Después de que el Godzilla original es asesinado en la ciudad de Nueva York, el Dr. Nick Tatopoulos insiste en que los militares registren el Madison Square Garden en busca de posibles huevos restantes. De hecho, ha quedado un huevo, inexplicablemente puesto en un área diferente del resto del edificio demolido, y eclosiona.

Después de creer que el nuevo Godzilla ha sido destruido por los militares, Nick convence a su nuevo H.E.A.T. organización para permanecer juntos con el fin de investigar las otras criaturas mutadas que él espera que aparezcan en todo el mundo, y están de acuerdo, comenzando sus investigaciones con misteriosas desapariciones de barcos en Jamaica.

Se crea una nueva forma de microorganismo, diseñada mediante ingeniería genética para consumir derrames de petróleo y otros contaminantes creados por el hombre en la ciudad de Nueva York, pero muta y se convierte en una enorme masa de protoplasma en constante crecimiento que devora todo a su paso.

H.E.A.T. viaja a América Central para investigar su último avistamiento de criaturas y se encuentran con un peligroso monstruo subterráneo que se parece a un enorme híbrido de una lombriz de tierra y una babosa.

Nick es contactado por Cameron Winter, un viejo compañero de la universidad, con una oferta de contratación de H.E.A.T. Supuestamente con este fin, Winter atrae a Randy para que plante un dispositivo experimental operado por computadora en Godzilla que, sin que Randy y el resto de H.E.A.T. lo desconozcan, en realidad tiene el propósito de controlar a Godzilla.

Una colonia de enormes ratas mutantes aparece en escena, causando estragos en la metrópolis en expansión por la noche. Pronto, el problema se intensifica cuando aparece Godzilla y comienza a atacar a las ratas en defensa de su territorio, causando así más destrucción a la ciudad.

Nick y H.E.A.T. se adentra en las profundidades del mar para investigar la misteriosa desaparición del destacado científico Dr. Alexander Preloran y su propio equipo de investigación, y allí H.E.A.T. descubre una nave espacial oculta que pertenece a una raza de alienígenas no humanoides hostiles y avanzados que esperan conquistar la Tierra con la ayuda de un monstruo gigante mascota.

Un poderoso monstruo gigante que posee la capacidad de descargar rayos crepitantes de energía eléctrica destructiva aparece repentinamente en medio de la ciudad de Nueva York y comienza a causar estragos, solo para desaparecer misteriosamente en medio de un ataque.

H.E.A.T. viaja a una isla en el curso de una de sus investigaciones de criaturas, y no solo encuentra plantas carnívoras mutadas, que atacan a los animales grandes, incluidos los seres humanos, sino que también descubre que la isla está gobernada por un enjambre de abejas gigantes, todo bajo el dirección de una reina ultra enorme. El mismo Godzilla se enfrenta a la reina, mientras H.E.A.T diseña la destrucción de la isla para proteger al mundo exterior de la amenaza de las abejas gigantes, y tanto Godzilla como H.E.A.T. escapar de la isla justo a tiempo.

México está bajo el asedio de una bestia mutada que se parece a un lagarto alado gigante, que se llama Quetzalcóatl en honor a la deidad mitológica azteca a la que también se parece [por coincidencia, por supuesto]. H.E.A.T. investiga y descubre que la bestia voladora está protegiendo un nido cuyos huevos están a punto de eclosionar, creando así la amenaza de numerosas criaturas que aterrorizan al planeta.

Otro equipo de investigación científica desaparece, esta vez en el Polo Sur [¡vaya, estos equipos de investigación son un auténtico coñazo, pero qué harían las series y películas de ciencia ficción y terror sin ellos!], y una vez más, el H.E.A.T. se desplaza hasta allí para investigar, sospechando de nuevo un problema de criaturas [¡piensa en todo el trabajo que se perdería el H.E.A.T. si no fuera por los equipos de investigación que desaparecen!]

H.E.A.T. viaja al Lago Ness, en Escocia, para buscar a (¿Qué más?) Nessie, el famoso Monstruo del Lago Ness en persona. Esto se debe a que el famoso Monstruo del Lago Ness ha abandonado su habitual timidez para atacar inexplicablemente un instituto científico escocés.

