极度害羞的高中生朝野太阳，在一场事故中失去了家人后，便极力避免与他人接触。 对于太阳来说，青梅竹马夜樱六美是唯一一个可以信任的特别存在。 某天放学后，太阳被昼川老师叫去办公室。 在那里，他看到了许多六美的偷拍收藏品，这才得知昼川老师一直在背后暗中观察她。 太阳对昼川老师的异常行为感到危机四伏。 突然，一把刀指向了他……

在兄弟姊妹之间的合作下，太阳与六美克服了凶一郎大哥的干扰，正式成为夫妻，隔天早上，在自己房间睡醒的太阳，突然被凶一郎用钢线悬挂起来，同时家里也突然发生爆炸，太阳惊讶地发现有人在自己家中设置了炸弹。太阳从凶一郎口中得知了夜樱家的使命，理解了「守护六美」的真正含义，然后太阳作为夜樱家的一员，初次被赋予了「今天要从暗杀者的手中守护六美」的任务！

太阳做了一个“因为自己的力量不足导致六美被掳走的梦”，因此她希望自己能够变得更强，他向二刃姐姐提出对自己进行特训的要求，二刃姐姐表示若要进行特训，第一个条件就是要太阳在夜樱家生活一个月，在夜樱家的房子里，有各式各样的陷阱正等待着太阳，对太阳来说，在夜樱家生活成为了他地狱般的日常，另一方面，六美看着为了自己每天刻苦耐劳训练的太阳，心里也感到痛苦不已……

正在处理工作事务的六美，发现嫌五提交的报告书存在瑕疵。虽然要求重新提交，但嫌五却试图找借口逃避责任，这让六美忍无可忍！作为夜樱家的当家，她决定对嫌五采取行动，但嫌五却轻易逃走。为了抓住他，六美启动了「冬眠」计划，封锁了宅邸，并开始在兄妹的房间中进行搜索。使用特务技巧的追逐游戏开始了……！

太阳被自称为佛山的警察男子带走，而太阳在任务中击败敌人的画面，不知为何被公开在暗网上，佛山不相信单凭一个少年的力量能够做出这样的犯行，于是怀疑太阳背地里涉及秘密组织，但是却得不到任何共犯的情报，太阳努力忍受著名为“审讯”的无理拷问，佛山甚至还暗示了六美的存在来进行威胁，但太阳却因此注意到了某件事情……！？

夜樱家的资料库被骇客入侵了！？从四恐的报告中得知，只有太阳的个人资料被盗窃，太阳因此感到一丝不安。某个早晨，当太阳和六美在上学途中，突然出现了一个名叫切崎杀香的间谍，她是会跟踪迷恋上的男性并将其杀死的“男性猎人”。她声称在暗网上看到了太阳的影片后一见锺情。切崎杀香转入太阳和六美的班级，甚至在课堂上也企图暗杀太阳，但却屡次失败。接下来她採取了最终手段……！

在潜入某邪恶研究所的过程中，七恶自愿注入了含有剧毒的化学武器。而七恶也由于体内的解毒副作用而陷入睡眠。太阳为了回收七恶，前往邪恶研究所，太阳遇到了直属政府的谍报组织“雏菊”的苍翠与犬神王。虽然他们一起进行研究所的搜查工作，却发现“雏菊”的两人视七恶为危险物品，打算杀死七恶！太阳挺身而出保护七恶，却惨败在翠的手下。虽然七恶解毒完成，证明自己没有危险性，但太阳深深反省自己玷污了夜樱家的名声，为了洗刷污名而採取行动！

太阳和六美在翠的带领下，来到“雏菊”的地下基地。室长不动凛出面迎接两人，原来是六美本来就会定期与雏菊举办茶会，就在这时，凶一郎闯入雏菊基地，为了与凛抢夺六美而开打！两人的攻防战愈演愈烈，在馆内开始发佈紧急避难广播时，太阳挺身而出阻止两人。本来担心太阳太过软弱的凛因此改观，委託太阳潜入调查现今最受瞩目的政治家——黑百合党。

黑百合炸毁护送车，也让黑百合趁机逃脱。太阳向翠报告状况后，才得知黑百合的真实身份是早在5、6年前就应该已经死去的传奇特务——黑颜。太阳等人打算追捕逃跑的黑颜，但不知为何，黑颜带著被他绑架的副总理，正大光明地在网路直播中现身在大众面前。爲了报仇，黑颜把枪口对准副总理，在这裡诉说著过去的恩怨以及目的。及时赶来的太阳中断网路直播，与黑颜展开对峙！

