Daedalus带来ZPM启动Atlantis的护盾抵御Wraith的进攻但 他们发现实在不够抵抗如此多的舰队。紧急关头他们利用一个核 爆诡计领Wraith相信城市已经被毁灭。Atlantis在未来一段时 间将获得安全。

当探险队计划回到地球时发现Daedalus感染了一种Wraith电脑病毒，该病毒把Daedalus引向Wraith领地并发送地球的坐标。 McKay要清除船上电脑内存并重启以消除病毒.

Atlantis被告知被Turst放置了一个炸弹原来Goauld已经有 一个奸细插入Atlantis中。Weir等人对此展开调查甚至动用非常手段。最后才发现被Goauld侵入的Caldwell。在紧急 关头他们关闭了被超载的ZPM避免了被Wraith船只发现。

由Michael带领的一群Wraith联系Atlantis意图合作，他们提供Wraith的资料换取Beckett的转化药物，把其他意见相左的 Wraith转成人类以吸食。Atlantis轻信了他们并帮助他们投放药物。想不到他们在资料中设置了病毒，该病毒不仅消除了Wraith资料还获得了地球的坐标。Wraith抓住Sheppard小队并使母舰向地球驶去。

Michael带领的一群Wraith突然改变合作的主意进攻 Atlantis军事小队被俘。但Michael受到女王的歧视在 Sheppard的纵容下叛变了Wraith，协助脱险后的军事小组向 Wraith母舰释放转化药物。Wraith除女王无法转变而被杀死外，其他的都被转化为人类 ，母舰也被缴获。同时Weir回地球接受调查。