ווהן מספר לסידני ששרידי גופתה נמצאו לפני שנתיים, אך היא בטוחה שהוא כפיל. סידני מגלה שאביה נשלח לכלא לאחר שיצר קשר עם אמה, ויוצאת להשיג שבב יקר ערך שבעזרתו תפתח במו"מ לשחרורו.

ארגון האמנה מצליח לשחרר את סארק מידי ה-סי-איי-איי. מתברר שסארק הוא בנו של דיפלומט שסידני חיסלה, שירש הון עתק אותו הוא מעביר לאמנה. ווהן חוזר לעבוד ב-סי-איי-איי. סידני פוגשת את אישתו של ווהן.

ווהן חוזר לעבוד בסוכנות. סידני ולורן, אשתו, לא מפסיקות לריב. דיקסון שולח את השלושה למשימה ברוסיה. עליהם להגיע ל-"מיזם מדוזה", נשק אנטי-לווייני שסארק מנסה להשיג.

סידני מבחינה בכך שכשלזרה נרצח, מילותיו האחרונות הן "ג'ול" או "ג'וליה". במהלך שליחות סמויה, היא מוצאת קצה חוט שמאיר על עברה, כשראש הצוות שבו היא מושתלת מזהה אותה כג'וליה.

סידני מתקשרת לאביה ומספרת שדקרה את ווהן ושולחת את וייס למצוא אותו. ווהן מאושפז במצב קשה, מה שמוסיף למתח בין סידני ללורן. סארק משתמש בנשק ביולוגי שנגנב מספרד כדי לשחרר סוחר נשק מהכלא.

דיקסון ממנה את סידני כמפעילה של סלואן במקום לורן, זאת בעקבות התגלית שאליסון חיה ועובדת באמנה. ווהן וסידני יוצאים לחפש אדם שבורח מהאמנה. אליסון וסידני נפגשות, אך אליסון חסה על חייה.

סידני יוצאת למשימה עם סלואן בסין כדי להשיג כלי נשק שהאמנה ביקשה מסלואן לגנוב; היא אמורה לקלקל את הנשק לפני שיועבר לאמנה, ותוך כדי כך סובלת מסיוטים ושוקלת לעבור ניתוח להשבת זיכרונה.

סידני מעונה במחנה מעצר של ה-סי-איי-איי, בניסיון לגרום לה לפענח מסר מקודד שנמצא בדירתה ברומא. כשהיא מסרבת, לינדסי מחליטה לבצע בה ניתוח גירוי עצבי. ג'ק, ווהן וסלואן מתכננים פעולת חילוץ.

לאחר חילוצה של סידני מהכלא, היא מגיעה אל מדען המצליח לעורר בה זכרונות נשכחים המזעזעים אותה, ומסתבר שלא ייתכן שסידני רצחה את לזרה. לינדסי מבקשת מסלואן לרצוח את סידני.

סידני מנסה לשחזר את זכרונה ולשם כך יוצרת קשר עם ויל, הנמצא בתכנית להגנת עדים, מה שמוביל להיתקלות בינם לבין אליסון וסארק. לינדסי עוצרת את ווהן וג'ק, בטענה שעזרו לשחרר את סידני.

סידני נחטפת מדירתה ע"י קנדל, ראש המחלקה למחקר מיוחד, המספר לה את האמת אודות השנתיים החסרות בחייה. לזרה נורה למוות ע"י פעיל של האמנה. ווהן מתעלם מסידני.

ווהן וסידני נלכדים ע"י הצבא הקוריאני במהלך משימה. ג'ק מבקש את עזרתה של אירינה בחילוצם, אך היא דורשת בתמורה את חיסולו את סלואן. ווהן מתוודה בפני סידני שהוא עדיין אוהב אותה.

ווהן וסידני יוצאים בעקבות 'אג'נדת דולאק', ספר המכיל מידע רב על האמנה. אישתו של מרשל יולדת. לורן וסארק רוצחים את 6 ראשי האמנה, בתקווה להחליף אותם. סלואן כמעט חושף את סודו.

ווהן וסידני יוצאים בעקבות מטען פלסמה שנמכר לטרוריסטים. סארק ולורן גם יוצאים בעקבות המטען ותוך כדי כך מתחיל להתפתח ביניהם רומן. סלואן חושף בפני ד"ר ברנט סוד שעשוי לזעזע את סידני וג'ק.

סידני ו-ווהן מוכרחים לשכנע את יצרן הפצצות דניאל ראיין שהם חלק מהאמנה כדי שיגלו איפה הוא החביא את אחד מהפצצות שלו. אבל סידני מגלה שקשר שיש לה לראיין עלולים להוביל אותו למשימת התאבדות.

סידני מנסה להציל את ילדיו של דיקסון שנחטפו ע"י סארק. מעמדה של לורן כסוכנת כפולה נמצא במבחן כשהיא מגלה שעליה לעבוד עם אביה.

במהלך החיפוש אחר המפתחות לקופסה שבידיו של סארק, ווהן וסידני נאלצים להשתתף בעימות קטלני בלב ים. ג'ק מתחיל לחשוד שלורן היא החפרפרת בארגון. ווהן מודיע ללורן על כוונתו להתגרש ממנה.

ווהן וסידני יוצאים בעקבות האקר שעזר לאמנה לאתר מידע על "הנוסעות", אך לפני שהם מדובבים אותו, הוא נורה. סידני בטוחה שלורן אשמה בכך, אך ווהן לא מאמין לה. לורן חוששת שהאמנה רוצה במותה.

ווהן מספר לג'ק וסידני שגילה ראיות לפיהן לורן עובדת עבור האמנה. סידני מגלה ש-"הנוסעת" היא אחותה. אמה של לורן מבינה שווהן הערים על בתה. סלואן מוצא להורג בעוון פשעיו.

מסתבר שסלואן לא מת והוא מצטרף לג'ק וסידני בחיפושיהם אחרי "הנוסעת". ווהן מגלה סוד אודות אביו מתומס בריל, אולם אז הוא נלכד ע"י סארק ולורן, המענים אותו כדי להשיג מידע על "הנוסעת".

סלואן מזריק לנדיה את סם החיים של רמבלדי, והדבר גורם לה להתחיל לכתוב משוואה מפורטת. ווהן וסידני יוצאים לחלץ את נדיה, אך ווהן משנה כיוון ויוצא בעקבות לורן. ג'ק מציע לווהן להיפטר מלורן.

פרק אחרון לעונה: לורן גונבת חומר מסווג מה-סי-איי-איי. ווהן מתעמת עם עברו במהלך המרדף אחרי לורן. נדיה מתלבטת אם לבטוח באביה. סידני עולה על תגלית שגורמת לה לפקפק בכל הסובבים אותה.