A quarta temporada começa na Inglaterra, com Booth falando na Scotland Yard e Brennan como convidada docente na prestigiada Universidade de Oxford. Sabendo da perícia de Booth e Brennan em seus respectivos campos, as autoridades locais pedem por sua ajuda com uma investigação de assassinato que envolve uma herdeira britânica.

Com o caso da herdeira resolvido, Booth e Brennan se preparam para voltar para casa, mas ficam chocados ao se deparar com outro crime - desta vez envolvendo alguém que eles conhecem. Enquanto isso, como Birimbau retornando inesperadamente para a vida de Angela, as coisas ficam complicadas entre ela e Hodgins.

O corpo do apresentador de um famoso reality show é encontrado parcialmente decomposto. Booth e Brennan precisam descobrir quem é o assassino. Enquanto isso, Booth descobre que Brennan está se desdobrando entre dois relacionamentos.

Parker, o filho de Booth, encontra o dedo de um cadáver em um ninho de pássaro, fazendo com que a equipe inicie uma investigação para tentar encontrar o resto do corpo. Após encontrar o cadáver, a equipe descobre que a morte foi causada por um cachorro, o que os leva até uma luta ilegal de cães em busca do animal assassino e seu dono.

As partes de um corpo desmembrado são encontrados em uma poça, com exceção da cabeça. A equipe descobre que se trata do cadáver de Jared Addison, um escrito de ficção-científica que teve diversos problemas mentais. Com a ajuda de Sweet, vários suspeitos são procurados, mas a equipe tem problemas para descobrir provas suficientes já que a cabeça da vítima continua desaparecida... isto é até eles recorrerem a ajuda de Zack.

Os restos mortais de uma gerente odiada são encontrados no poço do elevador. Booth e Brennan precisam descobrir qual funcionário matou a tal mulher. Após algumas investigações, eles descobrem que o gerente tinha queixas contundentes no arquivo. Enquanto isso, no laboratório, Angela e Hodgins tentam fazer as pazes.

Booth e Brennan saem para investigar um caso envolvendo um cadáver na Baía Chesapeake. Ao chegarem, eles encontram apenas o torso da vítima, dando a equipe pouco material para trabalhar. Eles só têm o que sobrou do implante no seio. Brennan e Booth são levados a uma pequena igreja em Maryland, onde descobrem que a vítima era um pastor. Quando a equipe encontra a parte inferior do corpo, eles descobrem que suas hipóteses iniciais podem estar corretas.

Booth e Brennan precisam investigar o assassinato de um artista. Ao que tudo indica, sua assistente, Roxie Lyons, é a assassina. Ao ser interrogada, Roxie revela que é lébica e que tinha um relacionamento com alguém do laboratório.

Quando um corpo é encontrado durante um treinamento da polícia, Booth e Brennan partem para a investigação. Um segundo corpo é encontrado, levando a equipe a uma série de equívocos à medida que procura o assassino ou assassinos. Enquando isso, Brennan sai com o irmão mais novo de Booth, Jared, que acabou de se mudar para a cidade para trabalhar no Pentágono.

O tranquilo vôo de Brennan e Booth para a China, onde Brennan iria identificar restos mortais da era pré-histórica, é interrompido quando um corpo totalmente queimado é descoberto no microondas do tamanho industrial da aeronave. Com o uso de equipamentos de alta tecnologia, Brennan manda as provas para o Jeffersonian para serem analisadas. Pouco depois eles descobrem que a vítima era um escritor que estava escrevendo um texto polêmico sobre pilotos de companhias aéreas. A partir daí, Booth e Brennan precisam correr contra o tempo para solucionar o caso antes que o avião aterrisse e eles saiam de sua jurisdição.

Max, o pai de Brennan, consegue um emprego como professor no Jeffersonian. Quando ele acaba ajudando em um caso de assassinato, Brennan fica nitidamente incomodada por sua súbita presença em sua vida profissional.

A morte de gêmeas siamesas que atuavam em um circo é investigada, levando Brennan e Booth a trabalhar em um número como atiradores de faca canadenses, além de deixar Booth cara a cara com um palhaço.

Quando um bombeiro voluntário é assassinado em um rinque de patinação, Booth e Brennan começam a investigar o caso, mas Booth precisa recusá-lo por motivo de conflito de interesse. Quando detalhes vêm à tona, Booth se torna um dos suspeitos do homicídio.

Booth é sequestrado pelo Grave Digger e a equipe do Jeffersonian precisa encontrá-lo antes que seja tarde demais. Enquanto isso, quando provas do caso do Grave Digger desaparecem, Brennan e Hodgins são suspeitos de pegá-las.

A equipe investiga uma convenção de ficção científica onde uma mulher vestida de princesa medieval é encontrada morta. Como Booth está com as costas machucadas, o agente Payton Perotta aparece outra vez para ajudar.

A equipe tem pouco tempo para descobrir o que aconteceu com um vendedor de carros assassinado antes que seus ossos se desintegrem.

Brennan e Booth investigam a morte de uma adolescente de 16 anos que estava grávida e cujo corpo foi encontrado em um monte de sal para ser usado na neve. Durante a investigação eles descobrem um “pacto de gravidez” na escola secundária entre a vítima e algumas de suas companheiras da equipe de vôlei.

A equipe investiga o assassinato do ex-noivo de Cam, cujo corpo foi encontrado no habitat dos tigres em um parque de safári. Sweets e Angela hipnotizam um dos suspeitos do crime.

A equipe é conduzida para um conhecido centro de pesquisas de física depois de encontrar um pedaço de meteorito na orelha da vítima em que o corpo pulverizado foi encontrado em um saco de lixo. Enquanto isso, o pai de Angela retorna, procurando vingança em Hodgins.

Um corpo feminino é descoberto num centro de reciclagem, compactado numa pilha de papelão, e a equipe Jeffersonian é chamada para investigar. Enquanto isso,no meio da investigação Booth e Brennan encontram a namorada de Sweet em uma loja de vestido de noiva, mas ela está lá com outro homem.

Brennan e Booth mergulham dentro do mundo da música death metal para tentar descobrir quem matou o baixista de uma banda subterrânea de death metal, em que os esqueletos foram encontrados sendo usados como suporte em um palco por outra banda de death metal em Norway. Enquanto isso, Sweets está trabalhando no livro que ele está escrevendo sobre Brennan e Booth, e ele pede ao Dr. Gordon Wyatt por alguma contribuição.

