希干希纳区的人们为了保护自己不受巨人吞食，特地建造了四周高达五十公尺的城墙，百年来因此过得很平安，但艾伦满心向往外面的世界，对宁可像家畜般在墙内苟且偷生的人们感到不以为然，没想到巨人们这一天真的摧毁了城墙，还当着艾伦的面吞噬了母亲……。

由于巨人的入侵，希干希纳地区的居民生活遭逢巨变，夹杂在悲鸣与怒吼声下，人们不断逃窜，却也无能为力，最后幸存的人搭船逃到罗塞之墙内。亲眼见到母亲被吞噬的艾伦，在汉尼斯的拯救下逃离後，内心燃起熊熊大火，誓言要打倒巨人……。

为学会杀巨人最有效的手段“立体机动术”而加入训练兵团的艾伦、三笠、阿尔敏，在基斯教官的严格训练下，与来自不同出身地和不同观念的同僚们，逐渐建立起同袍感情，但艾伦却不如三笠等人，在控制姿势训练中失败了……。

加入训练兵团三年，在基斯教官的严格训练下，艾伦和三笠、阿尔敏终於要毕业了，但艾伦却发现学会“立体机动术”等杀巨人的技术，竟同时也是让自己远离巨人到安全圈去的技术，因为成绩高的人，将被派到内地的宪兵团里，在国王底下负责维持秩序……。

希干希纳区的惨剧发生后五年，艾伦又遭遇到当年毁掉玛利亚之墙的巨人，于是立刻发动立体机动装置，想攻击巨人的要害，但巨人却在一阵蒸气中消失无踪。由于城门已被攻破，为预防巨人们的第二波进军，艾伦们准备展开防卫殊死战……。

34班的同伴们纷纷倒在眼前，就连艾伦也为了救阿尔敏而被巨人吞下，残酷的事实让阿尔敏无法接受。　　另一方面的三笠，为了救正在逃难中的居民，冷静地压制了商会会长，同时也回想起与艾伦相识的悲惨情景来……。

阿尔敏等人因为立体机动装置快用完燃料无法登墙，正好三笠赶来了，提议大家赶往补给部队所在的本部补充燃料，还率先采取行动，却因为得知艾伦丧生的消息内心动摇并失去冷静，在面对巨人时，更丧失了求生意志……。

阿尔敏提议诱导救了三笠的巨人前往驻扎兵团，好杀了其他群聚一起的巨人，于是在柯尼的掩护下，三笠朝向驻扎兵团前进。另一方面，约翰等人也一边与巨人们交战，一边朝著目标前进，最后抢在三笠之前到达本部……。

人类与巨人在托洛斯特区展开一场死斗，而在阿尔敏面前被巨人吞下的艾伦，竟化身为巨人来救人类，还反过来杀了很多巨人，却也因此吓倒众人，更让率领驻扎兵团的基斯因为不相信他，而命令枪口对准艾伦及护着艾伦的三笠与阿尔敏……。

南侧领土的最高负责人皮克西斯司令，指示驻扎兵团展开托洛斯特区夺回作战，企图让艾伦巨人化後搬运大石封住被毁的城门，而在巨人们不断入侵进来的此刻，更显作战的重要性，艾伦也决定成为大家的希望……。

南侧领土的最高负责人皮克西斯司令，指示驻扎兵团展开托洛斯特区夺回作战，企图让艾伦巨人化後搬运大石封住被毁的城门，而在巨人们不断入侵进来的此刻，更显作战的重要性，艾伦也决定成为大家的希望……。

巨人化的艾伦，竟对著三笠挥拳，让托洛斯特区夺回作战计划，似乎蒙上一层失败的色彩，尽管三笠快速闪过，但巨人化的艾伦继续攻击，最后还挥拳打中自己，并因此无法动弹。就在此时，有三具巨人朝著艾伦而来……。

艾伦在阿尔敏的刺激下终于觉醒，继续执行任务用大石封住洞口。但在这期间，仍有巨人陆续入侵托洛斯特区。为避免艾伦遭受巨人攻击，精锐部队决定舍命保护艾伦，尽管任务最后终于成功但伤亡人数也不断攀升……。

