牛排岭之战，清军又败仗。洪秀全亲自提升林凤祥官职，请林不要再与宣娇来往，宣娇无奈，与萧朝贵成亲。咸丰皇帝命赛尚阿为钦差，增兵进剿太平军。太平军断粮，冒雨突围，洪秀全让妻妾们下车，让车给年幼的童子军谭绍光。

周锡能率领清军化妆成太平军混进永安城内，计划里应外合，夺取永安城。参见杨秀清时，周锡能目光闪烁，东王起疑，注意周锡能的举动。

败报传至北京，朝廷震动，皇帝下旨严惩赛尚阿。洪大全被俘后，冒称自己是天王洪秀全的御弟“天德王”。赛尚阿如获至宝，诈以高官厚禄，洪大全叛变，为赛尚阿向太平军写信劝降，却无人理睬。

冯云山去逝前，嘱咐洪秀全加强团结，防止内乱。洪秀全悲恸万分，冯云山伤重不治，天王痛失臂膀。肃顺、曾国藩共同审问“天德王”，终于发现这个洪大全是伪造的天王兄弟。

石达开领左宗棠在军营巡视，遇见东王。左宗棠对东王指出太平军的三大失误，东王不悦，竟要以“清妖坐探”的罪名捉拿左宗棠，左宗棠对太平天国大为失望，决定不再晋见天王。

陈玉成归队，童子营一片欢腾，曾晚妹向陈玉成表爱意。太平军建浮桥打外援，穴地炸塌城墙，千军万马攻下武昌，老百姓潮水般踊跃参加太平军，天王把林凤祥、李开芳升为副丞相，不过，只给罗大纲一个小职位。

太平军杀向南京，罗大纲率部化装成难民，冲入清兵把守的天险，老鼠峡，用火船冲阵，清兵大败。杨秀清一面要林凤祥、李开芳穴地攻城，一面派杨辅清率部化妆成僧人混进城中，里应外合，经过血战，南京城升起太平天国大旗。

洪秀全明知苏三娘与罗大纲的关系，坚持要以君命宣召苏三娘进天王府作掌朝仪。琦善率绿营兵在南京城外扎下江北大营，日夜饮酒作乐，不敢进攻，命部下隔一天向杨州打一次炮。

陈承瑢急得大骂侄儿抗婚招祸，陈玉成连忙向苏三娘、洪宣娇等求助。太平天国派出老将曾天养和胡以晃、赖汉英等率军西征，攻打长沙上游的安庆、南昌，曾晚妹赶去给爷爷送行。

仪美公主向父亲表示不愿嫁给陈玉成，杨秀清不愿洪秀全网罗陈承瑢，陈玉成叔侄，也来个“天父附体”，借天父之口表示仪美只能嫁文臣。

东王召来北王韦昌辉、翼王石达开、陈承瑢、曾水源等，商议太平天国开科取士之事。韦俊从前方回京，和哥哥韦昌辉密议朝政，韦昌辉看出洪、杨内讧的预兆。

曾水源率部虽英勇奋战，无奈寡不敌众，全军覆没，曾水源将自己七岁的儿子曾宪托付给傅善祥。洪秀全利用程妃为其尝酒食，亲自下毒杀死有孕的程妃，杨秀清纠集韦昌辉等人马，把天王府包围，扬言要“清理天王府”，查出毒害天王的罪魁祸首。

曾国藩率湘军水师在靖港被太平军打败，急得投水自尽，结果被随从们救起。靖港大战的同时，另一部湘军却在湘潭伏击了林绍璋，太平军丢师两万。汪海洋在乱军中弄丢了左宗棠给翼王的题词，题词落在曾国藩手中。

洪秀全肃然起敬，封苏三娘为“美烈侯”，放其出宫，派其到罗大纲军中带兵杀敌。苏三娘为证明自己的清白，到罗大纲营中献出处女之身。

晚妹的爷爷曾天养在城陵矶之战阵亡。曾国藩率部进迫，太平军不得不弃守武昌。秦日纲的北援军冲不过清军的阻拦，无功而返。东王在拥重权，北王韦昌辉为巴结东王，把妹妹韦玉娟许配给东王弟弟杨辅清。

两次北援失败后，杨秀清无意再派兵支持北伐军，洪宣娇来找洪秀全，请命要亲自带八千女兵北援，不过，洪秀全表示天国的兵力要用来保卫天京。陈宗扬得知谢满妹入狱后，毅然独自赶回天京，坦承自己就是谢满妹的爱侣。

