在巴戈戈和六英雄的帮助下，拉库物质终于被成功净化了。就在一切似乎即将结束的时候，斯琵奈尔突然放话：“我们要占领拉库雅。”他利用某种手段，导致六英雄失去了控制……

莉可等人试图逃离拉库雅，但拉库雅因六英雄暴走的影响而开始崩溃。在以拉库雅为目标的莉可和罗伊冒险的前方，有什么正在等着他们？！

距离拉库雅的决战已经过去了一年。和船长皮卡丘一同继续着冒险之旅的罗伊，得知有宝可梦出现异常行为的情报，便前往调查。就在此时，带着勾魂眼的少年乌尔特也现身了……

在森林中，罗伊和乌尔特目睹了受拉库物质影响而暴走的请假王？！明明应该已经消失的拉库物质，为何再次出现？

另一边，正在石英学园上学的莉可……

在拉库雅的决战结束后，莉可回到石英学园继续学生生活。名为“巴戈戈”的太乐巴戈斯用尽了全部力量，从那之后就一直待在精灵球里没有出来过。罗伊来到莉可的身边，告诉她自己发现了拉库物质的痕迹，解释道他需要莉可的帮助才能彻底消除它。

为了找回升龙伏特攻击队的真相，莉可和罗伊再次踏上旅程。他们在收到小点获得的情报后，开始追查受到拉库物质影响的宝可梦。

当抵达前往的地方时，他们发现地面上遍布着地洞，还有拉库物质的痕迹……！就在这时，突然出现了一只狂暴的大钢蛇！莉可和罗伊会如何面对拥有坚不可摧防御力的大钢蛇？！

可露米收到了一份关于黑色烈空坐的目击情报！莉可和罗伊来到了目击者居住的城镇。出来迎接的是可露米的狂热粉丝斑喵子。然而，当得知莉可等人就是上升伏特攻击队成员时，她的态度彻底变了。于是他们决定进行对战！斑喵子派出了炽焰咆哮虎。魔幻假面喵在属性上处于不利的境地……该怎么办呢莉可？！

莉可等人听闻森林中患病的宝可梦在不断增加，于是展开了调查，以确实是否是由拉库物质造成的。期间，他们遇见了正在治疗中毒的野生宝可梦的莫丽！正当莉可等人为和正在宝可梦中心工作的莫丽重逢而感到欣喜之时，森林深处传来了宝可梦们惊恐的叫声……！在赶到现场后，他们竟发现了一只正在肆意散布毒素的失控的霸王花……？！

莉可和罗伊潜入了越梦公司的测试中心。那里正在进行一场演示对战，以展示一款名叫“強化球”的旨在让宝可梦变得更强的新产品。与此同时，乌尔特也在测试中心现身了

在龙之使者一族居住的烟墨市附近，有人目击到了黑色烈空坐的踪迹。莉可等人在得知消息后前往调查，但在他们面前突然出现了三名骑着摩托蜥、头戴面具的神秘人。

莉可一行人在圆模镇和马多克重逢了！莉可等人告诉马多克，他们已经重组了上升伏特攻击队，以及正在调查关于拉库物质的事。听到这些，马多克不禁感到担忧……就在这时，道馆馆主阿枫提出的建议是……莉可和阿枫的宝可梦对战？！