La oportuna llegada del Daedalus, liderado por el Coronel Caldwell, salva la vida del Mayor Sheppard, pero quizás no sea suficiente para derrotar a las naves Wraith. Afortunadamente gracias al MPC, McKay quizás pueda realizar otro milagro.

Sheppard, Weir, McKay y Beckett regresan de su viaje a la Tierra en el Daedalus pero la nave empieza a sufrir dificultades técnicas. Después de 2 muertes por malfuncionamientos, se descubre que la nave ha sido infectada por un virus de los Wraiths durante el sitio, y ahora la nave tiene el instinto de mantenerse viva y matar.

Mientras investigan un nuevo planeta, uno de los equipos encuentra una pista del paradero del Teniente Ford. Durante la búsqueda, el recién ascendido Teniente Coronel Sheppard y Teyla son capturados por Ronon Dex, un corredor, un hombre al que los Wraiths cazan por placer. Cuando Beckett quita el aparato que les permite a los Wraiths encontrarlo, regresa a Atlantis con el equipo.

McKay y la Teniente Laura Cadman son capturados por un Dardo Wraith, pero es derribado para impedir que los Wraiths descubran Atlantis. Cuando Zelenka finalmente logra transportarlos fuera del aparato, solo consigue sacar a McKay, con la mente de Cadman atrapada dentro. Mientras que, Sheppard prueba a Ronon para convertirlo en parte de su equipo.

El equipo del Coronel Sheppard encuentra a una civilización tecnológicamente avanzada que deja a sus criminales en la isla donde el Stargate esta para que los Wraiths se alimenten de ellos y dejen a los demás en paz. Pero después de que los prisioneros derriban el Jumper, descubren que las cosas no son tan claras como parecen.

Después de encontrar un generador de energía experimental de los Antiguos muy inestable y peligroso que mato a los mismos, McKay se obsesiona con triunfar donde los Antiguos fallaron, pero el precio puede ser demasiado alto. Mientras, Teyla y Ronon van al planeta Balkan a comerciar, donde descubren que no toda la gente de Ronon murió.

Mientras investigan un planeta, el equipo se cruza con una joven Wraith quien vive con un humano al que llama padre. Ella dice que no se alimenta de humanos, gracias a una droga que le quita la necesidad de hacerlo. Al comprobar que lo que dice es verdad, Beckett revela la posibilidad de transformarla en humana usando su retro-virus, aunque no estaba listo.Pero aun así la Wraith se lo inyecta y se vuelve más agresiva, fuerte y Wraith, por lo que la tienen que matar.

Después de ser infectado con el retro-virus por Ellia, el equipo corre contra reloj para encontrar la forma de revertir la transformación de Sheppard en un híbrido entre humano e insecto Iratus. Pero incluso con Sheppard haciéndoselos difícil puede que el sea la clave de su propia salvación.

El equipo encuentra una nave de batalla de los Antiguos todavía habitada por estos en animación suspendida, pero conectados a través de ambiente virtual. Sheppard entra para obtener la información sobre como vencer a los Wraiths, pero los Antiguos no tienen idea que el ambiente virtual no es real, excepto por un Wraith que ha entrado en el programa.

El equipo es emboscado por Ford y sus nuevos amigos y llevados a su base en otro planeta donde descubren que todo el grupo usa la enzima de los Wraiths. Ford fuerza al equipo, con excepción de Sheppard, a tomarla para así acompañarlos a destruir una nave Colmena, y así Atlantis admita el poder de la enzima.

Sheppard, Ronon, Teyla y Ford son capturados abordo de la Colmena durante su intento de destruirla, la Reina lleva a Sheppard para interrogarlo. Preocupado por sus compañeros, McKay se inyecta una gran dosis de la enzima para escapar, regresar a Atlantis e informar sobre la situación, la ciudad envía al Daedalus al rescate.

Mientras investigan un aparato de los Antiguos, Sheppard queda atrapado dentro, separado del resto del equipo. Mientras tratan de sacarlo, el equipo descubre que el tiempo pasa mucho más rápido dentro y que Sheppard podría morir de viejo antes de que puedan sacarlo.Pero sheppard descubre a un grupo de gente tratando de ascender que son atemorizados por un "monstruo".