Um funcionário do Jeffersonian morre de ataque cardíaco. Durante o velório, Brennan observa o corpo e fica convencida que a morte não foi acidental. Diante disso, ela pede para Booth ajudá-la a roubar o corpo para que possa examiná-lo a fundo e então um estranho mistério que cerca a causa da morte vem à tona.

Um amigo do detetive Booth, Ken Nakamura, liga pra ele de Tókio em pânico quando sua irmã Sachi desaparece em Washington. Booth e Brennan entram no caso, e suas investigações os levam para um conduto onde eles encontram a cabeça de Sachi decapitada. Booth e Brennan se encontram com Ken e trançam a vida da irmã dele longe de casa e a investigação os levam para um serviço de acompanhante de elite. Quando eles descobrem que a companheira de quarto dela também está desaparecida, eles devem correr contra o tempo para achar o assassino de Sachi.

Quando um corpo humano é encontrado dentro do uniforme de mascote de uma escola rival, Brennan e Booth investigam se o corpo dentro da fantasia foi morto precipitadamente, ou morto durante um evento de fogueira da universidade Middlesex. O corpo é identificado como Jimmy "Beaver" Bouvier, um irmão de fraternidade na univerdade Middlesex. Quando Brennan e Booth interrogam os irmãos da fraternidade, eles descobrem que Beaver tinha uma operação para conseguir dinheiro e estava assassinando sozinho. Enquanto isso, Booth se oferece para ajudar seu irmão Jared a encontrar um novo emprego depois de ser licenciado vergonhosamente da marinha.

Depois de decidir que ela quer ter um bebê, Brennan choca Booth pedindo-lhe para ser o pai de seu filho. Booth não consegue parar de pensar sobre o pedido de Brennan. Seu estresse, juntamente com um problema de saúde não diagnosticado que ele tem lhe provoca alucinações – e ele vê Stewie do programa de TV Family Guy (Uma família da Pesada) oferecendo conselhos para Booth.

Um corpo assassinado é descoberto em um clube noturno popular chamado “O Laboratório”. Em uma virada única na história, a equipe do Jeffersonian recebe raros papéis, incluindo os trabalhadores do clube e imposições da lei.

Nas últimas seis semanas Booth vem se recuperando de uma cirurgia no cérebro, Sweets finalmente o certificou como mentalmente apto para regressar ao serviço. Enquanto isso, ao ler suas cartas de tarô, o psíquico de Angela revela que existem vários corpos enterrados sob uma fonte. Booth e Brennan ficam céticos em checar isso, mas são surpreendidos quando eles encontram os restos mortais de onze corpos exatamente onde o médium disse que deveria estar.

Pedem a Brennan e Booth para investigar a morte de um homem que foi assassinado pelo conteúdo secreto de sua pasta de documentos. Eles suspeitam que cooperativas secretas estejam agindo, e sua teoria é provada correta quando eles acham o resto liquefeito de um agente da CIA no porta-malas de um carro. Enquanto isso, o novo livro best-seller de Brennan provoca tensão entre ela e Booth, e Wendell perde a sua bolsa de estudo.

Os ossos de Levi Yoder, um membro de uma comunidade Amish, é encontrado perto de uma ferrovia. Quando Booth e Brennan descobrem que Yoder era um pianista brilhante, eles acreditam que seu talento pode ter levado a sua morte. Enquanto isso, Cam passa por um momento difícil de lidar com a tornar-se um novo pai, e pede a Booth para ajudar a manter Michelle na linha.

Quando são encontrados restos humanos no local de uma festa de bloco, Brennan e Booth são chamados para investigar. Sweets é chamado para ajudar quando a política e os escândalos da vizinhança ligam todos os moradores com algum tipo de motivo. Enquanto isso, o filho de Booth, Parker, tenta encontrar uma namorada para ele.

Brennan e Booth investigam restos humanos que foram queimados em uma cerca elétrica. Brennan depois percebe que o cadáver é na verdade um egípcio mumificado que foi emprestado ao Jeffersonian para uma próxima exposição. Quando o curador de Jeffersonian, que estava preparando a múmia para a exposição, é encontrado morto, Booth e Brennan suspeitam do crime.

Restos de um criador de galinhas são encontrados na margem de um rio próximo, e Booth e Brennan são chamados para investigar. O agricultor, que foi um ativista de direito dos animais, estava prestes a herdar uma fábrica de galinhas e tinha muitos inimigos com motivo para matá-lo - deixando a equipe com um monte de suspeitos do assassinato para descobrir a verdade.

Booth e Brennan investigam o assassinato de um anão que costumava ser uma estrela de luta livre. Enquanto isso, Booth descobre que ele não é tão bom artilheiro como ele era antes de sua cirurgia, e tem dificuldade para se re-certificado pelo FBI. Dr. Gordon Wyatt também volta.

Uma agente imobiliária descobre restos humanos ao mostrar uma propriedade, e a equipe é chamada para investigar. Enquanto isso, o avô de Booth se muda com ele, e gruda nele enquanto ele está trabalhando no caso.

Booth e Brennan são chamados para investigar a morte de um jogador competitivo. O sucesso do jogador deu-lhe muitos admiradores - mas também um monte de inimigos, o que traz vários suspeitos no caso. Enquanto isso, Fisher cria laços com Hodgins e Sweets.

Booth e Brennan investigam o caso de um homem em uma fantasia de Papai Noel que tentou roubar um banco, mas foi explodido no processo. Enquanto isso, o pai de Brennan, Max, pede a Margaret, uma parente distante de Brennan, para passar o Natal com ele e Brennan.

Booth e Brennan vão para o Novo México para investigar, quando um corpo é encontrado no deserto perto de Roswell. Enquanto isso, um relacionamento entre duas pessoas no laboratório é revelado.

A equipe de Jeffersonian é colocada em confinamento por um grupo de agentes do governo, que insiste que eles devem determinar a causa da morte de um cadáver não identificado. Booth, enquanto isso, penetra no laboratório, com a ajuda de seu chefe, para descobrir exatamente o que está acontecendo com a investigação secreta.

