电视台专栏节目主持人元缘，因采访法门寺而与考古博士小唐结识，小唐将他对法门寺的考据写成一个剧本，寄给元缘，元缘在读灠剧本之际，勾勒出遥远千年前的法门寺传奇。长安城中两位倾国倾城的姐妹花，伊美、伊春，姐姐伊美自小与宗正相爱，但因武宗皇帝觊觎伊美，赐婚伊春于宗正，伊美愤而欲落发为尼，为宗正所阻止并接回宗正府，在宗正大婚之日，武宗驾到，并要宗正献上伊美。

伊美与伊春姐妹情深，终归言好。伊美为了母仪天下的理想，打消了刺杀皇上的念头，并且不畏惧皇后的嫉妒，决心为皇上生个太子。诡谲的皇后以宗正与伊美的青梅竹马关系，强迫唆使宗正进行偷换皇子的计划。

宗正之妻伊春难产生下一女的同时，亦是伊美产下皇子之日，于是，宗正强忍失去爱妻的痛苦，将自己的女儿带入宫内，并将皇子带出皇宫送至法门寺。伊美发现自己产下女婴极度疯狂，然而这女娃元公主，竟然是个睁眼瞎，这使得皇后更得意气傲，并怂甬皇帝放弃医治元公主的眼疾，远离这对晦气的母女。

长大后的元公主美若天仙，德妃娘娘想替元公主在法门寺找个学问僧，为她讲授佛法。眼瞎的元公主亲自在众多僧侣中挑选，竟选上了觉能─当年被送进法门寺的皇太子。

觉能为元公主讲了佛经上的故事莲花夫人与小王子，这个类似德妃娘娘遭遇的故事，引起元公主的联想，认为她和觉能就是被互换的儿女。宗正感到心有不安，去找了法门寺大法师，并且坦承元公主是自己的女儿，法师允诺在佛诞日请元公主莅临法门寺瞻礼。

元公主在佛诞日看见了佛光，眼睛因而奇迹似地复明，她和觉能的感情也日益增长，元公主本身并且开始怀疑，自己就是宗正的亲生女儿。由于元公主眼睛已经复明，而且长得亭亭玉立，宗正打算尽快安排让她晋见皇上。

因为德妃总想到觉能是自己的亲生儿子，于是到法门寺想求助于大法师。而此时，元公主亦亲临宗相国府，与宗正谈论着自己心中的想法，她把宗正与德妃当年的事迹重述了一次，却遭到了宗正的反驳。往后，元公主依然不放弃力图求证。而她与觉能的感情，也终于得到了宗正与德妃的接纳。

宗正将元公主眼睛复明之事告知皇上，皇上决定召见元公主。而当元公主晋见皇后时，对皇后说了莲花夫人的故事，皇后心有余悸，从此对元公主怀恨在心，导致往后的场浩劫。

皇上下谕旨毁佛，为了逃避皇上将元公主赐婚给道士，宗正与德妃决定让他们速速成婚，两人远走高飞。然而，觉能依然决定为佛献身，以此保住法门寺佛指舍利。

宗正秉持君命难违，到法门寺毁佛指舍利，而其实这枚是觉能的晶体，宗正亲手砸碎了指骨的同时，元公主亦自刎而死。多年以后，年幼的僖宗继承皇位，他和德妃感情甚笃，经常出入哺元宫。此时，大唐威望已渐低弱，党项国拓跋氏欲瞻拜佛舍利，宗正以宝函未制作完成的理由拒绝，但允诺下次拓跋氏赴长安时定可瞻仰。

德妃婉拒僖宗册封太皇太后，年幼的僖宗听了德妃讲的法门寺前烧茶女的故事，竟亲临法门寺前找人，凑巧地真有一位烧茶女叫缘妹，她有一位工匠恋人叫阜能，僖宗将他俩带入宫中晋见德妃，请烧茶女为德妃烧茶喝以保健德妃的眼睛。德妃见到两位年轻人，不禁令她联想到元公主和觉能，他们就像是两人的前生转世。

僖宗对于当年元公主与觉能之事，心生疑念。宗正向缘妹坦承自己就是偷换太子的罪魁祸首，并希望缘妹住到宗正府，以弥补痛失女儿的遗憾。僖宗赐婚缘妹与阜能，并准备藉由阜能制作的茶具举行一次外交茶道，客人便是当年瞻拜佛指舍利未成的拓跋氏。

拓跋氏观礼茶道时，被缘妹的美貌所吸引，宗正居心不良想藉由缘妹联姻拓跋氏，来保住大唐国土的安康。阜能无法忍受拓跋氏的傲气决定接受比武保住缘妹。僖宗前往法门寺见大法师，追溯当年真身舍利之事。拓跋氏没得到缘妹心有不甘，别有居心想迎佛指舍利，于是，僖宗与阜能决定秘密制作影骨。

德妃将缘妹引见给太皇太后，因此而从她的口中证实当年觉能就是德妃的亲生儿子，并将罪状推给宗正。太皇太后在僖宗逼问之下坦承当年与宗正共谋之事。僖宗得知真相后，决定将宗正处以火刑。

一千多年后，阜能转世成为「可能」，在法门寺所在地──扶风县从事考古工作，而缘妹则转世为电视台的主持人「元缘」。爱上元缘的可能为赢得元缘的芳心，将自己的研究论文「法门寺猜想」寄给要前往法门寺采访的元缘。而元缘在接获可能的论文后，勾起潜藏于内心千年的那分情愫。元缘决定亲自前往西安法门寺拜访小唐博士，以证实'法门寺猜想'的真实性。元缘到了法门寺后，忆起十年前采访挖掘法门寺地宫的情景。当初与小唐博士生活习性的雷同处，乃至共同指出法门寺地宫的入口处，林林总总的相似性，这更增加了元缘对前世今生的联想……

元缘置身于法门寺博物馆内，聆听解说员陈述法门寺的古物，面对历历在眼前的实物，元缘更想证实元公主与觉能，缘妹与阜能，会是自己与小唐的前世吗？于是，急切想与小唐会面，但当她抵达法门寺找小唐时，方知'小唐'、'可能'原是一人。两人终于在法门寺的废墟上握手想见。