相传，大音图雅是天下第一兵器，无数人为了它前赴后继，传闻最后一次看到大音图雅是在佩璋将军府，这夜将军府来了两个不速之客，龙夭和李昱匆忙赶来与贼人抗衡。杀死贼人后，李昱意外发现装有大音图雅的盒子是空的，想趁机敲诈佩璋章将军一笔，结果第二天在猎苑发现了李昱的尸体。施敬遥调查一番后，证据指向佩章将军的儿子王肃。佩璋将军为了让儿子脱罪欲收买施敬遥，然而却被匆忙赶来的龙夭打乱了这一切。

龙夭鞭打施敬遥让他交出证据，施敬遥不肯，龙夭调查发现施敬遥是锦衣卫的儿子，于是把他放了。第二天龙夭找到施敬遥，想与他一同去佩璋将军家领赏。到将军府领赏时发现中了佩璋将军的圈套，龙夭带着施敬遥逃出将军府，佩章将军将大音图雅丢失诬陷给他们，两人变成偷盗大音图雅的通缉犯。无奈之下龙夭去问刘知府证据一事，刘知府告知并指引龙夭去鬼市找大音图雅以洗清窃贼身份，扳到佩璋将军。

在鬼市，嘈杂的人群突然被一个黑衣人吸引，黑衣人竟然在拍卖大音图雅，龙夭因出价最高得到此物，然后大音图雅不小心落入人群中，最后黑衣人拿着大音图雅带着一行人离开鬼市，而黑衣人竟是刘知府，刘知府带他们回到府上，李荒芜和马怂由于在刘知府府上发现手下阿蒙的尸体，于是偷了大音图雅去佩璋将军府报仇，差点被杀死时龙夭和施敬遥赶来救下他们，这时施敬遥听到母亲的呼喊，施敬遥为了救母亲把证据交到了佩璋将军手上。

晚上龙夭带着施敬遥父亲施展的书信来到施敬遥家中，不料却被荣四敌跟踪，龙夭抵挡不过时施敬遥仗义相救，龙夭将施展的书信交到施敬遥手中，施敬遥思索片刻后与龙夭达成共识一起去往风波镇，第二天所有和李昱案子有关的人都到齐了，龙夭和施敬遥在默契配合下将王肃杀害李昱的过程清楚推理下来，佩璋将军无力反驳锒铛入狱，皇上来到天牢接见他，佩璋将军意外发现皇上就是锦衣卫龙夭。

龙夭和施敬遥了解到李荒芜和官府有矛盾，而他们又是官府的人，李荒芜找来一个叫方莫及的小姑娘盯着他们，方莫及带他们在风波镇的野外找到了施展的坟墓。龙夭返回风波镇镇里看到马匪们正与官兵厮杀，甘敬一的手下陈杏衣看到龙夭冲上去想要杀掉龙夭，打斗一番后甘敬一出现并带着龙夭回到自己府中，龙夭在与甘敬一的交谈中被甘敬一的言谈举止所蒙蔽一时不知道该相信谁。

李荒芜和施敬遥龙夭说了自己的身世与甘敬一当年的所作所为，两人心里更加摇摆不定。李荒芜把施敬遥和龙夭关起来希望他们调查二当家的死因，施敬遥调查后发现二当家是因为抢了官府的银票而被杀。随后方莫及带着施敬遥回到自己家找爹爹的纪实簿，施敬遥意外发现方远和自己父亲施展长得一模一样。 陈杏衣拿着马匪的人头来到马匪巢穴挑衅李荒芜，李荒芜看着死了这么多手下想要杀死陈杏衣，而陈杏衣却把自己送进了李荒芜的刀捅入心脏。

马怂因误杀百姓内疚不已而自刎，另一边龙夭和施敬遥查到二当家的死都是甘敬一想摧毁风波镇的阴谋。 李荒芜绑了甘敬一和方远将他们押回马匪巢穴的途中遇到朝歌等人，打斗过程中方远意外得知施敬遥就是自己儿子，趁乱将甘敬一罪行的证据塞给施敬遥，第二日方远被安上勾结马匪的罪名要被砍头，李荒芜主动要去大宁指挥司交出证据争取救下方远。大家都在等着李荒芜归来，而方莫及因救父亲而死，方远也为了保护儿子而死。

