דרמת מתח זוכת פרסי האמי וגלובוס הזהב בכיכובו של קיפר סאת'רלנד המגלם את ג'ק באוור, סוכן ביחידה ללוחמה בטרור. כל פרק מתאר שעה אחת במהלך יממה בחייו של באוור בעודו מנסה לעצור את איומי הטרור על מולדתו.

ג'ורג' מייסון משבית את הפעילות בלוט"ר, וג'ק נאלץ למצוא דרך יצירתית כדי לעקוב אחרי קצה חוט אפשרי בזמן שנינה וג'יימי מחפות עליו בהיעדרו. פאלמר מגלה איך נודע לכתב על מה שקרה לבנו, ובמקביל ג'ק מגלה שבתו קים וחברתה נחטפו.

ג'ק נוקט בפעולה דרסטית כדי לזכות בשיתוף פעולה עם האדם היחיד שיכול לעזור לו להציל את קימברלי, אך נתקל במייסון שמסכן את תכניתו. בינתיים, פאלמר מחליט להיפגש עם הכתבת שרוצה לחשוף פרטים על בנו.

אחרי ששלח תמונות של שלושת המתנקשים לסנטור פאלמר, ג'ק ומייסון מגלים כי בין אליזבת לאלקסיס יש רומן. בינתיים, אנשיו של דרייזן מצליחים לאתר את טרי ואת קים, למרות שהן שוהות בבית בטוח.

ג'ק משתמש באליזבת כפיתיון בכדי לתפוס את אלקסיס. בינתיים, טרי סובלת מאובדן זיכרון, ומנסה לאתר מקומות מוכרים. ג'ק מגלה שנינה יצאה מהבית הבטוח מוקדם מדי ושטרי יודעת על הרומן ביניהם?

ג'ק מתחזה לאלקסיס והולך לפגוש איש קשר שעשוי לתת לו מידע חיוני, אבל סוכן שנוטר לג'ק טינה עלול לסכן את הצלחת המשימה. בינתיים, טרי, נלקחת חזרה אל ביתה.

ג'ק ומייסון מחליטים לבדוק כתובת שפאלמר מצא בתיק האבוד על דרייזן, ומגיעים למקום שומם שרשום כשמורת טבע. פאלמר מתוודה על הכל במסיבת עיתונאים, והאיש שנשכר לחסל את טרי מגיע לביתה ומאיים עליה.

מייסון מחליט לחזור ללוט"ר ולתחקר את אלקסיס, וג'ק ממשיך לחפש רמזים באזור ומוצא כלא ממשלתי שמור שבו מוחזק אסיר סודי במיוחד. קים נלקחת למעצר, ונחקרת ע"י המשטרה.

פאלמר מקבל בשורה משמחת בנוגע לבחירות המקדימות. ויקטור דרייזן ובנו מצליחים להשתלט על מתקן הכליאה ותופסים את ג'ק כבן ערובה. קים מצליחה לשכנע את חוקרי המשטרה שהיא דוברת אמת אך מוצאת את עצמה בתסבוכת נוספת.

ויקטור מחזיק בג'ק ורוצה להרוג אותו, אך ג'ק מרוויח זמן בכך שהוא אומר לדרייזן שהוא יודע את מיקומו של אלקסיס. אנדרה מתקשר ללוט"ר ומבקש לבצע עסקת חליפין: הוא יקבל לידיו את אלקסיס ובתמורה ישחרר את ג'ק.

ג'ק מקבל הוראה מוויקטור למסור לידו של פאלמר טלפון נייד. ג'ק מנצל את ההזדמנות ומפיץ שמועה שהסנטור מת, אך נינה מודאגת שיש "חפרפרת" בתוך היחידה.

בפרק סיום העונה, קים מצליחה לחמוק מידיהם של הדרייזנים, אך נינה מספרת לג'ק שקים מתה, וגורמת לו לרדוף אחריהם כדי לנקום את מותה. בינתיים, הסוכנים בלוט"ר ממהרים לגלות מי החפרפרת השנייה, אך האם יהיה זה מאוחר מדי?

שנה לאחר תום האירועים בעונה הקודמת, ג'ק באוור נקרא ע"י דיוויד פאלמר, למצוא פצצה גרעינית שארגון טרור בשם "הגל השני" מאיים לפוצץ בלוס אנג'לס. בינתיים, קים עובדת כשמרטפית לילדה שאביה מכה את אמה.

