林肯·伯罗斯目前正在死囚牢房，并将在几个月内因谋杀罪而被执行死刑，但迈克尔坚信他没有犯罪。 由于没有其他选择，而且时间紧迫，迈克尔采取了非常的措施，陪着自己的哥哥一起被监禁。一旦入狱，迈克尔，拥有监狱蓝图的结构工程师，便开始执行精心设计的计划，以帮助林肯越狱，证明林肯是无辜的。

随着种族紧张情绪在监狱内蔓延开来，维罗妮卡深入研究了林肯的案子，迈克尔试图得到一种药物，帮助他检测糖尿病呈阳性，并确保他可以在逃生计划中使用大螺栓。

当阿布鲁齐被降职后，整个越狱计划都陷入了危险之中。和T-Bag最近的关系恶化了，所以他把目标锁定在了新的人身上，而迈克尔既想要保护这个新来的孩子，又担心T-Bag会把逃跑计划透露给警卫。两条人命在身，LJ选择逃命。

第二天林肯就要被处决了，维罗妮卡找到了他，并在这个过程中获得了一个有新闻价值的盟友。与此同时，迈克尔必须想办法把林肯从单独监禁中解救出来。囚犯冒着一切风险，他们试图逃离他们的生活。

这位神秘男子向林肯暴露了自己的意图以及他与他的坏伙伴的联系。 迈克尔意识到萨拉掌握了逃生计划的关键，他将他们的关系提升到另一个层次；福克斯河变成了暴民的狂欢。吐温纳必须选边站；贝里克最终可能会在“他的钥匙”上发现“漏洞”的真相。

随着逃生计划的进行，迈克尔，林肯和囚犯冒着生命危险和被俘虏的危险。监狱长蒲伯和贝里克上尉不断追捕逃犯。副总统担心她会失去指挥权甚至是生命；维罗妮卡找到了最重要的证据，以证明林肯的清白。

在逃离福克斯河监狱八小时后，克尔，林肯，苏克雷，阿布鲁齐和C-Note都在逃命而贝里克则带领狱警追捕逃犯。萨拉医生因服药过量而生命垂危;维罗妮卡被特伦斯囚禁。 T-Bag试图在逃离当局的过程中占据上风。事实证明，联邦调查局的一名新负责人是斯科菲儿德的得力搭档。

迈克尔和萨拉意识到沃登·蒲伯是恢复信息的关键，该信息会让“ 公司”崩溃。 马宏拐弯了另一个逃犯；C-Note担心女儿的一生； 苏克雷了解到与马里克鲁兹团聚时搭便车的危险； 当T-Bag带霍兰德一家回到他的童年时代的家时，回忆了种种往事。

迈克尔争分夺秒地营救林肯，并在马宏自己的终极游戏中击败了他;苏克雷冒着生命危险去救失踪的马里克鲁兹; 凯勒曼在萨拉的审判中的证词证明是致命的;T-Bag和贝里克发现自己在巴拿马河上游。

迈克尔·斯科菲儿德被关进了索纳监狱，这是一座地狱般的、致命的巴拿马监狱。这个地方之前发生暴乱迫使当局下台，囚犯们自己决定自己的生活(和死亡)。随着他所爱的人的命运悬而未决，迈克尔必须找到隐藏在监狱下水道系统中的神秘狱友惠斯勒，以便将他从没有出路的监狱中解救出来。同时，林肯在寻找失踪的萨拉时收到关于LJ的令人不安的消息。

迈克尔·斯科菲尔德被认定死亡已经七年了，但当线索显示他可能还活着时，林肯·布伦斯与萨拉·唐克雷蒂团聚，帮助寻找真相。这一线索把林肯引向了也门，而苏克雷、t - bag和C-NOTE被拉回策划了他们有史以来最大的越狱行动。