Booth e Brennan são chamados quando um esqueleto é encontrado nas trincheiras de um campo de batalha da Guerra Civil. Brennan determina que os restos mortais são de um dentista atual, mas um resíduo preso nos ossos está impedindo que a causa da morte seja determinada. Enquanto isso, o irmão de Booth, Jared, retorna com novidades interessantes.

Booth e Brennan examinam restos desfigurados que estranhamente se relacionam com o texto bíblico. Eles descobrem que a vítima era um paciente em um sanatório, e têm dificuldade em descobrir o suspeito da lista de suspeitos que eles descobrem.

Um metrô que Sweets está, descarrilha por causa de uma inundação e, posteriormente, o transbordamento releva restos humanos. Enquanto a equipe estuda os restos no laboratório, Sweets sofre de estresse pós-traumático. Enquanto isso, o lançamento do segundo livro de Brennan prova ser muito bem sucedido.

O episódio mostra o primeiro caso de Booth e Brennan por meio de flashbacks enquanto Booth e Brennan contam a história a Sweets, depois de lerem o livro escrito por ele. O primeiro caso de ambos mostra toda a incorporação da equipe no Jefersonnian. Inclusive como Angela conseguiu seu emprego. Nos flashbacks descobrimos que Brennan e Booth já se beijaram uma vez e depois disso nunca tentaram mais nada. Mas Sweets aconselha um dos dois a abrir esta oportunidade de novo, acabar com o impasse e ficarem juntos. Participação especial de Eric Millegan.

Booth e Brennan investigam um crânio não identificado e a parte superior do corpo na Escola Secundária de Burtonsville. Angela os ajuda a identificar o corpo como um dos colegas de Brennan, e uma possível conexão é feita a um assassinato que foi cometido há 15 anos. A fim de interrogar possíveis suspeitos, Booth e Brennan fingem que são casados em uma reunião da escola, onde ela se reconecta com seu único amigo de escola, um zelador com humor negro.

A equipe está no caso quando os restos mortais de um homem são encontrados no estômago de um tubarão-martelo. Enquanto isso, alguém novo aparece no Jeffersonian e fica envolvido romanticamente com Booth.

Um assassinato ocorre em um acampamento de rock-and-roll, e a equipe vai para investigar.

Dois corpos são encontrados na floresta - um pertencente a uma bruxa moderna, e um que tem mais de trezentos anos, que volta ao tempo dos julgamentos da bruxa de Salem. Enquanto Booth e Brennan vão para investigar o caso, Angela e Hodgins, no entanto, acabam na cadeia.

O julgamento do Coveiro - o serial killer que a equipe finalmente pegou na temporada passada - chegou, e a equipe deve trabalhar duro para encontrar provas suficientes para garantir uma condenação.

No final da quinta temporada, os restos de uma pessoa são encontrados, e a equipe vai investigar. Enquanto isso, Booth e Brennan recebem uma oportunidade única na vida, e o pai de Angela retorna.

Sete meses depois de Bones e Booth deixarem o país no final da temporada passada, Caroline chama os dois de volta ao Jeffersonian para ajudar a salvar o emprego de Cam, enquanto eles trabalham com ela e o resto da equipe para resolver um caso polêmico.

Os restos mortais de um casal descobertos em uma caverna situada em um Parque Nacional cria um mistério duplo: quem são eles e por que foram mortos? Enquanto isso, a namorada de Booth retorna inesperadamente de seu trabalho como correspondente no Afeganistão, deixando Brennan insegura quanto ao seu relacionamento com Booth.

Brennan e Booth vão para Jersey Shore quando restos decompostos são descobertos; a equipe gosta da namorada de Booth; Angela tenta manter um segredo.

Quando um crânio e mãos em decomposição são encontrados em uma lixeira, a equipe procura pelos outros restos mortais da vítima; Brennan concorda em filmar um episódio de um programa infantil com o professor Bunsen.

Um bailarino é assassinado e Booth e Brennan são levados a suspeitar de um grupo de dançarinos de rua. Enquanto isso, a namorada de Booth, Hannah, é baleada, deixando Booth preocupado com a saúde dela.

Os restos mortais de um jovem são encontrados em um navio negreiro naufragado há 150 anos e com o qual a equipe está trabalhando. A investigação de Brennan e Booth os leva a outro tipo de navio. Enquanto isso, Cam encontra uma ligação pessoal com o Amelia Rose, e Sweets tem dificuldades com Daisy.

Um evento para um confeiteiro (Wayne Knight) torna-se ruim quando restos humanos são descobertos na maior barra de chocolate do mundo; Cam luta contra a decisão de sua filha de ir a uma faculdade que não cumpre os seus altos padrões.

A equipe investiga um caso envolvendo um corpo carbonizado encontrado em um caminhão que pegou fogo. Descobrir a verdadeira causa da morte é um grande problema diante do estado em que o corpo foi encontrado. A investigação leva Booth e Brennan a uma escola de ensino médio local, onde as respostas podem estar em um relacionamento proibido. Enquanto isso, Hannah tenta se aproximar de Parket e Sweets busca se manter focada enquanto ajuda Daisy a se preparar para um teste exigido pelo governo.

Booth e Brennan investigam a misteriosa morte de uma cirurgiã cuja vida e morte desafiam a lendária objetividade de Brennan. Conforme a equipe busca evidências, Brennan se identifica cada vez mais com a brilhante médica e sua vida, algo que a faz questionar algumas de suas próprias escolhas.

A equipe investiga um caso envolvendo um corpo encontrado em um banheiro e que tem ligação com uma operação de falsificação. Enquanto isso, Hodgins e Angela têm decisões a tomar sobre família e residência, e Booth conta a verdade para Hannah sobre os sentimentos de Brennan por ele.

Quando a assassina conhecida por "Coveiro" é morta em frente ao prédio do tribunal ao ser levada para sua apelação final antes da execução, começa a caçada para encontrar o atirador. Descobre-se que o atirador de elite tem ligação com Booth. Enquanto isso, Sweets lida com seu último jogo psicológico e Angela se preocupa com a felicidade de Hodgins pela morte de Taffet.