H.E.A.T. llega a Japón [¡por fin!] en el transcurso de una de sus investigaciones, para encontrarse con lo que parece ser un simio gigantesco, que procede a amenazar al equipo. Godzilla es llamado para defenderlos, y durante la batalla se descubre que el kaiju antropoide es en realidad un robot gigante (probablemente inspirado en el Mechani-Kong de la película de Toho King Kong Escapes) diseñado y controlado por científicos japoneses, en particular la ingeniera maestra Dra. Ifukube, como defensa especial contra la epidemia de mutaciones gigantes que asolan la nación isleña, y que simplemente intentaba ahuyentar al equipo H. E.A.T. por razones de competencia nacionalista [ah, hay que adorar lo que el concepto de nacionalismo hace por el espíritu de cooperación entre la humanidad; *se oye otro "¡ggggrrr, por favor, ahórranos tus elucubraciones, Chris!" de todos los visitantes conservadores y "moderados" de mi sitio*].

Tatopoulos descubre que Godzilla está sufriendo cambios inusuales, haciéndose físicamente más pequeño, y también actuando de forma más desagradable y menos sujeta a su control. Al investigar más a fondo, descubre que el origen puede estar relacionado con los informes sobre termitas mutantes gigantes en la selva amazónica. Al viajar allí, Randy inventa un dispositivo que emite señales de audio de una frecuencia específica, lo que crea una confusión masiva entre la colonia de termitas. Como resultado, Godzilla vuelve a la normalidad.

Los alienígenas finalmente lanzan un asalto a la Tierra, utilizando un poderoso dispositivo para dejar a todos los monstruos de la Tierra bajo su control, incluso el Godzilla original regresa de la tumba, ahora un cyborg parcial, ¿puede el Godzilla actual atreverse a atacar a su "Madre", o se volverá contra el equipo?

Durante la búsqueda del murciélago, H.E.A.T. descubre que muchas de las mutaciones anteriores contra las que lucharon ellos y Godzilla siguen vivas, y que ahora han reaparecido como resultado de que los alienígenas han tomado el control de cada una de las criaturas como parte de su plan para conquistar el planeta. Los alienígenas pronto tienen a todas las mutaciones bajo su control, incluido Godzilla, y utilizan a los kaiju, respaldados por varias naves alienígenas merodeadoras, para someter a la humanidad atacando las principales ciudades del mundo.

Tatopoulos encuentra una forma de liberar al equipo H.E.A.T. del control telepático de los alienígenas mediante la interrupción de las emisiones de taquiones que los extraterrestres octopoides utilizan para controlar las mentes [en realidad, los taquiones son partículas subatómicas hipotéticas, mencionadas con frecuencia en programas de ciencia ficción como las diversas series de Star Trek, que tienen la propiedad única de viajar hacia atrás en el tiempo, y por lo tanto no tienen nada que ver con los fenómenos psíquicos, sino que tienden a estar presentes en los fenómenos de viaje en el tiempo y en las anomalías crónicas de diversos tipos; habría sido más realista que los extraterrestres utilizaran una tecnología que generara psions, otra partícula muy hipotética, de la que se dice que transporta energía psíquica, y que algunos parapsicólogos creen que es responsable de varios fenómenos psíquicos como la telequinesis, la precognición, la telepatía, etc.

Cuando parece que Godzilla se ha vuelto salvaje, y ahora está atacando la ciudad de Nueva York de la misma manera que lo hizo su predecesor (en la película Godzilla de Centrópolis), el comandante Hicks es llamado una vez más para destruir al Rey Kaiju.

Una nueva y letal mutación, una criatura con aspecto de planta conocida como Bacillus (que puede haberse inspirado en Biollante), aparece y comienza a causar estragos, lo que hace que H.E.A.T. llame a Godzilla. Durante la batalla, Godzilla queda gravemente herido y catatónico al ser inyectado por Bacillus con una forma muy peligrosa de bacteria mutada. Para salvar a su aliado kaiju, Tatopoulos y Monique viajan dentro del cuerpo de Godzilla para exterminar cuidadosamente toda la bacteria mutante. Ahora, completamente curado, Godzilla ataca de nuevo a Bacillus y erradica a la criatura con su aliento incendiario.

En otra investigación en el Caribe [¡los beneficios adicionales de trabajar para ese equipo son excelentes!], H.E.A.T. descubre un nido de enormes arañas mutantes, controladas por una única araña mucho más grande que el resto [esto es inusual, ya que las arañas son organismos independientes y no viven en colmenas o colonias como hacen varios insectos, como las abejas y las hormigas, y por tanto no están gobernadas por una "reina", hecho que también fue ignorado por la película sobre la paranoia de las arañas Aracnofobia]. Mientras Godzilla lucha contra la enorme araña "maestra" (posiblemente inspirada en Spiega), el peligro llega cuando Craven utiliza un nuevo (y ridículo) dispositivo diseñado para permitirle "comunicarse" con Godzilla, que en realidad tiene el peligroso (y embarazoso) resultado de hacer que Godzilla se retire, dejando así la isla y el equipo H.E.A.T. una vez más a merced de la infestación de arañas.