又过去很多天后，艾伦又一次在地牢里醒来，自己依旧被锁在这里。这时法庭中已经在为艾伦准备“特别军事会议”，由三大兵团统帅达利思·扎克雷总统裁决。之后艾伦被两位分队长：韩吉·佐伊、米凯·撒迦利亚斯押送至法庭。审判中，宪兵团和宗教高层因自私自利而对艾伦和三笠加以指责，在艾伦快要失去理智时，利威尔兵长对其施以拳脚令其冷静，并称：这是我一贯的主张，我认为最有效的管教就是疼痛。实则是为了保护艾伦不会在失去理智时被宪兵团杀害。埃尔文团长借此机会将艾伦吸纳进调查兵团。庭审结束后艾伦被送出法庭，在休息室里，利威尔变相的对艾伦道歉了一番，而后分队长韩吉为艾伦检查被利威尔打伤的嘴时，却发现本应断掉的牙奇迹般的重新长出来了。

艾伦在利威尔兵长的带领下进入了调查兵团，利威尔的特别作战小组为了控制随时可能暴走的艾伦入住了城堡。渐渐的，艾伦发现，小组的成员都显得有些奇怪。韩吉分队长来邀请艾伦参加将要进行的巨人活体实验，并在艾伦的请求下为他讲述了曾经实验的细节。巨人们不用食物和水，日光供给他们活动的能量……第二日却有士兵报告，两个巨人被人在夜间杀害了。韩吉分队长难过的快要疯了。

相关人员仍在调查是谁杀害了两名实验巨人，可是没有新的进展。三笠和阿明等104期学员此时开始了自己兵种的选择，在埃尔文团长的一番稍带恐吓分析现状的讲话后，阿尼选择了宪兵团，而康尼，萨莎和让经过了一番艰难的心理斗争后，和三笠、爱尔敏他们一样选择了调查兵团。于是在104期前十名中，三笠·阿克曼，莱纳·布朗，贝特霍尔德·胡佛，艾伦·耶格尔，让·基尔希斯坦，康尼·斯普林格，萨莎·布劳斯，赫里斯塔·兰斯成为调查兵团新成员；阿尼·利昂纳德加入宪兵团，马可·博特阵亡。同时加入调查兵团的主要人物还有阿明·阿诺德和尤弥尔。在调查兵团见到久违的艾伦，大家都激动不已，尤其是三笠，十分关心艾伦是否被虐待或强迫去做什么事。特别行动班和新兵都被列入了第57次壁外调查的名单。

一个月后，壁外调查正式开始，此次作战意在通过发射不同颜色的信号弹通知士兵们巨人的位置以此调整行进方向避开巨人，到达目的地（艾伦家地下室）。一切看似有条不紊的进行着，这时艾尔敏一侧出现了一名女巨人，两位前辈试图杀死她却发现女巨人速度惊人，而在他们将她要害锁定时分别被女巨人捏死、摔死了，目睹了这一切的艾尔敏由此断定女巨人拥有智慧，女巨人俯下身观察艾尔敏，就在他以为自己必死无疑的时候，摘下了他帽子的女巨人却跑开了。与莱纳、让汇合后，艾尔敏推断出他们的目标是艾伦并指出艾伦在最安全的中央后方。随后他们与女巨人战斗，在莱纳从女巨人死里逃生后，他却发现女巨人跑向了艾伦的位置。

爱尔敏、莱纳和让逃脱了女巨人的追击，却丢了两匹马难以行进，在发射信号弹后，克丽斯塔牵了两匹马到来，骑上马的他们准备撤回却在看到埃尔文团长他们发射的绿色信号弹后无奈继续前进。而女巨人的目标似乎仍是艾伦，其他士兵们为了阻止其行进受创惨重。在团长的带领下，大批人马进入了曾被作为壁外观光圣地，而现今是躲避巨人袭击的长满高树的森林。特别作战班从正中进入了森林，更有人马从森林两侧迂回。此时却收到埃尔文团长的命令，要所有人上树，阻止巨人进入森林，待大家上树后，不久便有许多巨人到来围在树下，但士兵们并未与其交战。与此同时，女巨人进入森林，她极快的行进速度不久便赶上了特别作战班，看样子，她的确是冲着艾伦来的。作战班的成员们都呼喊兵长下令与她作战，兵长却毫无回应。直到最后，兵长举起枪，说：“捂上耳朵！”。

