为了学习太晶化，莉可、罗伊和点点决定在橘子学院接受“太晶化研修”！学校里有校长克拉韦尔、理事长也慈，以及帕底亚四天王辛俐、波琵、青木和八朔……以初次使用太晶化为目标的三人，在以帕底亚地区为舞台的冒险即将拉开序幕！

为了对莉可的太晶化研修进行评估测试，莉可、罗伊和点点三人前往圆模镇拜访道馆馆主阿枫！他们顺利地抵达阿枫的商店派舒蕾・慕滋。但随着后来探梦队的珊瑚的闯入，情况不知为何演变成一场甜品制作对决？！莉可和蒂蕾喵的太晶化研修将如何进行呢？

罗伊的太晶化研修基础评估测试的对手是寇沙！虽然罗伊渴望尽快进行，但因为深钵镇正在举办艺术节，寇沙忙着筹备工作，所以他的对战推迟了。罗伊接受了碰巧路过的妮莫的邀请，和她进行对战。看了两人对战之后的寇沙似乎对罗伊的对战方式有了一些想法……

在莉可、罗伊之后，最后一个接受基础评估测试的点点从对此负责的道馆馆主奇树那里得知，基础评估测试对战将在“奇树奇述直播”节目中现场直播。点点在拍摄彩排期间和罗伊对战时，却因为在镜头前太过紧张而无法和润水鸭很好地配合……

点点和润水鸭终于要和奇树一起进行基础评估测试了！事先研究了奇树的对战，制定了作战计划，确定了完善的对策……然而，面对对自身属性不利的电肚蛙，还是陷入了苦战，甚至发生了预料之外的突发情况……点点能顺利地通过考核吗？！

莉可、罗伊和点点正在观察和收集野生宝可梦的信息，以便寻找调查报告的题材。点点告诉莉可有一种叫“花柱”的神秘现象，据说这“花柱”会为看到它的人带来快乐。于是莉可决定和蒂蕾喵一起寻找这根“花柱”，写一篇关于它的报告。但是不知道为什么，蒂蕾喵看上去心情很不好……？！

为了完成报告，莉可、罗伊和点点继续观察着野生宝可梦。此时电海燕正对它无法在强风中正常飞行感到沮丧，以至于又和呆火鳄发生了冲突。夜里，电海燕偷偷溜出帐篷自己练习飞行。罗伊和呆火鳄发现电海燕不见了之后，便前去寻找它。此时，一个影子正在朝着他们逼近……？

为了寻找罗伊从某个神秘之人口中听说的“非凡之物”，莉可他们来到了森林里。在小心翼翼地前进时，他们遇到了和莉可、罗伊、点点长得非常相像的三人组？！看起来那些训练家也是遇到了“非凡之物”了……所谓的“非凡之物”究竟会是什么？！

完成了太晶化研修基础评估测试后，莉可他们返回橘子学院。在返回的路上，他们碰见了小安，于是一起回去！与此同时，弗里德阅读了露西昂司的笔记和莉可的外婆黛安娜记录的冒险经历，从中寻找太乐巴戈斯的秘密。于是弗里德前往自己认为“说不定能找到关于太乐巴戈斯的秘密的线索”的某家公司……？

莉可、罗伊和点点回到了橘子学院。等待已经通过了基础评估测试的他们的，是一次和帕底亚四天王的交流战。他们将和测试中负责考验他们的馆主组队与四天王对战！罗伊和寇沙对战八朔，点点和奇树对战波琵！惊心动魄的对战将如何发展？！

交流战的最后一场是莉可和阿枫对战辛俐！面对与四天王辛俐的对战，莉可感到特别紧张……蒂蕾喵将如何对抗强大的对手？与此同时，点点前往校舍寻找走失的太乐巴戈斯。而在那里，她遇到了同样就读于橘子学院的学生牡丹！

莉可他们和弗里德一起去拜访克拉韦尔和也慈，向他们请教关于太乐巴戈斯的事情。但是，也慈他们似乎也对“远古冒险者”和“乐亚”一无所知。“那个人也许知道”，被如此介绍的，正是橘子学院的历史老师蕾荷。

莉可他们抵达点点接受太晶化应用测试的地点锦汇镇，决定在一家名为“样样都有”的无人问津的食堂里用餐。因为附近的宝食堂非常受欢迎，所以“样样都有”食堂的顾客寥寥无几，而且食堂的招牌宝可梦仆刀将军在吸引力方面似乎表现不佳……于是，莉可他们就在“样样都有”食堂里帮忙了。

点点的太晶化研修应用测试终于开始了！她的对手是锦汇镇道馆馆主青木。和基础测试不同，应用测试需要两只宝可梦参与对战……点点能在润水鸭和小锻匠的帮助下顺利通过测试吗？

