Майор Шеппард спасен подоспевшим на помощь Атлантису земным крейсером Дедалом. Корабль привез на Атлантис МНТ, над городом поднимают щит. В это время в городе найден лейтенант Форд, Рейф успел ввести в него фермент, который изменил Эйдена. Оружие Асгардов и их лучевые технологии сбивают несколько кораблей, но оставшихся слишком много.

Доктор Вейр, доктор Маккей и подполковник Шеппард возвращаются на Атлантис с Земли на Дедале, когда на борту начинают происходить странные неполадки. Родни приходит к выводу, что в них виноват компьютерный вирус, загруженный Рейфами.

В поисках Форда команда подполковника Шеппарда попадает на планету, где живет Ронон Декс, беглец. Рейфы приходят в этот мир поохотиться на него, а он охотится на них. В его спину вставлен передатчик, поэтому Декс не может уйти отсюда. Беккет готов помочь ему.

Стрела Рейфов подобрала доктора Маккея и лейтенанта Кедмен. Корабль сбит, но достать можно только одного. Случайно это оказывается Родни. Но так же оказывается, что Зеленка что-то напутал, поэтому в Маккее, кроме его сознания, живет сознание Кедмен.

Атлантийцы обнаружили планету, где врата находятся на острове, служащем тюрьмой. Заключенные были настроены крайне агрессивно, но официальные власти вовремя пришли на помощь гостям. Так команда Шеппарда обнаружила, что в галактике Пегаса, под самым носом у Рейфов, есть довольно продвинутая в техническом плане цивилизация. Подозрение вызывает лишь то, какую цену они платят за возможность такого развития.

На орбите одной из планет обнаружено множество обломков кораблей, явно погибших в ужасной битве. Некоторые из них определенно принадлежали Рейфам. На самой планете единственным уцелевшим объектом оказывается оружейная установка Древних, но что больше привлекает внимание Маккея – это ее источник питания. Похоже, это была попытка создать вечный двигатель, используя технологию, подобную МНТ. Родни решает, что сможет исправить все ошибки Древних, восстановив и генератор, и оружие.

Деревенских жителей одной из планет терроризирует неизвестный монстр, по описанию подозрительно напоминающий Рейфа. Команда Шеппарда вызывается помочь местным жителям в его поимке. Через некоторое время поиски приводят их в пещеру, где живут пожилой мужчина и девочка-Рейф. Старик утверждает, что смог синтезировать препарат, помогающий Рейфу питаться обычной пищей.

Рана, полученная Шеппардом на предыдущем задании, неожиданно быстро затянулась. Через некоторое время все начинают замечать странности в поведении Джона. Доктор Беккет обнаруживает, что в кровь подполковника попал ретровирус, который должен блокировать в ДНК Рейфов участки, доставшиеся им от жуков Иратуса, но действует прямо противоположным образом. Если команде врачей не удастся срочно восстановить Шеппарда на генетическом уровне, он превратится в насекомое.

Дальнейшее изучение технологий Атлантиса позволяет обнаружить корабль Древних на самой окраине галактики Пегаса. Команда Шеппарда на Дедале отправляется за ним, но обнаруживают, что Рейфы опередили их. Корабль-разведчик удается уничтожить, но приходится спешить, поскольку Рейфы успели вызвать помощь. На «Авроре» Атлантийцы находят несколько тысяч камер стазиса с чрезвычайно постаревшими Древними внутри. Маккей обнаруживает, что камеры поддерживают ментальную связь друг с другом, создавая некую виртуальную среду. Шеппард погружается в одну из камер, чтобы войти в сеть. Там он обнаруживает весь экипаж «Авроры», который спешит вернуться домой, не подозревая, что все окружающее не реально. Тем временем Ронон и Тейла находят в одной из камер Рейфа.

Во время одной из миссий неизвестные нападают на команду Шеппарда и проводят к себе на планету. Там выясняется, что эти люди – банда Форда, которую он посадил на фермент. Теперь они разрабатывают собственные операции против Рейфов. В одной из них им понадобилась помощь Шеппарда, для этого его команда и была захвачена, а чтобы в будущем доказать пользу фермента Вейер, Форд обманом и силой заставил принимать его всех, кроме Джона.

