广阔无垠，茫茫千里的内蒙古戈壁，飞沙扬砾中韩西林用精湛的中医针法救治着当地牧民。另—边，丁学坤的儿子丁远志，已经是瑞典当地颇有名气的青年医生，在完成—台手术后，接到了来自燕京第九医院的电话。与此同时，快递员给远在内蒙的韩西林带来了来自燕京第九医院的包裹，里面竟是师父丁学坤的医疗日记和遗训，这时，韩西林也接到了来自九院的电话。王恒之通知丁远之和韩西林，丁学坤在给实习医生上完课后突然自杀。得到消息后，远在异乡异国的韩西林和丁远志回到了九院。

深夜的病房里，谭母在给谭淼淼用中药擦拭身体，看着躺在病床上的女儿，谭母想到了自己一直对谭淼淼的过度控制，导致母女二人的关系破裂。次日，谭母决定终止促醒，提前手术。林雅婕稳住了谭母，召开紧急内科会议。王恒之把丁学坤的旧书拿了过来。韩西林发现旧书打包得很随便，怀疑有人动了手脚，但没有声张。会议室内，韩西林坚决不同意终止促醒，被戴繁荣和马主任极力反对，正当众人僵持不下之时，丁远志竟然同意让韩西林继续促醒。不知是谁透露了消息，媒体也开始兴风作浪，怒斥九院治疗不善。而谭母也因过度疲劳和焦虑晕倒了。

司徒院长按照之前的承诺，将丁学坤生前的抑郁症治疗记录交给了韩西林。走廊内，韩西林与丁远志偶遇，二人各怀心事。夜晚，韩西林翻看着丁学坤生前的抑郁症治疗记录，但并未从中发现任何可疑之处。另一边，王恒志欲前往司徒院长办公室，提议将韩西林留在九院，重新建立中西医结合小组，并重新改良化瘤丹，但却遭到了林雅婕劝阻，并提议让韩西林尽快离开九院。韩西林带领众医生查房，为患者们进行身体检查。韩西林尤其注意患者的微小病征表现，多次为诊治提供了新的突破口。开会时，大家讨论着小患者高远山的病情，韩西林和丁远志怀疑其脑内已经出现病变，是极罕见的神经系统遗传病，需要腰穿检查后进行下一步诊断。

陆之舟为了满足儿子的愿望，找潘小艾帮忙，潘小艾想到了韩西林。韩西林偷偷给高远山做眼内针，暂时恢复高远山一半的视力。但这场违规的私下治疗还是被丁远志发现。丁远志十分愤怒，要求患者出院，并让潘小艾退出精准小组。韩西林挺身而出，表示这次治疗与潘小艾无关，丁远志提起两年前女护士的死，两人再次发生了争执，被林雅婕和王恒之及时制止。王恒之决定对韩西林和潘小艾进行严肃处理，此时高远山的生父来到医院，同意进行基因检测。众人开会讨论高远山的基因检测报告结果。在治疗方案上，韩西林和丁远志再次发生了争执，但对于高远山的治疗方案还是一筹莫展。

韩西林组织大家回想张嘉明失踪之前的线索。通过一番整理，发现了诸多疑点。韩西林得知，张嘉明是潘小艾第一个也是最重视的一名患者，甚至为了鼓励张嘉明，还拉着苗豆豆一起做了为关爱渐冻症的冰桶挑战，潘小艾在业余时间都会寻找有关渐冻症患者的最新治疗信息并发给吴亚楠。此时，郝大卫再次回到九院，引起了韩西林的注意。韩西林将郝大卫拉到无人处，询问丁学坤临死之前给郝大卫的书的具体信息。郝大卫面对韩西林的质问，十分紧张，他并不知道韩西林的来意，只简单陈述了一下当日的情况，没有获得有价值线索的韩西林只得悻悻离开。