施敬遥因妹妹和父亲的死内心悲痛万分，龙夭去找被李荒芜关起来的朝歌，询问他万夫长营地的位置，李荒芜直接将刀插进朝歌身体逼问，朝歌忍痛说出往西。施敬遥与龙夭说要离开这里回京城，不料突然涌上来一群村民表示感谢，龙夭借此机会挽留施敬遥，施敬遥同意留下。 赵山河来到关押冯宝的弟弟邺城的监牢，赵山河得到自己想要的答案，也知道了二十年前的秘密，便砍断了邺城满身的锁链，邺城终于获得自由。

龙夭和施敬遥离开风波镇之前来和李荒芜告别，却看到李荒芜夸张的“淑女”装扮，不禁笑了出来，李荒芜感到尴尬有些生气，两人赶忙哄她，龙夭与施敬遥和李荒芜说要去完成很危险的事情，施敬遥和李荒芜说要一同前去。三人来到施展的坟墓挖到了真的大音图雅，此时发现在空中荡秋千的朝歌，知道万夫长们找到了他们，这次冯宝也来了，冯宝想要杀死龙夭的时候施敬遥不得不用大音图雅换龙夭的命，自己也变成了万夫长。

当时施敬遥把大音图雅给了冯宝后，龙夭用朝歌当人质威胁冯宝交出大音图雅，没想到冯宝并不关心朝歌的死活，龙夭无奈便带着朝歌一起跳下山谷，朝歌看到龙夭生命垂危于心不忍，用自己的血救活了龙夭。冯宝提出要见皇帝，赵山河想用皇帝替身拿着太白剑代替皇帝去见冯宝，可龙夭执意亲自去见冯宝。 陈一卓因贪污军粮证据确凿认罪被赵山河治罪，赵山河让佩章将军成为大宁指挥司的首领，暗中调动大宁指挥司保护皇上。

龙夭和朝歌找到李荒芜，李荒芜看到龙夭还活着又震惊又惊喜，同时施敬遥也找到李荒芜告诉她风波镇要出大事，施敬遥再一次见到龙夭，不料这次见面两人反目成仇。李荒芜执意保护风波镇的百姓不肯撤离，施敬遥和她一起商量保护风波镇的对策。晚上李荒芜和施敬遥来到皇帝替身会来的客栈，两人为了掩人耳目假扮情侣，客栈里都是强盗和马匪，店主和老板娘看起来也不是好人，老板娘看起来风情万种却笑里藏刀。

施敬遥和李荒芜说客栈楼下的强盗和马匪都在等着皇帝替身，李荒芜想办法让强盗和马匪们鹬蚌相争，客栈剩下寥寥无几的人后，李荒芜与施敬遥发觉老板娘与小二有问题，调查发现皇帝替身被老板娘父亲藏了起来为的是独吞利益，老人把小二杀了后想要杀皇帝替身，结果被施敬遥救下，两人发现皇帝替身居然是龙夭，龙夭把金龙散的解药给了施敬遥，施敬遥和李荒芜决定跟随龙夭一同前往万夫长营地。

龙夭施敬遥李荒芜三人与冯宝生死决斗，李荒芜为救施敬遥灰飞烟灭，在百纳苏入口龙夭告诉冯宝张匡正真正的死因，冯宝悔不当初，而佩璋将军起了谋反之心杀了赵山河，下令射杀龙夭和施敬遥。冯宝和手下为了保护两人当做肉盾悲壮牺牲，施敬遥和龙夭拼死将佩璋将军杀死后，龙夭不幸牺牲朝歌为了救龙夭而死。 数月后，施敬遥带着母亲来到了属于他们的大宅子，施敬遥半夜翻墙进皇宫找龙夭，告诉他自己帮忙照看着龙夭的天下子民。