בפרק פתיחת העונה השנייה, הפסיכולוגית של הסי-איי-איי מנסה לדובב את סידני בריסטו על ענייניה האישיים. סידני נזכרת בהרפתקאותיה ומספרת לה שאמה הסגירה את עצמה ושהיא מוכנה לשתף פעולה.

ארווין סלואן, מנהיג אס-די-6, מתקבל כשותף מלא ב-"ברית", אירגון חשאי המנסה להשתלט על מוקדי כוח בעולם. הוא שולח את סידני כדי להשיג דיסק בעזרתו יוכל לסחוט אנשים.

סידני ממשיכה להיעזר באמה, למורת רוחו של אביה שמנסה לעשות הכול על מנת לעצור אותה. סידני יוצאת לחפש תיבת נגינה שהסתיר מיילו רמבלדי 500 שנה קודם לכן.

התקרבותה של סידני לאימה מובילים את ג'ק לצעדים דרסטיים כדי להבטיח את שלומה של ביתו. בינתיים, וויל נתקל באישה מיסתורית שמנסה לשכנע אותה לחזור לסיפור על ה-אס-די-6.

סידני מגלה סוד מחריד כשהיא נשלחת למשימה לאיתור דור חדש של כלי-נשק. בינתיים, ווהן חושד שג'ק מנסה להפליל את אירינה כדי להרחיק אותה מסידני. סלואן מגלה לג'ק את האמת על מותה של אמילי.

אמונה של סידני בג'ק מתחיל לדעוך. בינתיים, סידני ו-ווהן נמצאים בסכנה לאחר וייתכן שהם נחשפו לוירוס קטלני בזמן המשימה בטאיפה; התעלומה סביב מותה של אמילי מתחילה להיפתר. ווהן מגייס את וויל לעזרה בחקירת מקרה מסויים.

ווהן נדבק בווירוס מסתורי. בתמורה לתרופה שתציל אותו, סידני מסגירה את סלואן, ראש ה-אס-די-6 לידי סארק, המנהל את הארגון של דרבקו. בשובה לארה"ב, היא מגלה שסארק וסלואן הפכו לבני ברית.

סארק מוסר לסלואן צפני הפעלה ל-6 ראשי נפץ גרעיניים, הנמצאים בידי קבוצת טרור. סידני ואביה יוצאים לקשמיר כדי לחלץ משם את ראשי הנפץ, ואמה של סידני משוחררת מהכלא כדי לעזור להם.

סידני ואביה יוצאים לקשמיר כדי לחלץ משם ראשי נפץ גרעיניים שהגיעו לידיהם של מורדים פקיסטנים ואמה של סידני משוחררת מהכלא כדי לעזור להם. במהלך המשימה, מתברר למי נתונה נאמנותה של אירינה.

סלואן שולח את סידני עם מרשל לפעולה בלונדון. כאשר מרשל נורה ע"י חץ הרדמה, הדבר מסכן את הפעולה וה-סי-איי-איי מחליטים לחטוף אותו ולהוציאו מה-אס-די-6. ג'ק בריסטו מגלה שהוא עדיין נשוי לדרבקו.

סידני ודיקסון יוצאים לחלץ את מרשל, שנחטף ע"י אנשיו של קווה. אריאנה קיין ממשיכה לרדוף את ג'ק. טיפין מתקבל לעבוד ב-אף-בי-איי כמנתח חומר מסווג. סידני מתוודה בפני פרנסי שהיא מאוהבת במייקל.

במהלך משימה משותפת, ווהן וסידני יוצאים לארוחת ערב משותפת, מה שמוביל לחשיפת ווהן כסוכן ה-סי-איי-איי ולתקיפה של שניהם. קיין ממשיכה לרדוף אחרי ג'ק, שבינתיים מגלה עליה עובדות מעניינות.

לאחר שסלואן לא חוזר מחופשה, הברית ממנה לו מחליף, המגלה שג'ק וסידני הם סוכנים כפולים. סידני חושפת מסוף לא ידוע של הברית, והמידע שנמצא בו עשוי להיות המפתח להפלת הברית.

ווהן וסידני מחלצים את לנוקס, סוכן סי-איי-איי, מידי מדען שהמציא מכונה לשכפול בני אדם. כאשר סידני מנסה להשמיד את המכונה בעזרת לנוקס, הכפיל שלו מתערב. בחדרה של סידני מושתלת מצלמה.

סידני מבקשת להתפטר מה-סי-איי-איי, אך קנדל לא מקבל את התפטרותה. סלואן חוטף מדען ואת משפחתו, כדי להכריח אותו להרכיב מתקן של רמבלדי. סידני מנסה לעצור את סלואן אך הוא חוטף אותה.

סלואן נוטש את סידני ומרכיב נשק קטלני, שבעזרתו הוא רוכש בן ברית בדמותו של בעל צבא פרטי מפקיסטן. ווהן מאתר את מכשירי הציתות בדירתה של סידני. דיקסון מתחיל לעבוד למען ה-סי-איי-איי.

סידני מתחילה להטיל ספק בנאמנותו של ווהן כשהיא מגלה דרך סוכן הסי-איי-איי. ייגר שהוא נמצא תחת חקירת הסוכנות. בינתיים, אירינה וכתב-יד של רמבלדי מונחים כפיתיון כדי לתפוס את סלואן, אך אז בדיוק קורה הלא-צפוי...

ה-סי-איי-איי מאתר את אירינה דרבקו בגרמניה, אך כושל בלכידתה. אמילי סלואן מדווחת לקונסוליית ארה"ב בפירנצה על מיקומו של בעלה. ווהן וסידני יוצאים ללכוד את סלואן ואירינה בטוסקנה.

סידני מתריסה נגד אביה בנסיונה להציל את ניל קפלן, המדען אותו חטף סלואן, בזמן שסלואן בעצמו שמחפש נקמה על מות אשתו נעשה מסוכן יותר מתמיד. בינתיים, פראנסי מפעילה מניפולציות על וויל, שאינו חושד בכלום, כדי להשיג מידע על קשריו ב-סי-איי-איי.

מרשל חושף פרופיל של די-אן-איי אנושי בכתבי רמבלדי, ושולח את סידני ודיקסון בעקבות האדם לו שייך הפרופיל. סלואן מבקר במנזר בנפאל ומקבל מנזיר מסמך שאמור לשנות את מהלך ההיסטוריה.

ויל נעצר בפקודתו של ג'ק, שכן ב-סי-איי-איי משוכנעים שהוא הכפיל השני שמרקוביק שכפל עבור סלואן. סידני מנסה לעזור לו לטהר את שמו, אך הוא נמלט מידי ה-סי-איי-איי במהלך ניסיון לחטוף אותו ולהורגו.

בפרק האחרון לעונה, סלואן מתחיל להוציא לפועל את תוכניתו הגדולה, וויל מנסה להבין מי הוא הסוכן המשוכפל השני, ומרשל מוצא אהבה.