El N.I.D., ha descubierto que El Trust se ha infiltrado en Atlantis y ha plantado una bomba, la cual explotara la próxima vez que marquen a la Tierra. Para agregar más tensión, dos Cruceros Wraiths se dirigen a la ciudad, la Dr. Weir quiere averiguar si hay algún espía Goa'uld en Atlantis antes de que los Wraiths lleguen.

Durante la prueba del Jumper derribado en el episodio 2x05 recientemente reparado, este se estrella en el océano, dejando al Dr. McKay atrapado bajo el agua. Empezando a mostrar las primeras señales de estar perdiendo la esperanza y la razón, deberá confiar en su alucinación de la Teniente Coronel Samantha Carter para sobrevivir.

En un planeta con una ciudad como Atlantis el equipo descubre el Lord Protector aleja a los Wraiths con una gran dotación de Drones, pero que trata a su pueblo con poca dignidad. Cuando el muere repentinamente, el Coronel Sheppard queda atrapado en la disputa entre los herederos del trono.

El equipo de Sheppard encuentra dos cápsulas de estasis flotando en el espacio y regresan a la ciudad con ellas. Al abrirlas, las mentes de las personas en ellas son transferidas a los cuerpos de Weir y Sheppard. Pero cuando descubren que los dos son enemigos esperando resolver una antigua disputa, el combate pone en peligro a toda la población de Atlantis.

Después de la supuesta muerte del equipo del Mayor Lorne, Ladon Radim llega a la ciudad buscando derrocar al líder de los Genii. A pesar de las sospechas aceptan ayudar, ya que parece haber encontrado un MPC que está dispuesto a comerciar por suministros. Pero luego, los verdaderos motivos de Radim se revelan.

El Teniente Michael Kenmore despierta en Atlantis sin tener idea de quien es, sin embargo tiene algunos recuerdos acerca de los Wraiths. Pero cuando la gente comienza a tratarlo de manera extraña, empieza a sospechar que podría ser un Wraith convertido en humano.

El equipo va a un puesto de avanzada de los Antiguos habitado por miles de personas, pero pronto un supervolcán es descubierto debajo de ellos. Mientras tratan de escapar, el Stargate es tragado por la lava, con ninguna forma posible de escapar, Dr. McKay deberá tratar de salvarlos reparando una nave de batalla de los Antiguos.

Atlantis une fuerzas con una facción de los Wraiths que buscan ayuda para destruir a su enemigo común, los Wraiths. Debido a que los Wraiths están enfrentados en una guerra civil, ellos sugieren usar el retro-virus para convertir Wraiths en humanos y así poder alimentarse de ellos y no de los humanos de la galaxia.

Después de que los Wraiths traicionaron a la expedición, comienzan su viaje a la Tierra con McKay y Ronon a quienes tienen capturados. Mientras tanto, Elizabeth deberá responder a la IOA por sus acciones durante la alianza con los Wraiths y Sheppard deberá evitar que las Colmenas lleguen a la Tierra, a toda costa.

El equipo tuvo éxito en usar el retro-virus para convertir a toda la tripulación de la Colmena en humanos, y los llevan a un planeta sin Stargate convenciéndolos que están enfermos, pero los Wraiths comienzan a sospechar de la historia que el equipo les ha dicho. Mientras tanto, Richard Woolsey llega a Atlantis a ver si la Dr. Weir está capacitada para continuar como líder de la expedición.

Mientras buscan Stargates para el Puente intergaláctico, el equipo encuentra una villa donde adoran a un hombre, aunque es empalagoso y mujeriego, al punto de la demencia. El dice tener medicinas que ofrecer, pero cuando Beckett investiga, lleva al hombre a Atlantis deslumbrado por su encanto. Pronto, toda la expedición cae bajo su hechizo. Rodney, por poco tiempo, y John Sheppard no caen en las mismas y descubren que es por una droga que lo hace encantador.

Ronon es capturado en otro planeta, donde por su llegada ahí cuando era corredor les llevó a los Wraith, y sus captores lo entregan a los Wraiths quienes los regresan a su planeta natal. Una vez ahí, es cazado por su pasado ya que una vez más es forzado a convertirse en la presa. Testigos de su captura, el equipo de Sheppard se dirige a Sateda para ayudarlo, pero el testarudo orgullo de Ronon no los permitirá hacerlo, ya que quiere matar el mismo al Espectro causante de todo esto.

