O残岛上是一片被毁坏的地球上幸存的人类飞地，柯南和他的祖父独自生活，直到一个年轻的女孩拉娜被冲上岸。两名工业国士兵降落他们的水上飞机并绑架了拉娜。当柯南的祖父用导弹威胁入侵者时，一名士兵向他开枪，引爆了发射器，他受了致命伤。

拉娜被工业城的两名士兵绑架后，柯南未能营救她。柯南的祖父因伤重不治身亡。埋葬了祖父后，柯南造了一艘船出发去营救拉娜。

柯南到达一个岛上，岛上住着一个野男孩吉姆西。经过最初的争吵后，柯南与吉姆西建立了良好的友谊。梭子鱼来到同一个岛上，让居民去打捞塑料。柯南发现梭子鱼来自工业国后，他和吉姆西计划偷偷登上这艘船。

吉姆西和柯南偷偷上了船，但吉姆西喝醉了并提醒船长他们的存在。男孩们被捕后，戴斯船长让柯南和吉姆西留在船上，前提是他们愿意接受惩罚。吉姆西昏倒了，柯南两人都挨了打。他们在船上做着随机的工作。最后，船启航前往工业区。

梭鱼号抵达工业区后，柯南袭击了正在参观该船的蒙斯利，并被扔进了双桅船。莱普卡是工业高级委员会自私的首席行政官，他试图威胁拉娜告诉他她的祖父在哪里。蒙斯利决定收留柯南进行“再教育”。当士兵们来抓他时，柯南逃脱了，并在穿过工业城腹地的艰难飞行后，最终找到了拉娜。

在逃跑时，柯南和拉娜遇到了一架来自上次战争的飞机，莱普卡希望用劳博士的太阳能工艺为其提供动力，以实现他征服世界的计划。他们被俘虏了，莱普卡威胁柯南，如果拉娜不告诉他她祖父在哪里，他就会伤害柯南，但她拒绝了。戴斯目睹了莱普卡的恶毒，决定帮助拉娜。戴斯和他的船员绑架了拉娜并乘坐梭鱼号逃跑。

戴斯在雾中逃脱。莱普卡获准使用炮艇和法尔科追捕戴斯。柯南越狱并潜入法尔科。吉姆西告诉拉娜他是柯南的同伴。戴斯与拉娜见面，当她因戴斯离开柯南而生气时，戴斯打开窗户并威胁要把她赶出去。隼看到了曙光，追随梭子鱼。柯南逃脱并试图登上梭鱼号。

拉娜逃脱并使用救生艇拯救柯南。炮艇登上梭子鱼号并俘获了戴斯和他的船员。拉娜和柯南乘救生艇逃脱。在试图靠岸时，炮艇炸毁了救生艇，但柯南和拉娜幸存下来并到达附近的岛屿，在那里他们发现了一个散布着坦克的旧战场。拉娜通过心灵感应听到了她祖父的声音，柯南和拉娜出发穿越沙漠。

穿越沙漠后，拉娜和柯南被一个名叫帕奇的人发现，他在工业打捞平台工作，一艘客船即将从海底打捞上来。向帕奇证明了自己的潜水技巧后，柯南和拉娜开始工作。泰里特是该平台上一位雄心勃勃的工作人员，他渴望在工业界获得更高级别的公民身份，并试图识别他们。他偷偷溜上了法尔科，法尔科停了下来，并告诉蒙斯利柯南和拉娜在那里。

泰瑞特返回工业城，并得到了一台收音机，可以在拉娜遇见她的祖父时通知莱普卡。然而，荒岛发生了地震；帕奇掉下来并被困在船底，柯南救了他。当帕奇被发现就是劳博士后，泰瑞特通知工业界劳博士的存在；但另一次地震导致打捞平台附近的海滩沉入海中，平台开始浮出海面。劳、柯南和拉娜得知工业国将派出军队来抓捕他们，于是乘坐一艘小救生艇逃脱。

回到荒岛，柯南、拉娜和劳博士找回了劳用来逃离工业区的飞行器，但他们需要返回那里才能彻底修复它。在飞往城市的途中，他们找到并营救了因叛乱而被留在沙漠中等死的戴斯。法尔科抵达并发起攻击，但柯南诱骗机组人员撞毁了他们的飞机。当另一次地震发生时，老挝开始推测地壳正在破裂，预示着另一场灾难。抵达后，柯南和戴斯前往营救船员并夺回梭鱼号，而劳和拉娜则潜入三角塔。然而，蒙斯利有时间通知莱普卡，老挝已经回到了工业区。