Um corpo disfarçado de espantalho é encontrado com um ferimento à bala num remoto milharal, e a equipe é forçada a trabalhar contra o tempo a fim de escapar de uma tempestade e de possíveis complicações que poderiam comprometer a evidência. Booth e Brennan interrogam as três esposas da vítima, que, além disso, são irmãs, e descobrem que ciúmes entre irmãs e o desejo delas pela atenção do marido causou uma grande divisão na família. Booth e Brennan também interrogam um parente que desaprovava a poligamia da vítima. Enquanto isso, Cam sente-se insegura em sua relação com seu namorado médico (participação de Gold), todavia ambos percebem que precisam fazer do relacionamento uma prioridade.

Uma acrobacia mal feita resulta na morte de um ciclista, cujos restos mortais são encontrados no teto de um armazém. Hodgins e a equipe do laboratório investigam as múltiplas fraturas enquanto Brennan e Booth interrogam outros "acrobatas". Enquanto isso, Sweets novamente pede conselhos a Booth sobre Daisy e Booth chega a uma decisão sobre Hannah.

O Dia dos Namorados deixa a equipe estressada de formas distintas. A equipe lida com um caso envolvendo uma organizadora de casamentos cujos restos liquefeitos são encontrados em uma cama de bronzeamento. Cam pede a conclusão dos trabalhos o mais breve possível para que ela possa comemorar a data. Enquanto isso, Hodgins tenta planejar um dia romântico para Angela, com resultados ambíguos, e Brennan e Booth, pouco à vontade com o Dia dos Namorados, tentam dar pouca importância à data.

Depois de ter assassinado o Coveiro, o atirador Jacob Broadsky ataca novamente. Dessa vez, sua vítima é um antigo suspeito de um crime que conseguiu escapar das mãos do sistema judicial. Booth, com seu treinamento militar, entra no jogo do atirador para derrotá-lo e se compromete a fazer o que for preciso para garantir que justiça seja feita. Num dramático confronto, Booth tem minutos para pegar Broadsky antes que ele atinja seu alvo, mas a destreza e a velocidade de Broadsky provam que ele é um adversário à altura do agente do FBI. Enquanto isso, o pai de Angela faz uma visita ao Jeffersonian e insiste em escolher o nome do seu neto que está por nascer.

Uma severa nevasca deixa a cidade completamente no escuro, aumentando os obstáculos que a equipe precisa superar a fim de solucionar um assassinato que poderia estar ligado a uma possível doença viral. Mas quando Booth e Brennan encontram-se presos num elevador durante a falta de energia, Sweets está presente para assistência externa, porém faz mais do que lhe é solicitado ao iniciar uma delicada conversa acerca do relacionamento de Booth e Brennan. Enquanto isso, Angela e Hodgins recebem uma notícia preocupante sobre a saúde de seu bebê, e Hodgins e o squint Wendell Bray (participação de Michael Grant Terry) usam a criatividade no laboratório e colocam suas habilidades científicas em prática para identificarem a vítima e a rara doença.

Brennan se junta a um podólogo forense canadense para determinar a identidade de uma vítima após sete pares de pés desmembrados terem sido encontrados na fronteira dos Estados Unidos com o Canadá; mas seis pares de pés acabam sendo identificados como sendo parte de uma pesquisa. Enquanto isso, Cam ultrapassa os limites quando impede Michelle de escolher sua faculdade.

Os restos mortais de um homem que apresentava um programa de TV desvendando mitos são encontrados numa floresta de West Virginia, e surgem boatos envolvendo um Chupacabra e a participação de outro apresentador de TV, seu rival, no crime. Tudo fica ainda mais complicado quando é descoberto um vídeo que encerra todas as teorias sobre o crime. No labortatório, Vincent Nigel-Murray está de volta e tem de conciliar suas tarefas com as etapas do seu programa para alcoólatras, o que resulta em revelações surpreendentes.

Os restos do segurança de um museu marítimo são encontrados no Everglades (Flórida) após uma tentativa de roubo de um obsoleto mapa hidrográfico do século XVII usado para encontrar tesouros. A fim de solucionar o crime, Booth procura Walter Sherman, um ex-soldado que lutou no Iraque e que possui o sinistro dom de encontrar qualquer um e qualquer coisa. Com a ajuda de Sherman, bem como a de sua colega, Ike Latulippe, e seu conselheiro legal, Leo Knox , a equipe é levada a uma tatuadora que os direciona a uma violenta jovem. Mas quando a mulher é encontrada morta com o restante do mapa em meio aos seus restos, a equipe descobre séculos de história ligada ao mapa e ao suspeito por trás dos crimes. Enquanto isso, Brennan coloca a excepcional habilidade de Sherman à prova. E Booth guarda rancor com relação ao antigo companheiro.

Quando o esqueleto de um bem sucedido e bem quisto publicitário é encontrado em um centro comunitário, o desafio não é somente descobrir sua identidade, mas também descobrir o motivo pelo qual seus amigos, família e colegas de trabalho agora o odeiam. Ao passo que as peças do quebra-cabeças vão se juntando, a equipe vai se tornando curiosa sobre seu jeito de ser radicalmente honesto, mas eles obtêm resultados distintos quando tentam fazer o mesmo. Angela, no entanto, aproveita a oportunidade para forçar Hodgins a lidar com a verdade sobre sua gravidez.

Uma misteriosa garota surda é considerada uma possível assassina após ter sido encontrada nas ruas, coberta por sangue e segurando uma faca. É função da equipe do Jeffersonian descobrir quem é essa garota e definir se ela é mesmo culpada pelo assassinato.

O velho atirador Jacob Broadsky volta mais uma vez, brigando por outra vítima e aumentando a determinação de Booth de tirá-lo do caminho de uma vez por todas.

No final da sexta temporada, o time investiga os perturbadores restos mortais de um jogador que foram encontrados esmagados no equipamento de uma das pistas de um boliche. Quando não conseguem encontrar soluções, Booth e Brennan decidem usar disfarces e entrar para um time de boliche, em busca de respostas para o caso.

Quando a equipe do Jeffersonian identifica os restos mortais de uma mulher encontrados em um campo de paintball, eles descobrem dois relatórios de desaparecimento em sua ficha. Booth e Sweets interrogam o marido da vítima, e descobrem que ela sofria de amnésia. Quando Wendell Bray descobre que a vítima também sobreviveu a um ferimento de bala, inconsistências em seus registros médicos desvendam um crime surpreendente ligado ao seu assassinato. Enquanto isso, Brennan e Booth ajustam-se à sua nova vida como um casal esperando um filho, e lidam com as próximas mudanças em sua vida doméstica.