Остатки банды Форда и команда Шеппарда пытаются бежать из камеры на корабле-улье. По пути Джон решает помочь людям, законсервированным в коконах, и беглецы снова оказываются пойманы Рейфами. Постепенно действие фермента начинает проходить, и у принимавших его начинается ломка. Тем временем Маккею удается бежать из пещеры, где его держали люди Форда, за помощью на Атлантис.

Джон оказывается в поле расширения времени, и пока Родни только удается выяснить это, Шеппард уже отчаивается дождаться помощи и начинает исследовать окрестности внутри поля. Он обнаруживает небольшое поселение, жители которого проводят все время в медитациях, следуя по пути к вознесению. Джон еще не знает, что за несколько часов, что Атлантийцы ищут способ вызволить его, ему придется провести в монастыре несколько месяцев.

На Земле, в Командном Центре Звездных врат получена информация, что Гуа’улды, захватившие Трест, смогли проникнуть на Атлантис и заложить там бомбу, которая сдетонирует, как только будет открыта червоточина на Землю – и это должно произойти через пару часов. Доктору Ли удается придумать способ, как с помощью Дедала вовремя переслать сообщение на Атлантис, но и после этого опасность не миновала - бомба запустила сигнал бедствия, который привлек внимание крейсеров Рейфов. Пока Маккей и Кедмен пытаются найти способ спасти город, Вейер начала поиски лазутчика.

Испытание джампера после ремонта заканчивается неудачей, и корабль начинает погружаться в океан. Лобовое стекло не выдержало давления воды, но Маккею удалось вовремя скрыться в заднем отсеке джампера. От сотрясения, полученного при падении, а также от вечной необходимости говорить с кем-то, его сознание порождает видение Саманты Картер. Пока Маккей таким образом спорит сам с собой о путях спасения, на поверхности Шеппард и Зеленка готовят свою спасательную операцию.

Знакомство с очередным аграрным обществом приносит сюрприз. Жители деревни рассказывают, что планету многие поколения защищает некая Башня. На деле оказывается, что Башня чрезвычайно напоминает центральный шпиль Атлантиса, а защитное оружие – управляемые снаряды. Инцидент в деревне приводит к тому, что Шеппард вынужден посетить аудиенцию у Лорда-Защитника и попасть в самую гущу интриг Королевского Двора.

На орбите луны одной из исследуемых планет команда Атлантийцев находит две спасательные капсулы. Во время осмотра одной из них выброс энергии переносит сознание женщины из капсулы в Вейер. Женщина рассказывает, что их корабль был уничтожен Рейфами и просит дать ей пообщаться с мужем, который покоится во второй капсуле. Когда сознание мужчины оказывается в Шеппарде, выясняется, что эта пара – не супруги, а старые враги, которые хотят свести прежние счеты. Полковник Колдвелл пытается справиться с пришельцами, пока они в своей битве не погубили Атлантис. Пока все его попытки были безуспешны, а энергообеспечение города сильно пострадало.

Пока Шеппард расследует исчезновение команды майора Лорна, на Атлантис прибывает один из Дженаев, объявленный у себя на родине вне закона. Он просит у доктора Вейер помощи в свержении шефа Кауна. Элизабет готова согласиться, но только в обмен на МНТ. Когда на Атлантис прибывает большая группа Дженаев, но модуль с собой не приносит, Вейер начинает подозревать ловушку. Тем временем Джон снова сталкивается с шефом Кауном и узнает, что Дженаи решили захватить флот джамперов, чтобы с их помощью уничтожать корабли Рейфов, жертвуя своими жизнями.

Молодой лейтенант приходит в сознание в медчасти Атлантиса, но ничего не помнит о своем прошлом. Из-за того, что все слишком внимательны к нему, Майкл начинает подозревать, что в его прошлом есть какая-то тайна. Выясняется, что он был Рейфом и стал объектом для испытания ретровируса доктора Беккета, блокирующего гены жуков Иратуса. Тем временем Ронон начинает подозревать, что внешнее обращение Рейфа в человека не изменило его сознания.