太阳和六美受到邀请，前往“雏菊”基地参加任务完成的庆功宴。可是，硬是陪同六美一起前来的凶一郎和他的冤家凛展开激烈战斗，导致基地内变成了战场……庆功宴接近尾声时，看准时机悄悄离开的太阳，凝视著他按照黑颜的遗言，在树洞中找到的小盒子。据说裡面藏有太阳去世家人的情报。但太阳对开启盒子后的真相感到不安，迟迟无法将其打开……

新写好的程式出现bug。二刃看到因为bug而出现在萤幕上的妖怪后被吓到昏倒了，这位最可靠的长女，弱点竟然是“妖怪”和“诅咒”！风声和天花板嘎吱嘎吱的声音，连四怨的开玩笑都让二刃颤抖不已，据说过了一天就能恢复成往常的二刃，今天整天缠著六美一刻也不肯离开。更何况最近夜樱宅邸中传闻“明明没有人却有声响”！？太阳和弟妹们必须照顾胆怯的二刃……！

放学以后，太阳打开包包，竟有一个神祕人物从包包裡面爬出来！这位可疑人物的真实身份其实是六美的外祖父"夜樱万"。为了祝贺外孙女与孙女婿的婚事，而从监狱裡逃了出来，樱万轻轻松松地躲过了凶一郎的钢蜘蛛，强行将太阳带到了夜总会。在凶一郎的指示下，太阳尝试各种手法试图捕捉万，但总被万愚弄，全部以失败告终……

根据四怨的分析，从黑颜手中拿到的光学保存体中，有夜樱家第9代当家夫妇的婚宴来宾名单。但是来宾当中竟有太阳死去的父亲朝野日出与母亲朝野光的名字！太阳等人知道了自己与夜樱家兄弟姊妹们出生以前，夜樱家和朝野家就有关联。而太阳决定造访“故人图书馆”寻找家人的真正死因。然而那裡却是“出声就会死亡”的可怕地方！在四怨的帮助下，太阳能找到有关家人的资料吗！？

从皮下医生的计算机中窃取到的资料，无论怎么分析，都找不出蒲公英的据点。但是找到的收据当中，有一间名字音近蒲公英英文名字「dandelion」的「绅士狮子饭店」引起了太阳的注意，认为值得一查。但隔天早晨，太阳一醒来，人却在太平洋近海的船上？！在完全搞不清楚状况的太阳面前，可以看到正在钓鱼的凶一郎。凶一郎对太阳说出平常不会说的台词，并且面带微笑亲切对待他，让太阳提高了警觉心。这时太阳钓到了鱼，一拉起钓竿，拉出水面的却是用机枪扫射的潜水员！原来凶一郎以实战训练为理由，用太阳的高额悬赏金吸引了各方敌人前来。太阳不但必须与连三袭来的敌人战斗，凶一郎还告诉太阳，他们已经闯入蒲公英的偷渡通路，而且蒲公英也发现了他们，向他们的船发射鱼雷……

太阳为了调查与家族之死有关、并企图谋害六美性命的神秘组织「蒲公英」，作为重要线索，太阳追踪皮下真潜入高级饭店「绅士狮子」。然而，他遭到了施打了兴奋剂「叶樱」的饭店总经理能面的阻挠。太阳陷入危急时刻，而辛三赶来救援。虽然辛三成功帮助太阳逃脱并与能面交锋，但能面却把饭店里的普通人们都当作人质，因而陷入了困境。在这个只能选择投降的劣势局面下，辛三做出的选择是……！？

夜樱家的当家才拥有启动权限的“冬眠”竟然突然启动了！？凶一郎对启动“冬眠”的人心裡有数，找到持有第9代当家“樱之戒”的男子。另一方面，六美正在照顾迟迟无法回复意识的太阳，屋内突然停电，与兄弟姊妹间的通讯被截断。七恶房间内的医疗设备也停摆，太阳的脉搏迅速减弱下来。如果继续这样下去，太阳将会死去……！为了维系重要之人的性命，六美不得不做出一个决定！

太阳突然接到七恶的电话，请太阳赶紧前往生物室。在那里，因身体异常膨胀的七恶倒在地上。虽然暂时经由太阳的紧急注射让症状得以缓解，但一般的药物已经无法再有效治疗。为了防止变异，唯一的方法是接种「稳定化疫苗」。但一旦接种，七恶将再也无法恢复成普通少年的身形，也必须退学。太阳决心让七恶不用接种疫苗，要保护他的普通学校生活！

六美参加勇妄梦乐城的抽奖，抽到了「无限地狱温泉」住宿券。唯有凶一郎有任务抽不开身，只能心不甘情不愿地留下。「无限地狱温泉」是完全招待制的地下社会专用度假胜地，光靠普通手段无法抵达。翻山越岭、潜入湖泊，终于抵达了旅馆！在老板娘的引导下，太阳一行人在度假胜地放送身心，疗愈日常的疲惫，但事情似乎并不那么简单……！？