王恒之极力安抚张父，情绪激动的张母犯了哮喘。没带药的张母，在韩西林的一番针灸治疗下，渐渐恢复了平静。韩西林询问潘小艾，张嘉明到底在哪里，并向潘小艾说明了患者在外的危险性，事已至此，潘小艾只好跟韩西林坦白，承认了这一切都是自己帮助张嘉明和吴亚楠策划的，为的是满足张嘉明的心愿——和吴亚楠结婚。原来张嘉明自从查出患病以后，怕耽误吴亚楠。而吴亚楠一直以来的不离不弃，更让张嘉明陷入了无限的自责中。为了让吴亚楠离开自己，张嘉明无数次把吴亚楠逼走，但最后吴亚楠还是回到他身边。在潘小艾的不断鼓励和劝导下，张嘉明下定决心向吴亚楠求婚。可就在求婚当天，张嘉明病情突然恶化，和吴亚楠结婚这件事也成了他未完成的心愿。

深夜，丁远志拿着快递单气势汹汹地找韩西林对峙，不远处，“黑影人"躲在角落里偷听着，韩西林谎称丁学坤给自己快递的不是医疗日记，而是—些病人的病历。次日，急诊来了—个非常奇怪的病人，名叫张蔷薇。韩西林和丁远志开始为张蔷薇进行检查，张蔷薇皮肤苍白，眼眶深陷发黑，脸颊削瘦得过分。丁远志和韩西林决定让她住院，但张蔷薇的态度却有些抗拒。刚下班的郝大卫，在门口遇到了自己学生时代的"女神”路瑶。路瑶因为面部整形不当造成面瘫，她现在急着要拍婚纱照。于是恳求郝大卫给她想办法快速治疗面瘫，这让郝大卫十分无奈。

回到办公室，韩西林在实验室门上加了一道锁，后将门缓缓藏在移动书架中。此时，又有人来敲门，林雅婕—脸严肃的出现在门口。林雅婕希望韩西林离开九院，并劝韩西林放弃追查丁学坤的事情。韩西林拒绝。林雅婕表示自己不希望他和丁远志深陷危险中，因为他们是丁学坤最重视的两个人，这番话，让韩西林陷入深思。得知张蔷薇突然瘫痪的韩西林，急匆匆走进第九医院。众人来到会议室研讨张蔷薇的病情，护士送来了张蔷薇最新的化验结果，面对新的化验单，众人陷入了沉默。林雅婕得知张蔷薇查不出病因，建议张蔷薇转院，韩西林希望林雅婕再给他们—点时间。韩西林和丁远志暂时放下了矛盾，两人投入到了对张蔷薇的病例分析中。韩西林和丁远志各自研究着张蔷薇的病例，二人查阅资料、做着分析研究，几乎同时发现了突破口，张蔷薇得的是吓啉病。

韩西林与林雅婕来到了东郊医院，认识了其师父丁学坤生前的同事，东郊医院的秦主任。韩西林本想询问秦主任有关师父丁学坤的事情，却被林雅婕打断。丁远志为交供暖费的回到了老宅，回忆起了自己和韩西林儿时的点点滴滴。丁远志与韩西林的心结源自小时候，丁远志对西医感兴趣，而作为中医大师的父亲却偏爱徒弟韩西林，丁远志认为是韩西林夺走了属于自己的父爱。韩西林在查房之余，碰到了出门诊的潘小艾，看着挤满人的门诊室韩西林也帮忙看起了病患的检查报告，这时护士突然来到门诊室告知有个小男孩（小暖)急需神内会诊。韩西林觉得小男孩的头颅CT很不寻常，建议把孩子转到九院医治。

丁远志、林雅婕、戴繁荣三人碰到了李翘，林雅婕问起了胡三的情况，李翘只好交代胡三失踪的事情，戴繁荣趁机开始嘲笑神经内科最近总是丢病人。林雅婕严肃地告诉丁远志，必须在当日—点之前找到胡三。韩西林与丁远志四处寻找。此刻的胡三正在老北京铜锅涮肉店里，和两个软件开发人员聊得正欢，希望开发—款医院的抢号软件，看到韩西林打来的电话也不接。胡三站在窗前，想起来他之前走路玩手机差点掉到井盖里，还是丁学坤及时出现救了他。那天，丁学坤追着—辆商务车，和司徒院长在争论着什么......韩西林与丁远志找了半天，依旧没有找到人。此时，韩西林突然灵机一动。两人乔装打扮—番，在九院门口找到一个票贩子，逼问其胡三的去处。两人匆匆赶到老北京铜锅涮肉店，及时制止了正准备喝白酒的胡三。胡三被二人送回医院，经过检查，胡三的黑便可能是因为偷吃血肠造成的。