Weir y el equipo visitan una avanzada civilización que se separó de los Antiguos de Atlantis hace miles de años, y son asombrados por su vasta cantidad de tecnología sin ningún problema relacionado con los Wraiths. Pronto descubren que puede que no sean Antiguos y ni siquiera orgánicos.

La Dr. Weir despierta en una clínica psiquiátrica a las afueras de Washington D.C. solo para descubrir que Atlantis es solo una fantasía. Pero luego de una serie de pesadillas, no le toma mucho darse cuenta de que las cosas no son lo que parecen, y está determinada a regresar a la ciudad.

El Col. Sheppard es capturado por su antiguo némesis, Kolya, quien planea intercambiar a Sheppard por Ladon Radim, líder de los Genii. Para ayudar a persuadir a la Dra. Weir, Kolya usa a un Wraith capturado para que se alimente de Sheppard una y otra vez. Para escapar, Sheppard deberá aliarse con el único que tiene la misma meta que el, el Wraith.

En algún lugar de la Tierra, una joven ama de casa ha escrito una teoría que podría traer grandes beneficios para Atlantis. Esta mujer es la hermana de Rodney McKay quien dejo la carrera de científica para tener una familia, cuando el logra persuadirla de ir a Atlantis, otro Rodney llega de una realidad alterna. Y trae malas noticias.

Mientras buscan a un equipo desaparecido, Sheppard y compañía encuentran un aparato de alucinaciones de los Wraiths, después de unas horas de examinarlo, McKay determina que el aparato es muy peligroso. Cuando tratan de irse, el DHD explota, dejando al equipo a merced del aparato.

Durante la primera prueba del Puente intergaláctico, el equipo descubre una nave de batalla de los Antiguos en el extremo de la galaxia y regresan a los Antiguos a Atlantis, solo para descubrir que quieren que la expedición abandone la ciudad en 48 horas. Luego deberán encontrar la forma de regresar cuando los Asurans invadan.

El General Jack O'Neill y Richard Woolsey son capturados por los Asurans durante el ataque a la ciudad, por lo que Sheppard, Weir, Beckett, y McKay desobedecen órdenes y regresan a la Galaxia Pegaso reclutando a Teyla y a Ronon para retomar Atlantis, sin destruirla en el proceso.

Comenzando con Teyla, todos empiezan a ver fantasmas de los Antiguos, provocadas por los ecos emitidos por las ballenas que rodean la ciudad, aunque al principio pensaron que eran los fantasmas que advertían sobre las ballenas, que llegaron en cientos. Cuando los efectos secundarios se agravan, McKay descubre que los Antiguos trataron de enseñarles a las ballenas su lenguaje, y ahora están tratando de advertir a la expedición y refugiarse con ellos de una turbulencia en el Sol del planeta que causaría un gran daño en el mismo y en sus habitantes. Pero al final lo evitaran llevando al Dedalus entre el sol y el planeta protegido por su escudo.

Lucius Lavin, esta con sus viejos trucos de nuevo. Usando un escudo personal de los Antiguos se hace pasar por un héroe, pero necesitara la ayuda del equipo cuando Acastus Kolya aparece para encargarse de él personalmente, hasta que descubre que Sheppard está en el planeta.

McKay adquiere poderosas habilidades mentales a través de un aparato de la ciudad. Nada parece andar mal, y después de descubrir varias nuevas habilidades, él lo toma como una bendición. Pero cuando su cerebro comienza a evolucionar rápidamente, deberá elegir entre morir o ascender.

El equipo del Maj. Lorne descubre un planeta que aunque tienen satélites avanzados, son de solo de la edad media y, más curioso aun, tienen una bandera con la cara de Rodney Mckay. Es por eso que descubren que , un experimento de los antiguos que confundieron con un video juego que Sheppard y McKay jugaban. Resulta que han estado controlando de cierta forma a esas personas a través de la serie de satélites de los Antiguos, y ahora en cierta forma por culpa de Rodney y Sheppard están al borde de la guerra.

