오래된 에도마에 초밥집 '야나기 초밥'의 삼대째 주인을 목표로 열심히 수행 중인 야나기바 슌. 아버지인 마스노스케에게 처음으로 참치를 사 오라는 말을 듣고 쓰키지 수산시장을 찾는다. 도매상의 배려로 좋은 참치를 구한 슌은 절인 참치를 자신이 준비하겠다고 나서지만, 그가 준비한 참치를 보고 마스노스케는 손님에게 낼 수 없는 수준이라며 다그친다.

야나기 초밥에 15년 전에 먹은 붕장어 초밥을 찾으러 한 손님이 찾아온다. 따뜻하고 폭신해 입에 넣은 순간 녹아버리는 붕장어 초밥. 그 초밥을 먹었던 초밥집은 이미 사라진 지 오래지만, 손님은 그 맛을 다시 한번 맛보고 싶어 한다. 단골인 히라마사는 슌에게 그 맛을 재현해보는 게 어떠냐고 권유한다.

초여름. 전어사리의 계절이 찾아왔다. 전어사리를 사러 쓰키지 수산시장을 찾은 슌은 비싼 가격에 발걸음을 돌린다. 하지만 마스노스케에게 호되게 혼이 나고, 다시 찾아간 시장에선 이미 다 팔려 전어사리를 구할 수 없었다. 풀이 죽은 그에게 중학교 시절 교생 선생님이었던 히다카가 찾아온다.

야나기 초밥에 모자를 만드는 장인과 그 모자를 판매하고 싶어 하는 대형 할인점의 사원이 손님으로 찾아온다. 이제껏 직접 만들어왔던 모자를 대량생산하는 데에 거부감을 느낀다는 말을 듣고, 슌은 성게알 초밥을 대접하며 시대에 맞는 새로운 모자를 만들어달라고 얘기한다. 그 말에 화가 난 장인은 슌에게 성게알로 지금의 초밥을 뛰어넘는 새로운 초밥을 만들라고 요구한다.

야나기 초밥에는 일 년에 한 번, 총알 오징어 초밥을 먹으러 찾아오는 특별한 손님이 있다. 혼자 와서 2인분을 주문하는 손님. 올해도 어김없이 찾아와 같은 메뉴를 주문하는 순간, 마스노스케의 초대를 받은 한 의사가 가게를 찾는다. 아는 사이인 듯한 두 사람. 하지만 손님은 서둘러 자리를 떠난다.

마스노스케의 말에 달걀구이 재료를 준비하는 슌. 맛있다며 손님들이 호평하지만, 마스노스케는 왜인지 당분간 조리실에 들어오지 말라고 말한다. 당황하는 그에게 가게의 단골이자 유명한 작가가 찾아와 날것이 아닌 참치 대뱃살 초밥을 만들어 달라고 요청한다.

젊은 초밥 장인 대결에 출전하게 된 슌. 그의 대결 상대는 '요시 초밥'의 4대째인 요시자와 다이고와 '칸베에'의 점주인 이소무라 신지다. 그중 이소무라는 참다랑어가 아닌 황다랑어로 절임 초밥을 만들어 유명한데, 야나기 초밥을 찾은 한 손님이 그 얘기를 듣고 황다랑어가 참다랑어보다 맛있을 리 없다고 단언한다. 이에 울컥한 슌은 그에게 맛있는 황다랑어 절임 초밥을 대접하겠다고 선언한다.

드디어 결전의 날이 밝았다. 슌은 야나기 초밥의 간판 메뉴, 에도마에 초밥으로 승부하려 한다. 하지만 시간이 지나도 대결장에 나타나지 않는 슌. 그 시각, 야나기 초밥에서는 마스노스케가 지병으로 일을 할 수 없게 되어 슌이 홀로 주문을 처리하고 있었다. 결국 대결은 그가 없는 상황에서 시작되고, 슌은 어쩔 수 없었다며 스스로를 위로한다.