神经内科会议上，司徒院长夸奖丁远志的路径非常成功，丁远志表示是韩西林为路径做出了更加良好的改革方案。林雅婕来病房看望马上就要出院的胡三，胡三告知林雅婕，韩西林曾找过自己询问丁学坤生前的事情。林雅婕告知司徒院长此事，司徒表示自己知道林雅婕所做的一切都是为了保护韩西林。胡三刚出院就去吃血肠，偶然遇见已经喝多了的韩西林，胡三为了表示自己对韩西林的感激，说出了之前看见丁学坤和司徒院长发生争执的事情.....

丁远志和大家对小暖的治疗方案进行讨论，希望其尽快实施血管移植手术，韩西林忽然出现表示反对。韩西林认为患儿年纪太小，血管还没有完全发育，不能冒然做这种存在巨大风险的手术，应先用中药活血化瘀后再做打算。正当两人争论时，林雅婕突然接到司徒院长的短信，同意了韩西林的提议。众人面面相觑。会议结束之后，林雅婕来到司徒院长办公室，原来司徒支持韩西林是为了再聘请韩阔海，让父子联手继续开发化瘤丹，为促成和瑞典合作做贡献。

九院众人聚餐欢迎韩阔海，韩阔海应付完众人，走到了韩西林身边。本就不和的父子二人见面很是尴尬。韩阔海先发制人，责问韩西林为什么要继续调查丁学坤的死因，韩西林各种讽刺韩阔海，两人不欢而散。李翘偶遇张蔷薇，她很诧异张蔷薇的病情竟然在好转。原来张蔷薇私下偷偷请求韩西林救她。张蔷薇为了报答韩西林，答应帮助其调查和丁学坤有关的仓门基金。仓门基金是为资助偏远山区的患者设立的，而且基金救助过的三位患者都是在九院进行治疗的，主治医师和基金的法人都是丁学坤。

回到医院的林雅婕与司徒院长交谈，林雅婕表示已经将文件交给了韩阔海，并询问司徒院长真的要重新启动这个项目吗?司徒只是要她全力配合韩阔海就可以了。回到办公室的林雅婕拿起日记本，开始写起日记。韩阔海走后，韩西林拿起文件袋，回想起了小时候父母因为化瘤丹是否上市天天吵架，母亲在死前的最后—刻还在与父亲争吵化瘤丹之事。李泰和进入房间打断了韩西林的回忆，李泰和看着桌上的文件，表示如果要做这个势必要和丁远志产生竞争，韩西林表示多年来其实他一直对于丁远志有愧疚，李泰和表示如果这次不把握住机会，那之后丁学坤的这个遗愿就不知道什么时候能实现了，韩西林看着眼前的方案内心十分纠结。

司徒院长找到丁远志告知，韩西林手里的项目是其父亲丁学坤生前的最后—个方案，而且是自己给他的，司徒表示瑞典方面非常看好韩西林手中的项目，请求丁远志卖给自己一个人情。丁远志表示支持院里的决定。韩阔海找到韩西林，询问其何时提交项目，韩西林表示自己会提交，但要告诉自己当初院里为何会否决这个项目，被通无奈下，韩阔海告知当初这个项目被否决是因为林雅婕表示项目不合规。韩西林找到林雅婕质问当年为什么加入丁学坤的小组，但最后却向院里提交异议书。在韩西林的不断通问下，林雅婕不甘示弱，告知自己从医多年，根本不相信中医和人工智能的结合，韩西林对林雅婕更加怀疑，并向林雅婕说明，自己一定会查出丁学坤去世的原因。