Команда Атлантийцев изучала технологию одной из планет, когда Маккей обнаружил, что одно из поселений находится прямо на гигантском вулкане, а частые землетрясения говорят о скором и неизбежном извержении. Вейер разрешает временно эвакуировать жителей на Атлантис, но в это время вулкан просыпается и поглощает врата. Команда Шеппарда оказывается в ловушке на планете, единственный выход – неисправный корабль Древних, идентичный «Авроре», найденный на планете. Доктор Вейер со своей стороны отправляет на помощь Дедал, но ситуация усложняется тем, что к планете приближается корабль Рейфов.

Междоусобные войны у Рейфов привели к тому, что Майкл, некогда обращенный ретровирусом Беккета в человека, вернулся на Атлантис вместе с небольшой группой своих единомышленников, чтобы предложить объединить усилия в борьбе против остальных Рейфов. Для этого Карсон должен придумать способ распространять ретровирус по воздуху. Но пока все надеются, что обрели новых союзников, подозрения не дают Ронону покоя.

Драматическая ситуация, в которой Атлантийцы и вся галактика Млечного Пути оказались в финале второго сезона, получит неожиданную развязку. Тем временем Элизабет Вейер придется доказать, что она по праву занимает свое место, и найти общий язык с инспектором Международного комитета с Земли - Ричардом Вулси.

Экипаж корабля-улья практически полностью превратился в людей. Убить их атланйтицам не позволяет мораль, поэтому они перевозят этих обращенных на отдельную планету, где сообщают, что все они больны, а потеря памяти - просто побочный эффект. Но среди них есть и Майкл, который чувствует, что здесь что-то не так и поднимает восстание. Беккет попадает в ловушку.

Команда Шеппарда встречает неприятного человека. Вернее неприятным он кажется им только сначала, а потом становится все милее и милее. Никто не в силах сопротивляться его странному очарованию. А он становится практически хозяином Атлантиса.

Рейфы захватили Декса и вернули его на родную планету. Снова став жертвой в охоте Рейфов, Ронон вынужден еще раз пережить свое прошлое. Но атлантийцы не собираются бросать друга в беде. Дедал отправляется на Сатеду.

Команда во главе с Вейер посещает высокоразвитую цивилизацию, которая рассталась с лантийцами тысячи лет назад и чья технология безумно напоминает Древних. Земляне готовы на все ради МНТ, но новые знакомые не очень-то хотят делиться. Кроме того, похоже, что они ненавидят и Древних, и Атлантис, и людей, в нем живущих.

Элизабет Вейер пробуждается в психиатрической лечебнице, где ей рассказывают, что экспедиция на Атлантис и Звездные врата - лишь продукты ее воображения. Элизабет то верит в это, что больница реальна, то вдруг начинает видеть странные видения, которые говорят ей, что на самом деле реален Атлантис.

Подполковник Шеппард - заложник дженайского командующего Коли. Коля требует, чтобы Лидон Радим сдался ему, и тогда дженаи признают командующего новым лидером. А для большего убеждения Коля обещает, что пленный Рейф будет высасывать из Шеппард жизнь каждые 3 часа. У Атлантийцев немного времени для раздумьев.

Ради семьи Джинни - сестре Родни Маккея - пришлось оставить карьеру блестящего ученого. Но видимо, гениальность - семейная черта Маккеев, поэтому однажды Джинни изобретает альтернативу МНТ, что сразу же заинтересовало командование Звездных Врат.

Команда Атлантийцев пытается вернуться на базу, но попадает под обстрел, когда врата оказываются недоступны. В это время соратники Шеппарда начинают вести себя странно, попав под влияние технологии Рейфов. Позже и вся окружающая действительность начинает казаться неестественной.

Генерал Джек О'Нилл вызван в Атлантис, чтобы помочь в борьбе с расой Асуранцев - древними аналогами человекоподобных репликаторов. Городу угрожает полный захват Асуранцами, но в это время появляется корабль Древних. Экипаж корабля рассказывает атлантийцам истории своих жизней, открывая попутно новые возможности Атлантиса.

Атлантийцы должны придумать способ спасти Джека О'Нилла и Ричарда Вулси, которых захватили Асуранцы.

Беккет наблюдает за медицинской бригадой, оперирующей человека с сильнейшими ожогами, но внезапно видение исчезает. В это время Маккей работает над устройством для общения с атлантийскими касатками. Неожиданно оказывается, что они говорят на известном языке.

