为报答剑心平安护送小操回家，曾任密探御庭番众的翁老帮剑心打探到刀匠新井赤空的消息，然而赤空早已过世多年，一行人便转向探访其子青空，但青空却表示自己已不再锻刀……

为取得剑心的消息，苍紫不但与志志雄组成同盟，甚至放任其手下袭击葵屋。而翁老为了阻止已化身修罗的苍紫铸成大错，决定重披战袍与苍紫一战……

翁老落败后，小操为了守护御庭番众，竟表明自己要取代苍紫担任新一任头子。另一方面，刻意在街上打架闹事的左之助，虽顺利在监牢里见到斋藤，却与关在另一间牢房的十本刀的「刀迷」张起了冲突……

为了阻止志志雄一伙的阴谋，剑心等人正快马加鞭地赶往大阪。出发前剑心写信求助京都御庭番众，期望借用他们的力量守护京都……

剑心等人顺利登上志志雄的船舰，然而四乃森苍紫却阻挡了剑心的去路。而位于京都的小薰等人，与御庭番众联手阻挠志志雄手下的放火行动时，意外遇上了盲剑客宇水……

志志雄的铁甲船炼狱在左之助的破坏下已濒临沉船。眼见火烧京都的作战计划失败，志志雄便向剑心等人提议择日再战……

扑灭京都各地的火势后，剑心等人也跟着御庭番众回到葵屋。而身受重伤的翁老醒来后的第一件事，就是拜托剑心杀了已化身修罗的苍紫……

志志雄发出战帖，指名要与剑心、左之助、斋藤决斗。决战的前一晚，难以入眠的众人齐聚屋外，各自展现赴战与保卫家园的决心……