次日项目大会上，韩西林意外宣布自己放弃项目研究，一直希望自己儿子韩西林能够有所作为的韩阔海大为震怒，众人对于韩西林放弃方案的事情议论纷纷。丁远志找到韩西林，觉得韩西林这么做是在施舍自己。会后，林雅婕来到司徒院长办公室，再次提起自己退休的事宜，司徒表示等瑞典考察团事成之后就同意其辞职。另一边杜友朝与老薛都确诊为帕金森，而治疗方案有两种，一种是药物治疗，另一种是比较昂贵的手术治疗。与此同时，丁远志在杜友朝口中得知，林雅婕与杜友朝曾经在国外做基因检测时遇见过。韩西林与老薛众人吃饭，也在老薛口中意外得知了曾经接受仓门基金救助的藏族姑娘卓玛的下落。

洪生在急诊室突然犯起癫痫，韩西林与丁远志及时赶到为其治疗。洪生病情得到稳定，韩西林借机从洪生父亲口中得知丁学坤与其的往事，并提及仓门基金在两个月前曾出现过一次断药的情况。因看不惯洪生对母亲任性的态度及对医护人员的不尊重，王成龙查房时与之发生冲突。护士站和科室内议论纷纷。丁远志办公室内，王成龙并不服气院里对于自己的处理方式。韩西林赶到，暂时支开王成龙，保护自己人的姿态展露。但协商结果却不尽人意，王成龙依然被停职，反倒令王成龙对韩西林产生了误会。王成龙将白大褂扔在韩西林面前便转身离去。

李翘告知韩西林，洪生决定不做手术，韩西林思索后，询问此决定出自患者本人还是其家属，此时苗豆豆慌张赶来，告诉二人，洪生绝食了！韩西林支开众人，当面戳穿洪生心里的小九九。他因病早已与社会脱节，如果手术成功，那么将变成一个没有借口失败的正常人，洪生没有这个信心面对。激动中洪生癫痫发作，因祸得福终于借此机会确认了致痫灶。潘小艾准备联系神外对洪生进行手术时，洪生母亲又因害怕术后儿子怪罪自己而拒绝。最终在洪生父亲的坚持下，洪生终于得以手术。洪生手术成功，洪生父母看着儿子老泪纵横。

回到老宅的丁远志拿出牡丹会会员卡，回想起钟文轩在病房里对自己说过的话，看着手中和钟文轩一模一样的会员卡，他想不通一生简朴的父亲为什么会出现在这样的场所里。丁远志在家中仔细查找，希望能找到关于父亲离世前更多的线索，一番搜寻后并未找到任何凭证，丁远志来到自己房间门口，突然脑中回想起母亲的离世时的往事，丁远志思考片刻转身离去。

李翘来到兰兰的病房，告知兰兰母亲会用其提供的资料对兰兰做研究，而且兰兰手术后会彻底康复，但兰兰母亲却并不开心。会议室内，丁远志带领众人探讨兰兰所谓的可以预测地震的奇异特长，并在接下来的24小时内不间断监测兰兰的脑电波。另一边韩西林再次来到了王五哥家，并没有如愿见到王五哥，转而在邮局工作人员那里得到了王五哥的电话号码。办公室内，丁远志拿起手机拨通了牡丹会的电话，证实了在老宅发现的“牡丹会”会员卡确实是丁学坤名下。另一边，韩西林一遍又一遍地拨打着王五哥的电话，却始终没人接听。

兰兰的病情终于确诊。兰兰的癫痫属于“心理问题”，她因从小有癫痫而备受歧视，而兰母更怕女儿被别人瞧不起，所以对兰兰十分严苛，致使兰兰有讨好型人格，而为了满足母亲的期望，兰兰的癫痫变成“癔性发作”。深夜，韩西林终于等到王五哥。在韩西林的不断请求下，王五哥终于开口。当年，丁学坤曾经答应自己帮助查尔图做医疗建设，王五哥将自己的积蓄全部交给了丁学坤。但到最后，丁学坤并没有兑现诺言，只给了一批维生素草草了事。在王五哥眼中，丁学坤就是一个道貌岸然的伪君子。在丁远志的引导下，兰母终于承认了自己的过错和对兰兰病情的隐瞒。丁远志希望兰母正视自己的问题，并决定为了兰兰母女二人的名誉，独自扛下所有的责任，阻止发布会的召开