Атлантийцы вновь встречаются с Люшисом Лавином, который теперь на другой планете манипулирует непросвещенными жителями. Команда Шеппарда обнаруживает, что в своих "героических" инсценировках обманщик использует бывших гвардейцев Кауэна, после переворота работающих по найму. Тогда же на планету со своим личным интересом прибывает Акастус Коля.

У Маккея возросли умственные способности. Его мозг может понимать вещи, которые остальным не подвластны. Он хочет перепрограммировать использование Атлантисом МНТ, а остальные даже не представляют, что он делает. Все идет не самым лучшим образом, а Зеленка ранен энергетической волной.

Шеппард и Маккей играют в компьютерную игру Атлантиса, похожую на Симс, где разработаны персонажи для каждой из сторон. Уже 2 года Маккей развивает свой город Гелдар технологически, во главе его стоит очаровательная Нола, подозрительно похожая на Саманту Картер. Но, оказалось, что это вовсе не игра. Эти горожане на самом деле реальные люди и проживают на одной из планет в галактике Пегас. Команда Шеппарда попадает на эту планету, где в Родни признают Оракула, и просят помощи в борьбе с Халлоном, агрессивным военным городом, который развивал Шеппард в игре.

Команда Шеппарда обнаруживает на орбите луны одной из планет космическую станцию с криокамерами, в которых спит около тысячи человек. Их цивилизация выбрала такой путь, чтобы спастись от Рейфов. Первым просыпается создатель этих криокамер - Херик, но он обнаруживает, что его семьи здесь нет. Тогда он пробуждает лидера своего народа – Джамуса, и тот сообщает, что его семья была оставлена Рейфам. Тогда Херик кончает жизнь самоубийством, но его этим посылает сигнал на планету и создает угрозу для команды Шеппарда и людей в криокамерах.

Воскресенье на Атлантисе мало чем отличается от обычного дня - все заняты своими привычными делами. Так и Элизабет решила немного поработать в компании молодого ученого Майка Брентона. К середине дня она уже не смогла отказать обаятельному парню в просьбе разделить с ним обед. Она даже не очень сопротивлялась, когда Майк начал раздеваться и целовать ее, однако в это время со всего города стали поступать сообщения о взрывах.

Атлантийцы ищут альтернативу МНТ. И находят в глубинах океана.

Таранцы, старые знакомые атлантийцев, неожиданно перестали выходить на связь. Команда Шеппарда отправляется на планету и обнаруживает поселение совершенно оставленным. В лабиринтах под поверхностью планеты атлантийцы обнаруживают множество мертвых тел. Нечто начинает охоту и на них. Позже они узнают, что попали в ловушку, устроенную их старым знакомым.

В Атлантис прибывает новый земной корабль "Аполлон" с полковником Эйбом Эллисом. На Земле узнали, что Репликаторы во всю строят флот, чтобы снова попытаться захватить Атлантис, но на этот раз они используют обычный материал вместо "клеток" Репликаторов. Поэтому на Земле решили, что Атлантис должен первым нанести удар по Репликаторам. Тем временем Асгарды смогли создать спутниковое оружие, способное уничтожить всех Репликаторов на поверхности планеты. В Зоне 51 пытаются повторить открытие. И лишь доктор Вейер беспокоится по поводу всего этого плана - ведь они официально начинают войну. Притом войну против очень могущественного врага.

Атлантис вынырнул из гиперпространства в неизвестной точке. Луч Репликаторов сильно повредил магистральную электропроводку в городе, и потери энергии препятствуют продолжению полета. Пока Маккей и Зеленка пытаются вернуть город в гиперпространство, доктор Келлер изо всех сил борется за жизнь смертельно раненной Элизабет Вейер.

Энергии в МНТ Атлантиса оставалось на считанные часы. Единственным спасением мог стать только новый МНТ. По случайности, мощности джампера как раз хватало, чтобы добраться до планеты Репликаторов. На дело отправились Шеппард, Маккей, Вейер и Декс. Элизабет была их козырем, но все понимали, что эту карту могут разыграть и Репликаторы.

Земляки Ронана обращаются к Атлантийцам с просьбой помочь в атаке на военную базу Рейфов. В ходе операции им придется столкнуться с неожиданным врагом.

