渴望成为武士的兔子前往新江户，却不小心释放了一个遭囚一千年的恶棍。

兔子和朋友们对战长得像蜘蛛的影子妖怪，对方有多个手臂、腿和眼睛。随后，他们必须拯救遭受攻击的小金大人。

兔子、小狐、千津和犀牛将军前往文化中心，并遇到一个生活在废弃之地的妖怪，而且对方还会变换形态。

犀牛将军在医院接受治疗，同时，兔子和小狐被迫卷入了三叉戟和蝙蝠中队的分歧之中。

乌天狗答应做兔子的老师，但他必须先抓住三只都市妖怪。萱软夫人夺取奇石，实施统治新江户的计划。

猫忍组攻击寺庙，迫使千津选边站队。犀牛将军去做自己的副业，兔子寻找第二个妖怪。

兔子和千津在隐武馆寻找最后一只都市妖怪，但兔子却在之后改变了主意。影子妖怪逐渐逼近他的目标。

地下舞魔偷偷溜走，将影子妖怪的计划告知犀牛将军、敏子、千津和小狐。在兔子证明了自己的能力后，乌天狗同意训练他。

兔子和队员们重聚，一同对抗萱软夫人和她的忍者。为了把克拉维斯放在奇石上，影子妖怪发动了残忍袭击。

奇石试图关闭通道，抵御外来的入侵，不料缺了一块重要的石头。兔子和队员们能及时找到它吗？

元气石赋予千津、小狐和源武器，但他们不知道其中的原因。兔子当他们的老师，训练他们使用新装备。

大家在游戏厅尝试一种新的搏斗游戏。兔子发誓不再与妖怪打斗，但随后却被妖怪附身的骷髅怪袭击。

千津与浮波女士争夺猫忍者帮的控制权。兔子和源得知小狐从来没有庆祝过生日，于是为她策划一场派对。

兔子和源自发向忍者孩子们展示在道场之外，生活还有很多精彩之处。蝙蝠帮攻击寺庙。

在影子妖怪发出马基内即将入侵的警告后，大家开始召集忍者和鼹鼠帮作为盟友。浮波女士密谋报复千津。

影子妖怪需要队员们的帮助才能取回一件珍贵物品。马基内战争机器人遍布城镇，但它们是从哪里来的？

骷髅怪带领队伍来到一个古战场，而兔子希望从那里取回祖先的剑，以阻止他们面临的入侵。

铁迅首次推出他的防御机器人，但得有人来操纵它。千津为了领导猫忍者帮而与浮波女士进行最后一场战斗。

影子妖怪意识到小狐的宠物蛋究竟是什么。蝙蝠帮一次不合时宜的攻击导致灾难爆发，马基内趁机入侵。

马基内派出一个巨大的怪物和一支战争机器人军队穿过通道，新江户人必须齐心协力参与战斗。这座城市能得救吗？