次日，韩西林与丁远志赶往日本，潘小艾偷偷来到老中医楼。原来在韩西林回到九院之时就已经开始秘密改良化瘤丹了，出国的这段日子，韩西林嘱托潘小艾帮忙照顾实验室。而此时黑影人也偷偷来到老中医楼内。中日医学交流会，韩西林与丁远志在会场上遇到成田医院的副院长川田佳子，意外发现川田佳子也持有牡丹会会员卡。韩西林不顾危险，追问川田佳子是否见过丁学坤，川田佳子矢口否认，幸亏丁远志及时赶到，才得以解围。王恒之来到林雅婕办公室，将其拜托自己买的药交给林雅婕。

在童健妻子口中，韩西林得到了令人震惊的消息，原来，日本成田医院的副院长川田佳子一直想聘用丁学坤为成田医院的中医顾问。另一边，丁远志也从牡丹会服务员处得到消息，一直与丁学坤在牡丹会会面的正是川田佳子。丁远志找到韩西林，欲要去日本去找川田佳子对峙被韩西林拦住。两人分析，由于他们现在手上没有确凿的证据，无法让川田佳子坦白，而且九院所有的人都在隐瞒丁学坤与川田佳子的关系。二人商议后决定先不打草惊蛇，等待时机，查出真相。林雅婕回到九院，将丁远志询问自己之事告知司徒院长，司徒院长喃喃自语二人可能快到查到那件事了，并表示自己只希望尽快与瑞典考察团签约成功。

韩西林接到电话，竟有人投诉了自己。原来武得莉的儿子来到医院大闹，称其媳妇蔡宁因为吃了韩西林开的中药导致流产。此时的丁远志则选择相信韩西林，最后通过调查是武得莉害怕西药伤害到自己的孙子，偷偷将西药换成了维生素，导致其儿媳流产。李翘来到韩西林办公室对其表示感谢。韩西林与李翘的对话中得知，张蔷薇并没有出国，韩西林找到张蔷薇，纠问其离开的原因，并告知自己不能过多的参与九院的事情，一番周折之后，终于明白自己线索被切断的幕后主使，正是自己的亲生父亲韩阔海。原来韩阔海发现张蔷薇与韩西林联系之后，立即找张蔷薇谈话，勒令其不要再干扰九院的内部工作。

韩西林异常的行为让司徒院长与韩阔海心生疑问，司徒院长与韩阔海找到韩西林，询问为何突然同意成立化瘤丹改良小组，韩西林称这是自己母亲与丁学坤的遗愿，自己作为儿子和徒弟势必要完成。但司徒院长看着突然配合韩西林仍满腹疑问。准备前往九院迎接瑞典考察团的韩阔海被韩西林拦下，两人一同前往。而另一边，司徒院长率领众人前去迎接考察团。正当司徒院长与韩阔海认为韩西林与丁远志已经按照自己的计划进行之时，韩西林调转车头，带韩阔海往九院反方向的郊外开去。

韩阔海来到老中医楼，安慰着韩西林，并说明一切都不是韩西林的错，而是自己的错，因为是通过自己的介绍，丁学坤才与川田佳子相识。丁远志与许久未见的导师麦肯见面，麦肯告诉丁远志,韩阔海称韩西林已经同意研制化瘤丹了。麦肯要丁远志一定要盯紧化瘤丹的改良，自己会随时跟进进度。韩西林来到丁学坤墓碑面，诉说就算大家都说丁学坤是个骗子，自己也会一直相信他。但现在的自己会先将这件事情放下，开始努力改良化瘤丹，完成丁学坤和于墨葭的遗愿。韩西林将自己查到的“真相”以及“医疗日记”交给丁远志，而丁远志因为韩西林一直在欺骗自己并没有接受，将日记还给了韩西林。两人关系降至冰点。