Elsie sufre un problema familiar de carácter personal, en la línea de la rivalidad entre hermanos: la boda de su hermana está a punto de celebrarse, y está disgustada por la desproporcionada cantidad de atención y adoración familiar que su hermana ha recibido en contraste con ella. Además, siente que su familia no respeta la vocación que ha elegido, es decir, sus actividades con el H.E.A.T. [¡debe ser una familia bastante dura para mostrar una falta de aprecio por una hija que ha arriesgado rutinariamente su vida por su planeta investigando y luchando contra peligrosos monstruos gigantes que amenazan su vida, e incluso ayudando a frustrar una invasión alienígena! Su hermana debe ser realmente la lameculos con más talento del mundo].

Un extraño objeto desciende del espacio exterior y se fusiona con el camión de control remoto de un niño. El objeto resulta ser un ser que, de alguna manera, puede asimilar la maquinaria tecnológica en su interior, adoptando así los atributos de dicha tecnología. De este modo, la entidad se vuelve progresivamente más grande y poderosa, por lo que se le denomina Juggernaut [¡no confundir con Cain Marko!].

Mientras lleva a cabo otra investigación sobre criaturas en el valle de Blind Rock, Wyoming, H.E.A.T. se encuentra con una chica cuyo hermano desapareció tras entrar en una mina abandonada en la zona donde se produjeron los avistamientos. Al entrar en la mina, el grupo descubre una de las mutaciones más extrañas que han encontrado hasta ahora, un enorme kaiju de dos cabezas conocido como la Hidra de Plata, por el hecho de que tiene la capacidad de escupir un fluido plateado que se endurece una vez que rodea a un ser vivo, transformándolo así en el equivalente a una estatua de plata, un destino que obviamente le tocó al hermano de la chica.

Monique se entera por el comandante Hicks de que se ha creado una nueva y extraña forma de vida mediante ingeniería genética y que se ha dejado abandonada en un viejo laboratorio de Brasil. Convence a sus aliados del H.E.A.T. para que vayan a investigar, y pronto descubren que la criatura es en realidad una bestia que absorbe el ADN, conocida como el Mímico, que puede, como su nombre indica, adoptar los atributos físicos y de comportamiento exactos de cualquier criatura viva con la que entre en contacto. Así, el Mímico imita la apariencia de todos los miembros del H.E.A.T. por turnos, y la paranoia reina, ya que todos los miembros del grupo deben desconfiar continuamente de los demás mientras buscan una forma de destruir a la criatura, ya que nadie puede ser quien parece ser. Finalmente, el Mímico imita el tamaño, la apariencia y el poder de Godzilla [¡tanto para la ley de conservación de la masa!], y los dos Grandes G se enfrentan, luchando entre sí hasta el punto de que se paralizan.

Cameron Winter vuelve a atacar a H.E.A.T. y a Godzilla, esta vez reclutando la ayuda de los tres paletos asesinos de la Gran G del episodio anterior, "El gato y el ratón", y equipándolos con poderosas máquinas de destrucción (a veces denominadas "Battle Mechs", otro agradecimiento a Doc Psy de Centropoholics:). Godzilla, H.E.A.T. y una unidad militar comandada por el Mayor Hicks luchan contra las máquinas y las destruyen, y los tres violentos son arrestados.

Mientras cubren las noticias del Mardi Gras, Audrey y Animal entrevistan a Paul Dimanche, un acaudalado magnate de los negocios que representa a una de las familias más antiguas y ricas del Barrio Francés de la Big Easy. Sin embargo, Audrey descubre que varios de los negocios de Paul en la ciudad están siendo atacados por unos misteriosos mutantes y convoca a H.E.A.T. para que se ocupe del problema.

Como resultado de la explosión de una plataforma petrolífera en el Golfo de México, surge un mutante aparentemente compuesto de fuego vivo. Cuando esta criatura arrasa la zona en busca de más sustancias combustibles de las que alimentarse, H.E.A.T y Godzilla intervienen. Sin embargo, la criatura se hace más grande y poderosa al absorber y alimentarse del poderoso aliento incendiario de Godzilla.

