科托馬爾他（英語：Corto Maltese (DC Comics)）任務結束的5個月後[b]，受重傷的「和平使者」克里斯多福·史密斯（英語：Peacemaker (comics)）在醫院康復並回到家中。然而克姆森·穆恩率領天眼局特工找到克里斯，招募他執行新任務「蝴蝶計劃」。克里斯與父親奧吉會面，找回動物搭檔老鷹。奧吉為克里斯提供一套新制服和頭盔。穆恩向克里斯透露任務目標為美國參議員。「蝴蝶計劃」的新成員莉奧塔·阿德巴約向母親阿曼達·華勒匯報情況，華勒叮囑她繼續執行秘密任務。克里斯在回家途中試圖撩撥艾蜜莉亞·哈考特特工，被哈考特拒絕。克里斯因此在酒吧勾搭上一名陌生女子。但這名女子具有詭異的超能力，企圖暗殺克里斯。克里斯奮力全面封鎖，使用頭盔中的音波砲武器殺死刺客。

音波砲武器引起警方的注意，艾弗格林警局刑警蘇菲·宋率領探員前來勘察現場。哈考特和阿德巴約聯手從警方手中救出克里斯。穆恩指使約翰·伊克諾莫斯設法消除克里斯曾在案發現場出現的所有證據。約翰將關鍵證據替換成克里斯的父親奧吉的指紋。奧吉被捕入獄。他在獄中被其他囚犯尊稱為「白龍」。穆恩等人調查得知，被克里斯殺死的超人類女子名為安妮·史特豪森，她因無意中看到克里斯攜帶的有關「蝴蝶計劃」的目標檔案而萌生殺機。克里斯因性情乖張，很難與團隊成員友好相處。內心受傷的克里斯回到家中，遭遇蒙面義警（英語：Adrian Chase）。義警為鼓舞克里斯，邀他參加野外射擊訓練。隨後，克里斯發現他從安妮·史特豪森處拿到的一個裝置可以轉變為一艘微型太空飛船。

穆恩告知克里斯，團隊的刺殺目標為美國參議員羅蘭·高夫，他們懷疑高夫已經被「蝴蝶」控制，高夫的妻子和一對兒女也是嫌疑人。克里斯得知可能需要擊殺孩童，開始猶豫不決。哈考特和克里斯埋伏在高夫家外的隱蔽之處，其他成員在監控車中指揮行動。義警跟蹤克里斯來到現場。哈考特和克里斯監視高夫一家，發現他們使用異於常人的進食方式就餐，從口中吐出長舌。穆恩命令克里斯立即擊殺他們。克里斯不忍下手，義警替代他殺死除了高夫之外的超人類。高夫的保鏢柔道大師（英語：Judomaster）出現阻止眾人。柔道大師擊敗克里斯和義警，將他們帶至房內監禁。高夫對義警施刑，希望從克里斯口中探知情報。克里斯得知義警的真實身份為亞德里安·蔡斯。約翰擊倒企圖離開的柔道大師。哈考特與穆恩和阿德巴約會合，炸開監禁克里斯和義警的地下室入口。克里斯趁機殺死高夫。一隻類似蝴蝶的生物從高夫的屍體之中飛出。在監控車內，屏幕顯示世界各地均已出現「蝴蝶」。

小隊帶著抓獲的柔道大師返回辦公地點。克里斯和蔡斯在途中謊稱已經在高夫家中摧毀了那隻類似蝴蝶的生物，其實克里斯暗中把它藏在身邊。克里斯回到父親的家中，拿到更多的頭盔和武器裝備，並得知父親被團隊成員陷害，身陷囹圄。克里斯前去探監，向父親坦承實情。儘管克里斯懇求父親為自己保密，奧吉仍希望向宋刑警揭露真相。穆恩派出阿德巴約嘗試阻止克里斯。阿德巴約向蔡斯暗示克里斯的父親不僅是種族主義者，還是個累贅。為幫助克里斯，蔡斯故意讓自己被捕入獄，希望殺死奧吉。蔡斯在獄中挑起爭鬥，但是未能引誘奧吉參戰。奧吉察覺到自己的危險，更加迫切地希望面見宋刑警。為了避免造成更大的混亂，哈考特將蔡斯保釋出獄。柔道大師使用縮骨功逃脫束縛，打傷約翰。克里斯回到現場再次與柔道大師決鬥。在柔道大師即將對克里斯說出與「蝴蝶」有關的秘密之際，阿德巴約開槍射中柔道大師。柔道大師沒有當場死亡，眾人將他抬至房內治療。克里斯將類似蝴蝶的生物放在一個罐子內帶回自己家中。克里斯回憶起痛苦的童年經歷，包括哥哥的死亡事件。阿德巴約發現與「蝴蝶」有關的重要線索，匯報給穆恩。她不知道穆恩已經被「蝴蝶」控制。