A equipe do Jeffersonian identifica os restos mortais de um campeão de competições de comida, poucos dias antes do início dos Gluttony Games, uma competição de comida com um prémio de US$10.000 em jogo. O notável trabalho do novato - e ex-delinquente juvenil - Finn conecta evidências obscuras encontradas na barriga de uma cobra com as leis da física para ajudar a resolver o crime. Apesar de seu brilhantismo no laboratório, Finn é recebido com hostilidade e ceticismo, levando Cam a questionar sua decisão de dar a ele uma chance para começar de novo. Enquanto isso, Booth é pego de surpresa por um anúncio que Brennan faz sobre seu bebê. Para dissipar a tensão entre eles, o casal compromete-se a fazer uma experiência, e cada um coloca-se na situação do outro.

Depois que os restos mortais de uma executiva de uma empresa de brinquedos são encontrados devidamente embalados com uma boneca, o CEO da empresa dá a Booth e Sweets acesso ao laboratório de protótipos, onde detalhes da vida pessoal da vítima começam a aparecer. Enquanto isso, Sweets, com o apoio de sua namorada (Daisy Wick), prepara-se para seu teste para obter um certificado de uso de armas, apesar de Booth não gostar da ideia de ver Sweets carregando uma arma. Brennan questiona-se se será uma boa mãe, e usa o caso como uma forma de compreender a importância dos brinquedos nas crianças.

Restos mortais desmembrados são descobertos em caixas de correio, e a equipe do Jeffersonian identifica a vítima como um empregado de uma loja de impressões e entregas, onde a equipe recentemente havia dividido o prêmio de loteria. A equipe descobre um triângulo amoroso complicado entre dois funcionários casados e a vítima, e enquanto as motivações apontam o marido como suspeito, uma pista crítica leva-os a resolver o crime definitivamente. Enquanto isso, o avô de Booth dá notícias inesperadas e a Agente Especial Genny Shaw aprende a importância do trabalho em equipe.

A equipe descobre os restos mortais de um "caçador de tempestades" que parece ter morrido enquanto seguia um tornado, mas as imagens gravadas durante a tempestade levam todos a acreditar que ele foi assassinado. Enquanto isso, Booth torna-se cada vez mais superprotetor em relação a Brennan tanto em casa como no trabalho em campo, e, sem dormir direito, Angela e Hodgins concorda em deixar o roqueiro pai de Angela cuidar de seu filho recém-nascido.

A equipe investiga o que parece ser uma cena de assassinato em um monumento nacional, mas a única pista deixada é uma mensagem codificada feita com sangue humano. Cortesia de um novo inimigo com muitos conhecimentos tecnológicos, esta pista será o início de uma caçada para a solução. Enquanto isso, Booth e Brennan procuram um novo lar.

Booth e Brennan não conseguem concordar com os planos para o nascimento de sua filha; um bairro está em risco quando restos humanos nos esgotos entopem as canalizações locais.

Quando os restos de uma acumuladora de cupons são encontrados do lado de uma estrada, a investigação leva a equipe para o supermercado onde ela fazia compras; Brennan se ajusta a estar no trabalho e longe de seu bebê; Cam está infeliz com a escolha de sua filha de pretendentes.

Um cadáver que foi tingido de azul é encontrado em um aterro sanitário; quando Bones se sente desconfortável com seu corpo pós-bebê, Booth tenta aumentar sua autoconfiança.

Quando restos mortais são encontrados no meio da floresta, a equipe é chamada para determinar como e por que este funcionário da empresa de transporte rodoviária foi assassinado.

Quando um cadáver é descoberto na floresta, a equipe é levada a duas famílias envolvidas em uma disputa de quase um século de feudo; Brennan fica apreensiva quando seu pai (Ryan O'Neal) se oferece para tomar conta de sua filha.

Enquanto está em Los Angeles para consultar sobre um filme baseado em seu último livro, Brennan descobre que o cadáver sendo usado é uma vítima de assassinato; Booth recebe uma oferta de emprego; informações embaraçosas sobre o passado de Cam vêm à tona.

Quando um suspeito do passado está de volta ao tribunal pedindo recurso, Booth e Brennan trabalham para provar que ele é culpado de uma vez por todas; Brennan se torna uma suspeita.

Após Brennan ser acusada de assassinato, seu pai a ajuda a se esconder do FBI. Enquanto isso, Booth e o time do Jeffersonian tentam provar que o vilão e gênio da computação manipulou as evidências para implicar a antropóloga. Mais tarde, uma dica anônima leva o time até os restos mortais do conselheiro de um colégio da região, caso que pode conter a chave para provar a inocência de Brennan.

Um advogado de divórcio poderoso com um monte de inimigos é assassinado; a separação de três meses de Booth e Brennan começa a cobrar seu preço.

Depois de uma explosão em uma garagem de hotel, a equipe do Jeffersonian tenta identificar as vítimas investigando vestígios encontrados na cena do crime.

Enquanto investiga a morte de um empregado de exposição de animais, a equipe é atraída para o mundo do tráfico de animais; Brennan acha que ela seria uma boa candidata presidencial; Sweets e Daisy fazem uma mudança.

A equipe investiga a morte de uma mulher cujo corpo foi encontrado no lixo; Booth convida Sweets para ficar com ele e Brennan até que ele encontre um novo lugar.

Enquanto examinam corpos considerados não identificáveis, estagiários descobrem a identidade de um homem que morreu nos ataques terroristas de 11 de setembro.

Um casulo contendo os restos mortais de um limpador de cena do crime aparece em uma praia; Angela e Hodgins descobrem um segredo sobre Cam.

Quando um artista de rua cai em seu próprio adesivo, ele também cai em restos humanos que ficam colados ao seu corpo; Booth investiga um clube de comédia por suspeitos.

Quando uma vidente tenta ajudar o espírito de um menino cuja morte a equipe está investigando, os membros da equipe começam a questionar seus próprios sentimentos sobre a vida e a morte.

Quando a equipe investiga a morte de uma dançarina que estava prestes a fazer um teste para um programa de competição de dança, Booth e Brennan vão disfarçados como concorrentes.

A equipe investiga a morte de um arqueólogo que tinha acabado de fazer uma descoberta importante.