슌의 큰형인 케이치로는 회사가 매수한 한 초밥집의 경영난을 해소하라는 임무를 받는다. 하지만 점주는 그와 사이가 좋지 않은 아버지만큼이나 완고한 사람이었고, 케이치로는 고민에 빠진다. 한편, 슌과도 친한 쓰키지 시장의 도매상 이와타는 최근 몸 상태가 좋지 않다. 그와 함께 일하는 칸지는 그의 나이 탓이 아닐까 걱정한다.

케이치로는 아들 마코토의 학예회에 참석하겠다는 약속을 이번에도 지키지 못한다. 화가 난 마코토는 혼자서 야나기 초밥을 찾아와 아빠가 자신을 싫어한다며 불만을 터뜨린다. 마스노스케는 곤란해하면서도 사람마다 마음을 전하는 법이 다를 뿐, 절대 그를 싫어할 리 없다며 마코토를 달랜다. 그들의 얘기를 듣던 슌은 잊고 있었던 옛 추억을 떠올린다.

크리스마스를 앞두고 설레는 긴자의 거리. 슌은 쇼코에게 세피아색의 어원이 오징어먹물에서 왔다는 이야기를 들려준다. 쇼코는 핸드폰의 배경화면으로 설정해 놓은 슌과의 세피아색 사진을 바라보다 전하려고 했던 말을 꺼내지 못한다. 한편, 야나기 초밥에는 20년 전의 식사비를 내러 왔다며 한 모녀가 찾아온다. 마스노스케는 아내와 특별한 손님을 맞이했던 그해의 크리스마스를 회상한다.

새해 전날, 야나기 초밥에서는 단골손님들과 함께 송년회가 한창이다. 일을 도우러 온 슌의 누나 마코는 마스노스케의 환갑을 축하하러 오겠다는 케이치로 가족을 기다린다. 하지만 아내인 카나코와 마코토만이 찾아와 낙담하는 마코와 슌. 송년회가 마무리되고 손님들을 배웅한 야나기 가족은 천천히 가게를 정리하며 새해맞이 준비를 한다.

야나기 초밥 삼대째, 야나기바 슌은 쓰키지에서 도요스로 이전한 수산시장에 매입하러 간다. 올해부터 조리대에 설 수 있게 된 슌에게 한 손님이 슌의 초밥은 마스노스케의 초밥과 형태는 비슷하지만 맛은 천지 차이라고 한다. 이 말을 들은 슌은 고민에 빠진다. 한편 마스노스케는 몸에 이상을 느끼고 갑자기 가게에서 쓰러진다.

슌은 후카가와 주인장의 가게에서 김 굽는 방법을 전수받는다. 야나기 초밥을 지키는 마스노스케에게 타케의 아내에게 전화가 온다. 타케는 8년 전에 병으로 죽었지만 아들 하루키가 아버지의 가게를 이어받기로 한 것이다. 마스노스케는 8년 전 타케와 한 약속을 지키기 위해 하루키가 이어받기로 한 타케의 가게를 찾아간다.

가출한 지 11년째인 야나기 초밥의 차남 케이지가 태국에서 길거리 공연꾼으로 찍힌 사진을 마코가 들고 온다. 한편 장남 키이치로는 회사의 신규 초밥집 오픈 프로젝트를 맡았는데 신규 점포의 위치가 야나기 초밥 근처라는 사실을 알게 된 후 고민에 빠진다. 야나기 초밥에서 고민을 털어놓는 키이치로. 그런데 갑자기 케이지가 야나기 초밥에 나타난다.

마코는 긴자에서 일식당 '사카이'를 운영하는 사카이 테츠야와 사귄 지 1년이 되었다. 하지만 결혼에 대한 언급이 없는 테츠야에게 마코는 서운함을 느낀다. 한편 야나기 초밥으로 키이치로의 아내 카나코가 곧 출산할 것 같다는 연락이 와서 마코는 서둘러서 마스노스케에게 병원으로 가자고 한다. 하지만 배달 주문 때문에 마스노스케가 거절하자 마코는 마스노스케에게 화를 낸다.

테츠야에게 프러포즈를 받은 마코는 결혼 허락을 받기 위해 테츠야의 어머니를 만난다. 그러나 테츠야의 어머니는 호쿠리쿠의 맛을 잘 아는 호쿠리쿠 사람을 며느리로 맞을 것이라며 두 사람의 결혼을 반대한다. 마스노스케는 테츠야의 어머니를 야냐기 초밥으로 초대한다. 두 사람의 결혼은 없던 걸로 하자고 말을 꺼내는 테츠야의 어머니에게 마스노스케는 에도마에 초밥을 내어온다.