宋刑警重新查驗案件物證，發現案發現場的指紋屬於奧吉的兒子克里斯多福·史密斯。她再次審問安珀和艾文，證實是史密斯殺死安妮·史特豪森。為了阻止宋刑警繼續深入調查，穆恩聯繫阿曼達·華勒指派的助手卡斯帕·洛克。而洛克成為新任警監，要求宋刑警放棄調查案件，而宋刑警卻向法官舅舅尋求幫助。穆恩向團隊簡單介紹了「蝴蝶」是如何潛入人體，以及「蝴蝶」的食物來源為一種琥珀色的黏稠液體。根據阿德巴約發現的線索，他們鎖定附近的一家裝瓶工廠。團隊潛入工廠。史密斯開啟頭盔的透視功能，發現所有工人均已被「蝴蝶」控制。眾人聯手殺死圍攻的工人。伊克諾莫斯使用電鋸殺死一隻被「蝴蝶」控制的大猩猩，救下史密斯。團隊取得勝利之後，史密斯邀請阿德巴約來家中做客。阿德巴約遵照母親華勒的指令，偷偷在史密斯家中藏下一本偽造的和平使者私人日記。阿德巴約回到辦公室，無意間靠史密斯的頭盔發現穆恩早已被「蝴蝶」控制，而發現自己身份暴露的穆恩開始追趕阿德巴約。

穆恩向阿德巴約坦白牠們蝴蝶所來自的母星瀕臨毀滅，而寄生於高夫體內的蝴蝶領袖則有意想支配地球，唯獨自己被迫寄生在穆恩體內進行反抗。而宋刑警瞞著洛克無罪釋放奧吉，並從法院正式申請到史密斯的逮捕令。留在家中的史密斯和義警發現高夫蝴蝶正在想辦法跟他們溝通，但艾弗格林警察包圍在外迫使他們從天窗離開、藏在樹上。不慎從樹上跌落的義警打碎關高夫蝴蝶的罐子，導致高夫逃出後飛到宋刑警體內寄生。靠洛克的掩護，史密斯和義警帶著老鷹一同逃跑，而警隊收隊前在史密斯家中搜到假日記。伊克諾莫斯追查到蝴蝶的食物來源地為一間農場，認為蝴蝶擁有一頭生產琥珀液體的「乳牛」，阿德巴約同時懊悔自己栽贓史密斯的行為。由高夫蝴蝶寄生的宋刑警喚來眾蝴蝶大軍，集體寄生且控制艾弗格林警局中的所有人。而奧吉同時無法再容忍兒子史密斯，召集自己的白人至上幫派份子並換上自己的白龍戰鬥服。對日記一無所知的史密斯，在當晚新聞上看到受蝴蝶控制的洛克，以記者會的形式公開日記，將史密斯列為最高通緝。

深感背叛的史密斯決定陪同義警、老鷹、與被迫協助他們的伊克諾莫斯獨自去找蝴蝶的乳牛，然而奧吉帶領幫派在半路截住他們。老鷹為保護主人而被奧吉打傷陷入昏迷，義警找到奧吉戰鬥服的弱點，伊克諾莫斯殺光其他幫派份子。由於兒時自己曾無意殺死過兄長基斯，奧吉一度無法對父親下手，但看著父親無止境辱罵之下，史密斯最終失控槍殺父親奧吉。另一邊，日記公開使哈考特發現是阿德巴約出賣她們而找她對峙，進而得知她是華勒之女。然而這時，穆恩因洛克洩漏他們的藏身處，最終沒來得及逃生而戰死於受蝴蝶控制的警隊手中，沒被發現的哈考特和阿德巴約又受到折返回來的柔道大師襲擊，兩人只能合作打敗他而脫困。眾人最終在一間獸醫中心會合並商討下一步，阿德巴約試圖為自己的行徑道歉，但沒有被任何同伴接受。老鷹接受緊急救治而平安清醒、擁抱主人。眾人一致同意讓哈考特接替穆恩擔任隊長，決定趕在蝴蝶用傳送裝置將乳牛轉移至新地方前，抓緊時間殺死乳牛以斷絕蝴蝶唯一的食物來源。

阿德巴約聯繫華勒呼叫正義聯盟作為增援，但由於時間緊迫，伊克諾莫斯被迫換警服臥底進入農場安置史密斯的音波砲頭盔。音波砲啟動夷平農場，還是沒能殺死藏於地下的巨型乳牛，史密斯、義警和哈考特上戰場對抗眾蝴蝶。而義警和哈考特分別受重傷而倒地不起，即將被蝴蝶控制的哈考特被阿德巴約及時挽救一命。獨自來到地下的史密斯被遭高夫蝴蝶控制的宋刑警饒恕一命，作為答謝史密斯近期對牠的照料。高夫同時希望史密斯能協助牠們、保證蝴蝶種族延續、以讓蝴蝶「保護」地球免受毀滅的命運。史密斯經此一役學到新的和平價值，不願再助紂為虐而口述啟動頭戴活人魚雷（英語：Human torpedo）頭盔的阿德巴約，將其發射出去殺死乳牛，同時槍擊宋刑警而使高夫爬出其遺體。一行人在正義聯盟到達前順利完成任務，義警和哈考特及時送醫治療而脫險，阿德巴約同時向媒體公開蝴蝶計劃以及X特遣隊的真相，包含華勒用假日記陷害史密斯而幫他澄清罪名。史密斯回家後受到老鷹以及自願回到他身邊的高夫陪伴，史密斯將最後一點琥珀液體餵給牠，而亡父奧吉也化為精神幻覺出現在他身邊。

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