为了罗伊的应用测试，莉可一行人前往冰柜镇，来到霜抹山。罗伊和呆火鳄因为是第一次见到雪，显得非常兴奋！他们和住在霜抹山的许多宝可梦进行了愉快的互动，并且决定在山间小屋休息一晚。然而，当罗伊和呆火鳄去寻找篝火用的柴火时，却在大雪中迷路了？！

莉可他们来到了冰柜镇。罗伊的应用测试的对手，是有着著名说唱歌手身份的道馆馆主莱姆。而要进行对战，就必须参加现场表演……？干劲十足的罗伊带着呆火鳄和大电海燕一起挑战，而充满灵魂节奏的莱姆也露出了獠牙！

罗伊被莱姆告知应用测试不通过。在感到沮丧时，他接受了妮莫的提议，进行“强有力的特训”，以便再次挑战莱姆。在特训时，寻找取胜之钥的罗伊想起了莱姆的话。“你和呆火鳄为了什么而唱歌？”这个问题到底有什么样的意义？罗伊和呆火鳄能成功复仇莱姆吗？！

终于轮到莉可接受应用测试了。为挑战古鲁夏，到访霜抹山道馆的莉可一行人在等待测试的期间，从“走鲸速滑”的店家那里听说了古鲁夏过去的经历……帕底亚最强、最有名的道馆馆主古鲁夏向莉可、蒂蕾喵和提布莉姆发起了攻势！

和古鲁夏的对战结束，莉可因为被宣布测试不合格而感到消沉。为鼓励莉可，罗伊和点点邀请莉可前往“帕底亚十景”中的帕底亚最高峰霜抹山的山顶。而探梦队的斯琵奈尔正在监视莉可他们……

在探梦队斯琵奈尔的计策下，莉可和艾梅吉欧一起被困在霜抹山的洞窟里。另外一边，罗伊和点点遭到姗瑚和昂尼斯的阻挠，陷入了大危机！斯琵奈尔的目的到底是什么……？！此外，莉可从艾梅吉欧口中得知了“某个想法”。

完成了太晶化研修后，莉可他们一起返回橘子学院。研修生为了加深彼此之间的友谊而进行对战。道馆馆主们也前来拜访学院，会场气氛顿时变得热闹起来了！与此同时，点点的手机洛托姆收到了牡丹的联络……在研修生对战的背后，某项作战计划正在悄然展开？！

因将橘子学院从危机中解救，莉可被重新告知通过了应用测试。而莉可在研修生对战的对手……竟然是罗伊？！自从相识以来，莉可和罗伊，还有蒂蕾喵和呆火鳄，互帮互助，一起进步，得到了成长。在四天王和道馆馆主们的见证下，赌上迄今为止所有冒险经历的对战打响了！！

六英雄之一的奥利瓦出现在英勇浅葱号的对战甲板上！伽勒尔火焰鸟和拉普拉斯也出现了！莉可和罗伊决定与奥利瓦和伽勒尔火焰鸟对决以测试他们的实力变强了几分，而点点则和拉普拉斯展开对战。

为了和正在研究太乐巴戈斯的白蕾雅见面，升龙伏特攻击队来到了北上乡。他们决定参加在那里举办的丰收祭典！弗里德对在祭典上遇到的少女丹瑜的来悲粗茶十分感兴趣。罗伊和炙烫鳄触碰了放在摊位上的某台机器，没想到身体竟然发生了互换？！

莉可他们爬上了鬼山，前往据说白蕾雅所在的晶光池。小锻匠因为在路上发现了一块好铁，便开始用锤子敲打它。点点看到小锻匠的锤子开始变大，十分高兴。但是，那块铁突然被一只野生的下石鸟抢走了？！

莉可一行人抵达晶光池，见到了白蕾雅。白蕾雅见到跟着莉可的太乐巴戈斯时显得非常兴奋！！当向她询问关于太乐巴戈斯的事情时，她拿出了朱之书开始讲述。那是关于她的祖先海哲在帕底亚的巨坑第零区的冒险经历……

在北上乡遇到的沙俪拍了一张照片。那是劈斧螳螂的照片！听说这张照片是在天狗山拍摄到的之后，莉可一行人便和沙俪一起前往天狗山寻找劈斧螳螂。但是，他们遭到野生宝可梦的攻击，全员分散得七零八落。到底他们能不能找到六英雄的劈斧螳螂呢？