调查兵团的利维尔班依然在巨木之森中被女巨人追赶，利维尔而的一枪拉大了他们和女巨人的距离。可飞速奔跑的女巨人眼看就要追上了艾伦他们。艾伦眼睁睁地看着后面的战友为了阻挡女巨人而牺牲，想要战斗却因利维尔一个不明确的目的被阻挡，艾伦想要咬破手利用巨人之力，而此时他面临着的是相信自己还是相信大家……曾经，为了探究艾伦的巨人之力，将艾伦降入井中，可将手咬的满是血却没有变成巨人。艾伦伤心而又沮丧，而就在他想要捡起掉在地上的勺子是，手瞬间出现了巨人化，没有皮肤的巨人之手十分灼热。后来调查出艾伦的巨人之力只有在有明确目的时可以启用，为此误会了艾伦的大家也咬了自己的手以示歉意……想起这些，艾伦选择了相信大家，继续全速前进。不久，到了关卡，埋伏已久的调查兵团用密集的炮困住了女巨人。兵长让大家藏好艾伦，自己飞回树上，准备和调查兵团的精英们（包括三笠）一起活捉女巨人

固定住了女巨人后，艾伦、爱尔敏和三笠他们似乎都没有猜出埃尔文团长的用意。可是因事情不断的进展，特别作战班和爱尔敏感知到，不被信任是因为可能出现了能够巨人化的间谍。团长似乎是想要捉到隐藏在巨人面具下成为人类战士的间谍。利威尔兵长和埃尔文团长想要去砍捂在后颈上的女巨人的手时，钢刀却断了。女巨人的手上出现了一层淡蓝色的透明铠甲，片刻又破碎消失。埃尔文团长推测这可能与铠之巨人有关。兵长站在女巨人头上冷冷地讲了几句话后，女巨人发出了孤注一掷般的吼声。接着，大批奇形种朝这里奔来。最后，埃尔文团长下达了全体战斗的命令，可不敌人数过多的巨人，便准备撤退。女巨人招来如此多的巨人来啃食自己的躯体也不让情报泄露。撤退时，团长却让利威尔去换上钢刀和补足气体，特别作战班的返程似乎又碰到了女巨人，根塔先生在没有防备下被攻击成重伤后挂在了树上。

女巨人继续追击艾伦，艾伦又一次想要巨人化，利威尔班剩余的三人劝阻艾伦，希望艾伦相信他们，让他们去战斗，艾伦选择了相信并继续前进，看到剩余的三人在刚刚失去了根塔先生的情况下仍就那么强大，艾伦开始庆幸自己的选择，正在这时，女巨人突然进攻将剩余三人杀害，目睹利威尔班全军覆没的艾伦开始愤怒，巨人化开始咆哮，攻击女巨人，远处的三笠，兵长听到艾伦的咆哮就往艾伦所在之处奔去，此时已经处于极度愤怒状态的艾伦正在和女巨人交战，可最终不幸败下阵来，正当女巨人要吃下艾伦之时，艾伦终于明白女巨人的真实身份，女巨人将艾伦吞食，远处赶来的三笠正好看见了这一切，女巨人吞食艾伦后开始逃跑，三笠追赶，要将女巨人杀死将艾伦救出来，兵长此时也已赶到，两人一起追赶女巨人。

兵长与三笠为了击杀女巨人分工合作，在兵长扭伤脚后救出了艾伦，此时的艾伦已经被粘液包裹的无法动弹。两人在重伤女巨人后撤退。兵长向后望去，女巨人在树下靠着竟流下了眼泪。女巨人一战落幕，侦查兵团在运送尸体回到壁内的途中又遇见巨人。在无奈之下只好丢弃尸体以拖延巨人。就这样，侦查兵团回到了壁内。

