休伯特的“地动说”震撼了拉法尔，尽管深知其异端性质，他仍无法抑制求知欲；休伯特被异端审判官处决前，将隐藏信息的天体模型挂坠托付给拉法尔，后者最终揭开了秘密。

拉法尔去世十年后，决斗代理人奥科吉对生活失去希望，而同事格拉斯从天体观测中找到意义；两人接到护送异端者的任务，奥科吉保持警惕，格拉斯却被异端者的言语深深影响，心态悄然改变。

受异端者影响，格拉斯放弃任务并与诺瓦克对立，奥科吉震惊于异端者的行动；两人逃过一劫后，在深山发现古老石箱，格拉斯提议找人鉴定，而突发情况迫使奥科吉做出艰难抉择。

在审讯室内的医疗区域，受伤的奥科吉苏醒过来，看到诺瓦克正站在一旁。诺瓦克将他保留下来，是希望能从他口中获取情报。

奥科吉饱受诺瓦克折磨，看不下去的巴德尼最终选择了坦白。地动说资料遭教会没收，巴德尼和奥科吉被判处死刑。两人虽接受了自己的命运，但坚信地动说的火种绝不会因此熄灭。

诺瓦克认为他心爱的女儿作为异端被处决了。克拉莫夫斯基神父偶然发现了一封来自巴德尼的信，里面包含了一个不同寻常的请求。

"异端解放战线"首领约伦塔意图通过活版印刷术传播"地动说"并揭露教会黑幕。失去生存意义的诺瓦克终日沉溺酒馆，却与曾亲手摧毁的"地动说"再度相遇......