이야기의 무대는 유희가 있던 시대에서 수 십 년이 흐른 계층 사회를 형성하고 있는 미래 도시, 네오 도미노 시티다. 네오 도미노 시티에서는 D∙휠이라고 하는 바이크 형 듀얼디스크를 사용한 라이딩 듀얼이 유행하고 있다. 듀얼 스타디움에서는 제143회 듀얼 킹 쟁탈전이 열리고 있고, 킹의 자리를 군림하고 있는 잭 아틀러스는 도전자를 물리치며 자신이 킹이라는 사실에 자부심을 느낀다. 한편, 네오 도미노 시티의 최하층 지대인 새틀라이트에서는 유성이가 새로 만든D∙휠을 점검하고 있다. 그의 목적은 잭이 있는 시티로 가는 것. 그런 유성을 위해 랠리가 새로운 칩을 가지고 온다. 덕분에 D∙휠의 성능은 좋아지지만 그 칩은 도난품으로 시큐리티의 추적을 받게 된다. 유성은 친구들을 안전한 곳으로 대피시키기 위해 D∙휠을 타고 시큐리티를 따돌린다. 막다른 곳에 이르자 유성은 시큐리티 대원인 우시오에게 듀얼을 제안하고 듀얼리스트인 그는 유성의 제안을 받아들인다.

유성 vs 잭의 마지막 싸움. 드디어 잭과의 듀얼에 승패가 정해지고, 유성은 자기가 갈 길을 결심한다. 마찬가지로 잭과 크로우, 아키, 루아, 루카도 그 싸움을 보고 자신들이 가야 할 길을 정한다. 그리고...