Quando Angela e Hodgins acordam e encontram um cadáver em seu quarto, eles acreditam que Pelant está por trás disso; contra a vontade de Booth, Angela e Hodgins iniciam sua própria investigação.

A equipe investiga quando dois corpos são encontrados na mesma sepultura; Brennan e Booth discutem arranjos pós-morte.

Quando uma patinadora derby é morta e desmembrada, Angie vai disfarçada para ajudar a resolver o caso; Cam tenta saber mais sobre as consultas hospitalares secretas de Booth.

Enquanto está no hospital após ser baleada no laboratório, Brennan luta com visões de sua mãe que desafiam sua lógica habitual.

Quando a equipe investiga a morte de um aparentemente inocente menino de 15 anos de idade, eles descobrem que ele estava envolvido em atividades ilegais.

O Dr. Oliver Wells começa a trabalhar no Jeffersonian como um novo estagiário, porém sua personalidade entusiasmada, excentricidade, inteligência e observações inegáveis começam a incomodar Brennan. Exatamente por isso, ela começa a abrir mais a mente para questões científicas. No entanto, Booth começa a se preocupar, já que ela aceita a possibilidade de uma viagem no tempo como fator importante em uma investigação de assassinato.

A equipe investiga a morte de Symchay Conteh, um jovem cujos restos mortais foram encontrados em um barril num local de despejo de lixo industrial. Eles descobrem que a vítima era um imigrante de Serra Leoa que trabalhava em diversos trabalhos de meio período para conseguir dinheiro. Enquanto a equipe se aprofunda nas investigações, Cam e Arastoo sentem que está cada vez mais difícil manter seu relacionamento em segredo. Brennan e Booth tentam decidir um lugar de destino para a viagem de férias.

Um cadáver carbonizado em uma casamata leva a uma investigação de um fuzileiro naval que foi dispensado e um grupo de sobrevivência. Enquanto isso, Sweets pode ter encontrado um novo apartamento.

Um documentarista é designado para cobrir o caso mais recente da equipe do Jeffersonian em que um corpo desidratado é encontrado em um SUV, levando a uma trilha de diamantes roubados e roubos de caixas eletrônicos.

Quando um corpo é encontrado enterrado em cogumelos no porão de um prédio abandonado, as pistas levam até a "Juíza Trudy", uma juíza famosa da televisão.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Jack Spindler, um funcionário bem-sucedido em uma empresa de corretagem de dia, mas de noite, um stripper. Quando a equipe descobre que a vida clandestina de Spindler afetou sua vida pessoal, eles começam a questionar as pessoas mais próximas a ele, incluindo sua amiga stripper, Storm. Enquanto isso, a mãe de Booth aparece após uma ausência de 24 anos em sua vida e faz um pedido especial à ele.

A equipe do Jeffersonian corre para prevenir um surto viral, enquanto investiga o assassinato da jornalista Mia Garrett depois de seu corpo infectado ter sido achado num lugar tóxico. Quando o vírus mutante que matou Mia infecta o estagiário Arastoo Vaziri, a única chance de salvá-lo será resolvendo o assassinato. A tensão e as emoções chegam ao ápice enquanto a equipe corre contra o tempo para encontrar o assassino - e a cura.

Quando o gênio da tecnologia Christopher Pelant volta a brincar com a equipe do Jeffersonian em sua mais recente investigação, eles descobrem uma série de assassinatos relacionados a agentes do FBI próximos de Booth. Enquanto a investigação se desenrola, Sweets percebe que as evidências parecem muito familiares para ele; e Brennan reavalia seu relacionamento com Booth, quando alguns sinais começam a apontá-lo como o potencial alvo de Pelant.

Na estreia da temporada de BONES, a equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Jason Siedel, um contador do Departamento de Estado cujos restos mortais foram encontrados no ar condicionado de um hotel.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Adam Pak, um consultor de gestão cujos restos mortais foram encontrados comidos por linces.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Jamie Delcampo, um membro da gangue Estrellas Locas, cujos restos mortais foram encontrados em um carro queimado.

Pelant está de volta, e a equipe do Jeffersonian quer colocar um fim no controle que ele teve sobre eles, de uma vez por todas.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Charlie McCord, um diretor escolar que, depois de descobrir ter câncer terminal, criou um website onde as pessoas poderiam pagar por seus vídeos motivacionais.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Nancy Handelman, cujo corpo foi descoberto na hora do ensaio para o casamento de Brennan e Booth.

Em sua lua-de-mel em Buenos Aires, Brennan e Booth não conseguem relaxar. Então, ao invés disso, eles decidem ajudar Raphael Valenza, um detetive local e fã dos livros de Brennan.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Sean Nolan, um modelo cujo corpo foi encontrado em uma represa feita por castores.

Brennan está no júri do caso do jogador de futebol profissional Peter Kidman, que é acusado de assassinar sua esposa.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de um cientista de alimentos cujos restos mortais foram jogados em um moedor de carne e misturados em alimentos servidos no restaurante de uma escola.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de uma ginasta internacional, cujos restos mortais foram atingidos por um raio e espalhados por um parque público.

A equipe do Jeffersonian investiga a morte de Lana Brewster, uma garota cujos restos mortais foram entregues na casa de Brennan e Booth por alguém que acredita que sua morte, 18 anos antes, não foi um acidente.

A equipe do Jeffersonian investiga a morte de Colin Haynes, um cantor country cujos restos mortais foram encontrados em uma cova rasa.

Quando a equipe do Jeffersonian descobre o corpo de um famoso mestre do xadrez com poucos amigos em um tanque de comida para porcos, Sweets surpreende a equipe com suas habilidades no jogo e se disfarça no mundo do xadrez.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Lauren Frank, uma vítima de sequestro cujos restos mortais foram encontrados enterrados em um parque.

Quando um informante da CIA é encontrado morto, Booth e o agente da CIA Danny Beck devem trabalhar juntos para encontrar um terrorista afegão.

Os restos mortais de um homem são encontrados em uma fossa séptica, e a equipe do Jeffersonian deve trabalhar para descobrir quem é o assassino.

Quando um ator de programa infantil é encontrado morto, a equipe do Jeffersonian visita os bastidores para descobrir quem assassinou o personagem favorito de todos, "Carrot Bill".