El equipo del Coronel Sheppard descubre una estación especial donde los últimos de una raza de humanos permanece en estasis. Pronto descubren, que toda la población está en peligro cuando la estación es dañada después del suicidio de uno de los residentes.

En las veinticuatro horas del día libre de la expedición, una explosión mata a tres personas y deja a muchas más heridas. Después de un análisis, McKay descubre que un aparato de los antiguos utilizado contra los Wraith, pero como muchos otros, salió mal, les ha provocado a dos personas tumores explosivos, habiendo explotado el primero. Beckett trata de quitar el otro, con éxito, pero al dejar el tumor con un especialista en explosivos, explota, el resultado será la pérdida de un importante miembro de Atlantis.

Cuando descubren una plataforma de perforación de los Antiguos en el fondo del océano dando la posibilidad de una alternativa a los MPCs, el equipo comienza la búsqueda de la plataforma. Durante su visita, son emboscados por un viejo y hambriento enemigo, una Reina Wraith con 10,000 años.

Ahora que los Wraiths lo ven como una cosa extraña, Michael ha estado experimentando con insectos Iratus, creando monstruos para protegerse y crear un ejército para dominar la galaxia. Cuando el equipo encuentra uno de sus laboratorios son atacados por muchas de estas criaturas.

Cuando el Apollo llega desde la Tierra, lanza un preventivo ataque contra los Asurans cuando se descubre que están construyendo una flota de naves. Cuando la armada es destruida, un arma satélite aparece sobre la ciudad, y al principio decidirán sumergir la ciudad para protegerla o, al menos ganar tiempo para realizar un plan. Pero no resulta muy bien y deciden salir del planeta usando un asteroide que intercepte el rayo momentáneamente para salir seguros, pero debían desactivar los escudos momentáneamente para tener propulsión, y en esos momentos el rayo roza una torre, hiriendo a muchos. Luego inesperadamente el motor hiperespacial falla y se pierden sin saber como regresar.

Sin comunicación y con el sistema eléctrico dañado por el rayo, la ciudad encoge el escudo para proteger solo la torre principal en un esfuerzo por ahorrar energía, pero cuando atraviesan un cinturón de asteroides Sheppard pone en marcha un peligroso plan para proteger a la ciudad, luego deberá correr contra reloj junto con Zelenka para reparar el hiperpropulsor antes de que se queden sin energía para activarlo. Mientras McKay y la Dra. Keller tratan de salvar la vida de Weir con un plan que podría poner a toda la ciudad en peligro.

El equipo del Coronel Sheppard y la Doctora Dr. Weir deben planear una atrevida infiltración en el mundo Asuran, para robar un MPC de los Replicantes, restablecer la energía de Atlantis, y encabezar su nuevo hogar. Mientras, la Coronel Samantha Carter y el Apollo intentan buscar la ciudad perdida.

Cuando el equipo se tropieza con los antiguos compañeros de Ronon, ellos les cuentan la historia de como sobrevivieron a aquel fatídico día en el que Sateda cayo. Sheppard se niega a llevarlos a Atlantis, lo que provoca que Ronon deba decidir entre quedarse en la ciudad, o vivir con sus antiguos aliados... quienes guardan oscuros secretos, de como realmente sobrevivieron.

El equipo de Sheppard llega a un planeta donde encuentran por la terquedad de rodney una especie de cristal similar al que Jack O'Neill encontró hace 10 años, Sheppard los despierta al tocarlos, y emanan una especie de rayo. Al llegar atlantis, primero teyla , luego la doctora y después ronon, y hasta el mayor lorne tienen pesadillas donde el mayor Sheppard tiene una presencia negativa. pero luego se torna peligroso, y hasta muere la psicóloga de atlantis, un importante miembro; por lo cual buscan a la entidad y descubren que está dentro de rodney, y Sheppard tendrá que ayudarlo a vencer a la entidad.

El Coronel Sheppard es capturado por una raza de humanos que ha estado viviendo por generaciones en el espacio para evitar cualquier tipo de contacto con los Wraiths. Estań al corriente de los rumores sobre un nuevo y poderoso enemigo de los Wraiths, la expedición Atlantis. Sabiendo esto y lo relacionado con el gen de los Antiguos, planean usar a Sheppard para activar una nave de guerra de los Antiguos.

