从被关在精神病院中获释后，Root需要Shaw的帮助来处理机器发出的指令；Finch和Reese调查了一个性格温和的调查员。

一股来历不明的势力阻止机器洞察一件即将发生的灾难事件的全貌，机器同时吐出五个不同的号码，Finch的团队只能自行调查相关线索并解开这个谜团。与此同时，Root的黑客团队抵达纽约。