艾連等104期兵決議被編入里維班。為了達成堵住瑪利亞之牆這個最初的目的，漢吉進行著實驗摸索能讓艾連自由令巨人化後的身體產生硬質化的方法，但此時卻傳來了尼克神父被謀殺的消息。就在里維聽到漢吉報告表示判斷尼克的謀殺案是由中央憲兵所為時，收到來自艾爾文的信。信裡所寫的內容是…？

在那之後到底經過多久了呢。在禮拜堂地底醒來的艾連身體被鎖鏈鎖住，站在他眼前的，是已經自稱取回所有記憶的希絲特莉亞和羅德。在羅德和希絲特莉亞伸手摸他的背部時，艾連的腦中浮現了不祥的記憶 ── 五年前的某個夜晚襲擊雷斯家的那場悲劇的真相。在那天晚上奪走羅德所有家人的，正是艾連的父親 ─ 古利夏．葉卡。

距離希絲特莉亞的加冕式已過了兩個月。人民們用飽含親近意味的稱號「放牛女神」來稱呼在牧場照顧孤兒們的希絲特莉亞。調查軍團方針對艾連得到的硬質化能力進行實驗，成功開發出對抗巨人的武器，然而不停的實驗對艾連的身體產生了很大的負擔。艾連展露只要能夠掃蕩巨人，願意捨身奉獻的覺悟。就在這時，艾連回想起了某個人物的存在…