Quando Todd, um rico colecionador, caminha em seu próprio funeral, a equipe do Jeffersonian deve descobrir a quem os restos mortais cremados pertencem.

A equipe do Jeffersonian investiga a morte de uma jovem mulher que consumia maconha medicinal e trabalhava em um dispensário. Booth, que desaprova todo uso de drogas, acha este caso problemático.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de uma mulher cujo corpo foi encontrado em um pântano. A equipe percebe que o corpo estava congelado criogenicamente antes de ser descartado.

Um corpo encontrado na floresta pode ser a mais recente vítima do Assassino Fantasma, e Brennan fica furiosa quando Cam não a deixa trabalhar neste caso.

A equipe do Jeffersonian investiga a morte de Brian Thomas, o treinador-chefe de natação da faculdade comunitária, cujos restos mortais foram encontrados jogados no fundo de um poço.

A equipe do Jeffersonian investiga a morte de Wesley Foster, escritor em um blog de conspiração que tinha uma reunião com Booth para discutir um caso anterior logo antes de sua morte.

Booth goes missing six months after he and Brennan left their careers behind, but a case with ties to the couple pulls Brennan back into the world of forensic analysis, which brings her into contact with a member of Booth's family and Arastoo Vaziri, who's taken the lead at the Jeffersonian in her absence. Meanwhile, the FBI investigate Booth's disappearance, but one agent's tactics are bad for the team's morale.

Booth is still missing, but the team learns that Agent Miller has hidden information about his whereabouts and physical state. Meanwhile, a digital forensic scientist helps Angela try to decipher information pertaining to Booth's location and the circumstances of his disappearance; and Arastoo makes a decision that will change his and Cam's personal and professional relationships.

On Brennan and Booth’s first official day back at their respective positions at the Jeffersonian and the FBI, things get exciting when remains are found at a fish farm under suspicious conditions, prompting them to investigate. After it’s discovered that someone harvested several of the victim’s internal organs before he was dumped in the water, Angela tracks down the seller and buyer of the organs to try to uncover important details in the case. Meanwhile, Booth readjusts to his position back at the FBI and discovers Aubrey has taken over his old office; Hodgins pushes Angela to showcase her photography work; and Cam struggles with her decision to choose work over her relationship with Arastoo.

When remains of real estate agent Justin Ross are discovered in a forest and appear to have been destroyed by coyote-wolf hybrids, Brennan enlists the help of fellow brilliant forensic anthropologist Dr. Beth Mayer to assist in the investigation. In addition to her professional achievements, Mayer is surprisingly knowledgeable about the world of fantasy football, a key link to Ross’ past and one that could provide vital information in finding his killer. As Booth and Aubrey dig into Ross’ fantasy football league history, they discover he was actively involved in a Twitter feud with NFL star Lou Divers, and was also owed a large sum of money from the league’s commissioner, making each of them suspects. Meanwhile, Brennan resists feeling competitive as Mayer impresses the team with her expertise and decades of accomplishments.

It’s Halloween time at The Jeffersonian as the team gets a surprise visit from Lt. Abbie Mills and Ichabod Crane, who have traveled from the spooky town of Sleepy Hollow to help on a murder case of a young woman whose body is found on top of a 18th century military general’s headless body. The new foursome must figure out how to work together to discover who the 200-year-old headless corpse is and how the two murders are linked. Meanwhile, Booth and Brennan come up with the ultimate Halloween pranks to play on each other.

The crossover continues on Sleepy Hollow S03E05 Dead Men Tell No Tales (II).

A pair of funny sanitation workers discover the shredded body of a U.S. Senator in a street sweeper, which leads Brennan, Booth and the team to Capitol Hill, where they meet with U.S. Senator and majority whip Hayley Winters and the victim's chief of staff Eric Morales to get to the bottom of this political murder. Meanwhile, as Aubrey starts to develop a relationship with squintern Jessica, he looks into her past to make sure nothing will harm his dream of a future in politics

The team investigates the murder of an escape artist whose body is found in the woods. They discover that the victim worked at the Magic Palace, and had some secret activities in the works that might have made him enemies in the magic community. Meanwhile, Brennan and Booth poll their friends as to whether or not the tooth fairy should visit Christine, and Angela continues to work with Sebastian Kohl on her photography.

The team investigates the high-stakes murder of a political journalist who was found dead after recently publishing an article exposing corruption in the NSA. Due to the nature of the investigation, Hodgins’ paranoia takes over as the team realizes their every move is being watched. Meanwhile, Brennan secretly tries to plan a surprise for Booth and the whole team celebrates Thanksgiving together.

Booth and Brennan go under cover at an Old West-style shooting competition; Angela and Hodgins talk about the future; Cam and Sebastian grow closer.

The team investigates a police officer's murder and decides what is important to their futures.

Hodgins is eight weeks into his rehabilitation for his paralysis and forced to navigate life in a wheelchair. Meanwhile, Brennan and Booth investigate the death of a public defender who had multiple defendants from previous cases with motives to kill her.

The team investigates a body found in a car crash, the remains of which belong to a founder of a men's rights organization who may have been the victim of domestic abuse. As Brennan learns more about the tenets of the victim's organization, which claims middle-aged white men are oppressed and feminists are man-haters, Brennan uncharacteristically loses her cool during an interrogation and assaults the organization's co-founder. Meanwhile, Angela and the team struggle to deal with Hodgins post-wheelchair bitterness and Booth is convinced Brennan is a jinx for the Philadelphia Flyers.

The Jeffersonian investigates the decomposing body of a social worker in the park, but evidence suggests the killer lived with the body for months before dumping it. Things get even more complicated when they determine another set of remains has similar details, which link the victims to a serial murderer who had sinister interactions with his victims' bodies. Booth and Aubrey consult with behavioral analyst Karen Delfs to help with clues to the killer's identity, while Cam tries to determine what (and who) she wants in her romantic life.

The Jeffersonian investigates the murder of a convicted felon who had been released to a halfway house, but disappeared, and a suspect in the case has ties to Booth. Meanwhile, Brennan testifies at an FBI hearing about the circumstances regarding her assault of an unarmed suspect from a previous case, and the outcome of the hearing could lead to her suspension and prevent her from working with the FBI. Aubrey and Jessica’s first kiss is delayed again and Hodgins continues to push Angela away.