亚妮从沉睡中醒来，和其他宪兵队成员接到上级下达的新任务--护送调查兵团回王都。腐败的宪兵团上级更是把整个任务全权交给新兵们办理。执行任务前，阿明秘密地找到亚妮，请求其在护送期间协助艾路逃跑。亚妮心存疑虑的答应了。但在逃离斯特黑斯区的最后一步，通过阴暗狭窄的地道时，亚妮却识破阿明原计策。被识破身份的亚妮放弃了艾伦的劝说，露出可怕微笑，利用戒指上的尖钩，在希娜之壁中变身。

逃下地道的三人仁遭到女型巨人堵上一切的袭击。关键时刻，按计划应该变身成巨人的艾伦却因为不愿相信事实而没有成功。三笠和阿明冲出地道想吸引女型巨人的注意，艾伦却先遭袭，被压埋在废墟下，被木头刺穿。女型巨人与调查兵团在城中又是一场恶战，并挣脱了韩吉等人布下的陷阱。另一方面，在阿明的激励下，奄奄一息的的艾伦坚定了驱除巨人的决心，强忍剧痛，成功变身。艾伦与亚妮两人的决斗已经爆发！

城中，两个巨人间爆发激烈的格斗。最终，亚妮最终难敌盛怒狂暴之下的艾伦。极度虚弱的女型巨人想翻越希娜之壁逃脱，被三笠斩断十指摔落，为人类所擒获。然而，艾伦在挖出亚妮本体时的一丝迟疑，使亚妮有机会用坚硬的水晶石保护住自己。调查兵团众人无法打开水晶石，但总算对上级有个交代，保住了调查兵团，使艾伦免去被解剖的麻烦。

　　在结束了与女巨人的战斗后，调查兵团在墙壁中发现了巨人。面对众人的质疑，司祭自始至终保持沉默，不愿意回答。时间追溯到12小时前，在南区待命的调查兵团104期生收到了巨人来袭的消息，而巨人袭击的方向，正是康尼·斯普林格的故乡。康尼·斯普林格因此向巨人行进的方向进发，而此时，分队长采取了单独的行动。壁的秘密。

巨人被发现的5个小时之后，往北方森林前进的人们到达了萨莎的故乡。萨莎想起了与父亲之间的苦涩回忆。时隔3年，家乡已经不再是人类居住的土地，而是遍布了凄惨的景象。另一方面，艾伦同行的人中不见了尼克的身影，他希望能够用双眼亲自去确认墙壁的秘密。

康尼的家乡没有任何人影，只剩下一头仰面倒下的巨人。失意的康尼，耳朵听到似乎是那巨人发出的微弱声音……同时，黎各率领驻扎兵团的精锐部队在东防卫线与巨人交战，而汉内斯也在率领部队沿着墙壁一路侦察，但仍然没有遇到一个巨人。每个人各自心惊肉跳着，巨人出现的最初的夜晚即将到来。

康尼，莱纳和贝特霍尔德所在的南班与克里斯塔和尤弥尔的西班在夜晚中相遇，两班决定在厄特加尔城堡过夜。但是，当他们注意到的时候，城四周已经被巨人包围着。没有战斗装备的104期训练兵到塔中暂时避难，不过，城堡被突破只是时间的问题。他们只能孤军奋斗防止巨人的入侵。而这时莱纳脑海中浮现出的记忆是……？

艾伦他们还在训练兵团的时候，某次雪山训练结束后，突然发现克里斯塔和尤弥尔的身影不见了。克里斯塔在训练中发现身体不适的达兹，然而却突发下起暴风雪，克里斯塔决意要拖着奄奄一息的达兹走到山脚下。但是在这种情况下，三个人都不能得到帮助，克里斯塔采取的决断是!?特区中待命。