六英雄的劈斧螳螂终于现身了！此外拉普拉斯也从远古精灵球中出现。这两只宝可梦到底是什么关系？！之后，劈斧螳螂为测试莉可他们的实力，迎接莉可、罗伊、点点的挑战！！劈斧螳螂既老练又强大啊……莉可他们能尽力战胜它吗？！

莉可的外婆黛安娜再次来到飞船上。为了确认莉可的成长，黛安娜和风速狗决定和她进行对战……之后，黛安娜在言语中透露了她环游世界最新得知的关于露西昂司的秘密。那是关于露西昂司和探梦队的联系，以及创建探梦队的三位冒险者的故事！

再次来到晶光池的莉可一行人见到了莉丝塔尔。莉丝塔尔讲述了探梦队的冒险故事。以乐园“拉库雅”为目标的他们是如何相遇的？以及他们在拉库雅看到了什么？现在，穿越时空，这场100年前未知的冒险即将揭晓！

为了探寻炎帝的踪迹，莉可他们在弗里德的提议下，认识了一位名叫國然的人。当他们降落在热带草原上时，却突然遭到了奇麒麟的袭击！就在此时，自称是“真实的宝可梦记者”的国然突然出现了。而他实际上是升龙伏特攻击队的前成员？！

莉可他们来到了蓝道的故乡浅葱市，遇到了昔日的电影明星金次郎的一位粉丝——钓鱼店老板阿守。随后，阿守开始讲述他和由金次郎出演的《大战巨牙鲨》系列电影的深厚情结。

莉可一行人前往一处接连收到炎帝目击情报的群岛。当晚，岛上响起一声咆哮，陆地从海洋中升起，熔岩开始喷涌。于是，一场与传说宝可梦的激战拉开帷幕。

莉可一行人为了获取关于炎帝的情报而回到了帕底亚地区，前往会见宝可梦联盟会长也慈。对于进入帕底亚的巨坑“第零区”的许可请求，也慈提出的条件是必须在宝可梦对战中击败她……！莉可、罗伊、点点对战也慈！莉可等三人将如何挑战作为对手的首席冠军？！

莉可一行人来到炎帝被目击到的地点第零区。他们和白蕾雅一起前往炎帝被目击到的地方。与此同时，一直在后方跟踪莉可等人的姗瑚遇到了一只长相奇怪的“胖丁”……！之后他们决定联手对付凶暴的悖谬宝可梦雄伟牙？！

莉可一行人终于在第零区见到炎帝了！但是，这只“炎帝”看起来和普通的炎帝并不一样。在弗里德的协助下，莉可、罗伊和点点向它发起挑战，但是本应对炎帝这样的火属性宝可梦有效的招式效果却不佳？为什么？莉可等人能成功战胜炎帝吗？

黑色烈空坐再次出现在莉可和罗伊等人面前！为了得到烈空坐的认可，所有人一起向它发起挑战！他们尝试利用地形优势进行协同作战，但仍逐渐被烈空坐压倒性的力量逼入绝境……莉可的愿望，还有罗伊的想法……在和最后的六英雄战斗的前方，会有什么在等着他们？

在烈空坐带领下，莉可一行人朝着拉库雅出发了。与此同时，艾梅吉欧潜入越梦公司，想弄清楚斯琵奈尔到底在谋划什么，但被保安发现并抓获了。然后某个人出现了……？艾梅吉欧了解到了100年前他的祖父吉丙和露西昂司之间的恩怨……他将会做出什么决定？

在烈空坐的带领下，莉可一行人来到一座高耸入云的山峰，来到了山脚下的库姆里镇打听拉库雅的情报。但是，在镇上遇到的少年尤哈却让他们“滚出这个小镇！”。莉可一行人得知，镇上流传着这样一种传说：“当黑色烈空坐降临时，灾难就会发生”。

莉可一行人终于抵达位于云烟山山顶的拉库雅。那里有着丰富的自然资源，还有无数野生宝可梦安宁地生活着，简直是如同乐园一般的光景！被眼前的景象感动的同时，一行人开始寻找和探索100年前露西昂司的踪迹。但是，有一只宝可梦正在监视着莉可他们……

巴戈戈破除了位于拉库雅中心的100年前它所建立的结界。突然，探梦队出现在这里。为了得到拉库物质，他们一直在等待结界解除的时机……！弗里德对斯琵奈尔，莉可对昂尼斯，罗伊对姗瑚，小点对艾嘉特。围绕拉库物质的决战在拉库雅拉开帷幕！！

吉丙命令基格尔德挖掘拉库物质。之后，艾梅吉欧出现在吉丙面前。艾梅吉欧会对他的外公说些什么……？随后，目击到过度溢出的能量的莉可等人赶了过来。就在这时，拉库物质结晶破碎了，而从中出现的是……？！