Во время очередной миссии Шеппард случайно становится носителем некого бестелесного инопланетянина. Гость пытается общаться с атлантийцами через их сны, вот только сны становятся жуткими кошмарами. С Джоном в роли Фредди Крюгера.

Шеппарда пленила очаровательная Ларрин, предводительница расы Путешественников. В отличие от большинства рас Пегаса этот народ решил укрываться от Рейфов не на планете, а в космосе - многие поколения сменялись на кораблях, бороздящих галактику. Некоторое время назад они заметили появление новой силы в Пегасе, и их заинтересовало наличие у Джона гена Лантийцев.

Весь Атлантис поразил вирус, вызывающий потерю памяти. Не затронул он только Ронана и Тейлу. Всем придется объединить усилия, чтобы срочно найти лекарство, пока память не исчезла полностью.

Тейла в компании доктора Келлер отправилась на Новый Атос, куда был переселен ее народ, но теперь таинственно исчез. Там они практически сразу столкнулись с примитивным воинственным народом, от которого приходится спасаться бегством.

Поиск атозианцев приводит Тейлу к человеку, который обладает необычайным провидческим даром. Он не только рассказывает ей, что ее народ жив, хоть и сокрыт тьмой, а будущему Атлантиса угрожают ульи Рейфов, летящие к нему. Кроме этого он знает, что Тейла беременна, хоть пока и никому не сказала об этом...

После воссоединения семьи, Родни поддерживал постоянный контакт со своей сестрой, и когда это стало известно не тем людям, Дженни попала в ловушку. Маккей отправился искать ее, но угодил в ту же западню. Они оказались в лаборатории медицинской корпорации, занимавшейся созданием лекарств на основе инопланетных технологий. Президент корпорации решил вылечить свою дочь, смертельно больную лейкемией, с помощью нанитов. Но девочке стало только хуже. Пока Маккей с сестрой занимался их перепрограммированием, на Землю прибыла команда атлантийцев, чтобы участвовать в поисках пропавших товарищей.

Когда неизвестный снаряд неожиданно попадает в Атлантис, вся команда приходит в ужас, предполагая, что это Репликаторы нашли город. Но когда в Атлантисе появляется Элизабет Вейер, становится ясно, что странности только начинаются...

Пленный Рейф начинает помогать Маккею в лаборатории, а затем становится посредником в переговорах с другими Рейфами. Атлантийцы вынуждены предложить им союз против общего врага, и семь кораблей-ульев соглашаются присоединиться к битве, которая станет крупнейшей для землян в галактике Пегас.

Команда обнаруживает дрейфующий в космосе корабль-улей их бывшего союзника-призрака, что приводит их к секретному проекту, который может переломить ход гражданской войны.

Атлантис неожиданно инициирует режим изоляции: все двери заблокированы, радиосвязь не работает, жители маленькими группами отрезаны друг от друга в разных отсеках. Картер и Зеленка застряли транспортере, Шеппард оказался заперт в комнате с Тейлой, а Маккей в ботанической лаборатории своей подруги, Кейти Браун, как раз собирался сделать ей предложение. Компьютер оказался недоступен для Родни, поэтому другим атлантийцам придется справляться с ситуацией самостоятельно.

Шеппард и Маккей навещали одну из своих любимых планет и были счастливы задержаться подольше в обществе двух юных принцесс. Но когда они все-таки собрались уйти, девушки попросили их незаметно помочь их младшей сестре, Хармони, пройти обряд посвящения и взойти на трон. Девушке нужно было пройти через лес к храму. События становятся гораздо драматичнее, когда оказывается, что на планете размещен контингент Дженаев, и их наняли помешать коронации.

Узнав о смерти отца, Шеппард отправляется на Землю в компании Декса. Ронан станет свидетелем сложных отношений Джона с отцом, бывшей женой и братом. Однако, семейным разборкам помешает известие, что на Земле была создана собственная человекоподобная модель Репликатора. Когда МНС узнал об этом и попытался закрыть проект, прототип сбежал.

Маккей, Картер и Келлер оказались в ловушке в подземной камере во время миссии за пределами мира, без видимых способов побега.