Después de que un grupo de arqueólogos manipule y oxide una estatua de la Esfinge de un ser conocido como Norzzug [hmmm, eso no me suena a nombre egipcio], el protector de cierta zona de Egipto, la Esfinge se anima, y se lanza a la búsqueda de varios depósitos de petróleo, que utiliza como fuente de combustible [es una pena que George Bush Jr. ya que habría enviado a todas las fuerzas armadas de Estados Unidos contra el pobre Norzzug para salvar el petróleo de su familia, y probablemente habría encontrado una excusa para entrar en guerra con Egipto para asegurarse el control de ese petróleo].

Otra nueva y peligrosa especie mutante aparece en escena, esta vez en forma de gigantescos colibríes que atacan a los aviones que sobrevuelan San Francisco. Lo peor de todo es que esta especie de ave mutante es capaz de hacerse invisible gracias a la característica del colibrí de batir sus alas más rápido que cualquier otra especie de ave en el mundo. Como resultado de su capacidad de ocultarse para ser invisible a simple vista, Godzilla es incapaz de ver a las criaturas para atacarlas.

Una feria ambulante llega al Madison Square Garden, y está dirigida por un maestro de ceremonias corrupto conocido como Theodore P. Bunkum, que se especializa en exhibir varias mutaciones capturadas para la diversión del público. Bunkum ofrece una cuantiosa recompensa por Godzilla, decidido a añadir esta famosa mutación a su espectáculo de feria, lo que incita a H.E.A.T. a asistir a uno de sus espectáculos, donde rápidamente se horrorizan por el trato que da a las diversas mutaciones que aparecen en él.

H.E.A.T. investiga una gigantesca mutación parecida a una oruga conocida como Megapede, que está arrasando los estados vecinos de Illinois e Indiana. Godzilla es llamado a prestar ayuda, pero el Megapede rocía una forma de espuma venenosa, y también tiene espuelas productoras de veneno a lo largo de sus numerosas patas, las cuales sirven para mantener a raya al Rey Kaiju. Finalmente, el megainsecto se sube a un edificio, forma un capullo y se transforma en una enorme criatura insectoide alada que tiene la costumbre de alterar las frecuencias de los radares frotando sus alas, causando así muchos estragos. H.E.A.T. elabora una espuma neutralizadora de veneno, que extiende sobre las alas del kaiju, lo que permite a Godzilla atacar y derrotar a la criatura con mayor facilidad.

Tanto H.E.A.T. como el comandante Hicks se enteran de que un antiguo camarada del comandante, el coronel Charles Thompson, ha estado supervisando experimentos científicos financiados por el ejército con el fin de crear enormes escorpiones genéticamente alterados para utilizarlos como armas biológicas, en un programa de varios niveles conocido como la Primera Ola. Sin embargo, el escorpión más grande producido por este experimento se escapa del control de los militares, lo que obliga a H.E.A.T. a enviar a Godzilla tras la bestia aracnoide. Sin embargo, Godzilla encuentra una gran oposición, no sólo por el letal aguijón de la bestia, sino también por su capacidad de rociar veneno a distancia desde el mencionado aguijón. Finalmente, H.E.A.T. trabaja en conjunto para descubrir una forma de hacer que los escorpiones más pequeños y fáciles de controlar ataquen al más grande.

Durante sus últimas investigaciones sobre criaturas, el H.E.A.T. se divide en dos equipos, uno de los cuales investiga un grupo de organismos parásitos mutantes en Florida, mientras que el segundo grupo se ocupa de un caso de una criatura gigante, mutada y con múltiples tentáculos que crece rápidamente en Michigan.

H.E.A.T. se enfrenta a una gigantesca criatura mutante parecida a una musaraña, que de alguna manera se ha fusionado con un tornado experimental generado artificialmente, lo que le permite transformarse en un vórtice viviente a voluntad (Elsie apodó ingeniosamente a la bestia giratoria "La Musaraña"). Para mantener sus poderes de torbellino ultrarrápido, el Shrewster se ve obligado a consumir rápidamente tres veces su peso corporal al día, lo que hace que devore con avidez toda fuente de alimento orgánico que se encuentre en su camino, convirtiéndolo en una amenaza extremadamente peligrosa. Debido a su capacidad de transformarse en un tornado orgánico, Godzilla es incapaz de llegar a la bestia, y Tatopoulos acaba atrapado en el vórtice del Shrewster. Sin embargo, poco después de quedar atrapado, activa un dispositivo fabricado por Craven, diseñado para disipar las fuerzas ciclónicas del vórtice, y lo consigue.