正当韩西林与丁远志二人放弃调查之时，一次"上海国际医学交流会"让两人再次同行。与此同时丁远志从李翘口中得知，林雅婕并没有回老家，而是独自前往呼和浩特。此时，林雅婕正携带着一本相册秘密前往查尔图。韩西林与丁远志二人参加"上海国际医学交流会”，让二人倍感意外的是，这次出行竟然是川田佳子秘密邀请。川田佳子告知二人，“救心丸"是自己集合二十位专家，用了一年时间，在药渣中找到的配方，并以木森药业的名义在日本上市，丁学坤根本没有倒卖药方。更让二人奇怪的是，丁学坤的确向川田佳子要过钱，但—直没有说明要钱的用途，二人这时开始怀疑，写举报信的很有可能就是陷害丁学坤“倒卖药方"的真凶。

当年正是因为于墨葭与丁学坤不同意实行“双盲实验"，才使化瘤丹无法上市，这也成为司徒院长与丁学坤多年来的隔阂，自己的家庭也因此破裂。夜晚，林雅婕带着患有"阿尔兹海默症"的沈先知，与韩西林在医院门口相遇，林雅婕嘱咐韩西林—定要看好老中医的钥匙，说罢转身离去。韩西林来到当年丁学坤进行"流行病调查"的查尔图私立医院，在院长谷麦子口中得知，二人是通过王五哥相识，而且丁学坤当年答应让二人集资后为查尔图进行“基层医疗建设"，但最后丁学坤没有做到，只是给自己邮寄了一些普通的维生素。丁学坤"坑害偏远山区"的行为凿实，令韩西林再次陷入迷惘。

林雅婕从王恒之口中得知今晚韩西林就会回到九院。夜晚，林雅婕来给韩西林送饺子，却不料碰到黑衣人，林雅婕惊慌失措，意外摔下楼梯，昏迷不醒。而此时，丁远志利用仓门基金的收支明细，开始对仓门基金的善款捐赠人进行逐一排查，却意外发现“林雅婕”也一直在暗中调查。丁远志将发现告诉韩西林，二人决定在老中医楼见面，却不想看到了林雅婕昏倒在老中医楼内，丁远志背着昏迷不醒的林雅婕前去急诊进行抢救。韩西林赶回医院，发现林雅婕的记事本和钥匙全部丢失不见。而此时拿着钥匙的“黑影人”在林雅婕的办公室四处寻找着什么，丁远志与潘小艾来到林雅婕的办公室，交接林雅婕手中的病例，而丁远志发现林雅婕办公室的门没有锁，而此时黑衣人急忙从紧急楼梯处逃跑。

韩西林与丁远志二人觉察，此次事件绝非偶然。二人分析，林雅婕的意外可能也是有人蓄意为之，而这个人应该就在九院中。王恒之回到办公室后，迅速与谷麦子取得联系，并告诉对方自己拿到改良配方后会第一时间与其联系。韩西林与丁远志二人将林雅婕的保险箱拿到老中医楼，二人开始破解。最后通过林雅婕还给自己的老中医楼钥匙上的数字，顺利的开启了林雅婕办公室的保险箱。而此时王恒之代替林雅婕成为神内的主任，并告知李翘与潘小艾，沈先知的“阿尔兹海默症”并没有更好的治疗方法，需令其尽快出院。韩西林、丁远志二人拿出保险箱内的录音笔、相册、还有一幅写着“东方升气，动而为风”的字卷。

夜晚，沈先知在病房外散步，意外与王恒之相遇，王恒之不断地逼问沈先知是否认识自己，而沈先知似乎认出了王恒之，并一直大叫坏人。值班的郝大卫恰巧路过看到了这一切，王恒之让郝大卫将沈先知先送回病房。次日，沈先知出院，丁远志与韩西林前来送行，韩西林将自己为其调配的中药交给沈先知的儿子，并嘱咐如果沈先知想起了一些关于丁学坤的事情，一定要告诉自己。另一边，司徒院长将王恒之叫到办公室，王恒之原本以为司徒院长是要提拔自己为神经内科主任，却不想，司徒院长将原上海东浦医院神经内科主任刘智森聘请到九院，并让其主持神内工作，王恒之备受打击。在与刘智森的交谈中，像丢了魂一样。

