庞元旦新官上任，广贴告示，以优薪招考公差。柳进财、柳生一同报考。另外，段玉也女扮男装报考。段玉，柳生及柳进财三人同时被录取。

柳生、柳进财、段玉三人被安排进同一宿舍，段玉因自己是女扮男装，睡觉时要在床上中间放碗水。柳进财时常来到元淑的酒坊，二人不断斗气。段玉为了追查真凶，时常借故跟踪捕头。一次偶然机会，元旦遇到元淑，兄妹重逢，但元淑却要元旦不告诉别人。一次元旦妻子梦蝶返房发现元旦竟然不在，找到酒坊，见元旦与元淑谈笑甚欢，以为元旦与元淑有私情，带同姐妹们来喝打奸夫淫妇，闹出大笑话。

元旦新官上任，着令捕头进查明珠下落，捕头敷衍了事。元旦对庞太师的一直溺爱纵容，致令自己成为一个一无是处的人而愤怒。元旦派柳生上京到天牢处，向段百雄套口供，望尽快破明珠一案。捕头得知，为免柳生查处端倪，令自己身陷麻烦，逐千方百计阻止柳生上京，柳生因而对捕头起疑。同时，段玉为替父亲呻冤，夜探捕头府，被捕头刺伤。

段玉、柳生、柳进财把调查捕头的事告知元旦，并设计要引捕头露出马脚。柳进财假意奉迎捕头，四处打听找寻线索，但终无发现。柳生等追查捕头未见进展，请元旦命令捕头休假，另一方面，柳进财装作不为意吐露出元旦、柳生、段玉追查夜明珠被劫案已找到线索，并有人证知道整件事的来龙去脉，证人将押来。捕头在山路截杀线人而被擒。在狱中捕头威胁庞太师，如果自己性命不保，将庞太师劫夜明珠一案全盘托出。太师答应一定把捕头救出去。次日，捕头已被杀灭口。

柳进财在庞元淑的酒铺结识一女子，柳进财遂用其三寸不烂之舌与其搭讪，逗得之该女子不亦乐乎，后来更与柳进财一同离开庞元淑的酒铺，庞元淑见状，更觉柳进财品格顽劣，实是社会败类。翌日，该女子竟被发现抛尸荒野，死状可怖，衣衫不整，众人皆认为又是连环杀手所为。庞元淑得知此事，猛然想起最有可疑应是柳进财，遂告知官府，直指柳进财是杀人凶手。庞元旦即下令柳生与段玉拿柳进财归案。

在狱中的柳进财甚是难熬，恐怕未到审判之日已遭不测，哀求柳生放他出狱。柳生虽深信柳进财并非真凶，但却不能徇私放人，断言拒绝柳进财的要求，柳进财在无可奈何之下，竟狭持柳生逃狱。段玉断言柳生与柳进财合谋，柳生闻言，气得不可开交，二人关系比以前更加恶劣。

柳生得悉一切，与柳进财冰释前嫌，决定全力缉凶替柳进财洗脱罪名，但此事绝不能让段玉知道。柳生几经辛苦才说服段玉，凶手可能另有其人。后来经多方搜集证据，竟有惊人发现，原来众女死者均有一个共通之处，就是死前曾乘坐过船家的船，又在各女村民口中，均认为船家古怪，柳生与段玉逐决定采取行动。

船夫的尸首突然发现弃置于岸边，与此同时，又再多一名女子遇害，换言之船夫乃不是真凶。柳生意外地得知所有遇害女子都经一梳头师傅盘过“蝴蝶髻”!段玉得知关键有可能在于“蝴蝶髻”上，赫然忆起曾在庵堂内看过过囊中一撮花发的小黄包上的日期，正与凶案日期无异，二人逐想出引蛇出洞之策，提议用盘“蝴蝶髻”的女子作诱饵来引出凶手。

连环凶杀案被侦破，凶手是一尼姑……此时皇帝竟极其隐秘地微服出巡，本打算与随行的数个大内高手乘船下江南游赏一番。却糊里糊涂地来到了太平镇，时夜色已降，皇帝只感饥肠辘辘，毫不犹豫便走进前面的琼天饭庄欲饱腹一顿，无意看见有人正下毒手，杀害店东一家。

皇帝拼命逃跑失足跌落山坡下，醒后却又告失忆，智商犹如小孩。皇帝住进柳生、柳进财的家，柳景不愿皇帝白吃白住，让皇帝负责一切家务，皇帝自小娇生惯养，对家务难事皆一窍不通，故把柳家弄得乌烟瘴气，把柳景气得死去活来。

