大战结束后——世界的主流不再是军队间在台面上展开的武力冲突，取而代之的是间谍们在暗中行动展开的「影子战争」。在迪恩共和国的间谍培育学校中成绩吊车尾的学生「花园」百合被选拔为执行不可能任务所新设立的团队「灯火」的成员。而等待著前往赴任的百合的，是以「世界最强的间谍」自居的青年：担任老大的克劳斯。以及一群奇特古怪的少女们。