Teal'c visita Atlantis para ayudar a Ronon a dominar su mal genio, preparándolo para una entrevista en la Tierra. Mientras, los espectros logran interceptar las comunicaciones en el túnel de stargates que comunican Atlantis con la Tierra y cuando Teal'c y Ronon regresan por el mismo, deben pelear para proteger la estación espacial Midway y el Comando Stargate, invadido por los espectros.

El equipo Atlantis se reúne con el Espectro Todd para ofrecerle un tratamiento que permitirá a los Espectros vivir sin la necesidad de alimentarse de seres humanos. Sin embargo, para distribuir el retrovirus, Teyla deberá hacerse pasar por la Reina de la nave Wraith de Todd y convencer a la llamada "Primaria", la Reina Espectro que controla la Alianza a la que pertenece éste.

El Dr. Daniel Jackson visita Atlantis, para encontrar el laboratorio secreto del Lantiano Janus con ayuda del Dr. McKay. Mientras tanto Woolsey aborda el Dédalo para reunirse con Todd y realizar el primer experimento que permitirá a los Espectros dejar de alimentarse de humanos. Sin embargo, al hallar Jackson y McKay el laboratorio, una nueva raza alienígena será alertada y los capturará para que activen un dispositivo que podrá acabar con todos los Espectros, pero que además hará volar el Portal de Atlantis.

Daniel Jackson descubre la identidad de los alienígenas que los capturaron, en tanto Todd secuestra al Dédalo para localizar y destruir el dispositivo que fue recientemente activado. Sheppard pedirá ayuda a los "Viajeros" para alcanzar a la nave, antes de que lleguen al mundo donde McKay y Daniel están retenidos.

Sheppard y su equipo se encuentran con un hombre y una mujer llamados Sefaris y Novo, dos supervivientes de un grupo de habitantes del planeta Balara que no murieron durante la plaga Hoffan y ahora viven con el pueblo al que el Dr. Beckett ayuda. Sin embargo, un grupo de espectros llega al pueblo y pretenden obligar a sus habitantes a que expulsen a los balaranos para acabar con ellos.