14岁的少女大户爱，在深夜散步途中被神秘声音指引，获得了一枚“蛋”。第二天，不知该怎么处理这枚蛋的爱准备它带回昨日的地方，一拉开门却不知怎么来到了某所学校的教学楼。这里的气氛之怪异，让爱慌乱逃入洗手间，最终在神秘声音的指引下将“蛋”打破……

　　在表帐和里帐的声音引导下，小爱造访了地下庭园并在那遇见了大量购买奇蛋的少女青沼音琉。小爱对于有着与自己相同遭遇的音琉很感兴趣，却被对方回避着。小爱再次独自来到奇蛋世界，打破奇蛋后出现在眼前的是穿着体操服的少女.铃原南。接受挑战的小爱，被本尊与分身告知“必须打败奇蛋杀手”。

　　爱与平时一样来到地下庭园购买奇蛋，在回家路上偶遇另一位少女川井璃夏。与爱一样在奇蛋世界中战斗的璃夏，对素不相识的爱又是借钱又是跟到家中，自来熟的样子引起了宁瑠的怀疑，而此时璃夏又提出要借住在爱家中……

　　机缘巧合下成为朋友的四位少女，继续着在蛋中世界奋战的生活。而她们之中，宁瑠的赴战次数多出近乎一倍，也因此结识了更多的蛋中少女。由于性格较为冷静、理性，宁瑠有时并不能充分理解她们的想法。而某一天，宁瑠打算与璃夏、桃惠一起去小爱家做客......

在逐渐习惯战斗的4名少女面前，一部分的“视而不见”突变成为“ANTI”。ANTI的攻击对象不是奇蛋中的少女，而是小爱等人。面对新型态的敌人，4名少女陷入苦战，因此表账与里账给了她们“救援小道具”。在奇蛋世界的战斗瞬息万变，而在现实世界中，小爱的母亲.多惠提出了一件大大动摇小爱内心的事。

梨花撞见本尊及分身和音琉的秘书交谈，拼命追问3人之间的关系，也因此知晓了本尊与分身的某个秘密。与此同时，她们收到了来自桃惠的信息，写着”我被男生告白，并和他约会了“，突如其来的恋爱话题让小爱等人非常兴奋，桃惠却莫名地消沉。在少女们的日常生活之外，奇蛋世界中的战争却越演越烈。

小爱因听闻派尼克与万年的遭遇，在奇蛋世界与酸民战斗时，也不打算召唤出雷恩。透过屏幕看着小爱处于弱势，甚至连奇蛋都无法打破的表账，替她召唤出雷恩，并指示她以任务为优先。小爱在内心挣扎下打破奇蛋，而在奇蛋内的人以及奇蛋杀手，竟然是……

宁瑠将宠物亚当托付给完成奇蛋世界的任务、并回到现实世界的小爱后，从此失去音讯。担心宁瑠的小爱，前去拜访宁瑠的秘书田边。小爱、梨花、桃惠三人完成任务后，对有着些许改变的世界感到困惑。与此同时，小爱从泽木老师口中得知小糸自杀的真相，在各种思绪交错之下，小爱决定……