尤弥尔拼命在厄特加尔城包围的巨人群浴血奋战着，之后被赶来的调查兵团主力部队击退了。受了重伤的尤弥尔为了治疗被送往托洛斯特区，剩下的调查兵团对墙壁的修复作战重新开始。然而，汉内斯传来的消息是“没有任何一个破洞的地方”。如果墙壁没有发现破损，那么巨人怎么会出现在墙内呢？抱着这样的疑问，艾伦一行的调查兵团返回托洛斯特区中待命。

“铠之巨人”和“超大型巨人”在艾伦面前出现。激昂的艾伦随即巨人化，与铠之巨人进行战斗。另一方面，超大巨人将调查兵团待命的墙壁破坏，把昏迷状态的尤弥尔抓住，扔入口中。调查兵团在韩吉的号令下，一齐去袭击超大巨人，但超大型巨人全身喷出了蒸汽，无法接近。这时候，铠之巨人面对陷入苦战的艾伦是……？

艾伦把铠之巨人逼进一步，然而超大巨人的头部掉下，形势瞬间逆转，最后艾伦被铠之巨人带走。而且，超大巨人所产生的的热量和风压，给在场的所有士兵带来巨大伤害。倒下的三笠醒来后，发现时间已经过去5小时。因为对艾伦的想念，三笠不禁流泪。而汉尼斯则是鼓励着这样的三笠和阿明。

与铠之巨人战斗中失败的艾伦，在巨树森林中醒来。在那里看到和艾伦一样巨人化的能力者们。但是即使身为一个巨人，也很难在巨人巢穴中的森林活下去，而刚刚战斗结束的艾伦也没有足够的体力变成巨人。即现在的艾伦能做的事情是老实等待到直至夜晚而已。

离日落还有一个小时，调查兵团的精锐终于到达了巨树森林。目的不是为了战斗，而是找出并夺回艾伦。但是，这仍然是一个险危险的作战。在这种情况下，克里斯塔心里萌生出绝对要救出尤弥尔而产生焦虑。尤弥尔想起年幼的自己以前在贫民街中生活的时候，遭受着不幸的命运，然后直到与克里斯塔的相遇。到底，尤弥尔会如何行动呢!?

即将进入入森林之前，埃尔文看到铠之巨人的肩膀上，某个人物的背上绑着艾伦。一调查小组试图在被巨人带走之前救出艾伦。但是，尤弥尔曾多次阻挠袭击铠之巨人的三笠，必须把这个巨人杀死，三笠毫不掩饰地充满敌意。而站在她面前，呼吁停止战斗的是——！！！

埃尔文引来的大量巨人袭击了铠之巨人。如同地狱般的景象中，调查兵团展开的艾伦夺回战总算是成功了。但是，面向撤离的士兵，铠之巨人把其他的巨人扔过来。而因为冲击落马的艾伦和三笠面前出现了5年前的那一天，吃掉了艾伦的母亲卡尔拉的巨人。因为这可憎的仇恨须得亲手了结，艾伦与其发生战斗……

艾伦等104期兵被编入利威尔班。为了达成夺回玛利亚之墙的目标，韩吉开始进行能让巨人化的艾伦的身体自由硬质化的实验。但是却传来了尼克神父被暗杀的消息。收到了韩吉断定尼克之死与中央宪兵有关的报告后，利威尔又到了艾尔文的信。写在信中的内容是......

载着艾伦和希斯特利亚的马车被袭击，两人就这样被夺走了。阻挡在欲追的利威尔面前的神秘男子凯尼看来是过去和利威尔有关系的对象。两人之间赌上性命的战斗，不是巨人对人类，而是人类之间使用立体机动装置进行的死斗。知悉了这一切的104期兵们也被卷入了战斗中。

失去了幼年记忆的的希斯特利亚睁开眼睛，发现了一个名为罗德·雷斯的男子自称是她的父亲。罗德一边抱住希斯特利亚，一边说出了关于雷斯家的重大秘密。另一方面，韩吉也通过俘虏的中央宪兵了解了雷斯家的秘密。为了决定今后方针，韩吉告知了艾尔文关于雷斯家的情报。那时，艾尔文正在会见皮克西斯，表明了要推翻王政的决心。