Muchos tipos de plantas fueron extraídos de la tierra del nuevo planeta donde está situado Atlantis, están siendo estudiados por los miembros del equipo de botánica cuando empiezan a presentar un grave dolor de cabeza, seguido por pérdida de memoria, toda la base tarde o temprano empieza a olvidar todo, incluso hasta quienes son ellos mismos. En un par de horas toda Atlantis está bajo cuarentena sin recordar quienes son ni porque están allí excepto Teyla y Ronon, ellos son los que deben guiar a la base a que puedan encontrar una solución a tiempo.

Teyla y la Dra. Keller se disponen a visitar el nuevo asentamiento de los athosianos, pero cuando llegan allí advierten que han desaparecido. Tendrán problemas con una tribu de guerreros que ahora ocupan la zona.

Mientras buscan a los Athosianos, el equipo se encuentra con Davos, un hombre que puede ver el futuro.Y gracias a él evitan una seudo emboscada por el espectro de 3x07, Todd, que quería comunicarse con Sheppard para discutir sobre los replicantes. El wraiht quiere eliminar a los replicantes con un virus, y necesitaba la ayuda de Mckay. Además los replicantes están destruyendo planetas humanos. Lo llevan a Atlantis en calidad de prisionero. Todo se complica cuando llega su nave colmena, y más tarde una nave colmena enemiga. Será aún más complicado porqué la Coronel Carter tiene una visión con el vidente Davos deen la que Atlantis era destruida. Además Richard Woolsey está haciendo un informe sobre Atlantis.

Un jefe de una corporación médica secuestra a la hermana de Rodney, la Sra. Miller. Al enterarse, Mckay regresa a la tierra para buscarla, pero es secuestrado también. Ambos se verán implicados en un problema con nanitos, aunque durante su secuestro haya complicaciones.

Después de que un dron antiguo misterioso choque en Atlantis, el equipo debe saber si los replicantes pudieron haber encontrado la ciudad... y si la predicción de Davos sobre la destrucción de la ciudad perdida será verdad. Además, las cosas se vuelven más extrañas cuando reaparece Elizabeth Weir.

El equipo espera eliminar a los replicantes de una vez por todas, reclutando una flota de Naves Colmena para luchar junto al Dedalo y al Apollo. Desafortunadamente, no muchas naves se unen a la causa, y la expedición podría causar una cadena de eventos que no serán capaces de contener.

El equipo de Atlantis localiza una nave Colmena parcialmente dañada que participó en la anterior batalla contra los Replicantes, en el proceso, descubren información crítica que podría ayudar en su nunca finalizada lucha contra los Wraith.

Un cierre impuesto de Atlantis atrapa a bastante personal por toda la ciudad con gente que nunca hubieran esperado estar, amenazando con romper varias relaciones que se extienden a través de toda la expedición... y permitiendo a otras florecer.

En un planeta familiar, Sheppard y McKay aceptan escoltar a una princesa, Armonía, a un templo donde ella pueda asumir el título de reina. En su simple y rutinaria mision, encuentran que un contingente Genii intenta atrapar a Armonía por orden de su propia hermana.

Sheppard debe volver a la Tierra porque su padre ha fallecido. Durante el funeral es contactado por una persona quien expone un problema: un experimento ilegal se ha salido de control y ahora hay replicantes en la Tierra.

La coronel Carter, el doctor McKay y la doctora Keller viajan a un mundo en misión diplomática. El planeta había sido una antigua mina Genii y los tres expedicionarios de Atlantis se encuentran atrapados en el abandonado complejo minero al caer por un agujero en la tierra.

Teal'c visita Atlantis para ayudar a Ronon a dominar su mal genio, preparándolo para una entrevista en la Tierra. Mientras, los espectros logran interceptar las comunicaciones en el túnel de stargates que comunican Atlantis con la Tierra y cuando Teal'c y Ronon regresan por el mismo, deben pelear para proteger la estación espacial Midway y el Comando Stargate, invadido por los espectros.

Un enemigo ha regresado difundiendo por la galaxia un virus basado en la vacuna de los Hoffanos, eliminando humanos y espectros, y es el responsable de secuestrar a los Athosianos. Teyla recibe mensajes telepáticos de ayuda y es secuestrada por un dardo espectro cuando intenta averiguar el destino de su pueblo y cuando el equipo de Atlantis intenta un rescate, durante el proceso encuentran a un viejo amigo a quien no esperaban volver a ver.

