剑心和左之助无意间救获一名被歹徒追杀的神祕女子高荷惠，才知她所得罪的是巨商武田观柳。观柳命密探头子苍紫派人去把她自神谷道场抓回来，苍紫於是命手下恶见前往处理，恶见派出喷火高手「丑男」前去要人，然而在一阵决斗後，「丑男」被左之助打败。恶见心有不甘，於是放暗器想致小惠於死地，不料弥彦却挺身出来挡了这一记毒标，小命奄奄一息‧‧‧。

剑心等人中了御沙雉的陷阱跌落地底洞穴，藉著左之助神拳击碎石墙才顺著地下水脉流出脱困。到了水潭边遇见被真田忍群逐出师门的忍者戒太，戒太当时身受重伤，由太郎不顾他是敌军依然出手相救，戒太感恩於是带领剑心等人走祕密通道回到原来的地方，准备抢救灵药。

大和风水的水族一派，企图破坏德川家康时代由风族摆下的「永劫之阵」，到处制造灾变收购土地，想改变龙脉的流向。如果成功整个关东地区将毁之一旦，而赤别户和神谷道场都在法阵范围之内。一天风族後裔阵风出现在神谷道场，向剑心等人说明这个事件的来龙去脉。

在一次执行“天诛”任务，暗杀京都所司代重仓十兵卫时，剑心杀死了雪代巴的未婚夫——一名下级武士一个武功并不怎么样的青年，剑心的脸颊上则被划了一道伤痕，也许是因为这个青年强烈的求生意志吧，带有“附着怨念的伤很难好的”... 这道伤疤成了一道无法愈合的伤疤。

　　接下来由于暗杀组织可以的安排，绯村剑心和宿命安排的雪代巴（阿巴）在一个酒馆外的小巷相遇，剑心遭遇狙击，杀死对手之际，鲜血溅上了路过的雪代巴白色的衣襟。雪代巴却没有惊骇的表情，只是幽幽的说着：你总是带来——腥风血雨呢…… 这一次剑心没有杀人灭口，而是把昏迷的阿巴带到了维新志士在京都的落脚处——小荻屋。自称无处可去的阿巴留了下来，“如果当时我有刀在手，你会不会杀我呢？”剑心的答案是——不会，无论任何情形我也不会杀你。