Sydney accetta di sottoporsi ad una terapia sperimentale condotta da un eccentrico dottore. Ma la mente di Sydney si dimostra molto resistente alle sollecitazioni. Lindsey fa un accordo con Sloane: il suo silenzio in cambio della morte di Sydney Brystow.

Per scoprire qualcosa di più su di St. Aidan, Sydney sottrae Will dalla custodia protettiva. I due vanno in missione e recuperano un cubo contenente il DNA di Rambaldi. Inoltre si imbattono in Allison Doren. Lindsey arresta Jack e Vaughn per la fuga di Syd. Sark uccide il dottor Brezzel. Sark ha rapito il redivivo Andrian Lazarey.