特勤局特工拉蒂默和贝林被“奖励”调到了绝密的13号仓库。他们遇到了神秘仓库的看守者阿蒂·尼尔森，他告诉他们关于他们的新工作。这些特工负责收集美国政府曾经收集的每一件超自然和无法解释的物品。他们的第一个任务是前往爱荷华州调查一名大学生可能拥有的神器，这名学生在念叨意大利咒语时发狂并袭击了女友。

皮特和迈卡追捕一队有着独特武器的银行劫匪。与此同时，阿蒂调查了仓库的安全漏洞。

皮特和迈卡被派去调查一个小镇，那里的居民的思维被改变，使他们可以随心所欲地行动。与此同时，阿蒂对仓库中正在进行的能量流感到困惑。

一名女子绑架了阿蒂，并坚持让他帮助她找回她的兄弟……12年前在一个与神器相关的实验中失踪了。

雕塑被盗导致迈卡和皮特来到一个圣洁的印第安洞穴，那里保管着一个古老的创造……和毁灭的秘密。

皮特和迈卡接手了一名前特工的任务，因为这个人的尸体出现在圣路易斯警察局的地下室。

皮特和迈卡回到华盛顿拦截一把将要赠送给总统的武士刀，他们发现了一位竞争者，该竞争者也在争夺仓库中的物品。

皮特和迈卡前往拉斯维加斯取回一件正在帮助一对赌徒的神器，但任务却出了岔子，因为迈卡被一位著名作家的镜子困住了。

皮特和迈卡去佛罗里达监狱调查一连串莫名其妙的自杀。与此同时，克劳迪娅在一件神器的帮助下换了一个灯泡。

阿蒂被理事会和弗雷德里克夫人质疑。与此同时，皮特、迈卡和克劳迪娅被困在了13号仓库内，一个危险的局面正在发展。

在得知父亲垂危的消息后，迈卡回家看望父母。

团队发现麦克弗森正在拍卖他从仓库货架上挪走的神器。

在第二季的首播中，我们直接从上一季的结尾开始。麦克弗森炸毁了阿蒂，然后消失了。琳娜真的是叛徒吗？克劳迪娅去哪了？没有了阿蒂，皮特、迈卡和仓库将如何度过？麦克弗森独自在仓库时又造成了什么混乱？还有没有新的恶棍出现在地平线上？

底特律出现了一个超级英雄式的私人复仇者，特工们试图追踪责任人。同时，琳娜和克劳迪娅之间的关系仍然紧张，而阿蒂被他已故朋友的幽灵所困扰。

当一个本应属于仓库的神器出现在隔壁小镇时，团队发现自己陷入了一场B级电影式的崩溃中，包括牛仔、格斗士、科幻机器人和登陆海滩的海军。他们的生存希望仅仅依赖于发明电视的菲洛·T·法恩斯沃斯。

当年轻的超级模特一夜之间迅速变老50年时，皮特和迈卡化身为时尚世界的明星，以发现背后的真凶。

尤里卡全球动力公司的道格拉斯·法戈被派往仓库13帮助更新其老化的计算机系统。这导致一个看似有意识的电脑病毒将仓库封锁并困住了团队。

弗雷德里克夫人秘密地招募皮特来找出组织内的内鬼，他正在购买神器。然而，当内鬼发现后，他们将瞄准皮特身边最亲近的人。

克劳迪娅刚刚得到了她的第一个任务，但当这涉及到一个真实的人体火炬和H·G·威尔斯时，这对她来说可能是太多了。更不用说阿蒂的一段旧爱出现了。

特工们希望度过一个周末放松，直到一件神器出现在了他们面前。

有人正在使用阿蒂的神器犯下一系列谋杀案。

皮特和迈卡使用H·G·威尔斯的时光机器回到了1961年。

当弗雷德里克夫人病倒时，特工们必须在为时已晚之前寻找到一种治愈方法。他们的任务将他们带到了埃及和失落已久的第二个仓库。

团队试图追踪他们的叛逆成员，并发现他们手中的神器意外地强大。与此同时，克劳迪娅对自己在仓库团队中的未来感到疑虑，皮特必须在凯利和使命之间做出选择。

当仓库团队准备在多雪的南达科他州庆祝节日时，皮特和迈卡被召唤去追捕一个恶毒的圣诞老人。与此同时，为了庆祝光明节，阿蒂和他疏远的父亲伊萨多尔·韦斯费尔特在30年后重聚。