调查兵团在中央宪兵的设计诬陷下背负了杀害平民的罪行。利威尔班因此遭到王政府的通缉，奉命搜捕调查兵的宪兵马尔洛和希琪踏入了利威尔班躲藏着的森林。发现了打水的阿尔敏，但二人随后便被埋伏的利威尔等人控制。对宪兵团的做法抱有疑问的马尔洛提出了协助调查兵团的请求。利威尔把处理两名宪兵的任务交给了让……

调查兵团的命运行将结束。在中央宪兵的逼迫下，艾尔文即将被处决。在王座之间，艾尔文接受了最后的审判。艾尔文坚持主张“失去调查兵团意味着失去人类的矛”，但却徒劳无功。眼看艾尔文就要被带到处刑台的时候，传来了超大型巨人和铠之巨人突破了罗塞之墙的消息。人类的命运，到底应该托付给谁呢......

不知过了多久，在礼拜堂的地下醒来的艾伦发现身体被锁链所拘束，眼前站着的是罗德和希斯特利亚。当二人的手触碰到后背时，艾伦的脑中浮现出了不祥的记忆。那是5年前的某个夜晚，雷斯家被袭击的真相：那个晚上杀死罗德全家人的，正是艾伦的父亲格里沙·耶格尔.....

罗德道出了雷斯家的真相。已在雷斯家传承了好几代的巨人的力量现在就在艾伦身上。希斯特利亚呼喊道，得到了这个力量，继承了世界的历史，从这个世界上驱逐巨人才是自己的使命。另一方面，得知真相的艾伦流着泪说自己犯下了无法补偿的罪，决定将人类的命运托付给希斯特利亚。了解到艾伦这样的想法的希斯特利亚，会如罗德所期待的那样巨人化吗？

希斯特利亚违背了罗德的意志，打算带着艾伦从礼堂逃出。舔舐了洒在地上的巨人脊髓液的罗德巨人化了。赶来的调查兵团的伙伴们将被巨人化形成的热浪击飞的希斯特利亚和被囚禁的艾伦救了出来。与此同时，罗德变成了比超大型巨人还要大上一倍的巨人。自己和伙伴们再次面临着危机，这一次，艾伦选择了相信自己......

虽然艾伦成功的保护了同伴，但与此同时，罗德巨人也来到了地面上。罗德巨人缓慢的前进着，因全身散发大量的热而导致沿途的树木都被烧毁。前方就是奥尔福德区，但艾尔文并没有下达避难指示，而是制定了迎击巨人的作战计划。为了防止灾害波及到墙内，调查兵团以奥尔福德区的居民为诱饵，展开了一场没有一人伤亡的艰难战斗......

罗德巨人被消灭了，亲自给予罗德巨人最后一击的希斯特利亚在居民和士兵们面前宣称自己是真正的王。此时，从礼拜堂坍塌现场逃出来的凯尼已失血严重，奄奄一息地躺在地上。在肯尼的脑海中，浮现出了自己壮烈的一生。蓦然醒悟之时，利威尔正站在面前。凯尼像是在为了活下去而做出最后挣扎，拿出了装有巨人脊髓液的注射器...

加冕两个月后，在牧场照顾孤儿们的希斯特利亚，被人们亲切地称为“放牛女神”。调查兵团进行了关于艾伦获得的硬质化能力的实验，成功开发了对巨人兵器。反复的实验给艾伦的身体带来了很大的消耗，但艾伦表示出了只要能够能消灭巨人，自己的身体被削掉也在所不惜。接着，某个人物浮现在了艾伦的脑海中.....

调查兵团的夙愿——玛利亚之墙最终夺回作战，决定在两天后正式开始。利威尔建议身负重伤的艾尔文不要随军出征，但艾尔文坚决拒绝。“我想要见证这个世界的真相大白的那一刻”，看到艾尔文坚定的意志，利威尔只得接受。当晚，士兵们在兵营里举行了盛大的宴会，养精蓄锐。艾伦等人回顾了过去的战斗，再次下定了决心.....

