与矛盾棱镜的碰撞将索尼克带到一个名为纽轭市的平行世界，那里沉闷的环境看起来却异常熟悉。

一次停电让两名叛徒有机会闯入一间实验室，混沌议会在这里研究索尼克与他们能量来源之间的奇怪联系。

为了夺取棱镜碎片，叛徒与混沌议会进行对战。随后，索尼克对造成他的世界分裂的事件有了惊人发现。

在一个叫作“灌木迷宫”的维度中，索尼克遇到他住在树上的朋友们，他们警告他注意那个生活在丛林地面上的怪物。

丛林怪物向朋友们发动了战争，索尼克必须与之战斗并夺取强大的棱镜碎片，才能回到正确的维度。

回到纽轭市，索尼克拼命说服奈恩加入抵抗组织，而奈恩则专注于打造一个全新的家园。

在热带无人之境，索尼克遇到一群友好的海盗和神秘船长，而且他们酷爱举办派对。

索尼克的队员们赶往棱镜碎片，他们很快意识到他们并不是唯一想要找到它的人。唯有加快速度才能取胜！

夏特在碎裂宇宙的虚空中伏击索尼克，为了碧绿丘陵毁灭的事情而与他对质，并亲自动手解决问题。

混沌议会寻找灌木棱镜碎片，而索尼克意识到只有通过战斗才能阻止机器人破坏森林。

为了拯救恐惧船长的船员并夺回碎片，索尼克必须做他最擅长的事情：快速行动。幸好他得到一个意想不到的盟友的帮助。

恐惧船长的船员质疑索尼克的忠诚，于是朋友变成了敌人。随后，公海上爆发了一场争夺碎片的战斗。

回到纽轭市的混沌议会空前强大，迫使叛军从暗处走出来，在他们的门口进行战斗。

索尼克遇到了他的对手混沌索尼克，后者是永不失败的机器人版本的自己。与此同时，混沌议会决定扩大他们的帝国。

重组矛盾棱镜的关键在于其中一个碎裂空间。但是奈恩和索尼克能找到将碎片安全运送到那里的传送门吗？

奈恩重组矛盾棱镜，而夏特和索尼克与议会战斗以争取更多时间，但他们意想不到的事情发生了。

得到矛盾棱镜后，奈恩着手将绝境打造成属于他自己的天堂，除非索尼克和夏特能说服他。

索尼克要与奈恩及其有翅膀的伙伴展开战斗，他为了获得帮助而前往纽轭，并与他最意想不到的人结为同盟。

索尼克赶在世界崩溃之前赶到无人之境营救海盗，而奈恩仍然需要索尼克的能量来为矛盾棱镜提供动力。

为了在战场上击败奈恩，索尼克必须学会放弃一些控制权，而第一步就是进行团队协作。

为了击败战场上最大的机器人并离奈恩更近一步，索尼克不仅需要快速行动，还要接受朋友的一点帮助。

索尼克发现了一种新能力，而这可能是击败奈恩的关键。但奈恩无尽的军队一心只想夺取索尼克的能量。

一个无私的英雄需要做出最后的牺牲，否则现实将不复存在。但这能够扭转奈恩对宇宙造成的伤害吗？