曾国藩的湘军与太平军对垒，攻下武昌、黄州、兴国等城镇，又在田家镇获胜，洋洋得意起来，一直为湘军组织粮饷后勤供应的左宗棠提醒曾国藩，太平天国翼王石达开，从天京来九江指挥作战，千万不要硬打，惜曾国藩听不进左宗棠的忠告。

林凤祥因坐骑系烙有清廷绿营的“绿”字战马，暴露身份，被清捕捉。咸丰皇帝下令将林凤祥押解到北京，肃顺建议以高官厚禄招降林凤祥，瓦解太平军斗志，不过，林凤祥不肯答应降服清朝。

洪宣娇辗转回天京，为林凤祥哀恸不已，傅善祥百般劝慰。杨辅清给新生的儿子取名“太平”，对天国的未来充满憧憬。

东王杨秀清为傅善祥举行廿三岁的生日，借机考察自己在天朝的权势和众人的态度，洪秀全微笑示弱，命两名哥哥送上厚礼。在傅善祥生日宴上，青年将领李秀成结识了翼王石达开的义女石益阳。

曾宪反咬李寿春是刺杀东王的主谋，东王半信半疑，把李寿春下狱。天王要削弱东王羽翼，要杀李寿春，故意下诏升李寿春的官，东王中计，杀了李寿春，同时下令处决小曾宪。

在江西前线与清军作战的石达开，接到洪秀全密旨，召其进京。秦日纲久攻丹阳不下，陈玉成在激战中负伤，回叔叔陈承瑢府中养伤。见陈承瑢日夜焦虑抑郁，再次劝其辞官上前线，远离是非，陈承瑢却难舍名利。

东王杨秀清假托天父附体逼洪秀全封其为“万岁”，洪秀全欣然收回要杨秀清出巡的命令，当场表示要在杨秀清生日时，封其为“万岁”。傅善祥见情况紧急，为杨秀清献计，或与天王和解，恪守臣道，或杀洪自立。杨秀清刚愎自用，反而打了傅善祥一巴掌，傅善祥愤而出走。

傅善祥离开东王府后，暂时躲藏在谭绍光营中。洪秀全与韦昌辉、秦日纲、陈承瑢等人商议，决意除掉杨秀清。石达开因不忍看到内讧，没有率兵参与，其部下黄玉昆、张遂谋等人却并不甘心，认为石达开心肠太软。

事变在即，洪秀全又留一手，天王府不出一兵，且要韦、秦、陈等不要滥杀无辜。北王韦昌辉、燕王秦日纲率兵马猛攻东王府，杨秀清措手不及，东王府顿成血海。

韦昌辉、秦日纲杀死杨秀清，并且未听天王劝告，大开杀戒，受牵连者竟多达两万人。韦昌辉不顾父亲的劝阻，继续大量搜捕、杀戮与东王府有关连的人。

曾国藩施行反间计，模仿韦昌辉笔迹，让带兵的杨辅清和韦俊互相猜疑，大动干戈。杨家兄弟果然中计，率部投奔翼王。洪秀全对秦日纲、陈承瑢恩威并施，秦日纲、陈承瑢投向天王，韦、秦、陈三人联盟渐趋崩溃。

傅善祥把杨秀清头颅缝回遗体，哭祭东王，被韦昌辉捉住下狱。洪秀全要石达开带兵进城勤王。石达开不想操刀，徒手劝说韦昌辉停止杀戮，但二人谈崩。石达开刚离去，韦昌辉立即包围翼王府。石达开避入洪宣娇府内。

谭绍光、曾宪在韦玉娟帮助下救出傅善祥。洪宣娇护送翼王石达开逃出天京。韦昌辉在翼王府大开杀戒，洪秀全叹息无法阻止。为了巩固韦、秦、陈联盟，北王狠毒地逼迫秦、陈亲手杀死石达开的叔叔和爱妃。北王韦昌辉率部包围天王府，向洪秀全索要石达开。

天王欲从韦昌辉手中夺回大权，先为东王平反，后又册封杨秀清的儿子为幼东王，还收集东王残部。韦玉娟预知哥哥死到临头，请韦昌辉放父母族人远归故里，但韦昌辉听不进去。石达开只抽调江西援鄂的万余兵马，打出“奉旨讨逆”的旗号，全军素服，兵临城下。

洪秀全命令秦日纲为母做寿，邀韦昌辉赴宴，就便杀之。韦昌辉中计被捉，精锐部队被杀个干净。秦日纲、陈承瑢率部杀入北王府，并放任部下“斩草除根”。洪宣娇救出韦玉娟和孩子小太平。太平天国元气大伤，咸丰皇帝命令各战场向太平军反攻。

