新聞部にアンケートを届けた小鳩は、部長の堂島から謎解きを頼まれる。学校近くにできたドイツパンの店の揚げパンを購入し、その中でマスタード入りのものを食べた部員が取材記事を書くことになっていた。だが部員はみな、自分が食べたものはマスタード入りではないと答えたらしい。内心興味をそそられた小鳩は、つい推理をはじめるのだった。

小佐内とスイーツを食べると約束した時間より早く着いてしまい、近くのバーガーショップに入った小鳩は、店内にいた堂島に声をかけられる。堂島は不穏な噂のある高校生グループを見張っていたのだ。その経緯を小鳩に話していた堂島だが、グループに動きがあったので、メモを残して店を出ていってしまう。小鳩がそのメモを手にとってみたところ、書かれていたのは「半」という文字だけであった。

誘拐事件が解決して数日後、小鳩と小佐内は〈小佐内スイーツセレクション・夏〉で最後に残った夏期限定トロピカルパフェを食べにきた。小鳩はパフェの価格と大きさに圧倒されつつ、刺激的だった夏休みを振り返る。まずは先日謎解きをしたバーガーショップに、そもそもなぜ堂島がいたのかについて……。

溶けてゆく夏期限定トロピカルパフェを挟み、向かい合う小鳩と小佐内。この夏の出来事に関して小佐内を問い詰める小鳩に対し、小佐内もまた、楽しげに推理をする小鳩について考えていたことを語りだす。「小市民」を目指していたふたりのこれからは、どうなってしまうのだろうか。

友人である氷谷優人の助言を受け、瓜野は市内を騒がす連続不審火を調査し、次の発生現場を予想するコラムを書く。一方、河川敷で車が炎上する騒動に居合わせた小鳩常悟朗は、その車が昨夏の誘拐事件に用いられたものだと気づく。新聞部部長の堂島健吾に電話をかけ、新聞部に干渉しているという小佐内の動向を探る。

昨秋から仲丸十希子と付き合い始めた小鳩だが、小佐内と連続不審火の関連が気になっていた。その頃、小佐内に認めてもらえないことにもどかしさを覚える瓜野は、予想記事の暴走ぶりをとがめられ、他の新聞部員と口論になっていた。部長の堂島に仲裁された瓜野は、不審火の法則性をしぶしぶ語りだす。

新聞部部長になった瓜野は、次の放火が予想される地域の張り込みを新入部員たちとともに計画する。犯人を捕まえ、新聞部の不朽の業績を打ち立てるのだ！　一方、放火事件と小佐内の動向を探る小鳩は、新聞部の五日市公也を呼び出し、ある提案を口にする……。

瓜野の考えた法則性どおりに起きる連続放火事件は、次第にその規模をエスカレートさせていた。犯人を捕まえられず、氷谷から励まされた瓜野は、後日小佐内からも気になる助言を受ける。その頃、小鳩と仲丸の関係性にも変化が訪れていた。

おれは、犯人が誰なのか、知っている――。そう宣言した瓜野は、連続放火犯を捕まえるため、新聞部員たちとともに夜の町へと繰り出す。小鳩と堂島もまた、放火発生が予想される場所で待ち伏せをしていた。ついに火の手が上がり、現場に駆けつけた小鳩が遭遇した人物とは……。

真夜中の公園。連続放火犯は捕まり、とうとう小鳩と小佐内は出会った。この事件について、小鳩がしていたことを知りたいのだと小佐内はいう。小鳩は、河川敷での不審火をきっかけに、事件に興味を抱いた経緯を語り出す。しかし小鳩にも、まだ推理できていないことがあって……。

大学入試を翌年に控えた12月。小佐内と歩いていた小鳩はひき逃げにあい、病院に搬送された。見舞いに来た堂島から小佐内の無事を聞くなど話をするうち、小鳩は中学時代、同じようにひき逃げにあった当時のクラスメイト、日坂祥太郎のことを思い出す。

クリスマスの深夜、病室で目覚めた小鳩は、テーブルの上にボンボンショコラの小箱を見つける。同封のメッセージカードを読むに、これは小佐内からの贈り物で、彼女は小鳩をひいた犯人を追っているようだ。中学三年生の時、小佐内と初めて図書室で話したときも、彼女は車のブレーキ痕を調べていた。

小佐内から贈られたボンボンショコラを一日一粒ずつ食べ、小鳩はリハビリをする日々を送る。いまはなかなか会えないが、中学時代の小鳩と小佐内は協力して日坂のひき逃げ事件を捜査した。日坂の友人や後輩から話を聞いて推理するうち、ふたりはある隠された事実を突き止めたが……。

大晦日、小佐内が小鳩の病室を訪れているとき、小鳩をひいた犯人が現れる。襲いかかる犯人から逃れ、ふたりはエレベーターで屋上へ。寒空の下で小鳩は、中学時代の日坂のひき逃げ事件と、この冬に起きた自身のひき逃げ事件についての推理を語りはじめる。