贞顺六年，钦天监监正蒯铎在冬夏监修封禅台时取得一神秘宝物，他顿觉危机将至，急返京城欲携家眷避祸。未料平津侯庄芦隐早已布下天罗地网，他寻宝物未果，将蒯家灭门。蒯铎之子稚奴目睹一切，侥幸逃生，在危难之际被神秘人救走……

稚奴得知神秘人乃父亲旧友，他迫切想为家人报仇，神秘人告诉他平津侯位高权重，报仇需从长计议。稚奴学艺十年，神秘人现身告知太后驾崩，京城动荡，复仇良机已到。为保护稚奴，神秘人还给了他一个新的名字——藏海。

藏海终于回到阔别十年的京城，他步入枕楼，闻名京城的八公子正用影戏暗表宫中秘辛。藏海察觉今夜枕楼暗藏杀机，遂劝身边的姑娘尽早离开，未料反遭其害。藏海得知庄芦隐正大肆抓捕风水先生，便计上心头，他要以身入局，借此接近平津侯……

藏海拼死通过重重考验，以谋取胜，终让庄芦隐接纳他成为幕僚。藏海随幕僚慧剑习晓侯府诸般规矩，看似安稳入局，实则暗流涌动。第一幕僚杨真心怀妒意，已悄然联手庄芦隐两位心腹——瞿蛟与褚怀明，密谋设局，欲将藏海除之而后快。

藏海奉命盘点财库，意外发现一处地下密室，正当他欲探究之际，遇到了偷拿财宝的侯府二公子庄之行。杨真企图拉拢，藏海断然拒绝，一时陷入僵局，幸得枕楼香小姐出手相助，巧妙解围。事后，藏海与师父高明商量，认为庄之行或可成为破局的突破口……

杨真、褚怀明举荐藏海修陵欲使其陪葬，藏海识破两人意图，要置之死地而后生。修陵时，藏海遇父亲生前挚友姬群，而姬群却未认出藏海。褚怀明拉拢侯府大公子庄之甫，想让他说服庄芦隐同意藏海殉葬。皇陵竣工，藏海即将被推入陪葬之局。

藏海与陪葬众人合力逃生，姬群为救藏海慷慨赴死，临终前方知藏海便是稚奴，悲喜交加。断龙石下落受阻，藏海浴血现身，称杨真才是最适合陪葬之人，庄芦隐下令让杨真入陵，杨真情急之下欲将蒯家灭门一事说出……

面对庄芦隐的威胁，藏海从容直言杨真蓄意加害，自己不过自保。言语间更巧妙引导，令庄芦隐对瞿蛟生出“妄自尊大”之感。朝中言官指责庄芦隐纵容手下当众行凶，迫于言官压力，庄芦隐权衡利弊，最终舍弃瞿蛟。瞿蛟暴毙，藏海终成侯府第一幕僚。

香小姐邀藏海来枕楼，直言自己名叫香暗荼，是枕楼的主人。藏海拒绝了香暗荼的拉拢，香暗荼心中不悦，联合八公子散布藏海谣言。藏海被威胁三日内杀死庄芦隐，他本想静观其变，但意外在密室中发现父母人皮，藏海情绪大恸，誓要为父母报仇。

藏海找到蒯铎藏在刘咸墓中的暗器青铜匣，欲杀庄芦隐，被神秘人阻止。神秘人告知藏海，他还有另外两个仇人，一个是当朝司礼监掌印太监曹静贤，另一人是谁还无从得知，劝藏海不要打草惊蛇，藏海只得继续蛰伏……

藏海恳请香暗荼收回谣言，并与高明谋划助庄之行上位来探明第三个人身份。庄之行在泡澡时与藏海交谈，却通过其背后伤疤认出藏海便是当年的稚奴。危机起，高明建议藏海杀掉庄之行以绝后患。入夜，庄之行祭拜母亲沈宛，藏海在其背后现身。

藏海尾随庄之行，意外发现沈宛坟上有罕见毒花，他向庄之行直言沈宛死亡真相。祭祖时，庄之行确认母亲是被庄芦隐与蒋襄害死，遂与藏海结盟，答应替藏海隐瞒身份，助他打探第三人消息，而藏海要做的便是让庄之行成为庄芦隐最器重的儿子。

藏海请香暗荼和八公子为庄之行参加步打毬赛造势，香暗荼开价颇高，藏海也不落下风，直言此番必令枕楼赚得盆满钵满，二人言语交锋，各显机锋。庄之行夺冠，心思阴险的曹静贤盯上了藏海，派义子陆烬去青泉镇打探藏海身世。

藏海求助香暗荼除掉陆烬，香暗荼在陆烬回京路上布下天罗地网，陆烬却成功来到曹静贤府中。藏海和香暗荼设局假扮平津侯让曹静贤误会，又伪造陆烬腹中密信直指庄芦隐不可信。曹静贤向庄芦隐掩饰了一切，局势悄然变化。

