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药局的药剂师草刈萤与邮递员悟郎结婚两年半了。但你侬我侬的状态只在新婚之初存在过，现在他们因为生活习惯、价值观的不同而频频发生争吵，已经不得不面对离婚的危机。实际上小萤与悟郎都有着绝对不能说的秘密。小萤是甲贺忍者，悟郎是伊贺忍者。他们是日本历史上针锋相对的两大忍者的末裔。甲贺一族的小萤身边有人气赛马师姐姐朋乃枫，就读于大学药学部、通过直播赚钱的网红妹妹小雀。她的父亲龙兵在妻子去世后，把忍者的工作托付给小萤，一个人住在公寓里酗酒度日。另一方面，伊贺一族的悟郎身边的伙伴有发小儿、邮局同事、出身名门的音无祐树，在外资保险公司工作仍是单身的发小儿风富小夜，因为不是继承人而没进行忍者修行的祐树的妻子惠美。率领他们的是小夜的祖父、伊贺一族的最高首领风富城水。这时，小萤接到命令掌握执政党民事党国会议员赤卷章介的丑闻。另一方面，察觉到身边怪事的赤卷那边秘密委托伊贺一族担任他的贴身警卫。

表面是药剂师实际是甲贺忍者的草刈萤奉命寻找执政党的国会议员赤卷章介吸毒的证据。她潜入赤卷的府邸，与赤卷对峙。另一方面，平时是邮递员实际是伊贺忍者的小萤的丈夫悟郎在护卫赤卷府邸时发现了可疑人物。他用飞镖攻击对方，但对方逃走了。然后，他和音无祐树一起发现赤卷被毒杀身亡。小萤受不了总是不合拍的婚姻生活，留下离婚申请书给悟郎后离开家，暂住在父亲月乃龙兵的公寓中。她向妹妹小雀说明了在赤卷府邸发生的事。与此同时，在伊贺的本部长松下升听悟郎汇报说赤卷被毒死，从现场逃走的可疑人士可能是甲贺忍者。于是，松下命令悟郎他们一定要抢在警察前面抓住逃走的甲贺忍者。

一直没能讲明心情的小萤和悟郎终于同意离婚。这时，小萤奉命阻止以慈善活动为目标的炸弹恐怖袭击。但是，实际上这个恐怖炸弹袭击的情况伊贺忍者布下的圈套，为的引出杀害议员的甲贺忍者，因为在活动派对上甲贺支持的在野党未来党的党首会致辞。悟郎他们工作的邮局避长、伊贺忍者熊泽治命令悟郎等忍者作为邮局的志愿服务人员混进会场，抓住会阻止所谓恐怖分子的甲贺忍者。为了不误伤普通参与者，这场派对必须忍者带着家属参加。音无祐树知道悟郎要和小萤离婚，于是就劝悟郎以不交离婚申请书为理由说服小萤出席活动。另一方面，小萤和父亲月乃龙兵也考虑到这场派对可能是伊贺家布置的陷阱。于是，小萤请自称曾阻击过炸弹袭击的龙兵调查会制造炸弹的人物。这时，小萤与悟郎再会，悟郎诚惶诚恐地提起参加派对的事。正苦思潜入派对的方法的小萤表面上装得不情愿，实际上为有这样的好机会而开心。

甲贺忍者小萤因为在派对会场的炸弹快爆炸时丈夫悟郎出手保护她而怀疑悟郎事先知道有炸弹。另一方面，伊贺忍者悟郎也在小萤的包里发现了标记着装弹安装位置的地图，怀疑小萤与恐怖分子有关。二人都惹无其事地想从对方那里套取情报。与此同时，音无祐树在自家客厅检查着活动会场设置的监控摄像机拍下的画面。他第二天早上必须向总部提交报告。但是，看录像时他注意到什么问是，不禁焦躁起来。其妻惠美发现丈夫样子奇怪，就问他是不是因为今天的爆炸。音无说不能提任务的事，然后离开了家。第二天，悟郎到邮局上班，听局长、伊贺忍者熊泽治说，音无无视总部的召唤，而且失踪了。在伊贺总部，音无根据某人知道有第二枚炸弹，推测他是向甲贺通风报信的内鬼。另一方面，惠美担心离家后就联络不上的丈夫，带着女儿来找小萤。

小萤下班后到肉店买做炸鸡用的肉。这时早上出门前她和悟郎说好的。悟郎得知今天小萤会回家，特别高兴，特意为小萤买了无酒精的啤酒，兴奋地准备回家。但是，回家后，悟郎的表情大变。白天，他被召到伊贺总部，确认赤卷议员遇害后的防盗录像。他在录像上看到了酷似小萤的高个女性。而且，画面上的女性的小动作与悟郎见惯了的小萤的动作一模一样。但是，悟郎没有向伊贺上层汇报这些。事后，悟郎对于回家有些犹豫，顺路来到忍者居酒屋，反复回顾赤卷案件和恐怖炸弹袭击发生时小萤的言行。但是，他回忆不起决定性的证据，脑子一片混乱。另一边，小萤正为悟郎迟迟不归而气愤时，接到妹妹的电话说大姐昏迷不醒已被送往医院。小萤想法子骗取过好在此时回来的悟郎，赶赴医院。