调查兵团趁着夜色向玛利亚之墙行进。在大家经过沉睡的巨人身旁时，艾伦十分紧张。“万一夺回作战失败了呢?”“我能拯救人类吗?”阿尔敏和不安着的艾伦交谈，两人回顾了至今为止的事情……

以兽之巨人为中心，大量巨人出现，调查兵团被团团包围。他们一边死守城墙脚下的马匹，一边全力迎战铠之巨人……

受到调查兵团开发的新兵器雷枪的全力攻击，铠之巨人似乎失去了行动能力。当调查兵团放松警惕时，铠之巨人却突然再次行动，发出了一阵咆哮……

周围一片火海，调查兵团的战场以希甘希纳区内门为界被一分为二，一方面，艾尔文和利威尔遭受着兽之巨人的碎石投掷攻击；另一方面，104期兵面对超大型巨人就已是束手无策，更加绝望的是，本该倒下的铠之巨人，也再度向104期兵袭来......

在穷途末路的情况下，调查兵团的新兵们在艾尔文的指挥下，抱着必死的觉悟向兽之巨人发起了突击。而另一方面，艾伦等人也制定了对付超大型巨人和铠之巨人的作战计划。

阿尔敏的作战成功了，艾伦来到了阿尔敏面前。正在艾伦悲伤之时，两道身影出现在城墙上……

战斗结束了。希甘希纳区的墙壁上，幸存下来的调查兵团士兵寥寥无几。然后，艾伦走向了自己家的地下室......

艾伦的父亲格里沙留下的日记中记载着他过去的记忆。彼时还是年幼少年的格里沙，在那一天突然面对了这个世界的真相……

在格里沙残留的记忆中，他被托付了一项任务.....

墙外世界的真相和巨人的真面目真相大白。得知这一消息的希斯特利亚和兵团干部们做出了一个决定。而艾伦则把思绪转向了墙外……

距离人类与巨人的壮烈战斗开始至今，已经过了多少岁月呢……。艾伦·耶格尔一心向往、终于抵达的海的另一端，却持续着不知何时会结束的战争。他们究竟是谁，又是为何而战？现在，一名少年兵抱着必死的觉悟，投身于最前线的战场…

长达4年的马莱与中东联合国的战争结束了。但是，两大的突然消失和马莱战士的战场上的表现表明，巨人之力所向无敌的时代即将结束。为了挽回因外国持续开发反巨人武器而对马莱造成的不利局面，吉克向军队的上层进言，建议重启对帕拉迪岛作战计划。

回到故乡，与母亲重逢的莱纳。在那天晚上回想起了以成为战士为目标的童年时光。拥有艾尔迪亚人母亲的莱纳的梦想就是和母亲一起获得荣誉马莱人的称号，进而和离开他们的父亲一起生活。如果能继承巨人的力量成为拯救世界的英雄的话，相信这个愿望一定能够实现…...

战士候补生之一的法尔克格莱斯。为了守护爱慕的贾碧·布朗，自己必须继承铠之巨人。但是自己与贾碧的成绩差距却越来越大。这时候，垂头丧气的法尔克听到了一个男人向他打招呼.....

莱纳被法尔可带着进入了一个地下室，看见坐在地下室里等待着他的那张脸感到惊愕不已。与此同时，威利·戴巴受到全世界瞩目的演说即将开始…

威利·戴巴通过演说在全世界面前向帕拉迪岛发出了宣战公告。就在这时，喧闹的广场上，出现了一位不速之客的身影......

