大戰結束後——世界的主流不再是軍隊間在檯面上展開的武力衝突，取而代之的是間諜們在暗中行動展開的「影子戰爭」。在迪恩共和國的間諜培育學校中成績吊車尾的學生「花園」百合被選拔為執行不可能任務所新設立的團隊「燈火」的成員。而等待著前往赴任的百合的，是以「世界最強的間諜」自居的青年：擔任老大的克勞斯。以及一群奇特古怪的少女們。