МНС ставит под вопрос необходимость участия инопланетян в земном проекте "Звездные врата". Картер приглашает Тил'ка посетить Атлантис и помочь Ронону подготовиться к проверке.

Галактику Пегас охватила страшная эпидемия. В это время Тейлу посещает видение, и она убеждена, что это отец ее ребенка пытается связаться с ней. Вместе с этим шокирующее возвращение Карсона Беккета станет возможным благодаря его собственному гению.

Команда потрясена, когда старый друг, которого считают мертвым, чудесным образом возвращается к ним. Тейла планирует побег из плена Майкла.

Шеппард возвращается в Атлантис с очередной миссии, но застает город совершенно пустым. Все системы выключены, а вместо океана вокруг простирается необъятная пустыня, постепенно поглощающая и город.

Один из спасшихся после взрыва комплекса Майкла принес дурные вести в Атлантис. Картер немедленно собрала спасательную команду, включив в нее доктора Келлер и недавно прибывшую в город капитана Алисию Вега. Однако, когда они прибыли на планету, Рейфы открыли входящую червоточину, чтобы предотвратить бегство.

Работа врача опасна - и Дженнифер Келлер испытала это на себе. Чтобы спасти ее от неминуемой гибели, приходится вывести из стазиса доктора Беккета. Тем временем Вулси начинает осваиваться на новом месте.

На связь с атлантийцами выходит Тир, земляк Ронона, чтобы сообщить, что ему удалось избавиться от внушенного раболепия перед Рейфами, и теперь он хочет наладить испорченные отношения. В результате Декс оказывается в плену, и команда Шеппарда должна успеть спасти его до того, как Рейфам удастся промыть ему мозги.

На орбите Новой Лантии внезапно появляется Дедал, тогда как он должен находиться на Земле. Сканирование показывает, что на борту нет никого живого. Команда Шеппарда поднимается на борт и обнаруживает в журнале последнюю запись о бедствии, сделанную капитаном Соболем. Пока они пытаются понять, кто это такой, происходит неожиданный всплеск энергии, и Атлантис исчезает с поверхности планеты.

Попытки группы репликаторов, стремящейся к вознесению, увенчались успехом - они нашли способ перевести свои сознания в энергетическую форму и избавиться от физических тел. Сразу же после этого они, во главе с копией доктора Вейер, явились в город Предков. Атлантийцы узнали об этом, когда перед ними неожиданно появилась Френ.

Маккей неожиданно заболевает. Доктор Келлер обнаруживает в его мозгу паразитирующий организм, который нельзя удалить хирургическим способом. Родни очень быстро теряет все свои знания, навыки и память, как будто снова становясь ребенком. Джинни Миллер спешит в Атлантис, чтобы навестить брата, но к моменту ее прибытия Маккей уже никого не узнает. Тогда Ронон рассказывает Джинни о святыне на планете Талус, в котором Родни перед смертью на один день сможет снова стать самим собой.

Беккет попросил отложить свое возвращение на Землю: женская команда Атлантиса как раз обнаружила подземный комплекс Майкла с 12ю подопытными в стазисе. Пока Карсон и доктор Элисон Портер изучали лабораторию, Шеппард и майор Энн Телди отправились осматривать окрестности. Ближайшая деревня оказалась заброшенной, но только когда ночной туман нарушил работу всей электроники, а гибриды начали пробуждаться, атлантийцы поняли, что не все из них переживут эту ночь.

Основываясь на исследованиях Майкла, атлантийцы разработали новую генную терапию, которая дала Рейфам возможность питаться обычной пищей. Для тестов они обратились за содействием к Тодду, но он потребовал ответную услугу: ему как раз нужна была помощь Тейлы, чтобы она выдала себя за Королеву его улья, и Тодд смог вступить в переговоры с союзниками. Однако взаимные подозрения между Рейфами слишком сильны, и операция сразу же начинает идти не по плану.

Маккей и Декс вместе вызываются помочь Келлер с медосмотром на другой планете. Неожиданно Дженнифер исчезает, и Ронон обнаруживает следы похищения. Тем временем на планету прибывают Рейфы, и Дексу удается понять, что преследуют Беглеца. Появляются подозрения о связи этого события с исчезновением Келлер.