帕拉迪岛（Paradis）的部队开始进攻，战士们挺身面对能在空中移动自如、迎面袭来的敌人。这场战斗究竟会如何演变…

在没有巨人威胁的情形下，调查兵团撤退到飞艇上。贾碧握枪追赶着，决心要让他们为践踏她的家园付出代价。

当帕拉迪岛（Paradis）在处理突袭雷贝利欧（Liberio）收容区的余波之时，阿尔敏回忆着他们与义勇兵相遇的过去。这次相遇让他们重新认识了世界。

岛外的世界没有同伴。为了生存，他们不得不将敌人毁灭。但这是正确的吗？无人确知。

无处可逃，无路可返。唯一能求助的只有恶魔本人。

他们的憎恨应指向何人？而我的怨愤又应归于何人？他们的信仰开始动摇。

贾碧与法尔可向人寻求帮助。他们所相信的方向是否有能如愿以偿的未来？抑或是必须承受报应？

艾伦冷冷地看着阿尔敏和三笠，开口说道「因为我想跟你们聊聊」。

在恍惚的意识之中，看见的是令人怀念的面孔与朦胧的记忆，是关于与那个人物的相遇。一切皆是为了实现自己注定背负的使命。

彼此渴求的未来宛若平行线一般，只能怀抱着各自的信念彼此碰撞。再次来到起始之地，希干希纳区.....

　　滂沱大雨中，有位士兵倒在路边。他的不远处有个奇异的巨人浑身散发蒸气，从中爬出了一个男人……。与此同时，玛雷军在一切的开端——希干希纳区发动奇袭，巨人们也展开行动，始祖巨人与铠之巨人再度对峙。 「来吧，莱纳。」

三笠想救艾伦的想法，是她的真心吗？艾伦又是为何而战……？巨人们踏震大地激烈冲撞，马莱的奇袭令众人拿起武器奔赴战场。

野兽与始祖，人们围绕着掌握情势关键的这两大巨人展开殊死战斗。当彼此的想法与记忆交织，这对兄弟眼里所望目标的前方是…？

弟弟拒绝哥哥，但哥哥并未舍弃弟弟，只有一心想拯救弟弟的念头。艾伦和吉克两人来到一切的终点，透过那一夜的记忆得知父亲格里沙的真相。

从2000年前开始的反抗、战斗，不断前进的人们所写下的故事。究竟谁写下的篇章才是一切的序章？艾伦对持续行走的始祖尤米尔说道：「你一直在等待着，对吧。从2000年前起…就一直在等待着谁来解放你。」

大地轰隆鸣动，尘土高扬入天，成群巨人不断前进。岛上的高墙已然消失，直到将岛外世界的生命全都驱逐殆尽为止，无人能够阻止艾伦。

当人们陷入混乱之际，过去曾是朋友、亦是敌人的这个人物清醒过来，停滞的时光再次转动，一切全都变了样子。在这样的时刻，做出的选择是……

巨人的军队列队进军，即将践踏对此一无所知的民众。仰望这无情景象时，士兵与战士们会束手就擒，还是起身反抗？身在森林中的两位士兵早已下定决心。

战火的彼端是我们的敌人所在之处。我们彼此憎恨、鄙视、并互相残杀至今。而现在，坐在营火对面的是对「正义」各有定义的人们。

众人为了拯救世界，下定决心要阻止艾伦，但阻挡在他们眼前的却是过去的同伴。他们怀着不希望让任何人死去的想法挺身战斗。

一旦犹豫就会死，枪口瞄准就扣下扳机。现在只能深信这些背叛……将能维系拯救世界的希望。

那一天，看见的事物。那一天，交谈过的事情。那一天，做出的选择。全部都是他所希望的。他从没有任何改变。

艾伦发动「地鸣」意图毁灭世界。无数的巨人们开始进击，所到之处皆被夷为平地。三笠、阿尔敏、约翰、柯尼、韩吉、莱纳、亚妮、皮克和身负重伤濒临死亡的利威尔……残存下来的战士们为了阻止艾伦挺身而出，迎接最终的战役……

成为始祖巨人，带领无数巨人向斯拉托亚要塞进攻的艾伦。出现在陷入绝望的难民面前的是，从地震中侥幸逃生的三笠、阿尔敏、约翰、柯尼、莱纳、皮克、利威尔。曾经的伙伴们，以及青梅竹马和艾伦的战斗在这里结束。