荣叔杀人后以为可以高枕无忧，重开店铺，但皇帝不时叫唤“死了……都死光了!”让荣叔如芒刺在背，局促不安，荣叔得见皇帝单独一人顿起杀机，一不做二不休，在无人发现下，把皇帝压进大水桶里，皇帝危机。

柳进财正得意元淑对自己投情之际，却发现元淑原来钟情之人竟是柳生，晴天霹雳，即时把捧上天的元淑踩到地，把元淑批评得一文不值。饭店埋尸，经过数日，终于出恶臭。荣叔重新凿开灶头，搬出店东一家尸首，抛弃河中，实行毁尸灭迹。

店东一家被害一事终于揭发，柳生与段玉接查此案。二人觉荣叔嫌疑最大，但苦无证据，后来二人心生一计，利用皇帝将荣叔引上钩。皇帝照计行事，虽然笑料百出，险些露出马脚，但尚算顺利，荣叔信以为真，顿起杀机，幸得柳生与段玉及时扑出，救回皇帝一命。

柳生与段玉欲制服了荣叔。宫中侍从也终于找到了皇帝，并在一次意外下，皇帝竟回复记忆。皇帝走后，派人送来柳生及段玉的石像，以表扬其英勇行为及护驾有功的功绩。

进财无意中发现段玉原来是女儿身，段玉迫进财替其保密，进财无奈答允。首富何天福被杀，同时拘捕了奸夫淫妇。就在升堂之际，二人赫然见公堂上的奸夫竟是柳景。柳景矢口否认与丽娟相识，更不可能与丽娟有寻情，但丽娟竟承认一切罪状之余，更一口咬定柳景就是奸夫。柳景没有证据，百词莫辩，元旦唯有将柳景暂时收监，有待柳生等澈查真相，再行宣判。

正当柳生与进财展开调查之际，却无意中救了一受了脚伤的书生杨文轩，二人将其救返家中。另一方面，何家众人向元旦施压，迫使元旦早日判案。柳景与丽娟，被判处浸猪笼之刑。柳生、进财着急不已，段玉亦觉案件十分可疑，更想出找人进入狱中做卧底，博取丽娟信任，然后套取真相，众左思可想之下，就只有花凤是最佳人选。在狱中的花凤最后不惜利用苦肉计，终得到丽娟之信任，自此之后，丽娟待花凤有如知己，花凤逐乘机打听丽娟情郎是谁，惜最后功亏一篑，竟被丽娟识破。

文轩伤势终于痊愈，在街上看见告示，得知柳景与丽娟快将被浸猪笼，竟到衙门自首，声称自己才是杀人凶手。正当众人均认定事情已告一段落之际，柳生却重新再问文轩，是否肯定用花瓶击向天福前额，文轩再次肯定，柳生与段玉往义庄验尸，段玉果然发现天福额上伤口不只一个，柳生并指出其后脑有一处致命的伤口，而前额的伤口却绝不是致命原因，若文轩所说属实，凶手则另有其人。

柳进财按计往挑拨天禄，天禄不知有诈，被进财、柳生拉进衙门。二少奶得知丈夫被捕下狱，犹心忡忡。进财借词二少奶打听消息收取银两，二少奶在心慌乱之下，果然竟图收买进财，却反被进财以行贿之罪把二少奶也关进牢房，段玉等故意让天禄夫妇二人遥遥看见对方被入狱，二人心内顿时满腹疑虑。

在查案过程中，段玉、柳生跌入枯井。共处枯井，段玉对柳生情愫暗生。众人寻得血衣，元旦亦将天禄绳之于法，文轩得以释放，重获自由。文轩与丽娟那份至死不渝的爱情，令柳生与段玉大为感动，在目送着这对情人远去之时，二人不禁感叹着：问世间情为何物?直教人生死相许!　　

京城中三个青年人，一介儒生的柳生，刁钻蛊惑的柳进财，富贵闲人庞元旦，他们三人是二十年前一段公案中的主人公，其中一个就是落难太子。京师镖王段百雄接圣旨押镖，段百雄独女段玉决定暗中护送。科试过去，柳景、柳进财落选，庞太师疏通考官，庞元旦高中榜首，并被封官要走马上任。段玉遇到柳生寻醉，误以为柳生科场落第要寻死，段玉拼命相救，柳生惊为天人，对段玉留下深刻印象。