小萤得知丈夫悟郎是伊贺忍者，而悟郎也发现小萤是侵入赤卷议员府邸的甲贺忍者。悟郎回到家，与出来迎接的小萤对峙，双方都隐藏了武器。在吃晚饭时，他们都关注着对方一举手一投足的动作。但因为没做好心理准备，他们都没有采取行动。二人不约而同地决定明天再动手，就这样度过了无眠的一夜。早上，正做着伸展运动的小萤，飞快地接住了从背后突然袭来的飞镖。以此为信号，小萤和悟郎展开了激烈的交锋。两人都对对方的能力之强感到惊讶，但仍缠斗不休。

互相得知对方真实身份的小萤和丈夫悟郎在自己家里打了起来。但是，在房间打斗时二人又回忆起在这里度过的幸福时刻。打到最后，悟郎喊着“我爱你”，然后抱住小萤。小萤也亲吻了悟郎。二人停止战斗，重新整理了最近发生的事。小萤用无人机侦察了赤卷议员的家，正是这个原因导致悟郎没能如约去餐厅和小萤约会。小萤潜入赤卷家时发现议员已经死了，而会场上的炸弹本应是为捉住甲贺而设的陷阱，但上级却命令将假炸弹换成真的。正当二人盘点这些情况时，悟郎突然说想继续和小萤做夫妻。另一方面，风富小夜怀疑杀害赤卷议员的是甲贺忍者小萤。她向祖父、伊贺忍者的总统帅城水说明情况后，做出了一个决定。某天早上，悟郎向小萤提议寻找杀害议员的凶手。他认为在处理伊贺与甲贺通婚的大问题之前，首先要证明小萤是清白的。这时，月乃雀的社交账号收到一封邮件，上面写着“轻举妄动者必遭天谴”。自称叫“shuriken”的人正监视着小雀的一举一动。与此同时，小萤也收到甲贺同伴们发来的警告，知道敌人在盯着自己。

小萤与悟郎感情升温的瞬间，她的智能手机忽然响了。她警惕地接通电话，耳边传来《命运》的旋律。那是甲贺忍者警告有危险的暗号。音无和小夜拜访草刈家。小萤让悟郎接待客人，自己藏在了二楼卧室。悟郎佯装无事，把二人接进门来。小夜开门见山，问悟郎那个高个子甲贺女忍者是不是小萤。她早就注意到悟郎看监控录像时表情有异。她还拿出证据，例如小萤在抓捕跟踪小雀的变态时身手不凡、女扮男装潜入会场并知道处理炸弹的小雀的名字等等。小夜要听悟郎自己说出真相。尽管如此，悟郎还是坚持小萤是普通女人。小夜通过水槽的状况发现悟郎家里有两个人吃饭，意识到小萤就藏在这里。但是，当她上二楼查看时，却没找到小萤。悟郎向小夜提出由自己找小萤谈谈，从她嘴里套出实情。音无同情悟郎，也帮忙说好话。小夜接受了悟郎的提议，但只同意等24小时。

甲贺忍者小萤掌握了遇害的赤卷议员与音无之间有毒品交易的证据。她怀疑杀害议员的真正犯人是音无，于是通知了正前往伊贺总部的悟郎。但是，当悟郎准备去和小萤会合时，却遭人袭击，被关了起来。他苏醒后，发现眼前人是音无为首的伊贺忍者。音无问悟郎从小萤那里听说了什么。悟郎表示只能告诉音无一个人，要求与音无单独谈话。另一方面，小萤在悟郎引导下来到伊贺总部，结果遇到伊贺忍者袭击，不得已只能逃走。而一个意外的人出手解救了小萤的危机。得以与音无单独相处后，悟郎单刀直入，质问是不是对方杀了议员。

小萤与伊贺忍者风富小夜对峙。她求小夜放了被监禁的悟郎。小夜则以悟郎的自由为交换条件，要求小萤接受伊贺的任务。那个任务是刺杀某人。小夜承诺，如果小萤完成任务，就不制裁悟郎。小萤回到家，马上开始调查讨论会会场。另一方面，小夜把暗杀小萤的任务交给音无。音无问如果悟郎知道此事该怎么办，小夜回答：“只要不告诉他他就不会知道，反正那两个人不会再见面了。”仍被监禁的悟郎根本不知道此事，以为小萤已平安逃走了。小萤按照父亲月乃龙兵的建议，同时向妹妹小雀，以及和小萤一起行动的伊贺忍者宇良豹马，传达了伊贺交付的暗杀委托。龙兵知道小萤已下定决心，叮嘱她务必活着回来，然后目送她离开。

小萤与悟郎到遇害的赤卷议员的府邸调查。这时，小萤的妹妹打来电话，通知说杀害她们母亲的叫齐藤的男人，真实身份是伊贺的总帅风富城水。悟郎听后大为震惊。离开赤卷家后，小萤他们遭人突袭。悟郎为保护小萤中了飞镖。袭击他们的人就是小夜。悟郎在小萤的怀抱中渐渐失去了意识。数日后，小萤守护在仍昏迷不醒的悟郎身边。二人住在位于长野的山中小屋内。这是小萤的姐姐月乃枫为他们准备的。另一方面，城水为救患癌症时日无多的儿子城一郎，正在寻找小萤。而小萤小落不明。城水非常烦躁，命令本部长松下长升尽快找到小萤。与此同时，小萤的父亲龙兵也失踪了。