藏海成功化解危机，亲手雕刻荼花簪感谢香暗荼，香暗荼邀其在中元节赏灯畅谈，二人情意渐生。藏海观星预见中州洪涝，褚怀明却上报天象大吉，藏海在钦天监外公然质疑褚怀明，触怒庄芦隐，被关入私牢等候问罪，藏海借天象给自己争取了七日时间。

中州大涝，褚怀明大难临头放火欲杀掉藏海，被早已得到藏海授意的庄之行擒获。庄芦隐为救藏海负伤，蒋襄疑心藏海借此助庄之行崛起，劝庄芦隐小心藏海反被训斥，藏海向平津侯直言辅佐庄之行之意。高明提醒藏海，若想获得庄芦隐真正的信赖，关乎到另一个人……

藏海从高明处知晓了庄芦隐与沈宛的过往，他开解庄芦隐内心的愧疚，劝其着手培养庄之行，进一步获得信任。面对庄芦隐讲述杀害蒯铎一家旧事，藏海不动声色。庄芦隐举荐藏海任钦天监监正，既可让藏海在曹静贤手下自保，也能帮自己寻找冬夏至宝——癸玺。

藏海上任后察觉钦天监官员常行配殇之事，甚至害人性命，他连夜起草政令，雷厉风行地惩治贪腐、整顿风气。众人庆祝藏海晋升，香暗荼试探其心意，藏海却难以回答。深夜，高明带藏海重回蒯宅，藏海坚定复仇决心，明白自己该给香暗荼一个怎样的答案……

庄之行听从藏海建议投身军营，却屡遭刁难，萌生退意欲做逃兵。藏海从褚怀明遗物中怀疑永容王爷是庄芦隐和曹静贤背后之人，想凑齐这套稀有古币接近永容。然而，市面上所有古币皆被香暗荼尽数购入，无奈之下，藏海只得带着房契地契登门求购。

藏海接近永容，获邀参加其在枕楼的宴会。席间有人提及蒯铎，藏海不动声色试探永容。香暗荼气不过藏海结交权贵，想拿回自己送给藏海的古币，更趁永容酒醉询问癸玺之事。永容酒醒后发现古币缺失，质问香暗荼做了何事，藏海及时出现帮香暗荼解围。

宴会上众官谈及户部尚书赵秉文，言语间令藏海心生疑窦，遂决意暗中查访。藏海到赵府拜访并趁赵秉文外出潜入其书房，却被折返的赵秉文撞见……曹静贤命藏海负责傅之松大将军的葬仪，却暗中授意工部拨派一群手生工匠，使藏海身陷多方掣肘。

曹静贤逼藏海在重阳前修完将军坟冢，藏海只得借庄之甫解决难题，庄芦隐得知后质问藏海，藏海出人意料揽下所有过错。庄芦隐在朝堂上出言替藏海解围，引起曹静贤不悦，曹静贤认定藏海是在帮庄芦隐寻找癸玺。曹静贤威胁庄之甫调查藏海，藏海决定将计就计……

藏海以身设局离间庄芦隐与曹静贤，他跟踪曹静贤发现其与冬夏质子密谋接触，心中笃定第三人即将现身。深知一场恶战在所难免，他心绪难平，不知不觉来到枕楼。面对香暗荼邀他次日城郊见面，藏海只得派替身赴约，而他要布局复仇。

庄芦隐密谋弹劾曹静贤却反遭诬陷，双方暗流汹涌，终至侯府混战。混乱之中，香暗荼现身，行踪诡秘。侯府危难之际，庄之行依藏海事先授意，率人及时赶到救援，还替庄芦隐挡下一刀。庄之甫已无价值，庄芦隐将侯府重担托付给了庄之行。

庄芦隐和曹静贤双双失势，曹静贤被褫夺督卫司总领之权，庄芦隐自请辞官。得知香暗荼就是质子的藏海怀疑她是自己的仇人，香暗荼极力否认，却难以解释冬夏和曹静贤的关系。庄之行夺得武状元，藏海前来向庄芦隐报喜，并提议将庄之行抬为嫡出。

庄芦隐向庄之行道出蒯家灭门真相，庄之行将父亲给予的铜鱼转交藏海，并将第三人的身份全盘托出。庄之行受封之时，蒋襄击鼓鸣冤，揭露庄芦隐徇私舞弊，皇帝震怒，庄芦隐入狱。藏海狱中探望庄芦隐，道出身世，直言自己入侯府是为了替蒯家复仇。

侯府败落，绝望的蒋襄将自己和庄之甫毒死。得知妻儿死去的庄芦隐欲向曹静贤求和，曹静贤看到已被藏海调包的血书，诱使庄芦隐昔日旧部前来劫狱。庄芦隐中计下令冲入皇城欲面圣陈冤，而曹静贤对此早有预料，一时间局势剑拔弩张。

