杰克以自己的聪明才智再次战胜了邪恶，妮娜被活捉，送回洛杉矶。杰克接着去追查阿里的下落。情况远比想象的要复杂，最初的猜测都有着方向性的错误。被抓起来的新郎指责自己的岳父，并愿意帮助调查，当他们刚刚理出头绪时，和他一起回公司调查的探员被枪杀，凶手竟是——他的未婚妻玛莉。 而总统那里，他的前妻表面是会来帮他，却暗中与他人勾结，看来大家的处境都很危险。

总统下了很大的决心，拘捕了安全局局长，并聘人拷问他为何要阻挡大家找到核弹，他是否知道核弹的下落？ 而杰克他们了解到恐怖分子塞耶阿里会到清真寺去做祷告，所以他们找到了15英里以内的一处清真寺。在确认他在里面之后，他们想等祷告会结束后立刻擒住阿里，没想到祷告完之后，阿里并没有出来。 杰克首先带人冲进去，一个与阿里衣着相符的人已经自焚身亡了，这条线索就这样断掉了吗？ 但杰克随后发现那人的裤子短了三分，说明那人不是阿里，看来要尽快接着找到阿里的下落才行。

杰克最终抓到了阿里，并拉回去审问，阿里是块硬骨头，早就做好了死的准备，杰克只有使出绝招，威胁阿里的家人，反恐小组联络特种部队，绑架了阿里的家人，杰克要求一个个杀了他们，直到阿里说出核弹的下落。 阿里再也不忍心看着自己的亲人死去，说出了核弹下落，在诺顿机场，他们打算开飞机到市中心引爆。 玛莉搞到密码，已经先一步到了那里，核弹的一切准备就绪……

安全部长终于供出点东西，他们在几星期前就发现这枚核弹了，还找了隶属的独立军队珊瑚蛇部队跟踪，招出的地点也是在诺顿机场，也就是说杰克到那里后他们会遇到新的一群屏障阻隔在中间。 但当杰克他们一行人到达时，六个珊瑚部队成员已经都被杀了。 一架飞机正在起飞，他们废了九牛二虎之力终于把飞机截停。本以为已经找到了核弹，但那只不过是一个外壳，真正重要的部分已被转移……

玛莉的姐姐发现玛莉也在机场附近，正要逃走。杰克开枪打中玛莉的手，另外进行了拷问，并从她的话中推测出核弹还在机场。 ctu的负责人梅森因健康问题把权力移交给了托尼，依依不舍的离开了ctu总部。 现在又一个反转发生了，原来雪莉（总统前妻）是在几个月前开始与安全局长有联系的，但据她解释，她只是想暗中帮助总统，并找了证人证实这一切，但经历这么多之后，总统还是选择把她送走了。 终于找到真正的核弹了，它已经被启动，而且随时都会爆炸！！

核弹被预先设置，而且无法被拆除，只能用飞机转移，这时他们还剩55分钟。在选定沙漠之后，他们发现要牺牲飞行员才能够准确投递，使伤亡减至最低。找不到自愿牺牲的人，杰克再一次挺身而出，驾驶飞机去完成这一项伟大的使命。琴打电话给杰克，他们有一段感人至深的对话，原来亲情是永远扯不断的。还剩15分钟时，才发现ctu原负责人梅森竟然也在飞机上，他愿意为国捐躯，并劝杰克跳伞存活。3，2，1…核弹爆炸，从地平线升起美丽的蘑菇云。

ctu在阿里的电脑硬盘上找到一段阿里与三个不同中东国家的谈话录音，总统召集军队首脑开会，预计在几个小时之内，对这三个国家进行军事报复。 但杰克回到总部时，阿里被暗杀，他在死之前告诉杰克他并不认识那三个高层，杰克相信他，所以必须要在这几个小时内找到充足的证据，阻止大规模的军事行动。 正当调查难以展开之时，一个匿名电话打给杰克，他承认杀了阿里，并伪造了录音带，他希望杰克带上玛莉的姐姐凯特去见他，到底凯特与这有什么关联……

杰克与雪莉截停一辆车并赶往会面地点——体育馆。经过调查金斯利的背景，总统府总部的人也开始相信杰克之前的推测，所以ctu又开始全力支持杰克，托尼和米雪儿也被释放了。他们正在派后援部队支援杰克。雪莉与金斯利会面，并产生正面冲突，杰克与金斯利的人开打，斗争激烈。正当杰克心脏受不了的时候，救援队赶到，一切真相大白。但总统这里的状况是：还有三分钟飞机就要发射并开始攻打中东国家了，临时的总统也在证据充足的情况下，取消了攻击。帕默尔总统终于得以复职。但一切还没完，竟然有人要暗杀总统。　　　

Chappelle知道自己将被杀死后试图逃跑，Jack及时发现阻止了他。Chase带领突击队试图在Chappelle被杀之前找到 Saunders。但是最后发现那个地方只是Saunders设置的一个陷阱。与此同时，Michelle发现有一名房客从旅馆逃脱，而且他并不知道自己已经是感染源。最后在七点到来时，Jack无奈之中开枪杀死了Chappelle。

Jack希望能利用Saunders的女儿Jane来扭转局面。另一方面，Palmer总统承受着来自舆论的越来越大的压力。Michelle得知自己并没有感染病毒，而Adam（CTU的中层干部）却发现自己的姐姐被感染了。Saunders把Michelle劫持为人质，Tony不得不向他妥协，放他逃出了已经被包围的公寓。

Tony面对Saunders的威胁，不得不冒险把他的女儿Jane从CTU的看管中带出来。但是，Chloe和Jack立即注意到了Tony的异常行为。Sherry背着Palmer总统会见了他的竞选对手参议员Keeler，想联合他陷害Palmer总统。