이케우치의 작가 데뷔 40주년 맞는다. 이를 기념하는 파티 때 초밥 포장마차를 운영하기로 했는데 이케우치는 야나기 초밥에, 편집장은 요시 초밥에 이를 부탁한다. 초밥 포장마차를 어디에 맡길지 고민하던 편집장과 이케우치는 요시 초밥의 다이고와 야나기 초밥의 슌에게 참돔을 재료로 하는 초밥 대결을 벌여 승자에게 이를 부탁하기로 한다.

아직 문도 열지 않은 야나기 초밥에 한 노부인이 찾아와 슌에게 초밥 도시락을 주문한다. 슌은 급하게 도시락을 만들어줬는데 저녁에 노부인이 다시 찾아와 마구 화를 낸다. 이케우치의 추천을 받고 일부러 야나기 초밥에 온 건데 기대에 미치지 못했기 때문이다. 노부인은 연신 고개를 숙이는 슌에게 사과할 마음이 있으면 성의를 보이라고 하면서 상어를 재료로 한 초밥을 만들어달라고 요구한다.

간사이 일대의 여러 요릿집을 경영하는 야치요가 후계자인 손녀 사키와 함께 야나기 초밥에 온다. 슌은 야치요의 퇴원 기념으로 닭새우 초밥을 대접했지만 야치요는 재료에 대해 아무 연구가 없는 초밥은 에도마에 초밥이 아니라고 말하며 내일 다시 오겠다는 말을 남기고 가게를 나간다. 닭새우의 맛을 끌어내기 위해 슌은 다양한 방법을 시도하기 시작한다.

삿포로에서 초밥집을 운영하는 마스노스케의 수행 시절 선배가 아들 타츠야를 야나기 초밥으로 보낸다. 한 달이라는 짧은 기간이지만 제자를 들이게 된 슌은 혹시 불량 청소년이 아닐까 걱정했지만, 막상 만나보니 타츠야는 붙임성 좋고 싹싹한 청년이었다. 그러던 어느 날, 작가 이케우치가 가게를 찾아와 학꽁치 초밥을 주문한다. 그러나 이케우치는 이 초밥은 먹을 수 없다고 말하며 슌에게 돌려준다.

제자 교육을 잘못한 건 슌의 책임이라고 꾸짖는 마스노스케에게 화가 난 슌은 가게를 나와 방황한다. 길에서 우연히 칸지를 만난 슌은 아버지에 대한 불평을 늘어놓는다. 그러나 칸지는 오히려 그건 마스노스케가 일부러 주는 시련이라고 조언한다. 가게로 돌아가야겠다고 결심한 슌은 타츠야에게 최선을 다해서 마주하겠다고 마음먹고 다음 날부터 묵묵히 자기 일을 하기 시작한다.

마코가 결혼식은 올리지 않겠다고 마스노스케와 슌에게 말한다. 이유를 묻는 슌에게 마코는 나가노에 계신 외조부모님에게 결혼식에 참석할 수 없다는 답변을 받았다고 말한다. 이 말을 들은 마스노스케는 다음 날, 나가노로 향한다. 키미에의 죽음 이후 장인어른, 장모님과의 사이가 소원해졌음에도 불구하고 직접 두 분을 찾아간 마스노스케는 마코의 결혼식에 와주십사 재차 부탁드린다.

슌의 몸 상태가 이상하다는 사실을 알게 된 마스노스케. 나가노에서 무슨 일이 있었던 것 아니냐며 걱정하는 마코에게 마스노스케는 그것과는 관계가 없을 것이라고 말한다. 한편 슌은 엄마가 돌아가신 날의 꿈을 반복해서 꾼다. 전처럼 초밥을 쥐지 못해 의기소침해진 슌. 그러던 어느 날, 슌의 초밥은 마스노스케의 모방이 지나지 않는다고 말했던 손님이 야나기 초밥에 다시 찾아온다.