藏海曾劝庄之行远离战事以求平安，但庄之行并未听从。庄之行劝父亲放弃攻城，父子二人展开对决。一旁注视一切的藏海心情沉重，丝毫没有复仇的快感。庄芦隐之事尘埃落定，曹静贤再次行动前往侯府寻癸玺。藏海谋划向第三人复仇，香暗荼苦苦哀求。

曹静贤重伤，苟延残喘之际仍惦记癸玺。新年至，冬夏女王携一座木宫来京朝贡，藏海认出木宫是父亲的技艺。女王求得皇帝允准，让藏海陪同择吉地供奉进献的宝物——玉胎。女王和藏海同乘一驾马车，试探他与蒯铎的关系……

香暗荼设法逃出藏府，欲阻止藏海复仇。藏海设局引女王进入一座空陵，香暗荼现身阻拦，她难以两全，决定替母亲去死，以偿旧债。女王打晕香暗荼，向藏海道出自己与蒯铎过往，并拿出蒯铎手书，言明自己并非藏海仇人。

香暗荼和藏海误会已解，互诉衷肠。女王向藏海讲述癸玺的尘封往事，让其在癸玺和女儿间抉择，藏海坚定表示两者皆不能舍。女王与藏海结盟，藏海凭借铜鱼和女王带来的罗盘，发现癸玺踪迹，二人开始谋划盗取……

藏海终于找到癸玺，并将其带回钦天监，就在他聚精会神拓印癸玺纹路时，癸玺被曹静贤义子夺走。苟延残喘的曹静贤见到癸玺喜不自胜，他听到藏海承认自己是蒯铎的儿子，大笑庄芦隐是个蠢材。曹静贤吩咐手下杀了藏海，冬夏女王和香暗荼赶来救援。

皇帝疑心香暗荼盗走癸玺，下令包围质宫。曹静贤弥留之际将癸玺交给第三人，第三人伪造香暗荼通敌密信，致其被捕入狱，藏海心急如焚却无力阻拦。藏海来到狱中，告诉香暗荼自己一定会保她平安，随后便在夜色中进宫面圣，尘封旧事因此被揭开。

厂卫尽数死于曹静贤房中，曹静贤的尸身也已腐坏多日，藏海明白第三人已浮出水面。皇帝因蒯铎旧情答应放了香暗荼，并赐断佞剑命藏海调查第三人和癸玺何在。藏海勘验厂卫尸身发现其并非自杀，他欲从内阁石一平查起，此时，神秘人现身摘下了面具……

神秘人坦言之所以隐藏身份，是怕被仇人发现影响复仇大计。藏海在神秘人的帮助下有了新线索，他只身前往石府拜访，不料石一平被刺客投毒。藏海在石府中寻得癸玺，将其呈交皇帝。藏海怀疑石一平也许并非第三人，他欲辞官携铜鱼离京，以此试探真凶。

看着前来挽留自已的人，藏海陷入了迷茫。香暗荼发现冬夏画作有疑，似有隐情。同时，藏海亦查知曹静贤入宫前名叫陆悯，出身大雍最好的学府。他翻阅旧档，种种线索交织，藏海心中隐隐浮现出一个惊人的真相，他已知第三人是谁……

藏海被禁军抓走，面对皇帝的质问，他承认没有交出铜鱼是因为和父亲一样不想癸玺被再度开启。他提醒皇帝小心第三人，但皇帝心系癸玺，不再相信藏海。第三人现身狱中，对藏海揭露灭门真相，称要借癸玺造瘖兵，征服世界。

第三人答应让藏海体面赴死，行刑官用浸湿的桑皮纸层层覆于藏海脸上，直至其脉息全无。藏海因高明使用秘药而饶幸逃生，和香暗荼前往冬夏。香暗荼见到阔别十余年的姐姐明香银术，姐姐疑她归来是为夺位，便以藏海性命相逼，香暗荼只得应下姐姐的要求……

藏海在狱中得知香暗荼将和亲出嫁，心急如焚。香暗荼向姐姐求得见藏海最后一面，二人以暗语设局，悄然布下脱身之计。为寻摧毁癸玺之法，藏海和香暗荼前往冬夏圣地，他们一路深入，找到一本古册，终发现了癸玺召唤瘖兵的真相。

第三人再度擒获藏海与香暗荼，意图制造瘖兵征讨冬夏。他无视藏海警告，执意闯入冬夏圣地，逼藏海饮下癸玺之毒，企图胁迫他说出控制瘩兵之法。藏海故意引诱第三人看壁画，致其吸入壁画颜料，产生幻觉。而此时，圣地之外，杀机四伏，一片混战。