בדרכו ללוט"ר ג'ק לומד על חברי קבוצת הטרוריסטים, ומחליט לעבוד תחת מסווה ולהתחזות לג'ק ראוש, פושע שעבד בעבר עם ג'ו וולד. במקביל, פאלמר נאלץ להתמודד עם משבר חדש, לאחר שמידע על האיום הגרעיני דלף לתקשורת.

ג'ק מגלה כי המטרה של הטרוריסטים היא לפוצץ את לוט"ר, והוא מנסה להזהיר את חבריו. בינתיים, מייסון מגלה את המעבדה ששימשה לבניית הפצצה הגרעינית, אך העניינים מסתבכים והוא מוצא עצמו בסכנה.

ג'ק מצליח לאתר את ג'ק וולד ומנסה לשכנע אותו שיגלה לו מי רוצה לפוצץ את לוט"ר. מייגן חוטפת התקף ומובהלת לחדר מיון שם הצוות חושד שקים היא זו גרמה לפציעות שלה.

קים נתקלת בגארי בבית החולים והוא מאיים עליה שאם היא לא תתרחק מהמשפחה שלו, הוא יקרא לשוטרים שמסתובבים שם. טוני נשלח לחקור את רזה נאיר, וג'ק מגלה שמייסון נחשף לרמות גבוהות של קרינה גרעינית.

ג'ק מתחיל את החקירה מול נינה ומנסה לאלץ אותה לחשוף את איש הקשר שלה. פאלמר מופתע מביקורה של שרי, אשתו לשעבר, שטוענת שיש בממשלה שלו אנשים שקושרים נגדו. קים ומיגל מתכננים להוציא את מייגן מבית החולים.

בזמן שג'ק טס עם נינה לוויסליה כדי למצוא את איש הקשר שלה, דיוויד פאלמר מתחיל לחקור מי קושר נגדו בממשלה. שרי מקבלת סיווג ביטחוני זמני ומצליחה לעצבן את לין. קים ומיגל מסתבכים כשהם מנסים להימלט מלוס אנג'לס ונתפסים.

קים מצליחה להתקשר ללוט"ר ולבקש שיבואו לשחרר אותה מהמשטרה, אך בטעות היא מגלה לאחד השוטרים על הפצצה. במקביל, רון וילנד העיתונאי מצליח להשתחרר ממעצר ומדווח בשידור חי על הסכנה שמאיימת על ארה"ב...

מייסון מסיט את בוב ורנר נגד רזה כדי לגלות מי מהם עובד עם הטרוריסטים. בינתיים המטוס של ג'ק ונינה מתרסק וכעת עליהם להתמודד יחדיו מול קבוצת חיילים שמנסה להרוג אותם. (אקי אבני בתפקיד אורח).

שני בוגדים נחשפים... האחד הוא החפרפרת בממשל פאלמר שעובד עם סטנטון, ואילו השני הוא חבר של משפחת ורנר, שעזר לסעיד עלי להבריח את הפצצה לארה"ב. בינתיים, ג'ק מגלה את מיקומו של עלי ומנסה להציל את קייט.

ג'ק שולח את קייט למסגד כדי שתזהה את סייד עלי. היא מזהה אותו, אבל מתברר שגם הוא זיהה אותה... בינתיים, פאלמר מורה לעצור את סטנטון, ומבקש מאחד מסוכני השירות החשאי לחקור אותו.

בזמן שג'ק מנסה להוציא מידע מעלי, בוב ורנר חושף מידע חשוב על מעורבותה של מארי בסיוע לטרוריסטים. לין מתחילה לחשוד בשרי וחוקרת את המעורבות שלה עם סטנטון, בעוד שקים מקבלת עזרה מצייד מסתורי שמציע לה מקלט ביער.

ג'ק מגיע לאיזור שדה התעופה ומתקרב למציאת מיקומה של הפצצה. בינתיים סטנטון מגלה שהוא ידע לאורך כל הזמן על הפצצה, ואפשר את הברחתה לתוך המדינה.

פאלמר יוצר קשר עם גורם בסי-איי-איי שמאשר שסטנטון ניסה לגייס את שרי כדי שתעזור לו לחתור תחתיו. בינתיים, קייט מוצאת את מארי בשדה התעופה וג'ק חוקר אותה לגבי הפצצה.

ג'ק מנסה להתמודד עם הפצצה הגרעינית בשדה התעופה, אך כשמתברר שאי אפשר לנטרל אותה הוא יוצא למשימת התאבדות... בינתיים פאלמר טס ללוס אנג'לס כדי לפקח מקרוב על המצב ולהתמודד עם המשבר שבפתח.