拉娜和劳下降到三角塔的核心区，获取修复传单所需的 IC 芯片。当戴斯和他的船员——除了拒绝抛弃柯南的吉姆西——转身逃跑时，柯南释放了一些反抗莱普卡的囚犯，他们一起寻找劳。囚犯首领卢克带领柯南和吉姆西前往核心区，但莱普卡和他的士兵也到达了那里。在前囚犯的帮助下，柯南一行人逃离了核心街区，前往高港，戴斯和他的船员也一路加入了他们。

老挝将孩子们送到梭子鱼号上，然后返回工业区，以帮助其公民应对即将到来的灾难。梭子鱼号驶向海港，当地居民最初对这艘船怀有敌意，直到拉娜解释说船员们现在已经加入了他们的阵营。当梭子鱼船员被允许从受损的船上下船时，拉娜带着柯南和吉姆西游览了岛屿，从而遇到了奥洛、欣喜若狂的村民以及拉娜的叔叔阿姨。听完她的故事后，柯南和吉姆西被允许留下来。

柯南、吉姆西和拉娜前往海港工业区风车村。短暂游览后，柯南和吉姆西决定去钓鱼和打猎以赚取日常面包。钓鱼时，柯南遇到了负责村里鱼类保护区的海鸥先生，并开始为他工作。与此同时，吉姆西被一头巨大的野猪追赶并杀死，他们双双跌落悬崖边缘。他把猪宰杀煮熟，带回村里给老百姓吃。然而，胜利是短暂的，因为这头猪不是野生的，而是属于奥洛的。得知此事后，柯南和吉姆西前往奥洛承担责任。

当柯南和吉姆西到达山上时，他们遭到奥洛无政府主义团伙的袭击并被抓获。他们达成了一项协议，如果奥洛能够证明他们确实通过击败他的另一头野猪而打倒了他丢失的猪，那么他就会忘记他丢失的猪。凭借聪明才智和团队合作，他们取得了成功，吉姆西决定为奥洛工作；但当奥斯陆的妹妹泰拉试图从岛另一边另一个村庄的牧民蒂托那里偷一只山羊时，吉姆西放弃了。就在事情开始变得丑陋时，拉娜注意到柯南和吉姆西的缺席，来到了这里，并赠送了她母亲的纪念品——一条珍贵的项链，以补偿丢失的猪。

拉娜有一种预感，工业军将袭击高港，她确信这条信息是她祖父发出的。为了让她安心，柯南带她去了蒂托的村庄，吉姆西在那里成为了一名养猪人，他还向她展示了他们建造的树屋。与此同时，戴斯拜访了奥洛，戴斯厌倦了陆地上的生活，想要再次出海。戴斯说服奥洛帮助修复梭子鱼，作为回报戴斯帮助杀死柯南和吉姆西。但就在行动即将实施之际，蒙斯利率领的工业军向高港发起了进攻。

逃脱了奥洛的追杀的柯南和吉姆西正在侦察工业船，而拉娜则向村庄发出有关入侵的警告。奥洛的士兵试图对抗入侵者，但失败了。救出泰拉后，柯南、吉姆西和戴斯赶往村庄，帮助村民组织防御。由于降落在岛的错误一侧，蒙斯利失去了出其不意的机会，但奥洛和他的部下却转投工业区，渗透了高港的防御工事，并从内部背叛了他们。拉娜被炮弹击倒，柯南看到吉姆托付给拉娜的宠物小猪自己到来，立即冲过去救她。

柯南从工业国士兵手中救出拉娜，但被击倒；拉娜在被捕并被带上炮艇之前设法把他藏了起来。工业占领高港，奥洛被任命为傀儡总督。为了剥夺他们唯一的生存手段，柯南和唯一逃脱的村民吉尔准备用炸药击沉炮艇。但在发起进攻后，柯南得知拉娜在船上，并登船去救她，但最终被抓获。在欺骗船员把他带出牢房后，炸药爆炸，沉没了船，柯南将拉娜从牢房中救了出来。

村长让士兵们加入他们的社区。柯南决定使用劳博士留在鱼类保护区的一架旧水上飞机返回工业区。柯南与吉姆西、蒙斯利、最后一刻加入的拉娜以及偷渡者戴斯一起离开了高港。但就在到达工业城后，一行人遇到了修复后的猎鹰。让拉娜、戴斯和吉姆西下船后，柯南和蒙斯利将猎鹰从他们的朋友身边带走，分散了猎鹰的注意力。

