉进行自己的计划，一番战斗之后美琴将对方逼入了绝境，但却被对方使用诡计击伤，最终美琴俘虏了敌人但却被对方的援军拦截住。

美琴将芙兰达制服后被随后赶来的麦野沉利拦截住，此时布束正在进行着自己的秘密计划。美琴与麦野开始对战，因为对方人多势众，美琴先一步离开了战场，但却被泷壶捕捉住了自己的位置。同时布束将人类感情程序输入到了御坂妹妹的信息中，希望能够改变着一切，她自己也因此被捉住，麦野随后独自前往设施内部对战美琴。

美琴沿着设施内芙兰达布置的炸弹胶带捡到了很多娃娃炸弹。随后两人在设施中心见了面，美琴利用炸弹和麦野周旋，利用炸弹美琴暂时摆脱了麦野。来到了数据库的房间进行破坏，回到设施中心的美琴被麦野偷袭。之后的逃跑中美琴被麦野一路追杀，最终在天井房成功的将麦野击落。次日美琴签入了最后一处研究中心却发现这里已经人去楼空，美琴以为这一切都已经结束了。

美琴和黑子为了参加课外学习会向宿管申请了外出时间，之后两人在佐天家的厨房里准备了食物。白天，美琴从冥土追魂处了解到了御坂妹妹们的身体状况信息，得知御坂妹妹们将被送往学园都市外进行治疗。当晚，美琴和黑子等人在居所举行了热闹的火锅派对和学习交流会，大家一起度过了一个美好的夜晚。

暗部组织“道具”受命阻止军火买卖，却之遭受到神秘的袭击。另一方面，枝先重于赶在开学前出院，众人一起到蛋糕店庆祝，春上也表明将会搬离初春的住处，成为枝先的室友陪伴她。聚会结束后，佐天带着众人走捷径回家，却在暗巷发现一个昏迷的小女孩。

美琴和昔日对手泰列丝缇娜见面了！在美琴的坚持之下，泰列丝缇娜终于透露些许情报，众人也同心协力查出 STUDY corporation 这间公司很可疑。为了找出相关人员直接问情报，美琴甚至冒险潜入该公司的相关工厂，而且在那里遇见意料之外的人？

风纪委员吸引两万具驱动铠的注意力，美琴和菲布理深入敌阵核心。菲布理剩下最后一颗糖了，而会使用“原子崩坏”的机器人就挡在面前，让整座学园都市也顿时陷入毁灭之境，所有危机，一触即发，众人将如何克服最后的难关？