The team investigates the body of a private investigator who was found frozen in ice, after being dumped in the Potomac. The victim, a man with many enemies, was a "fixer" who made sure his clients' problems got "resolved." Meanwhile, Aubrey is shocked to find information tied to his father's whereabouts, Angela and Hodgins continue to work on their rocky relationship, Brennan and Booth get Christine's first report card and criminal behaviorist Karen Delfs asks Aubrey out on a date.

The team investigates the death of the leader of the Lynwood University male acapella singing group, "The Whippersnaps," whose body was found in the school rat lab. The victim recently kicked out Ian Jansen, one of the group's best singers, sending Booth and Aubrey to question Ian and other current members of the male group and some stars of the competing female acapella group to get a handle on the group dynamics and what could have led to the murder of one of their own. Meanwhile, surprising information about Aubrey's own college experience is brought to light, Hodgins applies for an experimental nerve regeneration study, Booth tries to plan a summer trip with Parker and a new intern joins the Jeffersonian lab.

A drunk college student discovers the dead body of a Secret Service agent just before a presidential visit to the area. Booth is ready to hit the ground running and turns to Secret Service agent and former colleague Brandt Walker for information, but is surprised to learn the Secret Service has reservations about Booth’s involvement in the case. The team uncovers some shocking evidence that heightens the seriousness of the case, causing Booth to step up for his country. Meanwhile, Brennan is out sick with the flu and former intern Dr. Colin Fisher returns to the Jeffersonian to run lead on the case, but Brennan refuses to be kept out of the loop. Also, Hodgins takes his life into his own hands and turns a corner after a potentially dangerous experiment.

To produce a television segment on the Jeffersonian’s Medico-Legal lab, a documentary crew follows Brennan, Booth and the Jeffersonian/FBI team on a “typical” case as they investigate a corpse found in a landfill that was buried there more than a decade ago. The camera captures normally unseen footage of the team at work, while candid commentary by each of the team members provides an inside look at the investigation as Booth and Aubrey show off their unique skills in the field, and Brennan and her team prove their expertise and integral importance to solving murder cases.

The team investigates the death of a popular professional hockey player whose headless corpse was dumped in the river. As Booth and Aubrey question the player's coach, Booth's depth of hockey knowledge is integral to solving the case, and he's reunited with a hockey rival from his past, putting him back on the ice once again to face off against him. Meanwhile, Hodgins and Oliver have a competition of their own when Hodgins builds two drones and they compete to retrieve the victim's missing head, and Booth and Brennan attempt to declutter their home.

When the remains of famous billionaire explorer Henry Charles are found in Antarctica, the high profile case is brought to Brennan and Booth to determine if his death was a murder. The Jeffersonian team confirms he was killed when he went missing ten years ago on an expedition, but the timeframe puts the Jeffersonian's Dr. Clark Edison, who was with Charles for the expedition, on the short list of suspects. Meanwhile, Cam's sister comes into town to help with wedding plans and old family friction comes into the picture.

The team investigates a body found at a glass recycling plant with a diamond lodged in its jaw. French Inspector Rousseau approaches the team with an accusation against the Marquis De Chaussin, who is revealed to be the victim's husband and lives in Virginia. Meanwhile, Booth discovers he suffers from a temporary eye illness, and Hodgins thinks he's being followed by a ghost.

The team dives back into investigating a serial killer from the past, attempting to find “The Puppeteer,” who lives with his victims’ bodies before disposing of them. Meanwhile, Brennan works through her guilt over her retirement last year, blaming herself for not stopping the serial killer earlier. However, little does she know she might be in some trouble of her own.

Brennan foi sequestrada por seu ex-assistente, Zack Addy, Booth e o resto do laboratório desesperadamente procuram por ela.

After discovering the body of a man involved with creating artificial intelligence bots, the team must figure out whether the victim's own A.I. bot was programmed to kill him. In the meantime, Bones plans a special surprise for everyone for her 40th birthday.

When the body of an old man is found in an acid dump site, the team becomes enmeshed in retirement home drama. As they explore the case, talk of marriage and kids begins to dominate the conversation back at the lab.

The team investigates the murder of someone from Booth and Brennan's past. Meanwhile, Aubrey faces a moral dilemma of his own when he discovers his dad is back in the picture.

When a tutor of privileged students turns up dead, the team sorts through all the possible perpetrators, from disgruntled parents to the tutor's roommate with a criminal record. Meanwhile, Bones is frustrated with the voice of her audio book and tries to prove that she can record it herself.

The dismembered body of successful golfer-turned-lumberjack Phyllis Paul brings the squints to the Lumber Sports Regional Championships. At this competition, Booth and Brennan discover numerous secrets that could have resulted in Phyllis' murder, including an affair with a married rival. Meanwhile, Hodgins secretly analyzes the bacteria on the bone of a prior victim that he believes will exonerate Zack.

When a series of corpses with ties to Booth's former Army unit appear around D.C., Booth must dive into his past to find the killer before the killer finds Booth. Meanwhile, Brennan's father, Max, hides a serious medical procedure from Brennan, leaving her to grapple with her father's trust and mortality, as well as her family being in danger.

A recent loss creates a rift between Booth and Brennan, as they deal with their grief in different ways. Meanwhile, an old flame from Brennan's past comes to visit.

When a young man dies in a horrendous hay baler accident, Booth, Brennan and Aubrey slap on trashy disguises and go undercover at a rowdy demolition derby competition to investigate the case. Meanwhile, Dr. Gordon Wyatt returns and assists Hodgins and Cam when the ongoing Gormogon case hits a dead end.

When the burning, bruised body of an aspiring writer/director crash-lands onto a passing car, the team investigates a series of odd locations and characters that are connected to his film. Meanwhile, Bones seeks guidance from Dr. Mayer on the meaning of passion in the work place and Booth allows Aubrey to take the reins on their current case.

Brennan testifies for Zach in trial, Angela reveals some big news, while Aubrey and Jessica come to terms about their future together. All the while, the team discovers Kovac has escaped, leaving Booth in a race against the clock to protect himself and those closest to him from what may be Kovac's most dangerous plan yet.

With Kovac still at large, the team searches for evidence to track him down. After Brennan experiences a setback, the rest of the team must figure out how to find Kovac without her, putting everything she has ever taught them to the test. When all signs point to Kovac having outside help, as well as a hideout, Booth and Brennan go searching for him.