El equipo de Atlantis falla en su rescate pero encuentran al clon de un viejo amigo: el doctor Carson Beckett. Este desconoce que su estado actual en Atlantis es de muerto (murió en el episodio Domingo, 3x17) y debe reintegrarse a la vida normal. Mientras tanto, Michael (el espectro híbrido humano del episodio 2x18) sigue con sus experimentos y le explica a Teyla la importancia de su hijo no nato. A todo esto, Carson ayuda a ubicar el laboratorio de Michael, pero su tiempo se agota: un defecto de la clonación lo está matando, por lo cual acepta ser congelado criogenicamente hasta que se halle una cura.

Sheppard regresa a Atlantis pero el cruce del agujero con una llamarada solar, lo lleva unos 48000 años en el futuro. Allí lo espera el holograma de un anciano Rodney McKay, quien le dice que lo va a ayudar a regresar, además de contarle las cosas que pasaron después de su desaparición. Como Michael se convirtió en el dueño de la galaxia Pegasus destruyendo a espectros y humanos por igual. También creando nuevos híbridos, lo que influenció cosas en Atlantis, como la muerte de varios miembros de la expedición. Tras la decisión de la Tierra de no ayudar a otras galaxias, Rodney ideó un plan que podría evitar dicho futuro. Pero Sheppard necesitará 700 años para volver, aunque el Sol será una supernova en tan solo 500.

La Coronel Carter organiza una operación para rescatar al equipo del Coronel Sheppard, quienes se hayan bajo los escombros de un edificio en otro planeta. Sin embargo, el ejército de Michael pronto arriba, por lo que deberán hacerle frente si quieren salvar a los sobrevivientes.

Mientras Richard Woolsey asume el liderazgo de Atlantis, el clon del Dr. Beckett es descongelado para administrarle una posible cura de parte de la Dra. Keller, quien no obstante, se verá pronto envuelta a una situación de riesgo para la ciudad.

Ronon es secuestrado por Tyre, su ex-amigo convertido en "adorador de Espectros", quién busca volver a ganarse el favor de estos, y espera que Ronon también se les una. Pero los espectros no lo aceptan y logran convertir a Ronon en un adorador. Al final el mismo Tyre se sacrifica con El espectro y el laboratorio Wraith.

Después de que misteriosamente el Dedalo aparezca orbitando sobre Atlantis, abandonado, el equipo del Coronel Sheppard aborda la nave. Luego de confirmar que no es él Dedalo que conocen, la nave comienza a saltar por diferentes universos. El equipo deberá hallar la forma de volver a su realidad pronto.

Una inexplicable falla en un SaltaCharcos, parece luego extenderse a la misma Atlantis. La expedición pronto descubre que esto puede tener que ver con la Doctora Weir y un grupo de Replicadores, que han estado intentando "ascender", pero que deben ser detenidos antes de que la ciudad se vea comprometida.

Rodney McKay sufre en una enfermedad conocida en la galaxia Pegaso como la "segunda niñez", que anula lentamente su capacidad cerebral, llevándolo incluso a la muerte.

Un equipo de Atlantis que investiga una misteriosa desaparición halla uno de los laboratorios de Michael, descubriendo humanoides híbridos con extrañas habilidades, y tan peligrosos que ni siquiera Michael mismo pudo controlar. Sheppard y el Dr. Beckett van a investigarlos, pero en plena noche los híbridos son liberados, poniendo a todos en peligro.

El equipo Atlantis se reúne con el Espectro Todd para ofrecerle un tratamiento que permitirá a los Espectros vivir sin la necesidad de alimentarse de seres humanos. Sin embargo, para distribuir el retrovirus, Teyla deberá hacerse pasar por la Reina de la nave Wraith de Todd y convencer a la llamada "Primaria", la Reina Espectro que controla la Alianza a la que pertenece éste.

Durante una misión médica la Dra. Keller es secuestrada por un "Corredor". El Dr. McKay y Ronon Dex partirán en su búsqueda, pero en el camino deberán enfrentarse a los Espectros que persiguen a dicho Corredor.