H.E.A.T. y Godzilla están ocupados combatiendo la más reciente amenaza de mutación del mundo, un gigantesco mosquito mutante con la capacidad de adoptar las armas naturales de cualquier enemigo cuya sangre beba (probablemente absorbiendo su ADN, y añadiendo estos atributos cromosómicos a su propia serie de genomas personales, posiblemente a través de una extraña forma de ARN), cuando su misión es interferida por una extraña y fanática organización de derechos de los animales conocida como S. C.A.L.E. (acrónimo de Servants of Creatures Arriving Late to Earth). Esta organización, dirigida por una mujer llamada Alexandra Hamilton, y que también se refiere a sí misma como el Puño de Godzilla, está decidida a preservar la vida y la libertad de todas las mutaciones que han aparecido en la Tierra, y esto incluye oponerse a la oposición de H.E.A.T. a estas criaturas.

Durante una investigación sobre una amenaza mutante acuática, H.E.A.T. (sin Craven) desaparece durante una violenta tormenta en el mar mientras Godzilla está ocupado luchando contra la amenaza mutante en cuestión. Cuando se recuperan, el equipo descubre que han sido lanzados accidentalmente 23 años hacia el futuro como resultado de una disrupción cromática generada inadvertidamente, y allí descubren un mundo devastado en el que sólo quedan restos dispersos de la humanidad. Al investigar este mundo futuro, se encuentran con una versión futura de Craven, curtida y endurecida, que, sorprendida de ver a sus antiguos compañeros, les informa de que el mundo está devastado como resultado de un experimento militar de armas biológicas que salió mal dos décadas antes, y que la destrucción que presenciaron fue obra de unos monstruos voladores inmensamente poderosos y de rápida reproducción conocidos como los Dragma.

Durante unas vacaciones juntos en un crucero, Tatopoulos y Audrey Timmonds se encuentran bajo el ataque (por casualidad, claro) de una gigantesca tortuga mutante que va por el mar. Los dos consiguen escapar del barco ilesos y se ponen a salvo en una isla tropical cercana. Una vez allí, descubren un gigantesco lagarto mutante que se asemeja a un colosal dragón de komodo [en la vida real, los dragones de komodo son una peligrosa especie de lagarto monitor que se desplaza por la tierra, que suele alcanzar una longitud de tres metros o más, se alimenta normalmente de cerdos y otros animales grandes, y es originario de la cadena de islas Galápagos, que fue el lugar donde Charles Darwin realizó sus primeros y revolucionarios estudios sobre la evolución en el siglo XIX).

H.E.A.T. viaja a la infame instalación militar conocida como Área 51 para su última investigación de criaturas, donde descubren que un lagarto mutante gigante con armadura llamado Diablo Espinoso anda suelto, cuya mencionada armadura demuestra ser resistente al aliento incendiario de Godzilla. Al investigar más a fondo, el equipo del H.E.A.T. descubre que el Área 51 no alberga en realidad los cuerpos de extraterrestres fallecidos y la tecnología alienígena confiscada, como se rumorea ampliamente (véase más adelante), sino que en realidad se utilizó para albergar y estudiar una generación anterior de bestias mutantes creadas como resultado de las pruebas con bombas atómicas realizadas en las zonas desérticas del suroeste de Estados Unidos durante la década de 1950. Se hacen amigos de un prominente científico empleado en la base, por el que Randy también se siente atraído románticamente. Mientras tanto, Godzilla se ve en apuros para derrotar al acorazado Diablo Espinoso.

Cuando el "Deep-Dweller", un enorme pez rana mutado, comienza a atacar barcos y buques pesqueros en la costa de Nueva Jersey, H.E.A.T. debe ayudar a Godzilla a expulsar a la criatura a aguas más profundas, mientras lidia con la interferencia del sórdido y odioso promotor de viajes, Milo Sanders, que espera ganar dinero consiguiendo buenas imágenes de Godzilla.

Cuando el H.E.A.T. está muy ocupado durante una investigación de criaturas, Godzilla es secuestrado por un grupo de individuos adinerados con recursos avanzados que capturan y confinan varias mutaciones en un recinto privado en una isla, donde las criaturas son obligadas a luchar entre sí mono-a-mono como un espectáculo de pago para la diversión decadente de los espectadores interesados.