Несмотря на недовольство Маккея, доктор Джексон прибывает в Атлантис, чтобы изучать труды Януса - Древнего, который изобрел машину времени. Изыскания приводят его к первому контакту с новой расой галактики Пегас, и эта раса настроена вовсе не дружелюбно по отношению к атлантийцам.

Джексон и Маккей в комплексе Януса пытаются отговорить Асгарда от запуска устройства, которое раз и навсегда уничтожит Рейфов. Декс и Келлер на Аполлоне противостоят Тодду, который захватил корабль, чтобы помешать активации устройства Аттеро. Шеппард и Зеленка на корабле Кочевников пытаются добраться до комплекса Януса раньше Тодда.

Баларцам пришлось покинуть свой родной мир, потому что они не только имели иммунитет к чуме Хоффанов, но и стали ядовитыми для Рейфов. Они переселились на новую планету, местные жители которой согласились их принять. Но их настроение резко изменилось, когда они узнали, что Рейфы охотятся на Баларцев. Атлантийцы предложили переселить всех на другую планету, но некоторые предпочли пойти на сделку с врагом. В результате предательства Маккей и Беккет оказываются в плену у Рейфов.

Народы Пегаса создали новую коалицию для борьбы с Рейфами. Связавшись с Атлантисом, они попросили Шеппарда прибыть на встречу. Однако, вместо переговоров об общей борьбе, команда Шеппарда оказывается на суде, где их обвиняют в преступлениях против народов галактики - создание Майкла, чумы Хоффанов и т.п. Вулси прибывает на суд, чтобы защищать подчиненных. Ему придется выяснить, кто руководит процессом.

Прибывший через врата джампер совершенно неожиданно для Атлантийцев испустил энергетический импульс, который отправил в отключку всех обитателей города. Майкл и его слуги прибыли в Атлантис за Тейлой и ее ребенком. Энергетическое поле накрыло всю главную башню и лишило команду Шеппарда возможности приблизиться к захватчикам. Когда же Джону и Родни удался обходной маневр, а Тейла смогла сбежать и хорошо спрятаться, Майкл решил активировать самоуничтожение города.

Вулси начинает флиртовать с привлекательной ученой, недавно прибывшей в город, однако, когда он пытается навести о ней справки, оказывается, что ее не существует. Ситуация осложняется тем, что МНС как раз прислал агента для оценки работы Вулси. Тем временем Шеппард оказывается пленен на материке Новой Лантии старым знакомым Акастусом Колей.

Маккей вместе с Келлер возвращаются на Землю и приезжают в секретную лабораторию его бывшего соперника по исследованиям. Там происходит демонстрация чудесного нового изобретения, которое должно бороться с глобальным потеплением, но ситуация принимает неприятный оборот.

Команды Шеппарда и Лорна отправляются на корабль-улей, который внезапно появился около Новой Лантии. Он кажется заброшенным, но свет в его коридорах моргает, а стены движутся. Один из пехотинцев Лорна обнаруживает коридор, в котором замечает Рейфа-воина без маски. Он успевает вызвать командира, но пока Эван и Джон прибежали, то уже не обнаружили ни пехотинца, ни коридора...

Воровка Нива с помощью устройства Древних обменивается телами с Дженнифер. Пока атлантийцы обнаруживают подмену, Нива начинает представлять угрозу для них. Тем временем Келлер пытается разобраться с подельниками Нивы, не выдав себя.

Детектив Шеппард прибывает на место преступления в Неваде. Найден труп предположительно белого человека - точнее определить трудно, потому что от тела остались только кости с иссушенной кожей. После встречи с агентом ФБР Вулси Джона приглашают в Зону 51, где он знакомится с доктором Маккеем, который специально прибыл из галактики Пегас, полагая, что разыскиваемый серийный маньяк - представитель инопланетной расы, проникший на Землю.

Тодд передал на Атлантис сообщение, что Рейфам удалось найти несколько МНТ, и они строят новый огромный улей. Атлантийцы решают уничтожить корабль, пока он не достроен. Но они прибывают слишком поздно. Улей наносит серьезные повреждения Дедалу, но неожиданно скрывается в гиперпространстве. Маккею удается запеленговать сигнал из другой реальности. После его расшифровки становится ясно, что Рейфам кто-то передал координаты Земли.