El Dr. Daniel Jackson visita Atlantis, para encontrar el laboratorio secreto del Lantiano Janus con ayuda del Dr. McKay. Mientras tanto Woolsey aborda el Dédalo para reunirse con Todd y realizar el primer experimento que permitirá a los Espectros dejar de alimentarse de humanos. Sin embargo, al hallar Jackson y McKay el laboratorio, una nueva raza alienígena será alertada y los capturará para que activen un dispositivo que podrá acabar con todos los Espectros, pero que además hará volar el Portal de Atlantis.

Daniel Jackson descubre la identidad de los alienígenas que los capturaron, en tanto Todd secuestra al Dédalo para localizar y destruir el dispositivo que fue recientemente activado. Sheppard pedirá ayuda a los "Viajeros" para alcanzar a la nave, antes de que lleguen al mundo donde McKay y Daniel están retenidos.

Sheppard y su equipo se encuentran con un hombre y una mujer llamados Sefaris y Novo, dos supervivientes de un grupo de habitantes del planeta Balara que no murieron durante la plaga Hoffan y ahora viven con el pueblo al que el Dr. Beckett ayuda. Sin embargo, un grupo de espectros llega al pueblo y pretenden obligar a sus habitantes a que expulsen a los balaranos para acabar con ellos.

La expedicón de Atlantis se encuentra con un problema cuando un grupo de civilizaciones humanas que han formado la llamada 'Coalición' les acusa de crímenes contra la galaxia Pegaso.

Michael y sus híbridos se infiltran en Atlantis buscando al hijo de Teyla. Mientras los híbridos toman el control de los sistemas de la ciudad uno por uno, los equipos de Sheppard y Lorne intentar retomar la ciudad, pero antes McKay debe desactivar un campo de energía aparentemente impenetrable que Michael ha activado.

John Sheppard ha sido secuestrado. Después de liberarse por sus propios medios, descubre quién es su secuestrador: Acastus Kolya (Robert Davi). En Atlantis, Woolsey, McKay, y el resto del equipo están a punto de hacer un sorprendente descubrimiento sobre una antigua raza.

Rodney McKay es invitado a la presentación de una gran innovación científica por un antiguo rival de sus días escolares. Parece ser un dispositivo de control de clima, pero luego todo acaba saliendo mal.

El equipo investiga algunas cosas misteriosas que pasan en una nave colmena. Mientras tanto, la Dra. Keller investiga la fisiología de los espectros. Basándose en fotos de producción, Christopher Heyerdahl aparecerá como el espectro Todd.

A la Dra. Jennifer Keller se le diagnostica una enfermedad psicológica. Sin embargo, parece ser que puede haber estado expuesta a algún tipo de tecnología de intercambio de cuerpos que no requiere que los sujetos estén cerca uno de otro. Mientras tanto, la conciencia de Keller se enfrenta a una lucha por la supervivencia en el cuerpo de una buscada fugitiva llamada Neeva.

En un universo paralelo, donde John Sheppard no es parte del SGA, por haber sido degradado del ejército, el ahora detective John Sheppard y el agente Richard Woolsey se encuentran en medio de un asesinato estilo CSI que involucran varias muertes que parecen tener su origen en los espectros en la ciudad de Las Vegas, Nevada. Este episodio se rodará en Las Vegas, donde también se rodará el final de temporada. Christopher Heyerdahl aparecerá interpretando al espectro Todd.

Todd contacta a Atlantis en busca de ayuda, uno de sus subordinados ha tomado el control de una nave colmena potenciada por MPCs. El Dédalo es enviado a destruirla pero es rápidamente incapacitado, cuando todo parece perdido, la colmena salta al hiperespacio; pronto McKay descubre la razón, una señal proveniente de una realidad alterna (Vegas) ha informado a la colmena de la ubicación de la Tierra. En la Via Láctea el Apollo y el Sun Tzu interceptan a la colmena pero tienen el mismo resultado que el Dédalo. Con la silla de los Antiguos destruida por los Espectros y sin naves disponibles para defender la Tierra, Atlantis regresa al que una vez fue su hogar, pero quizás ni la poderosa ciudad sea suficiente contra esta amenaza.