韩西林与丁远志在研究丁学坤留下的字卷，不明白字卷中到底有什么线索。此时，王恒之坐在办公室，回想起两个月前在自己生日时请求丁学坤的画面。原来在王恒之生日当天，丁学坤对王恒之讲起仓门基金目前已经收到善款将近一百多万，而且最终可能会有将近五百万。而王恒之这时对丁学坤说出，自己找到了谷麦子，让其帮忙改良化瘤丹，并私自将沈先知捐赠的二百万善款交给了谷麦子。接着请求丁学坤将“仓门基金”里的钱借给自己一用，丁学坤不同意，并劝其尽快自首，而王恒之却拿出木森药业“救心丸”的配方威胁丁学坤，但丁学坤并不在意。

夜晚，韩西林对李泰和与胡自清表示王芷蘅脑中的肿瘤位置十分不好，所以自己想用化瘤丹试一试。而李泰和表示，如果这样就表明了化瘤丹改良成功，而之后韩西林所要面对的就是“双盲实验”。韩西林表示这是自己作为一个医生应该做的，并且让二人帮忙自己调查一下谷麦子。这时王芷蘅突发癫痫，韩西林急忙回到医院，并对丁远志表示自己要对王芷蘅使用化瘤丹。丁远志告诫其私自对患者使用化瘤丹后果有多严重，但韩西林态度坚决。而此时，郝大卫在老中医楼正在偷偷的拷贝着“化瘤丹”的改良记录。并将U盘交给王恒之，而王恒之将实习医生考察表交给郝大卫，并对其表示满意。

司徒院长将韩西林、丁远志、王恒之找到自己办公室，并询问韩西林是用什么方法治疗王芷蘅，韩西林表示司徒院长应该早就想到自己怎么治疗了，并道破司徒院长把王芷蘅留在神内，就是想让自己为其使用化瘤丹，司徒院长逼迫其将“化瘤丹”改良配方交出来，并用王芷蘅威胁韩西林开始进行双盲实验，韩西林不同意，表示如果明天在医院看不见王芷蘅，自己会删除所有“化瘤丹”的改良数据。深夜王恒之一脸焦急的给谷麦子拨打着电话，但对方没有接，而是微信询问其发生了什么事。王恒之表示自己准备在今天晚上动手。王恒之偷偷进入老中医楼拷贝“化瘤丹”改良实验数据，并让郝大卫在楼下等着自己。

韩西林表示卢宁在查尔图见过他，并得知当时王恒之带去查尔图的患者都患的是脑胶质瘤，王恒之利用韩西林去查尔图的消息之时将林雅婕骗到老中医楼，偷偷潜入林雅婕办公室想找到相册，但是没想到林雅婕将相册藏到了保险箱内，还逼迫沈先知出院。而他所做的这一切都是为了“化瘤丹”的秘方。王恒之还想辩解，韩西林让其自己去自首，此时九院所有人都出现在老中医楼内，原来这一切都是韩西林与众人在演戏，为的就是让王恒之露出马脚。而谷麦子在三天前就已经落网，一直假扮谷麦子与王恒之联系的正是丁远志。司徒院长质问王恒之为什么这样做，王恒之表示自己一直把九院当成自己家，但是家里的所有人都看不起自己。王恒之最终伏法，选择自首。

夜晚，司徒院长找到韩阔海，并问其为何突然不同意“化瘤丹”上市，韩阔海表示该放手了，但司徒院长坚持为了九院，自己一定会让“化瘤丹”上市。在车上司徒院长接到李翘的电话，林雅婕要出院，司徒院长急忙回到九院，而此时的林雅婕已经忘记了所有事情，只记得二人刚刚来到九院的往事，司徒院长看着眼前的林雅婕伤心不已。次日，韩西林与丁远志来到看守所看望王恒之，王恒之表示自己并不怪罪韩西林所作的一切。司徒院长也在韩西林与丁远志的劝导下，无限期延长“化瘤丹”的上市时间。查明真相的丁远志与韩西林站在丁学坤墓前，两人起誓，从今以后，秉承师父、父亲的遗志，完成化瘤丹改良，将中西医结合进行到底。