柯南和蒙斯利坠入工业区并被俘。在追击中，拉娜、戴斯和吉姆西找到了进入工业区下层公民的地下营房的方法。他们最终遇到了卢克和他的朋友，并从他们那里得知劳博士设法与高级委员会达成了撤离工业区的协议，但他们都被莱普卡拘留，莱普卡随后任命自己为独裁者。蒙斯利目睹莱普卡恶毒地折磨劳，并无情地计划通过淹没整个地下住宅区来将拉娜从藏身之处赶出来。当她试图说服他听从劳博士的建议，但莱普卡顽固地拒绝走一条更和平的道路时，蒙斯利公开反对莱普卡并帮助柯南逃脱。但在她陪伴柯南之前，她被枪杀，迫使柯南抛弃她。

柯南和蒙斯利坠入工业区并被俘。在追击中，拉娜、戴斯和吉姆西找到了进入工业区下层公民的地下营房的方法。他们最终遇到了卢克和他的朋友，并从他们那里得知劳博士设法与高级委员会达成了撤离工业区的协议，但他们都被莱普卡拘留，莱普卡随后任命自己为独裁者。蒙斯利目睹莱普卡恶毒地折磨劳，并无情地计划通过淹没整个地下住宅区来将拉娜从藏身之处赶出来。当她试图说服他听从劳博士的建议，但莱普卡顽固地拒绝走一条更和平的道路时，蒙斯利公开反对莱普卡并帮助柯南逃脱。但在她陪伴柯南之前，她被枪杀，迫使柯南抛弃她。

柯南下降到住宅区营救拉娜。在无意中听到莱普卡打算淹没洞穴后，他试图拆除用于制造洪水缺口的炸弹，但没有成功。拉娜为了拯救居民而投降；但当她回到他手中后，莱普卡还是封锁了出口，让人们淹死。然而，当他带拉娜去见她的祖父时，他被迫得知劳医生因酷刑而变得麻木和失明，对他的进一步威胁毫无用处，因此他试图通过威胁将拉娜扔掉来迫使她与他联系。三角塔。与此同时，柯南与戴斯和吉姆西会合，他们通过洪水淹没的地震裂缝离开洞穴，在那里营救了即将被处决的蒙斯利。他们设法打开了洞穴的主百叶窗，居民们冲进了三角塔。

柯南继续登上塔楼与莱普卡对峙，莱普卡试图通过飞行器逃跑，而拉娜则成为他的人质。柯南击毁了船只并拯救了拉娜，而莱普卡显然在坠毁的机器上丧生。戴斯带着蒙斯利去接受治疗并陪伴着她，拉娜叫醒了劳博士，他们和高级委员会的科学家一起努力完成太阳塔并激活卫星。连接成功建立，工业公司获得了促进疏散计划所需的电力。准备工作开始后，劳利用三角塔的全息公园向柯南、拉娜和吉姆西解释旧世界无限力量的梦想——一种遥不可及的幻想——导致了毁灭地球的大灾难，人类从此应该明白再次与自然和谐相处。

新的地震开始预示着工业国即将遭受毁灭，在飞行器坠毁中幸存下来的莱普卡和一群忠诚者秘密地在地下输送一些太阳能，为上次战争遗留下来的巨型战机“巨像”充电。当发现并切断电源泄漏时，莱普卡的部队秘密占领了控制室并继续向飞机转移电力。拉娜和蒙斯利注意到了这一情况，于是登上法尔科号逃走并通知其他人。柯南和他的朋友们刚刚打捞完沉没的客船，拉娜和蒙斯利警告他们有关莱普卡的事情，然后他们返回了工业区；但完成充电后，Giganto 就会起飞。柯南的团队试图阻止它，但最终坠毁在飞机表面。在将法尔科赶了出来，让蒙斯利和拉娜返回工业国后，柯南、吉姆西和戴斯渗透进了巨兽。

柯南、吉姆西和戴斯躲避莱普卡消灭他们的企图，开始对巨兽造成严重伤害。戴斯和吉姆西最终被抛弃在尾舵内，而柯南在莱普卡试图乘坐逃生舱逃跑时与他对峙。尽管柯南试图拯救他们，莱普卡和他的其他人还是在注定要灭亡的巨人号上死去。一周后，随着大灾难的最后阶段到来，除了高级议会之外的所有工业者都登上了修复后的客船，看着工业国沉入大海。

在前往海港的途中，客船从海上救起了柯南、戴斯和吉姆西；在请柯南照顾拉娜后，劳博士心满意足地去世了。一段时间后，高港的新老居民围绕戴斯和蒙斯利的婚礼以及梭子鱼号的重新启动举行了双重庆祝活动。许多新的定居者，包括柯南、拉娜、吉姆西、泰拉、卢克、蒙斯利和梭鱼号船员，离开并在残岛上建立了新的殖民地，现在该岛已因灾难而扩展到新大陆。