洪秀全派洪宣娇持韦昌辉的脑袋，请石达开进京。石达开提出肃清韦昌辉余党，要杀掉秦日纲、陈承瑢。洪秀全欲利用秦、陈牵制石达开，不愿杀二人，但最终拗不过石达开，处死秦、陈。洪秀全欲改封翼王石达开为“义王”，石达开拒不接受。

石达开为杀陈承瑢一事安抚部下陈玉成，陈玉成深明大义，并不记恨石达开。洪秀全担心石达开对自己不忠，擢升胞兄洪仁发、洪仁达二人为王，以牵制石达开。石达开因不受信任，空有一腔抱负而无法施展，怀才不遇。

石达开心灰意冷，欲脱离洪秀全集团独立发展，陈玉成、李秀成等部下不愿跟随其出走。洪秀全为了挽留石达开，撤了洪仁发、洪仁达的王位，并派洪宣娇前去说服石达开留下，无奈石达开去意已决，无济于事。

投江自尽的石益阳被胡玉蓉救起，后投奔李秀成。洪秀全启用陈玉成、李秀成等一批青年将领。陈玉成、李秀成不负厚望，攻克清军江北大营，开创了有利的新局面。

陈玉成、李秀成率太平军在三河镇与湘军激战，大获全胜，曾国藩部下李续宾、六弟曾国华阵亡。胡玉蓉的丈夫是李续宾麾下军官，被太平军俘获，曾晚妹、石益阳念及陈玉成的情分而私自放了胡玉蓉的丈夫。

陈玉成、曾晚妹与曾国藩、曾国荃会面，陈玉成将李续宾、曾国华的遗体发还给曾国藩。洪秀全的族弟洪仁玕到达天京，洪秀全极为高兴，封洪仁玕为干王，对其寄予厚望。随后，洪秀全封陈玉成为英王，封蒙得恩为赞王，却未封李秀成，李秀成愤懑不解。

韦俊背叛太平天国，向清军投诚。洪秀全使计试探李秀成，被李秀成的忠心打动，封李秀成为忠王。石达开的心腹汪海洋等人脱离石达开，回到天京为洪秀全效力。

长江上游门户安庆失守，天京危急，洪秀全大为光火。洪秀全为防止李秀成坐大，封李秀成部下多人为王，以分走李秀成的权力。李秀成率部攻克杭州。陈玉成前去寿州，被暗中降清的叛将苗沛霖俘获，献给清廷。

曾晚妹解救陈玉成未果，曾国藩下令处死陈玉成。曾晚妹在临刑前与陈玉成举行刑场婚礼，死后合葬。第二次鸦片战争结束后，西方列强改变了在大清与太平天国之间保持中立的立场，开始与清廷合作，共同镇压太平天国。

李秀成、谭绍光率部在上海近郊与西洋军队多次交战。石达开率其余部与清军作战，一直未站稳脚跟，辗转来到四川安顺场大渡河畔，陷入绝境。

骆秉章下令将石达开凌迟处死。天京告急，洪秀全调李秀成部回京解围，李秀成留下谭绍光、郜永宽等人镇守苏州。郜永宽等八人暗中降清，杀害慕王谭绍光，开城迎降。但是，李鸿章率清军控制苏州城后，并不信任郜永宽等人，依旧将他们处死。

曾国藩率湘军水师在靖港被太平军打败，急得投水自尽，结果被随从们救起。靖港大战的同时，另一部湘军却在湘潭伏击了林绍璋，太平军丢师两万。汪海洋在乱军中弄丢了左宗棠给翼王的题词，题词落在曾国藩手中。

十九世纪，旧中国内忧外患，民不聊生。广西金田村里，私塾先生冯云山，烧炭工人杨秀清、萧朝贵、秦日纲、客家地主韦昌辉等，秘密串联集会，宣传“拜上帝教”，准备起义。

杨秀清借“天父下凡附体”，号召会众拥戴洪秀全共渡难关，进入小天堂，大大稳定了人心。洪秀全回到紫荆山后，为顾全大局，在杨秀清“天父下凡附体” 时，也和大家一起跪地遵旨。

杨秀清不信任海盗出身的罗大纲及苏三娘“艇军”，将其解散，分归各部。罗、苏等负气率部队出走，洪秀全追赶上罗大纲、苏三娘，替杨秀清“负荆请罪”，二人感激万分，誓死效忠。