为了寻找百的行踪，太阳等人循线追查着“蒲公英”的行踪。终于找到了数个蒲公英的关联设施与疑似运载叶樱的走私路线。太阳潜入了其中一辆观光火车，以服务员的身分忙碌的工作着，同时留意着有无可疑人物。然后不仅没有发现百的踪迹，连蒲公英的线索都找不到……！在太阳快要放弃，认为这是假的情报时，却从乘客对于各项异状的投诉中，让太阳察觉到了异样！？

太阳使用新武器“八重之贰”来对抗不会导电的白蛇之发。两人在观光列车中展开了激烈的攻防。就在这期间，为了不被外面观察战斗的皮下察觉，白蛇将自己的头发当作文字，向太阳传递信息。她传递的内容与太阳父母的死有关。白蛇揭示了太阳父母生前所隐藏的、被掩盖的残酷且惊人的真相……

从白蛇遗留的耳环中，最终找到了「蒲公英」的据点。距离与「蒲公英」的决战还有一周。由凶一郎发令的夜樱家总动员作战的「夜樱前线」，目标是捕获皮下，在以往接触过的特务协助下，每个人都在锻炼自己的力量！另一方面，太阳在与白蛇的战斗中深刻感受到自身实力的不足，因此接受了外祖父夜樱万的特训。为了面对与岳父百的决战，必须让夜樱之血的能力「开花」，太阳接受了超严苛特训的挑战！

在即将突袭白骨岛的12小时之前，为了在与“蒲公英”的决战前养精蓄锐，夜樱宅邸举办了名为“夜樱夜宴”的赏樱活动。夜樱家兄弟姊妹、雏菊以及佛山，作战的各方人马都齐聚一堂。大家围在从初代当家时代流传下来的夜樱家神木“天樱”旁尽情庆祝。另一方面，在白骨岛，“蒲公英”的干部们“虹花”也被召集起来，皮下宣布的“播种计画”即将在隔日启动……

二刃与蒲公英干部「虹花」中的赤井对峙。面对赤井那能烧尽一切的业火，二刃分析赤井能分泌某种可燃性液体，并尝试以夜樱式柔术「垂枝组手」的招式「玉藻」进行反击！另一方面，继二刃突击匣门以后，其余人马各自分工合作。太阳等人组成的入侵小队也开始各自的作战。他们一边击倒敌人，一边朝着据点内部前进，却突然遭遇从信道天花板和墙壁中出现的黑色长枪袭击。穿越墙壁出现的是一位全身黑的男人——黑泽！

透过面对自己的「开花」，辛三击败了黑泽！为了与太阳们会合，辛三准备迎击迎面而来的多名佣兵，但奇怪的是，对方却一个接一个地倒下。正在另一条渠道与太阳等人作战的佣兵也突然全军覆没。原来这都是打算与夜樱一家同归于尽，放弃据点与研究体的皮下所下的杀手！剩下的时间已经不多了！为了压制「播种计划」的引爆系统，四怨与嫌五将和恰恰与青沼展开激烈战斗！

太阳与凶一郎终于抵达了皮下所在的据点最深处！然而，映入眼帘的却是七恶满身伤痕的直播影像。稍早之前正在帮助实验体们逃脱的七恶，遭遇了『虹花』的水树与蓝的阻挠。当七恶将水树喷出的催眠瓦斯中和完成时，蓝的重击突然袭来。为了阻止这场毫无意义的战斗，七恶恳求他们解除叶樱，并答应会协助他们回归社会，但水树拒绝了这个提议。随后他悲惨的过去，也逐渐揭露出来。

太阳和皮下在爆破系统的启动装置前缠斗。就在那时，因『开花』的暴走，涌入太阳脑中的，是皮下过去的记忆——。山丘上的小诊所，川下医院。年轻时的川下真受到了政府的秘密命令，致力于研究一名拥有神秘能力的女性。被她血液中隐藏的未知力量所吸引的川下，为了实现她的梦想，经过长年的研究，终于找到了线索。

「爆破系统被停止，太阳终于将皮下逼入绝境。但『播种计划』还没有结束……！夜樱兄弟姊妹们也赶到现场，对皮下发起了全面攻击，然而，皮下却完全没有受到任何伤害。面对露出从容笑容的皮下，夜樱兄妹们无计可施地站在原地。在这样的情况下，太阳突然注意到了一件事！这次，他们以太阳为核心再次发起总攻击……!? 而只有太阳和凶一郎知道的『第四任务』究竟是什么!?『夜樱前线』任务能否成功完成……!?」